*** CtermSwiss ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2404291504373581297.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2404291504373581297.atom to be opened.
Openam> File opened: 2404291504373581297.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 61
First residue number = 1
Last residue number = 61
Number of atoms found = 478
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -1.045822 +/- 8.791078 From: -22.328000 To: 14.952000
= -18.157981 +/- 5.912247 From: -35.878000 To: -2.845000
= 20.317659 +/- 6.224629 From: 3.559000 To: 32.095000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 13.4821 % Filled.
Pdbmat> 138717 non-zero elements.
Pdbmat> 15096 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 63.16 +/- 19.36
Maximum number = 117
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 301920.
Pdbmat> Larger element = 469.364
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
61 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2404291504373581297.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2404291504373581297.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2404291504373581297.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 478 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 61 residues.
Blocpdb> 8 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 7 atoms in block 2
Block first atom: 9
Blocpdb> 9 atoms in block 3
Block first atom: 16
Blocpdb> 11 atoms in block 4
Block first atom: 25
Blocpdb> 9 atoms in block 5
Block first atom: 36
Blocpdb> 6 atoms in block 6
Block first atom: 45
Blocpdb> 7 atoms in block 7
Block first atom: 51
Blocpdb> 6 atoms in block 8
Block first atom: 58
Blocpdb> 6 atoms in block 9
Block first atom: 64
Blocpdb> 11 atoms in block 10
Block first atom: 70
Blocpdb> 9 atoms in block 11
Block first atom: 81
Blocpdb> 11 atoms in block 12
Block first atom: 90
Blocpdb> 6 atoms in block 13
Block first atom: 101
Blocpdb> 5 atoms in block 14
Block first atom: 107
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 112
Blocpdb> 5 atoms in block 16
Block first atom: 120
Blocpdb> 8 atoms in block 17
Block first atom: 125
Blocpdb> 9 atoms in block 18
Block first atom: 133
Blocpdb> 7 atoms in block 19
Block first atom: 142
Blocpdb> 8 atoms in block 20
Block first atom: 149
Blocpdb> 7 atoms in block 21
Block first atom: 157
Blocpdb> 8 atoms in block 22
Block first atom: 164
Blocpdb> 9 atoms in block 23
Block first atom: 172
Blocpdb> 9 atoms in block 24
Block first atom: 181
Blocpdb> 7 atoms in block 25
Block first atom: 190
Blocpdb> 8 atoms in block 26
Block first atom: 197
Blocpdb> 6 atoms in block 27
Block first atom: 205
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 211
Blocpdb> 8 atoms in block 29
Block first atom: 219
Blocpdb> 5 atoms in block 30
Block first atom: 227
Blocpdb> 9 atoms in block 31
Block first atom: 232
Blocpdb> 8 atoms in block 32
Block first atom: 241
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 249
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 253
Blocpdb> 8 atoms in block 35
Block first atom: 262
Blocpdb> 8 atoms in block 36
Block first atom: 270
Blocpdb> 8 atoms in block 37
Block first atom: 278
Blocpdb> 10 atoms in block 38
Block first atom: 286
Blocpdb> 6 atoms in block 39
Block first atom: 296
Blocpdb> 8 atoms in block 40
Block first atom: 302
Blocpdb> 12 atoms in block 41
Block first atom: 310
Blocpdb> 6 atoms in block 42
Block first atom: 322
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 328
Blocpdb> 8 atoms in block 44
Block first atom: 332
Blocpdb> 10 atoms in block 45
Block first atom: 340
Blocpdb> 12 atoms in block 46
Block first atom: 350
Blocpdb> 8 atoms in block 47
Block first atom: 362
Blocpdb> 11 atoms in block 48
Block first atom: 370
Blocpdb> 8 atoms in block 49
Block first atom: 381
Blocpdb> 5 atoms in block 50
Block first atom: 389
Blocpdb> 8 atoms in block 51
Block first atom: 394
Blocpdb> 8 atoms in block 52
Block first atom: 402
Blocpdb> 8 atoms in block 53
Block first atom: 410
Blocpdb> 5 atoms in block 54
Block first atom: 418
Blocpdb> 9 atoms in block 55
Block first atom: 423
Blocpdb> 8 atoms in block 56
Block first atom: 432
Blocpdb> 11 atoms in block 57
Block first atom: 440
Blocpdb> 8 atoms in block 58
Block first atom: 451
Blocpdb> 8 atoms in block 59
Block first atom: 459
Blocpdb> 5 atoms in block 60
Block first atom: 467
Blocpdb> 7 atoms in block 61
Block first atom: 471
Blocpdb> 61 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 138778 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1434
Prepmat> Matrix trace = 301920.0000
Prepmat> Last element read: 1434 1434 154.6733
Prepmat> 1892 lines saved.
Prepmat> 1308 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 478
RTB> Total mass = 478.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 478
RTB> Number of blocks = 61
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 68497.5807
RTB> 20073 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 366
Diagstd> Nb of non-zero elements: 20073
Diagstd> Projected matrix trace = 68497.5807
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 366 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 68497.5807
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.6111388 1.8741205 2.4301402 6.3266190
7.6205567 8.3096127 11.8682552 13.2151735 15.0953234
16.0554879 17.5302172 21.8256002 23.7300342 23.8600194
24.5503649 26.8391261 27.9305084 30.5869363 30.7928570
33.1208587 33.7312805 34.8312765 36.8735018 39.4155983
40.0643033 43.2395198 43.4619022 45.6181259 48.4949637
48.8227570 50.2028827 50.5506931 53.3258234 55.0522307
57.0021556 58.1221959 61.2594041 62.2329644 62.9682704
64.6344812 65.7320533 67.5447186 68.5105326 69.2531282
71.0491892 71.3055173 73.5321249 74.7068026 75.9375710
76.2818755 77.3421407 79.1602263 79.3947861 81.2718714
84.3369647 85.2529399 88.2886339 88.5742275 89.8786749
91.4246044 92.6551132 92.9985129 93.1352665 94.4270210
95.9373130 97.0092168 99.0390095 99.9935376 100.6785536
101.0302536 102.5702229 104.2531000 105.5341611 105.8861678
106.0928639 108.1935170 108.3539318 109.8510408 110.3298749
111.9919665 112.6366658 114.0819792 115.2988766 116.2341270
117.5163176 118.0717655 118.8433896 121.5142644 122.9038145
123.6538020 123.9595285 124.3718600 125.2375099 125.9984649
127.1258300 127.5788154 128.4073414 129.2727496 129.6907345
130.3990045
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034328 0.0034333 0.0034337 0.0034337 0.0034339
0.0034345 84.8916990 148.6599697 169.2820644 273.1373693
299.7703183 313.0297916 374.1008704 394.7587040 421.9067672
435.1179850 454.6622834 507.3157884 528.9863457 530.4331727
538.0520079 562.5737519 573.8979863 600.5694957 602.5877144
624.9511541 630.6838274 640.8848059 659.4053582 681.7565856
687.3438921 714.0616533 715.8955213 733.4390006 756.2120609
758.7634987 769.4131560 772.0738398 792.9833436 805.7173967
819.8623065 827.8778960 849.9270750 856.6541531 861.7001377
873.0264743 880.4077959 892.4645588 898.8225347 903.6806397
915.3239864 916.9736324 931.1804263 938.5887729 946.2886494
948.4314822 955.0000064 966.1594230 967.5897783 978.9610441
997.2505019 1002.6513952 1020.3464993 1021.9954606 1029.4935044
1038.3094941 1045.2735857 1047.2087978 1047.9784714 1055.2209978
1063.6262708 1069.5516928 1080.6832606 1085.8785312 1089.5916444
1091.4931183 1099.7802843 1108.7656661 1115.5571176 1117.4160259
1118.5061255 1129.5251348 1130.3621785 1138.1444064 1140.6222604
1149.1817371 1152.4847128 1159.8552797 1166.0248825 1170.7444547
1177.1840457 1179.9627813 1183.8121564 1197.0406846 1203.8654792
1207.5330256 1209.0248798 1211.0340244 1215.2412205 1218.9275898
1224.3685939 1226.5480405 1230.5243366 1234.6639662 1236.6584095
1240.0306456
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 478
Rtb_to_modes> Number of blocs = 61
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9933E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6111
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.874
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.430
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.327
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.621
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.310
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.4
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 366 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
1.00002 0.99995 1.00000 1.00002 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
0.99997 0.99994 0.99997 0.99996 1.00000
0.99998 0.99999 1.00004 1.00002 1.00000
0.99997 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002
1.00000 1.00003 0.99998 0.99999 1.00000
1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00004
1.00001 1.00001 1.00000 1.00003 1.00001
1.00001 1.00004 1.00001 1.00002 0.99999
0.99997 0.99999 0.99995 1.00003 1.00001
0.99998 1.00004 1.00000 0.99997 1.00002
1.00002 1.00003 0.99999 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 1.00003 0.99999
1.00003 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000
0.99999 0.99995 1.00001 0.99999 1.00000
1.00002 0.99998 0.99998 1.00002 1.00002
1.00000 1.00001 0.99996 1.00000 1.00001
1.00001 0.99997 1.00001 1.00002 1.00001
1.00003 1.00001 1.00000 1.00002 0.99997
1.00005 1.00000 0.99998 1.00000 1.00003
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 8604 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
1.00002 0.99995 1.00000 1.00002 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
0.99997 0.99994 0.99997 0.99996 1.00000
0.99998 0.99999 1.00004 1.00002 1.00000
0.99997 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002
1.00000 1.00003 0.99998 0.99999 1.00000
1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00004
1.00001 1.00001 1.00000 1.00003 1.00001
1.00001 1.00004 1.00001 1.00002 0.99999
0.99997 0.99999 0.99995 1.00003 1.00001
0.99998 1.00004 1.00000 0.99997 1.00002
1.00002 1.00003 0.99999 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 1.00003 0.99999
1.00003 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000
0.99999 0.99995 1.00001 0.99999 1.00000
1.00002 0.99998 0.99998 1.00002 1.00002
1.00000 1.00001 0.99996 1.00000 1.00001
1.00001 0.99997 1.00001 1.00002 1.00001
1.00003 1.00001 1.00000 1.00002 0.99997
1.00005 1.00000 0.99998 1.00000 1.00003
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2404291504373581297.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404291504373581297.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2404291504373581297.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404291504373581297.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 61
First residue number = 1
Last residue number = 61
Number of atoms found = 478
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9933E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6111
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.874
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.430
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.327
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.621
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.310
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.4
Bfactors> 106 vectors, 1434 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.611100
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.338 for 61 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.114 +/- 0.26
Bfactors> = 0.819 +/- 0.07
Bfactors> Shiftng-fct= 0.705
Bfactors> Scaling-fct= 0.264
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2404291504373581297 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 8
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normal mode computation
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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normal mode computation
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
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getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2404291504373581297.10.pdb
2404291504373581297.11.pdb
2404291504373581297.7.pdb
2404291504373581297.8.pdb
2404291504373581297.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.992s
user 0m0.984s
sys 0m0.008s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2404291504373581297.Chkmod.res: No such file or directory
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