***  CD4  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604241430022074727.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604241430022074727.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604241430022074727.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 178
First residue number = 1
Last residue number = 178
Number of atoms found = 1383
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -1.049792 +/- 15.726427 From: -32.625000 To: 26.668000
= 25.413944 +/- 8.049478 From: 5.043000 To: 42.150000
= 15.837689 +/- 9.507339 From: -9.356000 To: 37.097000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.5639 % Filled.
Pdbmat> 479005 non-zero elements.
Pdbmat> 52308 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 75.64 +/- 22.71
Maximum number = 127
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 1.046160E+06
Pdbmat> Larger element = 460.311
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
178 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604241430022074727.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604241430022074727.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604241430022074727.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1383 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 178 residues.
Blocpdb> 9 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 9 atoms in block 2
Block first atom: 10
Blocpdb> 7 atoms in block 3
Block first atom: 19
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 26
Blocpdb> 8 atoms in block 5
Block first atom: 33
Blocpdb> 4 atoms in block 6
Block first atom: 41
Blocpdb> 9 atoms in block 7
Block first atom: 45
Blocpdb> 9 atoms in block 8
Block first atom: 54
Blocpdb> 4 atoms in block 9
Block first atom: 63
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 67
Blocpdb> 7 atoms in block 11
Block first atom: 75
Blocpdb> 7 atoms in block 12
Block first atom: 82
Blocpdb> 9 atoms in block 13
Block first atom: 89
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 98
Blocpdb> 7 atoms in block 15
Block first atom: 106
Blocpdb> 6 atoms in block 16
Block first atom: 113
Blocpdb> 7 atoms in block 17
Block first atom: 119
Blocpdb> 5 atoms in block 18
Block first atom: 126
Blocpdb> 6 atoms in block 19
Block first atom: 131
Blocpdb> 9 atoms in block 20
Block first atom: 137
Blocpdb> 9 atoms in block 21
Block first atom: 146
Blocpdb> 9 atoms in block 22
Block first atom: 155
Blocpdb> 6 atoms in block 23
Block first atom: 164
Blocpdb> 8 atoms in block 24
Block first atom: 170
Blocpdb> 9 atoms in block 25
Block first atom: 178
Blocpdb> 11 atoms in block 26
Block first atom: 187
Blocpdb> 10 atoms in block 27
Block first atom: 198
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 208
Blocpdb> 9 atoms in block 29
Block first atom: 222
Blocpdb> 8 atoms in block 30
Block first atom: 231
Blocpdb> 6 atoms in block 31
Block first atom: 239
Blocpdb> 8 atoms in block 32
Block first atom: 245
Blocpdb> 9 atoms in block 33
Block first atom: 253
Blocpdb> 8 atoms in block 34
Block first atom: 262
Blocpdb> 9 atoms in block 35
Block first atom: 270
Blocpdb> 8 atoms in block 36
Block first atom: 279
Blocpdb> 8 atoms in block 37
Block first atom: 287
Blocpdb> 4 atoms in block 38
Block first atom: 295
Blocpdb> 8 atoms in block 39
Block first atom: 299
Blocpdb> 9 atoms in block 40
Block first atom: 307
Blocpdb> 4 atoms in block 41
Block first atom: 316
Blocpdb> 6 atoms in block 42
Block first atom: 320
Blocpdb> 11 atoms in block 43
Block first atom: 326
Blocpdb> 8 atoms in block 44
Block first atom: 337
Blocpdb> 7 atoms in block 45
Block first atom: 345
Blocpdb> 9 atoms in block 46
Block first atom: 352
Blocpdb> 4 atoms in block 47
Block first atom: 361
Blocpdb> 7 atoms in block 48
Block first atom: 365
Blocpdb> 6 atoms in block 49
Block first atom: 372
Blocpdb> 9 atoms in block 50
Block first atom: 378
Blocpdb> 8 atoms in block 51
Block first atom: 387
Blocpdb> 8 atoms in block 52
Block first atom: 395
Blocpdb> 8 atoms in block 53
Block first atom: 403
Blocpdb> 11 atoms in block 54
Block first atom: 411
Blocpdb> 5 atoms in block 55
Block first atom: 422
Blocpdb> 8 atoms in block 56
Block first atom: 427
Blocpdb> 6 atoms in block 57
Block first atom: 435
Blocpdb> 11 atoms in block 58
Block first atom: 441
Blocpdb> 11 atoms in block 59
Block first atom: 452
Blocpdb> 6 atoms in block 60
Block first atom: 463
Blocpdb> 8 atoms in block 61
Block first atom: 469
Blocpdb> 14 atoms in block 62
Block first atom: 477
Blocpdb> 8 atoms in block 63
Block first atom: 491
Blocpdb> 9 atoms in block 64
Block first atom: 499
Blocpdb> 4 atoms in block 65
Block first atom: 508
Blocpdb> 8 atoms in block 66
Block first atom: 512
Blocpdb> 11 atoms in block 67
Block first atom: 520
Blocpdb> 7 atoms in block 68
Block first atom: 531
Blocpdb> 8 atoms in block 69
Block first atom: 538
Blocpdb> 8 atoms in block 70
Block first atom: 546
Blocpdb> 8 atoms in block 71
Block first atom: 554
Blocpdb> 9 atoms in block 72
Block first atom: 562
Blocpdb> 8 atoms in block 73
Block first atom: 571
Blocpdb> 8 atoms in block 74
Block first atom: 579
Blocpdb> 9 atoms in block 75
Block first atom: 587
Blocpdb> 8 atoms in block 76
Block first atom: 596
Blocpdb> 9 atoms in block 77
Block first atom: 604
Blocpdb> 8 atoms in block 78
Block first atom: 613
Blocpdb> 6 atoms in block 79
Block first atom: 621
Blocpdb> 8 atoms in block 80
Block first atom: 627
Blocpdb> 7 atoms in block 81
Block first atom: 635
Blocpdb> 12 atoms in block 82
Block first atom: 642
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 654
Blocpdb> 6 atoms in block 84
Block first atom: 662
Blocpdb> 9 atoms in block 85
Block first atom: 668
Blocpdb> 7 atoms in block 86
Block first atom: 677
Blocpdb> 9 atoms in block 87
Block first atom: 684
Blocpdb> 8 atoms in block 88
Block first atom: 693
Blocpdb> 9 atoms in block 89
Block first atom: 701
Blocpdb> 9 atoms in block 90
Block first atom: 710
Blocpdb> 9 atoms in block 91
Block first atom: 719
Blocpdb> 9 atoms in block 92
Block first atom: 728
Blocpdb> 7 atoms in block 93
Block first atom: 737
Blocpdb> 9 atoms in block 94
Block first atom: 744
Blocpdb> 8 atoms in block 95
Block first atom: 753
Blocpdb> 8 atoms in block 96
Block first atom: 761
Blocpdb> 7 atoms in block 97
Block first atom: 769
Blocpdb> 11 atoms in block 98
Block first atom: 776
Blocpdb> 4 atoms in block 99
Block first atom: 787
Blocpdb> 8 atoms in block 100
Block first atom: 791
Blocpdb> 7 atoms in block 101
Block first atom: 799
Blocpdb> 5 atoms in block 102
Block first atom: 806
Blocpdb> 8 atoms in block 103
Block first atom: 811
Blocpdb> 6 atoms in block 104
Block first atom: 819
Blocpdb> 8 atoms in block 105
Block first atom: 825
Blocpdb> 7 atoms in block 106
Block first atom: 833
Blocpdb> 10 atoms in block 107
Block first atom: 840
Blocpdb> 8 atoms in block 108
Block first atom: 850
Blocpdb> 8 atoms in block 109
Block first atom: 858
Blocpdb> 9 atoms in block 110
Block first atom: 866
Blocpdb> 4 atoms in block 111
Block first atom: 875
Blocpdb> 9 atoms in block 112
Block first atom: 879
Blocpdb> 6 atoms in block 113
Block first atom: 888
Blocpdb> 8 atoms in block 114
Block first atom: 894
Blocpdb> 7 atoms in block 115
Block first atom: 902
Blocpdb> 8 atoms in block 116
Block first atom: 909
Blocpdb> 7 atoms in block 117
Block first atom: 917
Blocpdb> 8 atoms in block 118
Block first atom: 924
Blocpdb> 9 atoms in block 119
Block first atom: 932
Blocpdb> 6 atoms in block 120
Block first atom: 941
Blocpdb> 7 atoms in block 121
Block first atom: 947
Blocpdb> 7 atoms in block 122
Block first atom: 954
Blocpdb> 4 atoms in block 123
Block first atom: 961
Blocpdb> 6 atoms in block 124
Block first atom: 965
Blocpdb> 6 atoms in block 125
Block first atom: 971
Blocpdb> 7 atoms in block 126
Block first atom: 977
Blocpdb> 6 atoms in block 127
Block first atom: 984
Blocpdb> 7 atoms in block 128
Block first atom: 990
Blocpdb> 9 atoms in block 129
Block first atom: 997
Blocpdb> 6 atoms in block 130
Block first atom: 1006
Blocpdb> 11 atoms in block 131
Block first atom: 1012
Blocpdb> 6 atoms in block 132
Block first atom: 1023
Blocpdb> 7 atoms in block 133
Block first atom: 1029
Blocpdb> 11 atoms in block 134
Block first atom: 1036
Blocpdb> 4 atoms in block 135
Block first atom: 1047
Blocpdb> 9 atoms in block 136
Block first atom: 1051
Blocpdb> 8 atoms in block 137
Block first atom: 1060
Blocpdb> 8 atoms in block 138
Block first atom: 1068
Blocpdb> 9 atoms in block 139
Block first atom: 1076
Blocpdb> 4 atoms in block 140
Block first atom: 1085
Blocpdb> 4 atoms in block 141
Block first atom: 1089
Blocpdb> 9 atoms in block 142
Block first atom: 1093
Blocpdb> 7 atoms in block 143
Block first atom: 1102
Blocpdb> 8 atoms in block 144
Block first atom: 1109
Blocpdb> 6 atoms in block 145
Block first atom: 1117
Blocpdb> 7 atoms in block 146
Block first atom: 1123
Blocpdb> 6 atoms in block 147
Block first atom: 1130
Blocpdb> 9 atoms in block 148
Block first atom: 1136
Blocpdb> 8 atoms in block 149
Block first atom: 1145
Blocpdb> 9 atoms in block 150
Block first atom: 1153
Blocpdb> 8 atoms in block 151
Block first atom: 1162
Blocpdb> 9 atoms in block 152
Block first atom: 1170
Blocpdb> 8 atoms in block 153
Block first atom: 1179
Blocpdb> 6 atoms in block 154
Block first atom: 1187
Blocpdb> 4 atoms in block 155
Block first atom: 1193
Blocpdb> 7 atoms in block 156
Block first atom: 1197
Blocpdb> 14 atoms in block 157
Block first atom: 1204
Blocpdb> 7 atoms in block 158
Block first atom: 1218
Blocpdb> 6 atoms in block 159
Block first atom: 1225
Blocpdb> 7 atoms in block 160
Block first atom: 1231
Blocpdb> 7 atoms in block 161
Block first atom: 1238
Blocpdb> 8 atoms in block 162
Block first atom: 1245
Blocpdb> 9 atoms in block 163
Block first atom: 1253
Blocpdb> 8 atoms in block 164
Block first atom: 1262
Blocpdb> 9 atoms in block 165
Block first atom: 1270
Blocpdb> 9 atoms in block 166
Block first atom: 1279
Blocpdb> 9 atoms in block 167
Block first atom: 1288
Blocpdb> 7 atoms in block 168
Block first atom: 1297
Blocpdb> 9 atoms in block 169
Block first atom: 1304
Blocpdb> 11 atoms in block 170
Block first atom: 1313
Blocpdb> 9 atoms in block 171
Block first atom: 1324
Blocpdb> 8 atoms in block 172
Block first atom: 1333
Blocpdb> 8 atoms in block 173
Block first atom: 1341
Blocpdb> 8 atoms in block 174
Block first atom: 1349
Blocpdb> 7 atoms in block 175
Block first atom: 1357
Blocpdb> 7 atoms in block 176
Block first atom: 1364
Blocpdb> 8 atoms in block 177
Block first atom: 1371
Blocpdb> 5 atoms in block 178
Block first atom: 1378
Blocpdb> 178 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 479183 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4149
Prepmat> Matrix trace = 1046160.0000
Prepmat> Last element read: 4149 4149 93.2932
Prepmat> 15932 lines saved.
Prepmat> 13818 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1383
RTB> Total mass = 1383.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1383
RTB> Number of blocks = 178
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 245137.0327
RTB> 73398 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1068
Diagstd> Nb of non-zero elements: 73398
Diagstd> Projected matrix trace = 245137.0327
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1068 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 245137.0327
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.6534508 1.0711122 1.3677330 4.0343318
4.9173253 5.4690797 6.7824391 7.6451839 8.3726544
9.6673632 10.4478375 12.0320085 12.9245517 13.3287881
14.9670285 16.3101373 17.6998473 18.0384257 19.5722973
20.2594307 20.6776604 21.8877911 23.8936173 24.4617848
24.6605058 26.0473405 27.4807094 28.8881626 29.5748330
30.9653550 31.1600286 31.6351902 32.5345952 33.3911549
34.1815635 34.7414338 35.2407239 35.7596256 36.4307671
36.8782166 37.2764621 37.9548493 39.6993399 40.9145927
41.9439033 42.0615989 42.9973937 43.1943159 43.5359217
44.5348406 45.4743171 45.9412291 46.3746704 47.0351467
47.3142162 48.0465687 48.7744585 49.5478418 50.2674201
51.0810373 51.9961640 52.8316874 53.0327620 54.1843851
54.3226534 54.6583069 55.9780715 56.3278750 56.8197246
57.1966726 58.4539318 58.9523415 59.1118193 60.0061644
60.7022747 61.9181734 62.3714559 63.6287159 63.8111214
64.4473285 64.8841150 65.4123132 66.3847469 67.2723654
67.5134428 67.8084186 68.0856830 69.0820788 69.3879461
69.9280145 70.4146979 70.6404584 71.4275582 71.8746219
72.6421034 73.1492476 73.7684494 74.2443554 75.2576917
76.1902185
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034316 0.0034334 0.0034339 0.0034343 0.0034343
0.0034358 87.7812427 112.3861441 126.9977262 218.1127671
240.8018111 253.9524488 282.8057484 300.2543095 314.2149641
337.6364288 351.0011057 376.6728738 390.3939006 396.4519997
420.1100524 438.5550228 456.8567439 461.2056260 480.4145827
488.7749035 493.7941938 508.0380589 530.8064992 537.0804584
539.2575948 554.2133385 569.2581403 583.6536959 590.5496696
604.2731704 606.1696721 610.7739494 619.3954118 627.4960562
634.8794098 640.0577338 644.6406540 649.3693139 655.4347127
659.4475145 662.9986188 669.0043107 684.2060704 694.5993882
703.2823239 704.2683464 712.0595999 713.6883051 716.5048786
724.6782575 732.2820242 736.0318123 739.4957772 744.7431744
746.9492665 752.7078912 758.3880980 764.3770715 769.9075501
776.1133146 783.0345642 789.3007605 790.8013524 799.3414887
800.3607227 802.8295841 812.4642241 814.9987901 818.5493017
821.2599844 830.2371158 833.7691271 834.8961207 841.1882818
846.0533766 854.4848130 857.6068100 866.2073401 867.4480374
871.7616102 874.7107681 878.2639039 884.7680516 890.6634480
892.2579121 894.2049884 896.0312979 902.5639420 904.5598280
908.0732424 911.2277573 912.6873573 917.7580071 920.6256417
925.5278373 928.7529620 932.6755837 935.6792551 942.0430007
947.8615134
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1383
Rtb_to_modes> Number of blocs = 178
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9865E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6535
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.071
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.368
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.034
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.917
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.469
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.782
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.645
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.373
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.667
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.19
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1068 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 0.99997
1.00001 0.99999 0.99998 1.00004 1.00002
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 1.00001 1.00003
1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999 1.00003 1.00000 0.99997 1.00001
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 0.99998
1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002
0.99998 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000
0.99997 1.00001 0.99999 0.99997 1.00002
0.99998 1.00002 0.99999 1.00001 1.00002
0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001
1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997
1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99998
1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 0.99995 1.00002 1.00003 0.99997
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 24894 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 0.99997
1.00001 0.99999 0.99998 1.00004 1.00002
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 1.00001 1.00003
1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999 1.00003 1.00000 0.99997 1.00001
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 0.99998
1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002
0.99998 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000
0.99997 1.00001 0.99999 0.99997 1.00002
0.99998 1.00002 0.99999 1.00001 1.00002
0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001
1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997
1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99998
1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 0.99995 1.00002 1.00003 0.99997
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604241430022074727.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604241430022074727.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604241430022074727.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604241430022074727.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 178
First residue number = 1
Last residue number = 178
Number of atoms found = 1383
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9865E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6535
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.071
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.368
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.034
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.917
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.469
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.782
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.645
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.373
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.667
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.19
Bfactors> 106 vectors, 4149 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.653500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.456 for 178 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.067 +/- 0.06
Bfactors> = 31.184 +/- 11.03
Bfactors> Shiftng-fct= 31.117
Bfactors> Scaling-fct= 173.065
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604241430022074727.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604241430022074727.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4315E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4357E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 314.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 488.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 634.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 663.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 724.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 739.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 769.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 812.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 833.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 866.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 884.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 890.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 894.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 902.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 904.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 911.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 917.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 925.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 928.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 932.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 935.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 942.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 947.8
Chkmod> 106 vectors, 4149 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1383 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 92 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.5796
0.0034 0.7209
0.0034 0.7515
0.0034 0.9497
0.0034 0.8940
0.0034 0.9318
87.7808 0.7172
112.3754 0.6416
127.0047 0.5963
218.0944 0.6635
240.7835 0.6296
253.9397 0.0572
282.7845 0.3874
300.2378 0.6684
314.2080 0.2601
337.6156 0.0603
351.0224 0.5297
376.6253 0.3062
390.3084 0.2641
396.4530 0.3268
420.1337 0.3115
438.5344 0.0445
456.8391 0.4301
461.2060 0.0460
480.3658 0.3796
488.7608 0.2148
493.8009 0.3159
508.0419 0.3977
530.7435 0.2048
537.0378 0.2036
539.2289 0.1886
554.2178 0.2383
569.2264 0.4385
583.6472 0.2314
590.4761 0.3238
604.2925 0.2141
606.1434 0.0347
610.7942 0.2320
619.3251 0.3481
627.4583 0.2421
634.8376 0.3677
640.0171 0.4475
644.6064 0.2836
649.3448 0.3718
655.3997 0.3248
659.4352 0.0890
663.0016 0.0699
668.9329 0.2888
684.1824 0.4406
694.5306 0.1872
703.2194 0.2981
704.2247 0.1966
712.0506 0.3552
713.6220 0.4357
716.5077 0.2413
724.6078 0.3689
732.2158 0.3822
735.9904 0.2614
739.4268 0.2629
744.7496 0.3213
746.8839 0.3059
752.7025 0.3622
758.3209 0.4074
764.3609 0.3011
769.8943 0.2525
776.0721 0.4422
783.0298 0.3879
789.2543 0.3653
790.7468 0.5164
799.2748 0.2902
800.3068 0.4650
802.8076 0.3663
812.4433 0.3712
814.9792 0.1913
818.5161 0.1123
821.2486 0.3725
830.1736 0.3763
833.7168 0.3105
834.8474 0.1689
841.1791 0.3572
846.0012 0.2269
854.4607 0.2969
857.5600 0.4417
866.1789 0.3302
867.4032 0.4047
871.7423 0.1885
874.6455 0.1857
878.2107 0.2424
884.6984 0.3193
890.6096 0.1755
892.1969 0.2904
894.1770 0.1455
896.0212 0.3214
902.5116 0.1176
904.5344 0.1189
908.0472 0.1743
911.1582 0.3087
912.6452 0.3528
917.7343 0.3577
920.5565 0.2208
925.4747 0.1679
928.7179 0.1877
932.6453 0.2032
935.6116 0.3977
942.0170 0.4210
947.8195 0.4820
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604241430022074727 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
making animated gifs
11 models are in 2604241430022074727.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604241430022074727 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
making animated gifs
11 models are in 2604241430022074727.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604241430022074727 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
making animated gifs
11 models are in 2604241430022074727.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604241430022074727 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
making animated gifs
11 models are in 2604241430022074727.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604241430022074727 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604241430022074727.eigenfacs
2604241430022074727.atom
making animated gifs
11 models are in 2604241430022074727.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604241430022074727.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2604241430022074727.10.pdb
2604241430022074727.11.pdb
2604241430022074727.7.pdb
2604241430022074727.8.pdb
2604241430022074727.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m20.163s
user 0m20.068s
sys 0m0.082s
rm: cannot remove '2604241430022074727.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|