*** PERIPLASMIC BINDING PROTEIN 25-JUN-97 1ANF ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604251423122313351.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604251423122313351.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604251423122313351.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 370
First residue number = 1
Last residue number = 370
Number of atoms found = 2860
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 10.139298 +/- 14.421229 From: -23.250000 To: 36.712000
= 11.216960 +/- 9.507194 From: -12.979000 To: 35.617000
= 40.122757 +/- 11.476958 From: 10.058000 To: 67.707000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.2681 % Filled.
Pdbmat> 1939325 non-zero elements.
Pdbmat> 213605 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 149.37 +/- 41.37
Maximum number = 232
Minimum number = 32
Pdbmat> Matrix trace = 4.272100E+06
Pdbmat> Larger element = 850.777
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
370 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604251423122313351.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604251423122313351.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604251423122313351.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2860 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 370 residues.
Blocpdb> 10 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 10 atoms in block 2
Block first atom: 11
Blocpdb> 13 atoms in block 3
Block first atom: 21
Blocpdb> 15 atoms in block 4
Block first atom: 34
Blocpdb> 22 atoms in block 5
Block first atom: 49
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 71
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 87
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 99
Blocpdb> 20 atoms in block 9
Block first atom: 112
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 132
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 144
Blocpdb> 11 atoms in block 12
Block first atom: 158
Blocpdb> 18 atoms in block 13
Block first atom: 169
Blocpdb> 20 atoms in block 14
Block first atom: 187
Blocpdb> 17 atoms in block 15
Block first atom: 207
Blocpdb> 11 atoms in block 16
Block first atom: 224
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 235
Blocpdb> 14 atoms in block 18
Block first atom: 252
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 266
Blocpdb> 17 atoms in block 20
Block first atom: 282
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 299
Blocpdb> 17 atoms in block 22
Block first atom: 316
Blocpdb> 18 atoms in block 23
Block first atom: 333
Blocpdb> 18 atoms in block 24
Block first atom: 351
Blocpdb> 16 atoms in block 25
Block first atom: 369
Blocpdb> 10 atoms in block 26
Block first atom: 385
Blocpdb> 11 atoms in block 27
Block first atom: 395
Blocpdb> 12 atoms in block 28
Block first atom: 406
Blocpdb> 15 atoms in block 29
Block first atom: 418
Blocpdb> 16 atoms in block 30
Block first atom: 433
Blocpdb> 25 atoms in block 31
Block first atom: 449
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 474
Blocpdb> 19 atoms in block 33
Block first atom: 489
Blocpdb> 15 atoms in block 34
Block first atom: 508
Blocpdb> 16 atoms in block 35
Block first atom: 523
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 539
Blocpdb> 10 atoms in block 37
Block first atom: 553
Blocpdb> 16 atoms in block 38
Block first atom: 563
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 579
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 593
Blocpdb> 15 atoms in block 41
Block first atom: 608
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 623
Blocpdb> 20 atoms in block 43
Block first atom: 637
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 657
Blocpdb> 20 atoms in block 45
Block first atom: 674
Blocpdb> 18 atoms in block 46
Block first atom: 694
Blocpdb> 21 atoms in block 47
Block first atom: 712
Blocpdb> 13 atoms in block 48
Block first atom: 733
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 746
Blocpdb> 20 atoms in block 50
Block first atom: 764
Blocpdb> 13 atoms in block 51
Block first atom: 784
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 797
Blocpdb> 17 atoms in block 53
Block first atom: 813
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 830
Blocpdb> 12 atoms in block 55
Block first atom: 845
Blocpdb> 14 atoms in block 56
Block first atom: 857
Blocpdb> 14 atoms in block 57
Block first atom: 871
Blocpdb> 16 atoms in block 58
Block first atom: 885
Blocpdb> 20 atoms in block 59
Block first atom: 901
Blocpdb> 17 atoms in block 60
Block first atom: 921
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 938
Blocpdb> 15 atoms in block 62
Block first atom: 954
Blocpdb> 14 atoms in block 63
Block first atom: 969
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 983
Blocpdb> 23 atoms in block 65
Block first atom: 999
Blocpdb> 17 atoms in block 66
Block first atom: 1022
Blocpdb> 12 atoms in block 67
Block first atom: 1039
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1051
Blocpdb> 18 atoms in block 69
Block first atom: 1067
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1085
Blocpdb> 14 atoms in block 71
Block first atom: 1102
Blocpdb> 13 atoms in block 72
Block first atom: 1116
Blocpdb> 11 atoms in block 73
Block first atom: 1129
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1140
Blocpdb> 19 atoms in block 75
Block first atom: 1156
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1175
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1192
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 1208
Blocpdb> 21 atoms in block 79
Block first atom: 1231
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1252
Blocpdb> 13 atoms in block 81
Block first atom: 1267
Blocpdb> 13 atoms in block 82
Block first atom: 1280
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 1293
Blocpdb> 17 atoms in block 84
Block first atom: 1301
Blocpdb> 20 atoms in block 85
Block first atom: 1318
Blocpdb> 21 atoms in block 86
Block first atom: 1338
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1359
Blocpdb> 21 atoms in block 88
Block first atom: 1371
Blocpdb> 16 atoms in block 89
Block first atom: 1392
Blocpdb> 17 atoms in block 90
Block first atom: 1408
Blocpdb> 11 atoms in block 91
Block first atom: 1425
Blocpdb> 15 atoms in block 92
Block first atom: 1436
Blocpdb> 13 atoms in block 93
Block first atom: 1451
Blocpdb> 9 atoms in block 94
Block first atom: 1464
Blocpdb> 14 atoms in block 95
Block first atom: 1473
Blocpdb> 12 atoms in block 96
Block first atom: 1487
Blocpdb> 18 atoms in block 97
Block first atom: 1499
Blocpdb> 15 atoms in block 98
Block first atom: 1517
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1532
Blocpdb> 17 atoms in block 100
Block first atom: 1548
Blocpdb> 17 atoms in block 101
Block first atom: 1565
Blocpdb> 18 atoms in block 102
Block first atom: 1582
Blocpdb> 13 atoms in block 103
Block first atom: 1600
Blocpdb> 15 atoms in block 104
Block first atom: 1613
Blocpdb> 20 atoms in block 105
Block first atom: 1628
Blocpdb> 14 atoms in block 106
Block first atom: 1648
Blocpdb> 14 atoms in block 107
Block first atom: 1662
Blocpdb> 10 atoms in block 108
Block first atom: 1676
Blocpdb> 19 atoms in block 109
Block first atom: 1686
Blocpdb> 13 atoms in block 110
Block first atom: 1705
Blocpdb> 16 atoms in block 111
Block first atom: 1718
Blocpdb> 13 atoms in block 112
Block first atom: 1734
Blocpdb> 15 atoms in block 113
Block first atom: 1747
Blocpdb> 12 atoms in block 114
Block first atom: 1762
Blocpdb> 21 atoms in block 115
Block first atom: 1774
Blocpdb> 19 atoms in block 116
Block first atom: 1795
Blocpdb> 14 atoms in block 117
Block first atom: 1814
Blocpdb> 16 atoms in block 118
Block first atom: 1828
Blocpdb> 13 atoms in block 119
Block first atom: 1844
Blocpdb> 16 atoms in block 120
Block first atom: 1857
Blocpdb> 20 atoms in block 121
Block first atom: 1873
Blocpdb> 11 atoms in block 122
Block first atom: 1893
Blocpdb> 14 atoms in block 123
Block first atom: 1904
Blocpdb> 15 atoms in block 124
Block first atom: 1918
Blocpdb> 18 atoms in block 125
Block first atom: 1933
Blocpdb> 13 atoms in block 126
Block first atom: 1951
Blocpdb> 16 atoms in block 127
Block first atom: 1964
Blocpdb> 15 atoms in block 128
Block first atom: 1980
Blocpdb> 18 atoms in block 129
Block first atom: 1995
Blocpdb> 11 atoms in block 130
Block first atom: 2013
Blocpdb> 15 atoms in block 131
Block first atom: 2024
Blocpdb> 11 atoms in block 132
Block first atom: 2039
Blocpdb> 12 atoms in block 133
Block first atom: 2050
Blocpdb> 13 atoms in block 134
Block first atom: 2062
Blocpdb> 10 atoms in block 135
Block first atom: 2075
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2085
Blocpdb> 18 atoms in block 137
Block first atom: 2100
Blocpdb> 13 atoms in block 138
Block first atom: 2118
Blocpdb> 18 atoms in block 139
Block first atom: 2131
Blocpdb> 19 atoms in block 140
Block first atom: 2149
Blocpdb> 17 atoms in block 141
Block first atom: 2168
Blocpdb> 20 atoms in block 142
Block first atom: 2185
Blocpdb> 15 atoms in block 143
Block first atom: 2205
Blocpdb> 17 atoms in block 144
Block first atom: 2220
Blocpdb> 12 atoms in block 145
Block first atom: 2237
Blocpdb> 14 atoms in block 146
Block first atom: 2249
Blocpdb> 15 atoms in block 147
Block first atom: 2263
Blocpdb> 17 atoms in block 148
Block first atom: 2278
Blocpdb> 16 atoms in block 149
Block first atom: 2295
Blocpdb> 12 atoms in block 150
Block first atom: 2311
Blocpdb> 12 atoms in block 151
Block first atom: 2323
Blocpdb> 13 atoms in block 152
Block first atom: 2335
Blocpdb> 15 atoms in block 153
Block first atom: 2348
Blocpdb> 21 atoms in block 154
Block first atom: 2363
Blocpdb> 18 atoms in block 155
Block first atom: 2384
Blocpdb> 13 atoms in block 156
Block first atom: 2402
Blocpdb> 17 atoms in block 157
Block first atom: 2415
Blocpdb> 18 atoms in block 158
Block first atom: 2432
Blocpdb> 13 atoms in block 159
Block first atom: 2450
Blocpdb> 12 atoms in block 160
Block first atom: 2463
Blocpdb> 17 atoms in block 161
Block first atom: 2475
Blocpdb> 13 atoms in block 162
Block first atom: 2492
Blocpdb> 18 atoms in block 163
Block first atom: 2505
Blocpdb> 13 atoms in block 164
Block first atom: 2523
Blocpdb> 16 atoms in block 165
Block first atom: 2536
Blocpdb> 15 atoms in block 166
Block first atom: 2552
Blocpdb> 15 atoms in block 167
Block first atom: 2567
Blocpdb> 17 atoms in block 168
Block first atom: 2582
Blocpdb> 11 atoms in block 169
Block first atom: 2599
Blocpdb> 25 atoms in block 170
Block first atom: 2610
Blocpdb> 17 atoms in block 171
Block first atom: 2635
Blocpdb> 18 atoms in block 172
Block first atom: 2652
Blocpdb> 12 atoms in block 173
Block first atom: 2670
Blocpdb> 15 atoms in block 174
Block first atom: 2682
Blocpdb> 13 atoms in block 175
Block first atom: 2697
Blocpdb> 11 atoms in block 176
Block first atom: 2710
Blocpdb> 15 atoms in block 177
Block first atom: 2721
Blocpdb> 16 atoms in block 178
Block first atom: 2736
Blocpdb> 15 atoms in block 179
Block first atom: 2752
Blocpdb> 14 atoms in block 180
Block first atom: 2767
Blocpdb> 17 atoms in block 181
Block first atom: 2781
Blocpdb> 13 atoms in block 182
Block first atom: 2798
Blocpdb> 16 atoms in block 183
Block first atom: 2811
Blocpdb> 19 atoms in block 184
Block first atom: 2827
Blocpdb> 15 atoms in block 185
Block first atom: 2845
Blocpdb> 185 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1939510 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8580
Prepmat> Matrix trace = 4272100.0000
Prepmat> Last element read: 8580 8580 50.3669
Prepmat> 17206 lines saved.
Prepmat> 14368 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2860
RTB> Total mass = 2860.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2860
RTB> Number of blocks = 185
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 505101.3094
RTB> 99357 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1110
Diagstd> Nb of non-zero elements: 99357
Diagstd> Projected matrix trace = 505101.3094
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1110 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 505101.3094
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 6.7143654 7.2528030 12.5410560 16.0827924
21.1225642 24.0401266 24.5181203 27.7375945 29.9996049
34.4778124 36.2169152 38.6701884 41.6058305 43.5406023
48.1468519 50.1304332 50.6986315 52.5377826 55.5989725
58.9886782 59.1424840 61.5386177 63.3348759 64.7999707
65.7315411 68.4202794 69.5580983 70.6043407 72.4818687
74.2274187 76.3262606 77.0371787 78.2904634 79.9811738
83.3089480 84.7107233 86.8982793 87.8252000 90.2365994
92.1038569 93.4957321 93.9699329 96.0080685 96.8302764
99.2643796 99.7018187 100.4047958 102.8008034 104.0322099
106.1667392 108.6927873 109.8226269 111.0529714 113.5635123
115.2775198 115.9369806 117.8390691 118.3067095 121.0479282
122.6165649 124.3691666 124.8626860 127.8282380 128.5716797
128.9540973 131.1491625 132.6619691 133.5824105 134.9750039
136.4653777 137.3949139 139.5569259 140.9281103 141.8187489
144.4932169 145.1673955 146.6615760 148.0613305 149.7267557
151.4398288 152.9077551 153.5992501 155.2577185 156.3990511
157.1435821 157.9156397 159.5196953 161.9424564 163.3668681
163.9188793 165.1448548 167.6231417 167.8490631 168.9927651
169.4703425 171.0103225 171.8284762 172.3024132 176.3668114
177.1748521
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034304 0.0034318 0.0034333 0.0034338 0.0034348
0.0034386 281.3829427 292.4477074 384.5584286 435.4878160
499.0781994 532.4313949 537.6985504 571.9126174 594.7754683
637.6246988 653.5081505 675.2792801 700.4423200 716.5433940
753.4930106 768.8577728 773.2027654 787.1022430 809.7084340
834.0260445 835.1126470 851.8618097 864.2049353 874.1434041
880.4043657 898.2303016 905.6682236 912.4540041 924.5065043
935.5725246 948.7073676 953.1153521 960.8369858 971.1563787
991.1539255 999.4578313 1012.2804947 1017.6650370 1031.5413473
1042.1594926 1050.0045322 1052.6639221 1064.0184207 1068.5648057
1081.9121462 1084.2934157 1088.1092665 1101.0157576 1107.5904242
1118.8954805 1132.1282912 1137.9972017 1144.3539471 1157.2166890
1165.9168862 1169.2470239 1178.7994694 1181.1361666 1194.7415309
1202.4578251 1211.0209111 1213.4213077 1227.7464345 1231.3115100
1233.1413281 1243.5923478 1250.7442066 1255.0756919 1261.6007970
1268.5468786 1272.8599105 1282.8355229 1289.1222211 1293.1893076
1305.3260653 1308.3677265 1315.0838794 1321.3446300 1328.7552317
1336.3349756 1342.7959924 1345.8288318 1353.0750321 1358.0392971
1361.2679032 1364.6078091 1371.5209186 1381.8968965 1387.9610279
1390.3039877 1395.4934554 1405.9253717 1406.8725012 1411.6574885
1413.6507693 1420.0591786 1423.4520742 1425.4138039 1442.1276772
1445.4275221
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2860
Rtb_to_modes> Number of blocs = 185
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 156.4
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 167.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.8
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 177.2
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1110 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
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0.99999 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
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1.00000 0.99997 1.00000 1.00001 1.00002
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1.00001 1.00003 0.99998 0.99998 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 51480 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001
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0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 1.00002
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1.00003 0.99997 0.99997 0.99997 1.00003
0.99999 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000
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0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
0.99997 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002
1.00002 1.00001 1.00002 1.00001 1.00001
1.00000 0.99997 1.00000 1.00001 1.00002
1.00003 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 1.00002 1.00002 0.99998
1.00001 1.00003 0.99999 1.00004 0.99999
1.00001 1.00003 0.99998 0.99998 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604251423122313351.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604251423122313351.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604251423122313351.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604251423122313351.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 370
First residue number = 1
Last residue number = 370
Number of atoms found = 2860
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9794E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9876E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9960E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0027E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.253
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.54
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.33
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 159.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 161.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 172.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 176.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.2
Bfactors> 106 vectors, 8580 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 6.714000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.591 for 370 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.008 +/- 0.01
Bfactors> = 28.788 +/- 10.94
Bfactors> Shiftng-fct= 28.781
Bfactors> Scaling-fct= 1334.222
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604251423122313351.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604251423122313351.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4303E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4384E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 384.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 768.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 880.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 898.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 905.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 935.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 953.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 960.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 991.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 999.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1012.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1018.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1053.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1069.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1082.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1084.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1088.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1101.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1107.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1119.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1132.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1138.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1157.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1166.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1169.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1179.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1181.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1194.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1202.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1211.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1214.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1228.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1231.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1233.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1243.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1251.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1255.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1262.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1269.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1273.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1283.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1289.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1293.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1305.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1308.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1315.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1321.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1329.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1336.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1343.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1346.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1353.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1358.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1361.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1364.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1371.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1382.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1388.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1390.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1395.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1406.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1407.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1412.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1414.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1420.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1423.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1425.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1442.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1445.
Chkmod> 106 vectors, 8580 coordinates in file.
Chkmod> That is: 2860 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7055
0.0034 0.7430
0.0034 0.9141
0.0034 0.9317
0.0034 0.9939
0.0034 0.7641
281.3632 0.6648
292.4391 0.6840
384.5257 0.5877
435.4313 0.2230
499.0265 0.2849
532.4071 0.7077
537.6961 0.6891
571.9129 0.3871
594.7539 0.3705
637.6176 0.5155
653.5079 0.3986
675.2486 0.0660
700.4473 0.2634
716.5077 0.3198
753.4853 0.3646
768.8214 0.4621
773.1800 0.3888
787.0851 0.4891
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getting mode 14
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getting mode 15
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getting mode 16
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STDERR:
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sys 0m0.162s
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