*** open_cutoff8 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604261319462446670.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604261319462446670.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604261319462446670.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 400
First residue number = 1
Last residue number = 429
Number of atoms found = 400
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 36.944335 +/- 13.167314 From: 4.195000 To: 65.719000
= 42.308003 +/- 10.661547 From: 14.831000 To: 63.680000
= 15.579035 +/- 13.343983 From: -14.909000 To: 42.062000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.6549 % Filled.
Pdbmat> 19131 non-zero elements.
Pdbmat> 1859 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 9.29 +/- 2.85
Maximum number = 15
Minimum number = 2
Pdbmat> Matrix trace = 37180.0
Pdbmat> Larger element = 69.4388
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
400 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604261319462446670.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604261319462446670.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604261319462446670.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 400 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 400 residues.
Blocpdb> 3 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 3 atoms in block 2
Block first atom: 4
Blocpdb> 3 atoms in block 3
Block first atom: 7
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 4 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 11th, in residue A 11
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 5 atoms in block 4
Block first atom: 10
Blocpdb> 3 atoms in block 5
Block first atom: 15
Blocpdb> 3 atoms in block 6
Block first atom: 18
Blocpdb> 3 atoms in block 7
Block first atom: 21
Blocpdb> 3 atoms in block 8
Block first atom: 24
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 9 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 28th, in residue A 29
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 9
Block first atom: 27
Blocpdb> 3 atoms in block 10
Block first atom: 31
Blocpdb> 3 atoms in block 11
Block first atom: 34
Blocpdb> 3 atoms in block 12
Block first atom: 37
Blocpdb> 3 atoms in block 13
Block first atom: 40
Blocpdb> 3 atoms in block 14
Block first atom: 43
Blocpdb> 3 atoms in block 15
Block first atom: 46
Blocpdb> 3 atoms in block 16
Block first atom: 49
Blocpdb> 3 atoms in block 17
Block first atom: 52
Blocpdb> 3 atoms in block 18
Block first atom: 55
Blocpdb> 3 atoms in block 19
Block first atom: 58
Blocpdb> 3 atoms in block 20
Block first atom: 61
Blocpdb> 3 atoms in block 21
Block first atom: 64
Blocpdb> 3 atoms in block 22
Block first atom: 67
Blocpdb> 3 atoms in block 23
Block first atom: 70
Blocpdb> 3 atoms in block 24
Block first atom: 73
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 25 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 76th, in residue A 80
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 25 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 77th, in residue A 82
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 25
Block first atom: 76
Blocpdb> 3 atoms in block 26
Block first atom: 79
Blocpdb> 3 atoms in block 27
Block first atom: 82
Blocpdb> 3 atoms in block 28
Block first atom: 85
Blocpdb> 3 atoms in block 29
Block first atom: 88
Blocpdb> 3 atoms in block 30
Block first atom: 91
Blocpdb> 3 atoms in block 31
Block first atom: 94
Blocpdb> 3 atoms in block 32
Block first atom: 97
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 33 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 100th, in residue A 109
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 100
Blocpdb> 3 atoms in block 34
Block first atom: 104
Blocpdb> 3 atoms in block 35
Block first atom: 107
Blocpdb> 3 atoms in block 36
Block first atom: 110
Blocpdb> 3 atoms in block 37
Block first atom: 113
Blocpdb> 3 atoms in block 38
Block first atom: 116
Blocpdb> 3 atoms in block 39
Block first atom: 119
Blocpdb> 3 atoms in block 40
Block first atom: 122
Blocpdb> 3 atoms in block 41
Block first atom: 125
Blocpdb> 3 atoms in block 42
Block first atom: 128
Blocpdb> 3 atoms in block 43
Block first atom: 131
Blocpdb> 3 atoms in block 44
Block first atom: 134
Blocpdb> 3 atoms in block 45
Block first atom: 137
Blocpdb> 3 atoms in block 46
Block first atom: 140
Blocpdb> 3 atoms in block 47
Block first atom: 143
Blocpdb> 3 atoms in block 48
Block first atom: 146
Blocpdb> 3 atoms in block 49
Block first atom: 149
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 50 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 152th, in residue A 162
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 50
Block first atom: 152
Blocpdb> 3 atoms in block 51
Block first atom: 156
Blocpdb> 3 atoms in block 52
Block first atom: 159
Blocpdb> 3 atoms in block 53
Block first atom: 162
Blocpdb> 3 atoms in block 54
Block first atom: 165
Blocpdb> 3 atoms in block 55
Block first atom: 168
Blocpdb> 3 atoms in block 56
Block first atom: 171
Blocpdb> 3 atoms in block 57
Block first atom: 174
Blocpdb> 3 atoms in block 58
Block first atom: 177
Blocpdb> 3 atoms in block 59
Block first atom: 180
Blocpdb> 3 atoms in block 60
Block first atom: 183
Blocpdb> 3 atoms in block 61
Block first atom: 186
Blocpdb> 3 atoms in block 62
Block first atom: 189
Blocpdb> 3 atoms in block 63
Block first atom: 192
Blocpdb> 3 atoms in block 64
Block first atom: 195
Blocpdb> 3 atoms in block 65
Block first atom: 198
Blocpdb> 3 atoms in block 66
Block first atom: 201
Blocpdb> 3 atoms in block 67
Block first atom: 204
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 68 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 208th, in residue A 221
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 5 atoms in block 68
Block first atom: 207
Blocpdb> 3 atoms in block 69
Block first atom: 212
Blocpdb> 3 atoms in block 70
Block first atom: 215
Blocpdb> 3 atoms in block 71
Block first atom: 218
Blocpdb> 3 atoms in block 72
Block first atom: 221
Blocpdb> 3 atoms in block 73
Block first atom: 224
Blocpdb> 3 atoms in block 74
Block first atom: 227
Blocpdb> 3 atoms in block 75
Block first atom: 230
Blocpdb> 3 atoms in block 76
Block first atom: 233
Blocpdb> 3 atoms in block 77
Block first atom: 236
Blocpdb> 3 atoms in block 78
Block first atom: 239
Blocpdb> 3 atoms in block 79
Block first atom: 242
Blocpdb> 3 atoms in block 80
Block first atom: 245
Blocpdb> 3 atoms in block 81
Block first atom: 248
Blocpdb> 3 atoms in block 82
Block first atom: 251
Blocpdb> 3 atoms in block 83
Block first atom: 254
Blocpdb> 3 atoms in block 84
Block first atom: 257
Blocpdb> 3 atoms in block 85
Block first atom: 260
Blocpdb> 3 atoms in block 86
Block first atom: 263
Blocpdb> 3 atoms in block 87
Block first atom: 266
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 88 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 270th, in residue A 285
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 5 atoms in block 88
Block first atom: 269
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 89 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 274th, in residue A 290
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 89 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 275th, in residue A 298
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 5 atoms in block 89
Block first atom: 274
Blocpdb> 3 atoms in block 90
Block first atom: 279
Blocpdb> 3 atoms in block 91
Block first atom: 282
Blocpdb> 3 atoms in block 92
Block first atom: 285
Blocpdb> 3 atoms in block 93
Block first atom: 288
Blocpdb> 3 atoms in block 94
Block first atom: 291
Blocpdb> 3 atoms in block 95
Block first atom: 294
Blocpdb> 3 atoms in block 96
Block first atom: 297
Blocpdb> 3 atoms in block 97
Block first atom: 300
Blocpdb> 3 atoms in block 98
Block first atom: 303
Blocpdb> 3 atoms in block 99
Block first atom: 306
Blocpdb> 3 atoms in block 100
Block first atom: 309
Blocpdb> 3 atoms in block 101
Block first atom: 312
Blocpdb> 3 atoms in block 102
Block first atom: 315
Blocpdb> 3 atoms in block 103
Block first atom: 318
Blocpdb> 3 atoms in block 104
Block first atom: 321
Blocpdb> 3 atoms in block 105
Block first atom: 324
Blocpdb> 3 atoms in block 106
Block first atom: 327
Blocpdb> 3 atoms in block 107
Block first atom: 330
Blocpdb> 3 atoms in block 108
Block first atom: 333
Blocpdb> 3 atoms in block 109
Block first atom: 336
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 110 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 339th, in residue A 365
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 110 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 340th, in residue A 367
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 5 atoms in block 110
Block first atom: 339
Blocpdb> 3 atoms in block 111
Block first atom: 344
Blocpdb> 3 atoms in block 112
Block first atom: 347
Blocpdb> 3 atoms in block 113
Block first atom: 350
Blocpdb> 3 atoms in block 114
Block first atom: 353
Blocpdb> 3 atoms in block 115
Block first atom: 356
Blocpdb> 3 atoms in block 116
Block first atom: 359
Blocpdb> 3 atoms in block 117
Block first atom: 362
Blocpdb> 3 atoms in block 118
Block first atom: 365
Blocpdb> 3 atoms in block 119
Block first atom: 368
Blocpdb> 3 atoms in block 120
Block first atom: 371
Blocpdb> 3 atoms in block 121
Block first atom: 374
Blocpdb> 3 atoms in block 122
Block first atom: 377
Blocpdb> 3 atoms in block 123
Block first atom: 380
Blocpdb> 3 atoms in block 124
Block first atom: 383
Blocpdb> 3 atoms in block 125
Block first atom: 386
Blocpdb> 3 atoms in block 126
Block first atom: 389
Blocpdb> 3 atoms in block 127
Block first atom: 392
Blocpdb> 3 atoms in block 128
Block first atom: 395
Blocpdb> 3 atoms in block 129
Block first atom: 397
Blocpdb> 129 blocks.
Blocpdb> At most, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 3 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 19260 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1200
Prepmat> Matrix trace = 37180.0000
Prepmat> Last element read: 1200 1200 10.2037
Prepmat> 8386 lines saved.
Prepmat> 7800 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 400
RTB> Total mass = 400.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 400
RTB> Number of blocks = 129
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 20384.0777
RTB> 19125 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 774
Diagstd> Nb of non-zero elements: 19125
Diagstd> Projected matrix trace = 20384.0777
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 774 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 20384.0777
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 19 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
%Diagstd-Wn> Six expected. Parts of the structure interact too little ?
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0007555
0.0047553 0.0169564 0.0219066 0.0833874 0.1011592
0.1143893 0.1272733 0.1387533 0.1508883 0.1588383
0.2093737 0.2107279 0.2574151 0.2789804 0.3343951
0.3719896 0.3973198 0.4093920 0.4217999 0.5010816
0.5223660 0.5476517 0.5723558 0.5789893 0.5978469
0.5998219 0.6073019 0.6808477 0.7080937 0.7465897
0.7784686 0.7880502 0.8624106 0.8933441 0.9024434
0.9945946 1.0206720 1.0492869 1.0638224 1.1088916
1.1147798 1.1437232 1.1823217 1.1909984 1.2815412
1.2825933 1.3303798 1.3835882 1.4199932 1.4537383
1.5294610 1.5448480 1.5789436 1.5974667 1.6751776
1.6949875 1.7384340 1.7794707 1.8593931 1.8836594
1.9028041 1.9146270 1.9671240 2.0002772 2.0158378
2.0626807 2.0919607 2.1692993 2.2601194 2.2655895
2.3126533 2.3428090 2.3886526 2.4379774 2.4474135
2.4868928 2.5390169 2.6040572 2.6247892 2.6764500
2.6896644 2.7756200 2.8192707 2.8485297 2.8877044
2.9167144
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034335 0.0034338 0.0034338 0.0034339
0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034339
0.0034339 0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034340 2.9847320
7.4883327 14.1404276 16.0724851 31.3577845 34.5380605
36.7272121 38.7403798 40.4498452 42.1815977 43.2785684
49.6885508 49.8489837 55.0950174 57.3564301 62.7950218
66.2309062 68.4487267 69.4808240 70.5258846 76.8686987
78.4842902 80.3614024 82.1539284 82.6286330 83.9634508
84.1020203 84.6247878 89.6025282 91.3777912 93.8288270
95.8111014 96.3989306 100.8445251 102.6371684 103.1585608
108.2974733 109.7080230 111.2352399 112.0030516 114.3509642
114.6541644 116.1330271 118.0764024 118.5088720 122.9310451
122.9814955 125.2515480 127.7317050 129.4012335 130.9297685
134.2964364 134.9702820 136.4515842 137.2496325 140.5483359
141.3769255 143.1773724 144.8574047 148.0747072 149.0378125
149.7932768 150.2579203 152.3039450 153.5820188 154.1782364
155.9593019 157.0623305 159.9392362 163.2529249 163.4503625
165.1393397 166.2125162 167.8308422 169.5548110 169.8826234
171.2473309 173.0326582 175.2348725 175.9310497 177.6539429
178.0919662 180.9152941 182.3323246 183.2760247 184.5319838
185.4565734
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 400
Rtb_to_modes> Number of blocs = 129
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.776
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.819
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.849
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.888
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.917
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 774 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99995 1.00002 1.00001 0.99998 1.00005
1.00000 1.00002 0.99996 0.99997 1.00000
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99997 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99998
1.00001 1.00005 0.99998 0.99999 0.99999
1.00000 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
1.00002 0.99997 1.00001 0.99996 1.00000
1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
0.99997 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999
1.00002 1.00001 0.99997 1.00002 1.00001
1.00003 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 0.99997 1.00000 0.99999 0.99997
0.99998 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002
1.00003 1.00002 1.00001 0.99997 0.99998
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 7200 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99995 1.00002 1.00001 0.99998 1.00005
1.00000 1.00002 0.99996 0.99997 1.00000
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00003 1.00004
1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99997 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99998
1.00001 1.00005 0.99998 0.99999 0.99999
1.00000 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
1.00002 0.99997 1.00001 0.99996 1.00000
1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
0.99997 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999
1.00002 1.00001 0.99997 1.00002 1.00001
1.00003 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 0.99997 1.00000 0.99999 0.99997
0.99998 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002
1.00003 1.00002 1.00001 0.99997 0.99998
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604261319462446670.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604261319462446670.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604261319462446670.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604261319462446670.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 400
First residue number = 1
Last residue number = 429
Number of atoms found = 400
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9925E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1012
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1144
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1273
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1388
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1509
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1588
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2094
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2107
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2574
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2790
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3344
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3720
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3973
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4094
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4218
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5477
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5724
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5790
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5978
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5998
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6073
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6808
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7081
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7466
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7785
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7881
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8624
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9024
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9946
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.260
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.266
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.313
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.343
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.389
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.438
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.447
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.487
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.539
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.604
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.625
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.676
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.690
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.776
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.819
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.849
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.888
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.917
Bfactors> 106 vectors, 1200 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 19 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000755
Bfactors> 87 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.072 for 400 C-alpha atoms.
Bfactors> = 69.149 +/- 796.72
Bfactors> = 19.268 +/- 6.95
Bfactors> Shiftng-fct= -49.881
Bfactors> Scaling-fct= 0.009
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604261319462446670.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604261319462446670.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.985
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.488
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 14.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.73
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.74
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.45
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.18
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 43.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 95.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 148.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 153.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.5
Chkmod> 106 vectors, 1200 coordinates in file.
Chkmod> That is: 400 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 4 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 5 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 42 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 59 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.0095
0.0034 0.0913
0.0034 0.1332
0.0034 0.1290
0.0034 0.0852
0.0034 0.0758
0.0034 0.0079
0.0034 0.1640
0.0034 0.1996
0.0034 0.6059
0.0034 0.1864
0.0034 0.1504
0.0034 0.1749
0.0034 0.2541
0.0034 0.3516
0.0034 0.6565
0.0034 0.2354
0.0034 0.3776
0.0034 0.0790
2.9846 0.0053
7.4880 0.0343
14.1396 0.0627
16.0719 0.0611
31.3564 0.3379
34.5435 0.3656
36.7274 0.0935
38.7428 0.0565
40.4549 0.5380
42.1814 0.2041
43.2715 0.1627
49.6895 0.5310
49.8435 0.4123
55.0910 0.5596
57.3560 0.2700
62.7928 0.4669
66.2290 0.6208
68.4441 0.3416
69.4785 0.0494
70.5229 0.4748
76.8668 0.2991
78.4835 0.3827
80.3615 0.2771
82.1536 0.0652
82.6258 0.2851
83.9566 0.1068
84.0969 0.4630
84.6210 0.3991
89.5955 0.4407
91.3743 0.4152
93.8254 0.4345
95.8089 0.3511
96.3978 0.4135
100.8396 0.3368
102.6302 0.3643
103.1517 0.4363
108.2931 0.4283
109.7209 0.4863
111.2153 0.5040
112.0076 0.3484
114.3516 0.4832
114.6606 0.2135
116.1421 0.4638
118.0553 0.4425
118.5039 0.4776
122.9478 0.4321
122.9957 0.6352
125.2283 0.4244
127.7452 0.2952
129.3960 0.2233
130.9359 0.3794
134.2704 0.3812
134.9711 0.3981
136.4482 0.4926
137.2237 0.3930
140.5349 0.5217
141.3714 0.4207
143.1534 0.3917
144.8320 0.4703
148.0527 0.3698
149.0449 0.3580
149.7946 0.4531
150.2661 0.4652
152.2926 0.5026
153.5648 0.4351
154.1778 0.4303
155.9647 0.5016
157.0571 0.3959
159.9213 0.4370
163.2416 0.4647
163.4582 0.4054
165.1446 0.5192
166.2122 0.5733
167.8358 0.4107
169.5483 0.2284
169.8610 0.4849
171.2437 0.4626
173.0247 0.4275
175.2254 0.5609
175.9306 0.4689
177.6314 0.1007
178.0954 0.3903
180.9199 0.4696
182.3157 0.4128
183.2833 0.5559
184.5335 0.5599
185.4577 0.5444
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604261319462446670.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604261319462446670.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604261319462446670.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604261319462446670.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604261319462446670.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604261319462446670.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.985
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.488
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 14.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 43.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 95.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 148.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 153.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.5
Projmod> 106 vectors, 1200 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 400
First residue number = 1
Last residue number = 429
Number of atoms found = 400
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 400
First residue number = 1
Last residue number = 429
Number of atoms found = 400
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 400 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 2.32
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.019 Sum= 0.000 q= -0.8912
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.067 Sum= 0.005 q= -3.1355
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.166 Sum= 0.033 q= 7.7317
%Projmod-Wn> Eigenvector 4 Norm= 0.9998
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.047 Sum= 0.035 q= 2.1838
%Projmod-Wn> Eigenvector 5 Norm= 1.0001
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.143 Sum= 0.055 q= 6.6336
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.172 Sum= 0.085 q= -7.9989
Vector: 7 F= 0.00 Cos= -0.070 Sum= 0.090 q= -3.2516
Vector: 8 F= 0.00 Cos= -0.025 Sum= 0.090 q= -1.1496
Vector: 9 F= 0.00 Cos= -0.090 Sum= 0.098 q= -4.1678
Vector: 10 F= 0.00 Cos= 0.156 Sum= 0.123 q= 7.2488
Vector: 11 F= 0.00 Cos= -0.086 Sum= 0.130 q= -3.9798
Vector: 12 F= 0.00 Cos= 0.094 Sum= 0.139 q= 4.3629
Vector: 13 F= 0.00 Cos= 0.035 Sum= 0.140 q= 1.6162
Vector: 14 F= 0.00 Cos= 0.037 Sum= 0.141 q= 1.6986
Vector: 15 F= 0.00 Cos= 0.091 Sum= 0.150 q= 4.2275
Vector: 16 F= 0.00 Cos= 0.136 Sum= 0.168 q= 6.2993
Vector: 17 F= 0.00 Cos= 0.090 Sum= 0.176 q= 4.1897
Vector: 18 F= 0.00 Cos= -0.139 Sum= 0.195 q= -6.4392
Vector: 19 F= 0.00 Cos= -0.069 Sum= 0.200 q= -3.1865
Vector: 20 F= 2.98 Cos= 0.137 Sum= 0.219 q= 6.3770
Vector: 21 F= 7.49 Cos= 0.026 Sum= 0.220 q= 1.2122
Vector: 22 F= 14.14 Cos= -0.094 Sum= 0.229 q= -4.3709
Vector: 23 F= 16.07 Cos= 0.073 Sum= 0.234 q= 3.4047
Vector: 24 F= 31.36 Cos= 0.530 Sum= 0.515 q= 24.6124
Vector: 25 F= 34.54 Cos= -0.067 Sum= 0.519 q= -3.1011
Vector: 26 F= 36.73 Cos= -0.242 Sum= 0.578 q= -11.2567
Vector: 27 F= 38.74 Cos= -0.031 Sum= 0.579 q= -1.4380
Vector: 28 F= 40.45 Cos= -0.150 Sum= 0.601 q= -6.9803
Vector: 29 F= 42.18 Cos= -0.026 Sum= 0.602 q= -1.1853
Vector: 30 F= 43.27 Cos= 0.068 Sum= 0.606 q= 3.1409
Vector: 31 F= 49.69 Cos= -0.025 Sum= 0.607 q= -1.1790
Vector: 32 F= 49.84 Cos= 0.077 Sum= 0.613 q= 3.5914
Vector: 33 F= 55.09 Cos= -0.110 Sum= 0.625 q= -5.1128
Vector: 34 F= 57.36 Cos= 0.077 Sum= 0.631 q= 3.5595
Vector: 35 F= 62.79 Cos= -0.018 Sum= 0.631 q= -0.8265
Vector: 36 F= 66.23 Cos= 0.015 Sum= 0.632 q= 0.6847
Vector: 37 F= 68.44 Cos= 0.135 Sum= 0.650 q= 6.2586
Vector: 38 F= 69.48 Cos= -0.027 Sum= 0.650 q= -1.2468
Vector: 39 F= 70.52 Cos= -0.103 Sum= 0.661 q= -4.7813
Vector: 40 F= 76.87 Cos= 0.053 Sum= 0.664 q= 2.4833
Vector: 41 F= 78.48 Cos= 0.082 Sum= 0.671 q= 3.7945
%Projmod-Wn> Eigenvector 42 Norm= 1.0001
Vector: 42 F= 80.36 Cos= -0.017 Sum= 0.671 q= -0.8019
Vector: 43 F= 82.15 Cos= 0.006 Sum= 0.671 q= 0.2639
Vector: 44 F= 82.63 Cos= -0.034 Sum= 0.672 q= -1.5964
Vector: 45 F= 83.96 Cos= 0.008 Sum= 0.672 q= 0.3812
Vector: 46 F= 84.10 Cos= 0.008 Sum= 0.672 q= 0.3862
Vector: 47 F= 84.62 Cos= 0.048 Sum= 0.674 q= 2.2227
Vector: 48 F= 89.60 Cos= 0.016 Sum= 0.675 q= 0.7211
Vector: 49 F= 91.37 Cos= 0.060 Sum= 0.678 q= 2.7706
Vector: 50 F= 93.83 Cos= 0.111 Sum= 0.691 q= 5.1534
Vector: 51 F= 95.81 Cos= -0.105 Sum= 0.702 q= -4.8624
Vector: 52 F= 96.40 Cos= -0.056 Sum= 0.705 q= -2.6090
Vector: 53 F= 100.84 Cos= -0.037 Sum= 0.706 q= -1.7113
Vector: 54 F= 102.63 Cos= -0.035 Sum= 0.707 q= -1.6278
Vector: 55 F= 103.15 Cos= -0.014 Sum= 0.707 q= -0.6689
Vector: 56 F= 108.29 Cos= -0.046 Sum= 0.710 q= -2.1211
Vector: 57 F= 109.72 Cos= 0.017 Sum= 0.710 q= 0.8004
Vector: 58 F= 111.22 Cos= 0.029 Sum= 0.711 q= 1.3279
%Projmod-Wn> Eigenvector 59 Norm= 0.9999
Vector: 59 F= 112.01 Cos= -0.019 Sum= 0.711 q= -0.8940
Vector: 60 F= 114.35 Cos= 0.030 Sum= 0.712 q= 1.3972
Vector: 61 F= 114.66 Cos= -0.049 Sum= 0.714 q= -2.2815
Vector: 62 F= 116.14 Cos= -0.061 Sum= 0.718 q= -2.8258
Vector: 63 F= 118.06 Cos= 0.022 Sum= 0.719 q= 1.0452
Vector: 64 F= 118.50 Cos= -0.046 Sum= 0.721 q= -2.1305
Vector: 65 F= 122.95 Cos= -0.043 Sum= 0.723 q= -1.9969
Vector: 66 F= 123.00 Cos= 0.109 Sum= 0.734 q= 5.0825
Vector: 67 F= 125.23 Cos= -0.083 Sum= 0.741 q= -3.8606
Vector: 68 F= 127.75 Cos= 0.048 Sum= 0.744 q= 2.2379
Vector: 69 F= 129.40 Cos= 0.059 Sum= 0.747 q= 2.7260
Vector: 70 F= 130.94 Cos= 0.043 Sum= 0.749 q= 1.9768
Vector: 71 F= 134.27 Cos= -0.029 Sum= 0.750 q= -1.3314
Vector: 72 F= 134.97 Cos= 0.105 Sum= 0.761 q= 4.8667
Vector: 73 F= 136.45 Cos= 0.000 Sum= 0.761 q= 0.0093
Vector: 74 F= 137.22 Cos= -0.042 Sum= 0.763 q= -1.9569
Vector: 75 F= 140.53 Cos= 0.026 Sum= 0.763 q= 1.1908
Vector: 76 F= 141.37 Cos= -0.045 Sum= 0.765 q= -2.0837
Vector: 77 F= 143.15 Cos= -0.131 Sum= 0.782 q= -6.1013
Vector: 78 F= 144.83 Cos= -0.056 Sum= 0.786 q= -2.6106
Vector: 79 F= 148.05 Cos= -0.041 Sum= 0.787 q= -1.9247
Vector: 80 F= 149.04 Cos= 0.064 Sum= 0.791 q= 2.9716
Vector: 81 F= 149.79 Cos= -0.030 Sum= 0.792 q= -1.3995
Vector: 82 F= 150.27 Cos= -0.024 Sum= 0.793 q= -1.1041
Vector: 83 F= 152.29 Cos= -0.034 Sum= 0.794 q= -1.5769
Vector: 84 F= 153.56 Cos= -0.047 Sum= 0.796 q= -2.1688
Vector: 85 F= 154.18 Cos= -0.013 Sum= 0.796 q= -0.6263
Vector: 86 F= 155.96 Cos= 0.017 Sum= 0.797 q= 0.7756
Vector: 87 F= 157.06 Cos= 0.023 Sum= 0.797 q= 1.0703
Vector: 88 F= 159.92 Cos= 0.061 Sum= 0.801 q= 2.8330
Vector: 89 F= 163.24 Cos= 0.003 Sum= 0.801 q= 0.1481
Vector: 90 F= 163.46 Cos= 0.069 Sum= 0.806 q= 3.2200
Vector: 91 F= 165.14 Cos= -0.056 Sum= 0.809 q= -2.5820
Vector: 92 F= 166.21 Cos= 0.035 Sum= 0.810 q= 1.6140
Vector: 93 F= 167.84 Cos= 0.008 Sum= 0.810 q= 0.3875
Vector: 94 F= 169.55 Cos= 0.009 Sum= 0.810 q= 0.4412
Vector: 95 F= 169.86 Cos= 0.012 Sum= 0.810 q= 0.5446
Vector: 96 F= 171.24 Cos= 0.018 Sum= 0.811 q= 0.8386
Vector: 97 F= 173.02 Cos= 0.033 Sum= 0.812 q= 1.5216
Vector: 98 F= 175.23 Cos= 0.051 Sum= 0.814 q= 2.3734
Vector: 99 F= 175.93 Cos= 0.040 Sum= 0.816 q= 1.8656
Vector: 100 F= 177.63 Cos= -0.017 Sum= 0.816 q= -0.7781
Vector: 101 F= 178.10 Cos= 0.003 Sum= 0.816 q= 0.1400
Vector: 102 F= 180.92 Cos= 0.012 Sum= 0.816 q= 0.5492
Vector: 103 F= 182.32 Cos= 0.017 Sum= 0.817 q= 0.7737
Vector: 104 F= 183.28 Cos= 0.012 Sum= 0.817 q= 0.5634
Vector: 105 F= 184.53 Cos= -0.023 Sum= 0.817 q= -1.0914
Vector: 106 F= 185.46 Cos= -0.016 Sum= 0.818 q= -0.7243
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 19 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 2.984614
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.53 for mode 24 with F= 31.36 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.281 0.369 0.444 0.502 0.556 0.818
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 7 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
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2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=12
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2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-20 400 2.400 348 1.277
MODEL 2 MODE=7 DQ=-16 400 2.339 349 1.282
MODEL 3 MODE=7 DQ=-12 400 2.294 350 1.283
MODEL 4 MODE=7 DQ=-8 400 2.264 351 1.285
MODEL 5 MODE=7 DQ=-4 400 2.252 352 1.285
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=7 DQ=4 400 2.278 355 1.287
MODEL 8 MODE=7 DQ=8 400 2.316 355 1.284
MODEL 9 MODE=7 DQ=12 400 2.370 356 1.287
MODEL 10 MODE=7 DQ=16 400 2.439 355 1.287
MODEL 11 MODE=7 DQ=20 400 2.521 356 1.297
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 8 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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2604261319462446670.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-20 400 2.454 347 1.268
MODEL 2 MODE=8 DQ=-16 400 2.388 348 1.266
MODEL 3 MODE=8 DQ=-12 400 2.334 350 1.273
MODEL 4 MODE=8 DQ=-8 400 2.294 352 1.284
MODEL 5 MODE=8 DQ=-4 400 2.268 354 1.290
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=8 DQ=4 400 2.260 353 1.284
MODEL 8 MODE=8 DQ=8 400 2.278 353 1.296
MODEL 9 MODE=8 DQ=12 400 2.311 351 1.297
MODEL 10 MODE=8 DQ=16 400 2.357 348 1.295
MODEL 11 MODE=8 DQ=20 400 2.417 344 1.262
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 9 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-20
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2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=8
2604261319462446670.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=12
2604261319462446670.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2604261319462446670.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-20 400 2.270 359 1.270
MODEL 2 MODE=9 DQ=-16 400 2.246 359 1.272
MODEL 3 MODE=9 DQ=-12 400 2.233 359 1.269
MODEL 4 MODE=9 DQ=-8 400 2.230 359 1.275
MODEL 5 MODE=9 DQ=-4 400 2.238 356 1.280
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=9 DQ=4 400 2.285 348 1.273
MODEL 8 MODE=9 DQ=8 400 2.323 345 1.260
MODEL 9 MODE=9 DQ=12 400 2.370 343 1.236
MODEL 10 MODE=9 DQ=16 400 2.427 343 1.241
MODEL 11 MODE=9 DQ=20 400 2.491 341 1.223
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 10 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-20
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2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
making animated gifs
11 models are in 2604261319462446670.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-20 400 2.397 346 1.256
MODEL 2 MODE=10 DQ=-16 400 2.356 348 1.274
MODEL 3 MODE=10 DQ=-12 400 2.321 351 1.289
MODEL 4 MODE=10 DQ=-8 400 2.293 352 1.288
MODEL 5 MODE=10 DQ=-4 400 2.271 351 1.280
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=10 DQ=4 400 2.248 356 1.288
MODEL 8 MODE=10 DQ=8 400 2.247 357 1.288
MODEL 9 MODE=10 DQ=12 400 2.253 356 1.284
MODEL 10 MODE=10 DQ=16 400 2.266 354 1.280
MODEL 11 MODE=10 DQ=20 400 2.286 353 1.284
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 11 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-4
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2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=4
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calculating perturbed structure for DQ=8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=12
2604261319462446670.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=16
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-20 400 2.275 355 1.290
MODEL 2 MODE=11 DQ=-16 400 2.248 358 1.299
MODEL 3 MODE=11 DQ=-12 400 2.233 359 1.299
MODEL 4 MODE=11 DQ=-8 400 2.229 362 1.310
MODEL 5 MODE=11 DQ=-4 400 2.237 356 1.295
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=11 DQ=4 400 2.287 350 1.279
MODEL 8 MODE=11 DQ=8 400 2.327 345 1.248
MODEL 9 MODE=11 DQ=12 400 2.378 344 1.238
MODEL 10 MODE=11 DQ=16 400 2.439 344 1.245
MODEL 11 MODE=11 DQ=20 400 2.508 342 1.235
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 12 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
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2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.atom
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.12.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=12 DQ=-20 400 2.458 342 1.237
MODEL 2 MODE=12 DQ=-16 400 2.399 344 1.257
MODEL 3 MODE=12 DQ=-12 400 2.348 346 1.263
MODEL 4 MODE=12 DQ=-8 400 2.307 348 1.276
MODEL 5 MODE=12 DQ=-4 400 2.277 351 1.166
MODEL 6 MODE=12 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=12 DQ=4 400 2.247 356 1.291
MODEL 8 MODE=12 DQ=8 400 2.248 355 1.275
MODEL 9 MODE=12 DQ=12 400 2.261 357 1.277
MODEL 10 MODE=12 DQ=16 400 2.284 356 1.270
MODEL 11 MODE=12 DQ=20 400 2.317 355 1.264
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 13 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-4
2604261319462446670.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=8
2604261319462446670.eigenfacs
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2604261319462446670.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=16
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.13.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.13.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=13 DQ=-20 400 2.429 348 1.275
MODEL 2 MODE=13 DQ=-16 400 2.374 349 1.281
MODEL 3 MODE=13 DQ=-12 400 2.329 349 1.276
MODEL 4 MODE=13 DQ=-8 400 2.294 350 1.277
MODEL 5 MODE=13 DQ=-4 400 2.270 353 1.286
MODEL 6 MODE=13 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=13 DQ=4 400 2.254 356 1.287
MODEL 8 MODE=13 DQ=8 400 2.262 358 1.286
MODEL 9 MODE=13 DQ=12 400 2.282 357 1.278
MODEL 10 MODE=13 DQ=16 400 2.312 356 1.271
MODEL 11 MODE=13 DQ=20 400 2.352 356 1.274
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 14 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
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2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.eigenfacs
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2604261319462446670.atom
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2604261319462446670.atom
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11 models are in 2604261319462446670.14.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2604261319462446670.14.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.14.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=14 DQ=-20 400 2.417 349 1.281
MODEL 2 MODE=14 DQ=-16 400 2.367 350 1.283
MODEL 3 MODE=14 DQ=-12 400 2.325 352 1.292
MODEL 4 MODE=14 DQ=-8 400 2.292 353 1.294
MODEL 5 MODE=14 DQ=-4 400 2.269 353 1.290
MODEL 6 MODE=14 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=14 DQ=4 400 2.253 355 1.285
MODEL 8 MODE=14 DQ=8 400 2.261 354 1.276
MODEL 9 MODE=14 DQ=12 400 2.278 354 1.275
MODEL 10 MODE=14 DQ=16 400 2.305 354 1.279
MODEL 11 MODE=14 DQ=20 400 2.342 354 1.289
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 15 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
making animated gifs
11 models are in 2604261319462446670.15.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.15.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.15.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=15 DQ=-20 400 2.409 348 1.274
MODEL 2 MODE=15 DQ=-16 400 2.362 349 1.279
MODEL 3 MODE=15 DQ=-12 400 2.324 350 1.285
MODEL 4 MODE=15 DQ=-8 400 2.293 352 1.291
MODEL 5 MODE=15 DQ=-4 400 2.270 354 1.299
MODEL 6 MODE=15 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=15 DQ=4 400 2.251 354 1.279
MODEL 8 MODE=15 DQ=8 400 2.254 354 1.274
MODEL 9 MODE=15 DQ=12 400 2.266 354 1.283
MODEL 10 MODE=15 DQ=16 400 2.286 352 1.282
MODEL 11 MODE=15 DQ=20 400 2.315 350 1.283
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2604261319462446670 16 -20 20 4 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=-4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=4
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=8
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=12
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=16
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604261319462446670.eigenfacs
2604261319462446670.atom
making animated gifs
11 models are in 2604261319462446670.16.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.16.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604261319462446670.16.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=16 DQ=-20 400 2.359 348 1.267
MODEL 2 MODE=16 DQ=-16 400 2.332 350 1.274
MODEL 3 MODE=16 DQ=-12 400 2.308 352 1.286
MODEL 4 MODE=16 DQ=-8 400 2.287 352 1.282
MODEL 5 MODE=16 DQ=-4 400 2.270 353 1.285
MODEL 6 MODE=16 DQ=0 400 2.256 355 1.293
MODEL 7 MODE=16 DQ=4 400 2.246 355 1.288
MODEL 8 MODE=16 DQ=8 400 2.240 354 1.277
MODEL 9 MODE=16 DQ=12 400 2.238 356 1.279
MODEL 10 MODE=16 DQ=16 400 2.239 357 1.278
MODEL 11 MODE=16 DQ=20 400 2.244 358 1.281
2604261319462446670.10.pdb
2604261319462446670.11.pdb
2604261319462446670.12.pdb
2604261319462446670.13.pdb
2604261319462446670.14.pdb
2604261319462446670.15.pdb
2604261319462446670.16.pdb
2604261319462446670.7.pdb
2604261319462446670.8.pdb
2604261319462446670.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.239s
user 0m6.209s
sys 0m0.019s
rm: cannot remove '2604261319462446670.sdijf': No such file or directory
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