*** 5csc_open_aligned ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604241127051943378.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604241127051943378.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604241127051943378.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 429
First residue number = 1
Last residue number = 433
Number of atoms found = 429
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 28.944928 +/- 13.683103 From: 0.076000 To: 58.594000
= 51.915727 +/- 11.894803 From: 21.539000 To: 76.603000
= -15.637249 +/- 12.870140 From: -42.037000 To: 12.981000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.4037 % Filled.
Pdbmat> 36499 non-zero elements.
Pdbmat> 3770 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 17.58 +/- 5.78
Maximum number = 31
Minimum number = 4
Pdbmat> Matrix trace = 75400.0
Pdbmat> Larger element = 124.500
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
429 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604241127051943378.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604241127051943378.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604241127051943378.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 429 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 429 residues.
Blocpdb> 3 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 3 atoms in block 2
Block first atom: 4
Blocpdb> 3 atoms in block 3
Block first atom: 7
Blocpdb> 3 atoms in block 4
Block first atom: 10
Blocpdb> 3 atoms in block 5
Block first atom: 13
Blocpdb> 3 atoms in block 6
Block first atom: 16
Blocpdb> 3 atoms in block 7
Block first atom: 19
Blocpdb> 3 atoms in block 8
Block first atom: 22
Blocpdb> 3 atoms in block 9
Block first atom: 25
Blocpdb> 3 atoms in block 10
Block first atom: 28
Blocpdb> 3 atoms in block 11
Block first atom: 31
Blocpdb> 3 atoms in block 12
Block first atom: 34
Blocpdb> 3 atoms in block 13
Block first atom: 37
Blocpdb> 3 atoms in block 14
Block first atom: 40
Blocpdb> 3 atoms in block 15
Block first atom: 43
Blocpdb> 3 atoms in block 16
Block first atom: 46
Blocpdb> 3 atoms in block 17
Block first atom: 49
Blocpdb> 3 atoms in block 18
Block first atom: 52
Blocpdb> 3 atoms in block 19
Block first atom: 55
Blocpdb> 3 atoms in block 20
Block first atom: 58
Blocpdb> 3 atoms in block 21
Block first atom: 61
Blocpdb> 3 atoms in block 22
Block first atom: 64
Blocpdb> 3 atoms in block 23
Block first atom: 67
Blocpdb> 3 atoms in block 24
Block first atom: 70
Blocpdb> 3 atoms in block 25
Block first atom: 73
Blocpdb> 3 atoms in block 26
Block first atom: 76
Blocpdb> 3 atoms in block 27
Block first atom: 79
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 28 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 82th, in residue A 82
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 28
Block first atom: 82
Blocpdb> 3 atoms in block 29
Block first atom: 86
Blocpdb> 3 atoms in block 30
Block first atom: 89
Blocpdb> 3 atoms in block 31
Block first atom: 92
Blocpdb> 3 atoms in block 32
Block first atom: 95
Blocpdb> 3 atoms in block 33
Block first atom: 98
Blocpdb> 3 atoms in block 34
Block first atom: 101
Blocpdb> 3 atoms in block 35
Block first atom: 104
Blocpdb> 3 atoms in block 36
Block first atom: 107
Blocpdb> 3 atoms in block 37
Block first atom: 110
Blocpdb> 3 atoms in block 38
Block first atom: 113
Blocpdb> 3 atoms in block 39
Block first atom: 116
Blocpdb> 3 atoms in block 40
Block first atom: 119
Blocpdb> 3 atoms in block 41
Block first atom: 122
Blocpdb> 3 atoms in block 42
Block first atom: 125
Blocpdb> 3 atoms in block 43
Block first atom: 128
Blocpdb> 3 atoms in block 44
Block first atom: 131
Blocpdb> 3 atoms in block 45
Block first atom: 134
Blocpdb> 3 atoms in block 46
Block first atom: 137
Blocpdb> 3 atoms in block 47
Block first atom: 140
Blocpdb> 3 atoms in block 48
Block first atom: 143
Blocpdb> 3 atoms in block 49
Block first atom: 146
Blocpdb> 3 atoms in block 50
Block first atom: 149
Blocpdb> 3 atoms in block 51
Block first atom: 152
Blocpdb> 3 atoms in block 52
Block first atom: 155
Blocpdb> 3 atoms in block 53
Block first atom: 158
Blocpdb> 3 atoms in block 54
Block first atom: 161
Blocpdb> 3 atoms in block 55
Block first atom: 164
Blocpdb> 3 atoms in block 56
Block first atom: 167
Blocpdb> 3 atoms in block 57
Block first atom: 170
Blocpdb> 3 atoms in block 58
Block first atom: 173
Blocpdb> 3 atoms in block 59
Block first atom: 176
Blocpdb> 3 atoms in block 60
Block first atom: 179
Blocpdb> 3 atoms in block 61
Block first atom: 182
Blocpdb> 3 atoms in block 62
Block first atom: 185
Blocpdb> 3 atoms in block 63
Block first atom: 188
Blocpdb> 3 atoms in block 64
Block first atom: 191
Blocpdb> 3 atoms in block 65
Block first atom: 194
Blocpdb> 3 atoms in block 66
Block first atom: 197
Blocpdb> 3 atoms in block 67
Block first atom: 200
Blocpdb> 3 atoms in block 68
Block first atom: 203
Blocpdb> 3 atoms in block 69
Block first atom: 206
Blocpdb> 3 atoms in block 70
Block first atom: 209
Blocpdb> 3 atoms in block 71
Block first atom: 212
Blocpdb> 3 atoms in block 72
Block first atom: 215
Blocpdb> 3 atoms in block 73
Block first atom: 218
Blocpdb> 3 atoms in block 74
Block first atom: 221
Blocpdb> 3 atoms in block 75
Block first atom: 224
Blocpdb> 3 atoms in block 76
Block first atom: 227
Blocpdb> 3 atoms in block 77
Block first atom: 230
Blocpdb> 3 atoms in block 78
Block first atom: 233
Blocpdb> 3 atoms in block 79
Block first atom: 236
Blocpdb> 3 atoms in block 80
Block first atom: 239
Blocpdb> 3 atoms in block 81
Block first atom: 242
Blocpdb> 3 atoms in block 82
Block first atom: 245
Blocpdb> 3 atoms in block 83
Block first atom: 248
Blocpdb> 3 atoms in block 84
Block first atom: 251
Blocpdb> 3 atoms in block 85
Block first atom: 254
Blocpdb> 3 atoms in block 86
Block first atom: 257
Blocpdb> 3 atoms in block 87
Block first atom: 260
Blocpdb> 3 atoms in block 88
Block first atom: 263
Blocpdb> 3 atoms in block 89
Block first atom: 266
Blocpdb> 3 atoms in block 90
Block first atom: 269
Blocpdb> 3 atoms in block 91
Block first atom: 272
Blocpdb> 3 atoms in block 92
Block first atom: 275
Blocpdb> 3 atoms in block 93
Block first atom: 278
Blocpdb> 3 atoms in block 94
Block first atom: 281
Blocpdb> 3 atoms in block 95
Block first atom: 284
Blocpdb> 3 atoms in block 96
Block first atom: 287
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 97 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 290th, in residue A 291
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 97
Block first atom: 290
Blocpdb> 3 atoms in block 98
Block first atom: 294
Blocpdb> 3 atoms in block 99
Block first atom: 297
Blocpdb> 3 atoms in block 100
Block first atom: 300
Blocpdb> 3 atoms in block 101
Block first atom: 303
Blocpdb> 3 atoms in block 102
Block first atom: 306
Blocpdb> 3 atoms in block 103
Block first atom: 309
Blocpdb> 3 atoms in block 104
Block first atom: 312
Blocpdb> 3 atoms in block 105
Block first atom: 315
Blocpdb> 3 atoms in block 106
Block first atom: 318
Blocpdb> 3 atoms in block 107
Block first atom: 321
Blocpdb> 3 atoms in block 108
Block first atom: 324
Blocpdb> 3 atoms in block 109
Block first atom: 327
Blocpdb> 3 atoms in block 110
Block first atom: 330
Blocpdb> 3 atoms in block 111
Block first atom: 333
Blocpdb> 3 atoms in block 112
Block first atom: 336
Blocpdb> 3 atoms in block 113
Block first atom: 339
Blocpdb> 3 atoms in block 114
Block first atom: 342
Blocpdb> 3 atoms in block 115
Block first atom: 345
Blocpdb> 3 atoms in block 116
Block first atom: 348
Blocpdb> 3 atoms in block 117
Block first atom: 351
Blocpdb> 3 atoms in block 118
Block first atom: 354
Blocpdb> 3 atoms in block 119
Block first atom: 357
Blocpdb> 3 atoms in block 120
Block first atom: 360
Blocpdb> 3 atoms in block 121
Block first atom: 363
Blocpdb> 3 atoms in block 122
Block first atom: 366
Blocpdb> 3 atoms in block 123
Block first atom: 369
Blocpdb> 3 atoms in block 124
Block first atom: 372
Blocpdb> 3 atoms in block 125
Block first atom: 375
Blocpdb> 3 atoms in block 126
Block first atom: 378
Blocpdb> 3 atoms in block 127
Block first atom: 381
Blocpdb> 3 atoms in block 128
Block first atom: 384
Blocpdb> 3 atoms in block 129
Block first atom: 387
Blocpdb> 3 atoms in block 130
Block first atom: 390
Blocpdb> 3 atoms in block 131
Block first atom: 393
Blocpdb> 3 atoms in block 132
Block first atom: 396
Blocpdb> 3 atoms in block 133
Block first atom: 399
Blocpdb> 3 atoms in block 134
Block first atom: 402
Blocpdb> 3 atoms in block 135
Block first atom: 405
Blocpdb> 3 atoms in block 136
Block first atom: 408
Blocpdb> 3 atoms in block 137
Block first atom: 411
Blocpdb> 3 atoms in block 138
Block first atom: 414
Blocpdb> 3 atoms in block 139
Block first atom: 417
Blocpdb> 3 atoms in block 140
Block first atom: 420
Blocpdb> 3 atoms in block 141
Block first atom: 423
Blocpdb> 4 atoms in block 142
Block first atom: 425
Blocpdb> 142 blocks.
Blocpdb> At most, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 3 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 36641 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1287
Prepmat> Matrix trace = 75400.0000
Prepmat> Last element read: 1287 1287 14.6639
Prepmat> 10154 lines saved.
Prepmat> 9153 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 429
RTB> Total mass = 429.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 429
RTB> Number of blocks = 142
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 46379.5941
RTB> 33870 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 852
Diagstd> Nb of non-zero elements: 33870
Diagstd> Projected matrix trace = 46379.5941
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 852 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 46379.5941
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0343561 0.0473630 0.1009798 0.1494382
0.2312513 0.3790646 0.4066599 0.4384772 0.5707649
0.6759096 0.7537805 0.8254815 0.9388696 1.0779836
1.3153288 1.5506658 1.6273052 1.6795188 1.8787366
1.9328092 2.0155060 2.1074706 2.2577408 2.3245904
2.3361972 2.4870589 2.5465178 2.7446028 2.8622104
3.1078601 3.2978827 3.4842439 3.6392941 3.7498555
3.7902982 3.9413281 4.1802673 4.3131349 4.4764212
4.5351165 4.7628836 4.8143700 4.9158845 5.0114350
5.1217931 5.3282153 5.4225689 5.5297055 5.6279583
5.6639393 5.8928781 5.9779311 6.0033716 6.0457365
6.1745189 6.3721418 6.4357548 6.5706627 6.6712887
6.7617435 6.8571699 7.1227625 7.2103804 7.3543914
7.4430798 7.6588303 7.7657010 7.8557976 7.9290814
8.1202198 8.4273772 8.5445808 8.7391407 8.9193272
9.0296874 9.2353350 9.3623976 9.4632970 9.5904347
9.6490905 9.7768291 9.8478019 9.9478945 10.1113959
10.2756329 10.3866247 10.5208805 10.5674714 10.6787492
10.9116113 10.9391546 11.1059512 11.2930019 11.3855423
11.4840954 11.5145549 11.6381090 11.9070374 11.9353513
12.0590394
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034338 0.0034339 0.0034339 0.0034341 0.0034341
0.0034343 20.1278405 23.6327758 34.5074293 41.9784198
52.2200618 66.8577727 69.2485910 71.9066074 82.0396738
89.2770000 94.2796004 98.6617817 105.2199057 112.7460549
124.5410297 135.2241906 138.5255211 140.7303348 148.8429372
150.9696941 154.1655483 157.6434905 163.1669975 165.5649880
165.9778085 171.2530498 173.2880597 179.9016030 183.7156110
191.4370592 197.2027110 202.6980414 207.1590232 210.2822162
211.4131369 215.5840239 222.0226629 225.5234980 229.7527683
231.2541336 236.9901328 238.2676126 240.7665313 243.0951709
245.7572258 250.6606501 252.8702977 255.3561254 257.6147448
258.4369318 263.6082564 265.5037956 266.0681526 267.0053042
269.8341073 274.1182789 275.4831408 278.3555383 280.4788684
282.3739476 284.3594948 289.8141017 291.5911706 294.4887094
296.2590440 300.5221615 302.6116283 304.3619964 305.7783404
309.4419381 315.2401290 317.4246591 321.0181935 324.3107375
326.3109424 330.0058263 332.2682315 334.0538766 336.2903669
337.3171874 339.5426174 340.7728069 342.5002287 345.3033875
348.0964309 349.9713555 352.2259290 353.0049705 354.8587133
358.7068943 359.1593361 361.8871489 364.9219443 366.4140685
367.9964893 368.4841881 370.4558790 374.7116014 375.1568530
377.0957490
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 429
Rtb_to_modes> Number of blocs = 142
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.4356E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.7363E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1010
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1494
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2313
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3791
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.06
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 852 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 7722 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
1.00003 1.00001 1.00001 0.99999 1.00003
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0.99998 0.99997 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99999 1.00001 1.00003 1.00001
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0.99997 1.00000 1.00003 0.99998 0.99999
1.00004 0.99998 1.00003 0.99999 1.00002
0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00003
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604241127051943378.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604241127051943378.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604241127051943378.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604241127051943378.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 429
First residue number = 1
Last residue number = 433
Number of atoms found = 429
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.4356E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.7363E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1010
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1494
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2313
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3791
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4067
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4385
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5708
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6759
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7538
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8255
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9389
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.879
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.016
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.107
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.258
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.325
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.336
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.487
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.547
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.745
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.862
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.108
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.298
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.484
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.639
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.750
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.790
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.941
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.180
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.313
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.476
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.535
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.763
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.814
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.916
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.011
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.122
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.328
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.423
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.530
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.628
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.664
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.893
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.978
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.003
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.046
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.175
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.372
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.436
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.571
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.671
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.762
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.06
Bfactors> 106 vectors, 1287 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.034356
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.024 for 429 C-alpha atoms.
Bfactors> = 3.779 +/- 9.77
Bfactors> = 19.408 +/- 7.04
Bfactors> Shiftng-fct= 15.629
Bfactors> Scaling-fct= 0.721
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604241127051943378.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604241127051943378.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 211.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 265.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.1
Chkmod> 106 vectors, 1287 coordinates in file.
Chkmod> That is: 429 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 18 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 26 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 30 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 52 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7279
0.0034 0.9302
0.0034 0.9188
0.0034 0.7251
0.0034 0.7275
0.0034 0.7337
20.1269 0.1053
23.6318 0.1339
34.5094 0.1112
41.9713 0.0709
52.2233 0.1150
66.8580 0.3306
69.2490 0.1360
71.9054 0.0586
82.0387 0.3404
89.2725 0.5443
94.2768 0.1506
98.6587 0.1450
105.2171 0.3178
112.7421 0.0540
124.5201 0.1222
135.2330 0.5556
138.5066 0.5198
140.7444 0.0607
148.8470 0.5540
150.9707 0.2222
154.1778 0.3635
157.6191 0.1691
163.1694 0.1226
165.5725 0.0655
165.9637 0.2666
171.2437 0.4150
173.2970 0.5225
179.9069 0.3611
183.7010 0.3680
191.4331 0.4694
197.1978 0.4798
202.6822 0.1930
207.1418 0.5924
210.2772 0.4319
211.3957 0.4008
215.5658 0.5224
222.0060 0.4851
225.5103 0.4989
229.7321 0.5217
231.2412 0.4634
236.9829 0.5580
238.2482 0.5093
240.7590 0.4679
243.0742 0.2662
245.7516 0.5115
250.6448 0.2534
252.8695 0.1420
255.3520 0.2949
257.6046 0.3397
258.4272 0.3753
263.5997 0.5131
265.4939 0.4642
266.0485 0.5003
266.9997 0.4386
269.8330 0.1652
274.1035 0.3930
275.4766 0.4379
278.3507 0.3096
280.4608 0.4134
282.3672 0.2798
284.3438 0.3207
289.8065 0.4530
291.5710 0.3484
294.4682 0.1785
296.2447 0.4264
300.5126 0.5365
302.6045 0.4095
304.3529 0.2684
305.7636 0.5566
309.4245 0.3358
315.2195 0.3275
317.4188 0.3641
321.0018 0.4454
324.2909 0.2550
326.3026 0.3504
329.9857 0.5313
332.2469 0.2803
334.0343 0.4965
336.2683 0.3943
337.3011 0.5323
339.5310 0.3346
340.7616 0.2651
342.4873 0.4563
345.2647 0.3585
348.1554 0.4606
350.0132 0.4738
352.1961 0.4289
353.0320 0.4713
354.8643 0.3595
358.6650 0.5381
359.1578 0.2834
361.9376 0.4484
364.8578 0.4714
366.4701 0.3371
367.9151 0.4391
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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getting mode 8
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getting mode 10
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getting mode 11
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getting mode 12
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getting mode 13
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getting mode 14
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getting mode 15
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getting mode 16
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m8.660s
user 0m8.638s
sys 0m0.015s
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