*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240504015352236104.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240504015352236104.atom to be opened.
Openam> File opened: 240504015352236104.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 60
First residue number = 1
Last residue number = 30
Number of atoms found = 446
Mean number per residue = 7.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.001448 +/- 5.858702 From: -12.523000 To: 12.504000
= 40.850507 +/- 3.373746 From: 32.392000 To: 48.662000
= 5.320211 +/- 12.361231 From: -19.473000 To: 30.595000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 14.4623 % Filled.
Pdbmat> 129552 non-zero elements.
Pdbmat> 14099 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 63.22 +/- 17.46
Maximum number = 98
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 281980.
Pdbmat> Larger element = 423.748
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
60 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240504015352236104.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240504015352236104.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240504015352236104.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 446 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 60 residues.
Blocpdb> 5 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 9 atoms in block 2
Block first atom: 6
Blocpdb> 5 atoms in block 3
Block first atom: 15
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 20
Blocpdb> 6 atoms in block 5
Block first atom: 29
Blocpdb> 5 atoms in block 6
Block first atom: 35
Blocpdb> 8 atoms in block 7
Block first atom: 40
Blocpdb> 9 atoms in block 8
Block first atom: 48
Blocpdb> 12 atoms in block 9
Block first atom: 57
Blocpdb> 5 atoms in block 10
Block first atom: 69
Blocpdb> 9 atoms in block 11
Block first atom: 74
Blocpdb> 9 atoms in block 12
Block first atom: 83
Blocpdb> 5 atoms in block 13
Block first atom: 92
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 97
Blocpdb> 9 atoms in block 15
Block first atom: 105
Blocpdb> 9 atoms in block 16
Block first atom: 114
Blocpdb> 5 atoms in block 17
Block first atom: 123
Blocpdb> 9 atoms in block 18
Block first atom: 128
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 137
Blocpdb> 5 atoms in block 20
Block first atom: 145
Blocpdb> 8 atoms in block 21
Block first atom: 150
Blocpdb> 9 atoms in block 22
Block first atom: 158
Blocpdb> 5 atoms in block 23
Block first atom: 167
Blocpdb> 5 atoms in block 24
Block first atom: 172
Blocpdb> 11 atoms in block 25
Block first atom: 177
Blocpdb> 9 atoms in block 26
Block first atom: 188
Blocpdb> 5 atoms in block 27
Block first atom: 197
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 202
Blocpdb> 9 atoms in block 29
Block first atom: 210
Blocpdb> 5 atoms in block 30
Block first atom: 219
Blocpdb> 5 atoms in block 31
Block first atom: 224
Blocpdb> 9 atoms in block 32
Block first atom: 229
Blocpdb> 5 atoms in block 33
Block first atom: 238
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 243
Blocpdb> 6 atoms in block 35
Block first atom: 252
Blocpdb> 5 atoms in block 36
Block first atom: 258
Blocpdb> 8 atoms in block 37
Block first atom: 263
Blocpdb> 9 atoms in block 38
Block first atom: 271
Blocpdb> 12 atoms in block 39
Block first atom: 280
Blocpdb> 5 atoms in block 40
Block first atom: 292
Blocpdb> 9 atoms in block 41
Block first atom: 297
Blocpdb> 9 atoms in block 42
Block first atom: 306
Blocpdb> 5 atoms in block 43
Block first atom: 315
Blocpdb> 8 atoms in block 44
Block first atom: 320
Blocpdb> 9 atoms in block 45
Block first atom: 328
Blocpdb> 9 atoms in block 46
Block first atom: 337
Blocpdb> 5 atoms in block 47
Block first atom: 346
Blocpdb> 9 atoms in block 48
Block first atom: 351
Blocpdb> 8 atoms in block 49
Block first atom: 360
Blocpdb> 5 atoms in block 50
Block first atom: 368
Blocpdb> 8 atoms in block 51
Block first atom: 373
Blocpdb> 9 atoms in block 52
Block first atom: 381
Blocpdb> 5 atoms in block 53
Block first atom: 390
Blocpdb> 5 atoms in block 54
Block first atom: 395
Blocpdb> 11 atoms in block 55
Block first atom: 400
Blocpdb> 9 atoms in block 56
Block first atom: 411
Blocpdb> 5 atoms in block 57
Block first atom: 420
Blocpdb> 8 atoms in block 58
Block first atom: 425
Blocpdb> 9 atoms in block 59
Block first atom: 433
Blocpdb> 5 atoms in block 60
Block first atom: 441
Blocpdb> 60 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 129612 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1338
Prepmat> Matrix trace = 281980.0000
Prepmat> Last element read: 1338 1338 175.0228
Prepmat> 1831 lines saved.
Prepmat> 1267 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 446
RTB> Total mass = 446.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 446
RTB> Number of blocks = 60
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 64951.8518
RTB> 19368 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 360
Diagstd> Nb of non-zero elements: 19368
Diagstd> Projected matrix trace = 64951.8518
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 360 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 64951.8518
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.8994553 1.7822358 3.9230021 5.7459024
7.4328704 9.2877147 11.4548119 13.2819769 14.0982692
15.2537029 16.6358699 18.3605392 20.2245211 20.9081500
22.0094713 22.9999113 24.2159308 25.7076187 29.2797942
31.5418471 32.8634125 33.2529630 33.9877090 37.4223702
37.8038679 38.5338884 39.8260676 40.8931772 43.4780207
46.1958763 47.1026330 47.4290880 48.6594536 51.4529445
52.3106846 53.9922751 55.0570456 58.4184446 58.7739825
59.3706221 62.0282389 62.2520106 63.5860056 64.4705395
66.3392623 67.1981543 67.5382857 69.8263676 71.3323759
73.1511103 74.9176103 75.9769773 76.8440694 78.4753890
79.5104083 80.7225241 82.8154150 83.8160769 86.8661674
87.7172697 88.1762623 90.4225588 92.2427286 93.1944885
93.9718263 95.9233529 96.8279269 97.2954268 98.2142856
98.6111648 99.8619770 100.8832825 101.2119406 103.9416485
104.7449426 106.5489072 106.8093583 107.3505901 108.2762516
109.1472088 110.3839700 110.9872224 112.0830759 112.3502411
112.5783892 114.6546587 115.4601770 116.1888643 116.5209955
117.1964460 117.9564152 118.3383514 120.5281816 121.1244252
121.8779722 122.5289176 123.3516005 123.7800480 126.2331745
126.8117661
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034325 0.0034332 0.0034336 0.0034336 0.0034339
0.0034340 102.9876334 144.9699068 215.0822399 260.3001415
296.0557916 330.9403433 367.5270106 395.7552096 407.7351756
424.1143057 442.9126031 465.3052967 488.3536111 496.5386787
509.4482629 520.7848726 534.3746703 550.5873192 587.5966219
609.8722056 622.5175640 626.1962392 633.0765488 664.2949113
667.6723614 674.0881583 685.2972570 694.4175804 716.0282590
738.0688645 745.2772643 747.8554577 757.4934717 778.9335262
785.3992499 797.9232033 805.7526305 829.9850598 832.5068969
836.7217916 855.2439399 856.7852308 865.9165741 871.9185803
884.4648928 890.1720472 892.4220588 907.4130181 917.1463138
928.7647870 939.9120950 946.5341466 951.9200144 961.9710865
968.2940696 975.6468508 988.2137025 994.1660885 1012.0934416
1017.0395292 1019.6969566 1032.6036992 1042.9448669 1048.3116082
1052.6745271 1063.5488826 1068.5518414 1071.1283006 1076.1742871
1078.3464791 1085.1639562 1090.6989189 1092.4741164 1107.1082331
1111.3780416 1120.9075130 1122.2766657 1125.1165118 1129.9569209
1134.4924168 1140.9018521 1144.0151391 1149.6490919 1151.0184485
1152.1865346 1162.7628111 1166.8402183 1170.5164824 1172.1882764
1175.5808452 1179.3862579 1181.2941075 1192.1738255 1195.1189833
1198.8307945 1202.0279850 1206.0565586 1208.1492919 1220.0623693
1222.8552596
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 446
Rtb_to_modes> Number of blocs = 60
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8995
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.782
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.923
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.746
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.433
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.288
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.8
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 360 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00003 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001
1.00003 1.00003 1.00004 0.99999 1.00002
1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 1.00001
1.00000 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999
0.99997 1.00005 0.99997 1.00002 0.99999
1.00003 1.00000 0.99999 0.99998 1.00005
1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003
0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 0.99998
1.00001 1.00001 1.00003 0.99995 0.99998
1.00004 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99997 1.00001 1.00004 0.99998 1.00002
0.99998 0.99996 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00003 1.00000 1.00004 1.00002
0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001
0.99997 1.00002 0.99996 1.00002 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
1.00003 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001
1.00000 1.00001 1.00004 1.00004 1.00002
1.00004 1.00000 1.00004 0.99998 1.00005
1.00002 0.99997 1.00000 1.00001 0.99998
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 8028 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00003 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001
1.00003 1.00003 1.00004 0.99999 1.00002
1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 1.00001
1.00000 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999
0.99997 1.00005 0.99997 1.00002 0.99999
1.00003 1.00000 0.99999 0.99998 1.00005
1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003
0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 0.99998
1.00001 1.00001 1.00003 0.99995 0.99998
1.00004 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99997 1.00001 1.00004 0.99998 1.00002
0.99998 0.99996 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00003 1.00000 1.00004 1.00002
0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001
0.99997 1.00002 0.99996 1.00002 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
1.00003 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001
1.00000 1.00001 1.00004 1.00004 1.00002
1.00004 1.00000 1.00004 0.99998 1.00005
1.00002 0.99997 1.00000 1.00001 0.99998
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240504015352236104.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240504015352236104.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240504015352236104.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240504015352236104.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 60
First residue number = 1
Last residue number = 30
Number of atoms found = 446
Mean number per residue = 7.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8995
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.782
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.923
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.746
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.433
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.288
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.8
Bfactors> 106 vectors, 1338 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.899500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.767 for 60 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.117 +/- 0.10
Bfactors> = 16.967 +/- 8.12
Bfactors> Shiftng-fct= 16.850
Bfactors> Scaling-fct= 80.268
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240504015352236104 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240504015352236104.eigenfacs
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240504015352236104.8.pdb
240504015352236104.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.960s
user 0m0.956s
sys 0m0.004s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240504015352236104.Chkmod.res: No such file or directory
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