*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604262035212519982.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604262035212519982.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604262035212519982.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 5.149503 +/- 10.990167 From: -17.510000 To: 28.414000
= 14.472075 +/- 9.064471 From: -5.996000 To: 34.682000
= 24.620500 +/- 14.867370 From: -6.251000 To: 56.898000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.2233 % Filled.
Pdbmat> 20307 non-zero elements.
Pdbmat> 2007 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 10.73 +/- 3.21
Maximum number = 18
Minimum number = 3
Pdbmat> Matrix trace = 40140.0
Pdbmat> Larger element = 78.8778
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
374 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604262035212519982.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604262035212519982.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604262035212519982.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 374 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 374 residues.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 1 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2th, in residue A 2
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 1
Block first atom: 1
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 2 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 6th, in residue A 6
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 2
Block first atom: 5
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 3 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 10th, in residue A 10
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 3
Block first atom: 9
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 4 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 14th, in residue A 14
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 4
Block first atom: 13
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 5 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 18th, in residue A 18
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 17
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 6 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 22th, in residue A 22
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 6
Block first atom: 21
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 7 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 26th, in residue A 26
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 25
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 8 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 30th, in residue A 30
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 8
Block first atom: 29
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 9 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 34th, in residue A 34
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 9
Block first atom: 33
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 10 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 38th, in residue A 38
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 10
Block first atom: 37
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 11 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 42th, in residue A 42
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 41
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 12 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 46th, in residue A 46
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 12
Block first atom: 45
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 13 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 50th, in residue A 50
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 13
Block first atom: 49
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 14 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 54th, in residue A 54
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 14
Block first atom: 53
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 15 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 58th, in residue A 58
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 15
Block first atom: 57
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 16 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 62th, in residue A 62
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 61
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 17 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 66th, in residue A 66
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 65
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 18 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 70th, in residue A 70
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 18
Block first atom: 69
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 19 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 74th, in residue A 74
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 19
Block first atom: 73
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 20 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 78th, in residue A 78
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 20
Block first atom: 77
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 21 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 82th, in residue A 82
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 81
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 22 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 86th, in residue A 86
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 22
Block first atom: 85
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 23 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 90th, in residue A 90
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 89
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 24 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 94th, in residue A 94
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 24
Block first atom: 93
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 25 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 98th, in residue A 98
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 25
Block first atom: 97
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 26 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 102th, in residue A 102
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 101
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 27 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 106th, in residue A 106
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 105
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 28 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 110th, in residue A 110
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 28
Block first atom: 109
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 29 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 114th, in residue A 114
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 29
Block first atom: 113
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 30 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 118th, in residue A 118
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 30
Block first atom: 117
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 31 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 122th, in residue A 122
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 31
Block first atom: 121
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 32 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 126th, in residue A 126
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 32
Block first atom: 125
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 33 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 130th, in residue A 130
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 129
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 34 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 134th, in residue A 134
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 34
Block first atom: 133
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 35 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 138th, in residue A 138
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 35
Block first atom: 137
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 36 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 142th, in residue A 142
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 36
Block first atom: 141
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 37 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 146th, in residue A 146
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 37
Block first atom: 145
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 38 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 150th, in residue A 150
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 38
Block first atom: 149
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 39 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 154th, in residue A 154
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 39
Block first atom: 153
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 40 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 158th, in residue A 158
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 40
Block first atom: 157
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 41 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 162th, in residue A 162
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 41
Block first atom: 161
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 42 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 166th, in residue A 166
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 42
Block first atom: 165
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 43 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 170th, in residue A 170
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 169
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 44 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 174th, in residue A 174
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 44
Block first atom: 173
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 45 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 178th, in residue A 178
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 45
Block first atom: 177
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 46 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 182th, in residue A 182
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 46
Block first atom: 181
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 47 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 186th, in residue A 186
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 47
Block first atom: 185
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 48 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 190th, in residue A 190
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 48
Block first atom: 189
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 49 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 194th, in residue A 194
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 193
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 50 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 198th, in residue A 198
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 50
Block first atom: 197
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 51 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 202th, in residue A 202
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 51
Block first atom: 201
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 52 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 206th, in residue A 206
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 52
Block first atom: 205
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 53 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 210th, in residue A 210
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 53
Block first atom: 209
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 54 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 214th, in residue A 214
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 54
Block first atom: 213
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 55 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 218th, in residue A 218
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 55
Block first atom: 217
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 56 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 222th, in residue A 222
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 56
Block first atom: 221
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 57 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 226th, in residue A 226
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 57
Block first atom: 225
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 58 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 230th, in residue A 230
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 58
Block first atom: 229
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 59 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 234th, in residue A 234
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 59
Block first atom: 233
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 60 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 238th, in residue A 238
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 60
Block first atom: 237
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 61 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 242th, in residue A 242
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 61
Block first atom: 241
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 62 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 246th, in residue A 246
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 62
Block first atom: 245
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 63 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 250th, in residue A 250
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 63
Block first atom: 249
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 64 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 254th, in residue A 254
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 64
Block first atom: 253
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 65 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 258th, in residue A 258
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 65
Block first atom: 257
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 66 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 262th, in residue A 262
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 66
Block first atom: 261
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 67 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 266th, in residue A 266
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 67
Block first atom: 265
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 68 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 270th, in residue A 270
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 68
Block first atom: 269
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 69 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 274th, in residue A 274
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 69
Block first atom: 273
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 70 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 278th, in residue A 278
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 70
Block first atom: 277
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 71 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 282th, in residue A 282
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 71
Block first atom: 281
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 72 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 286th, in residue A 286
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 72
Block first atom: 285
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 73 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 290th, in residue A 290
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 73
Block first atom: 289
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 74 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 294th, in residue A 294
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 74
Block first atom: 293
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 75 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 298th, in residue A 298
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 75
Block first atom: 297
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 76 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 302th, in residue A 302
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 76
Block first atom: 301
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 77 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 306th, in residue A 306
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 77
Block first atom: 305
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 78 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 310th, in residue A 310
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 78
Block first atom: 309
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 79 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 314th, in residue A 314
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 79
Block first atom: 313
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 80 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 318th, in residue A 318
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 80
Block first atom: 317
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 81 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 322th, in residue A 322
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 81
Block first atom: 321
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 82 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 326th, in residue A 326
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 82
Block first atom: 325
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 83 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 330th, in residue A 330
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 83
Block first atom: 329
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 84 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 334th, in residue A 334
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 84
Block first atom: 333
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 85 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 338th, in residue A 338
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 85
Block first atom: 337
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 86 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 342th, in residue A 342
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 86
Block first atom: 341
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 87 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 346th, in residue A 346
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 87
Block first atom: 345
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 88 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 350th, in residue A 350
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 88
Block first atom: 349
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 89 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 354th, in residue A 354
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 89
Block first atom: 353
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 90 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 358th, in residue A 358
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 90
Block first atom: 357
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 91 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 362th, in residue A 362
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 91
Block first atom: 361
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 92 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 366th, in residue A 366
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 92
Block first atom: 365
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 93 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 370th, in residue A 370
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 93
Block first atom: 369
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 94 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 374th, in residue A 374
%Blocpdb-Wn> It is merged with last block.
Blocpdb> 93 blocks.
Blocpdb> At most, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 20400 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1122
Prepmat> Matrix trace = 40140.0000
Prepmat> Last element read: 1122 1122 26.9969
Prepmat> 4372 lines saved.
Prepmat> 3920 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 374
RTB> Total mass = 374.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 374
RTB> Number of blocks = 93
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 15804.0348
RTB> 14841 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 558
Diagstd> Nb of non-zero elements: 14841
Diagstd> Projected matrix trace = 15804.0348
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 558 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 15804.0348
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0680098 0.1184692 0.1451423 0.2358982
0.3421524 0.4368890 0.5365143 0.5777644 0.5938973
0.6422862 0.7361470 0.7506533 0.8135415 0.8405402
0.8996966 1.0204388 1.0241318 1.0910540 1.1528562
1.2124113 1.2467823 1.2682597 1.3359169 1.3674510
1.4039699 1.4991056 1.6004499 1.6838177 1.7289263
1.8341532 1.9116391 1.9615768 2.0652137 2.0924093
2.1107845 2.1596186 2.3355582 2.3659620 2.4395525
2.5513303 2.6075831 2.6578182 2.7472715 2.7830310
2.8209916 2.9649840 2.9946387 3.1407214 3.1649164
3.2175969 3.2492377 3.3745579 3.4909381 3.5324268
3.6036918 3.6417065 3.7262536 3.8545329 3.8616521
3.9103569 4.0435601 4.1088996 4.1938799 4.3063646
4.4047225 4.4554513 4.4998400 4.6945524 4.7324156
4.8477800 4.9063725 4.9405331 5.1084122 5.1450985
5.3624371 5.4022663 5.4215058 5.5248470 5.6417822
5.6551807 5.7638481 5.8054927 5.9706459 6.0360589
6.0587818 6.1316041 6.3527281 6.4246059 6.5821659
6.6791482 6.7306244 6.8241905 6.8701584 7.0263748
7.0759113 7.2362756 7.2404574 7.3872335 7.4108853
7.5147126
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034338 0.0034338 0.0034339 0.0034339 0.0034340
0.0034340 28.3192132 37.3764400 41.3706433 52.7421206
63.5192083 71.7762595 79.5400665 82.5411789 83.6856423
87.0281174 93.1703127 94.0838253 97.9456458 99.5576215
103.0014461 109.6954856 109.8938058 113.4275115 116.5957859
119.5694582 121.2524704 122.2923753 125.5119283 126.9846334
128.6690744 132.9570568 137.3777247 140.9103254 142.7853091
147.0662714 150.1406291 152.0890465 156.0550344 157.0791725
157.7673864 159.5819658 165.9551104 167.0318004 169.6095754
173.4517267 175.3534690 177.0345023 179.9890450 181.1566597
182.3879654 186.9848663 187.9176172 192.4464878 193.1863355
194.7875065 195.7429027 199.4820029 202.8926685 204.0947642
206.1432411 207.2276732 209.6194048 213.1970350 213.3938286
214.7353187 218.3620845 220.1192610 222.3838656 225.3464273
227.9053689 229.2139948 230.3529689 235.2839899 236.2309080
239.0929278 240.5334816 241.3693858 245.4359906 246.3157180
251.4643273 252.3964690 252.8455086 255.2439210 257.9309382
258.2370341 260.7063110 261.6464341 265.3419638 266.7915166
267.2932156 268.8947566 273.7003889 275.2444215 278.5990903
280.6440379 281.7234230 283.6748604 284.6286780 287.8464887
288.8593777 292.1143077 292.1987021 295.1455178 295.6176270
297.6812408
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 374
Rtb_to_modes> Number of blocs = 93
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.8010E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1185
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1451
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2359
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3422
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4369
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5365
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5778
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5939
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6423
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7361
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7507
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8135
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8405
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8997
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.020
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.024
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.091
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.153
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.247
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.268
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.336
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.367
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.404
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.499
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.600
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.684
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.729
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.834
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.912
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.962
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.065
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.092
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.111
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.160
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.336
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.366
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.440
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.551
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.608
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.658
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.747
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.783
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.821
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.965
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.995
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.141
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.165
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.218
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.249
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.375
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.491
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.532
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.604
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.642
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.726
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.855
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.862
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.910
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.044
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.109
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.194
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.306
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.405
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.455
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.500
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.695
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.732
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.848
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.906
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.941
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.108
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.145
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.362
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.402
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.422
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.525
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.642
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.655
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.764
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.805
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.971
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.036
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.059
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.132
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.353
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.425
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.582
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.679
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.731
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.824
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.870
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.026
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.076
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.236
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.240
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.387
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.411
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.515
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 558 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999
1.00002 0.99999 0.99997 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 0.99997 0.99999 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00003 1.00002
0.99998 0.99996 1.00000 1.00002 1.00001
1.00000 0.99998 0.99997 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00004
0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 0.99998 1.00000 0.99997 1.00002
0.99999 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
0.99997 1.00000 0.99998 1.00002 1.00001
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 0.99998 0.99997 0.99999
1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 0.99999
0.99998 0.99998 1.00000 0.99998 1.00001
0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 0.99996 1.00002 0.99998
1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 0.99999
0.99998 0.99998 0.99999 1.00003 1.00001
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 6732 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999
1.00002 0.99999 0.99997 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 0.99997 0.99999 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00003 1.00002
0.99998 0.99996 1.00000 1.00002 1.00001
1.00000 0.99998 0.99997 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00004
0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 0.99998 1.00000 0.99997 1.00002
0.99999 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
0.99997 1.00000 0.99998 1.00002 1.00001
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 0.99998 0.99997 0.99999
1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 0.99999
0.99998 0.99998 1.00000 0.99998 1.00001
0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 0.99996 1.00002 0.99998
1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 0.99999
0.99998 0.99998 0.99999 1.00003 1.00001
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604262035212519982.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262035212519982.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604262035212519982.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604262035212519982.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.8010E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1185
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1451
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2359
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3422
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4369
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5365
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5778
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5939
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6423
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7361
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7507
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8135
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8405
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8997
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.020
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.024
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.091
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.153
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.212
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.247
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.268
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.336
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.367
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.404
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.499
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.600
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.684
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.729
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.834
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.912
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.962
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.065
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.092
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.111
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.160
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.336
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.366
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.440
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.551
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.608
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.658
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.747
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.783
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.821
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.965
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.995
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.141
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.165
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.218
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.249
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.375
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.491
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.532
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.604
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.642
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.726
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.855
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.862
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.910
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.044
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.109
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.194
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.306
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.405
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.455
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.500
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.695
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.732
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.848
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.906
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.941
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.108
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.145
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.362
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.402
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.422
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.525
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.642
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.655
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.764
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.805
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.971
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.036
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.059
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.132
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.353
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.425
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.582
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.679
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.731
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.824
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.870
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.026
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.076
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.236
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.240
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.387
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.411
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.515
Bfactors> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.068010
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.360 for 374 C-alpha atoms.
Bfactors> = 3.400 +/- 8.36
Bfactors> = 20.968 +/- 5.38
Bfactors> Shiftng-fct= 17.568
Bfactors> Scaling-fct= 0.643
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604262035212519982.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262035212519982.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.7
Chkmod> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Chkmod> That is: 374 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 61 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 93 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7766
0.0034 0.7604
0.0034 0.9452
0.0034 0.9536
0.0034 0.7694
0.0034 0.8007
28.3180 0.0115
37.3797 0.6222
41.3628 0.6239
52.7401 0.6277
63.5209 0.0156
71.7741 0.4526
79.5356 0.6110
82.5402 0.7358
83.6822 0.4122
87.0253 0.3722
93.1633 0.4427
94.0827 0.2994
97.9389 0.2796
99.5510 0.2856
102.9972 0.2941
109.6672 0.2846
109.8820 0.5040
113.4198 0.3385
116.5981 0.3429
119.5440 0.4899
121.2578 0.4296
122.2746 0.3827
125.5104 0.3346
126.9582 0.3804
128.6649 0.5855
132.9467 0.4027
137.3525 0.4142
140.9119 0.4256
142.7822 0.2807
147.0538 0.3647
150.1484 0.4563
152.0989 0.4290
156.0403 0.4343
157.0571 0.4622
157.7687 0.5287
159.5892 0.5029
165.9637 0.5434
167.0260 0.4234
169.6178 0.5207
173.4331 0.4959
175.3600 0.3336
177.0330 0.4263
179.9724 0.3014
181.1479 0.3888
182.3804 0.3856
186.9773 0.4006
187.9209 0.5491
192.4468 0.4463
193.1806 0.4992
194.7913 0.5500
195.7273 0.5140
199.4865 0.3858
202.8858 0.5043
204.0737 0.3641
206.1432 0.3751
207.2271 0.4125
209.6033 0.3944
213.2008 0.4491
213.3943 0.3231
214.7163 0.5864
218.3646 0.5033
220.1125 0.5479
222.3775 0.5600
225.3272 0.4919
227.9028 0.4871
229.1925 0.5412
230.3472 0.5160
235.2851 0.5385
236.2104 0.3403
239.0881 0.5612
240.5140 0.5629
241.3704 0.5802
245.4156 0.4015
246.3028 0.5137
251.4433 0.5206
252.3794 0.5366
252.8462 0.5252
255.2365 0.4927
257.9248 0.5419
258.2218 0.4488
260.6986 0.5341
261.6241 0.5471
265.3384 0.4913
266.7788 0.5318
267.2866 0.6154
268.8919 0.5793
273.6945 0.5143
275.2410 0.5025
278.5836 0.5057
280.6289 0.4123
281.7192 0.5193
283.6587 0.4235
284.6132 0.4937
287.8265 0.4588
288.8488 0.4354
292.0962 0.4962
292.1769 0.4291
295.1282 0.4446
295.6072 0.5552
297.6742 0.6093
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604262035212519982.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262035212519982.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604262035212519982.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604262035212519982.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604262035212519982.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604262035212519982.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 94.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.7
Projmod> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 374 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 1.36
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0005
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0004
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0005
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0000
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0002
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0000
Vector: 7 F= 28.32 Cos= -0.047 Sum= 0.002 q= -1.2334
Vector: 8 F= 37.38 Cos= 0.531 Sum= 0.284 q= 14.0062
Vector: 9 F= 41.36 Cos= 0.528 Sum= 0.563 q= 13.9132
Vector: 10 F= 52.74 Cos= -0.210 Sum= 0.607 q= -5.5396
Vector: 11 F= 63.52 Cos= 0.167 Sum= 0.635 q= 4.3973
Vector: 12 F= 71.77 Cos= 0.088 Sum= 0.643 q= 2.3222
Vector: 13 F= 79.54 Cos= -0.011 Sum= 0.643 q= -0.2802
Vector: 14 F= 82.54 Cos= 0.113 Sum= 0.656 q= 2.9859
Vector: 15 F= 83.68 Cos= -0.023 Sum= 0.656 q= -0.6000
Vector: 16 F= 87.03 Cos= 0.031 Sum= 0.657 q= 0.8094
Vector: 17 F= 93.16 Cos= 0.057 Sum= 0.660 q= 1.5027
Vector: 18 F= 94.08 Cos= 0.015 Sum= 0.660 q= 0.3964
%Projmod-Wn> Eigenvector 19 Norm= 1.0001
Vector: 19 F= 97.94 Cos= 0.087 Sum= 0.668 q= 2.2911
Vector: 20 F= 99.55 Cos= -0.057 Sum= 0.671 q= -1.4934
Vector: 21 F= 103.00 Cos= 0.112 Sum= 0.684 q= 2.9511
Vector: 22 F= 109.67 Cos= -0.011 Sum= 0.684 q= -0.2815
Vector: 23 F= 109.88 Cos= -0.005 Sum= 0.684 q= -0.1234
Vector: 24 F= 113.42 Cos= 0.081 Sum= 0.691 q= 2.1480
Vector: 25 F= 116.60 Cos= 0.004 Sum= 0.691 q= 0.0958
Vector: 26 F= 119.54 Cos= -0.033 Sum= 0.692 q= -0.8728
Vector: 27 F= 121.26 Cos= 0.038 Sum= 0.693 q= 0.9977
Vector: 28 F= 122.27 Cos= -0.080 Sum= 0.699 q= -2.0966
Vector: 29 F= 125.51 Cos= 0.029 Sum= 0.700 q= 0.7596
Vector: 30 F= 126.96 Cos= 0.023 Sum= 0.701 q= 0.6147
Vector: 31 F= 128.66 Cos= 0.084 Sum= 0.708 q= 2.2211
Vector: 32 F= 132.95 Cos= -0.059 Sum= 0.711 q= -1.5446
Vector: 33 F= 137.35 Cos= 0.031 Sum= 0.712 q= 0.8146
Vector: 34 F= 140.91 Cos= -0.002 Sum= 0.712 q= -0.0520
Vector: 35 F= 142.78 Cos= -0.070 Sum= 0.717 q= -1.8426
Vector: 36 F= 147.05 Cos= 0.012 Sum= 0.717 q= 0.3195
Vector: 37 F= 150.15 Cos= 0.057 Sum= 0.721 q= 1.5029
Vector: 38 F= 152.10 Cos= -0.006 Sum= 0.721 q= -0.1660
Vector: 39 F= 156.04 Cos= -0.005 Sum= 0.721 q= -0.1444
Vector: 40 F= 157.06 Cos= 0.027 Sum= 0.721 q= 0.7004
Vector: 41 F= 157.77 Cos= 0.050 Sum= 0.724 q= 1.3260
Vector: 42 F= 159.59 Cos= -0.080 Sum= 0.730 q= -2.1137
Vector: 43 F= 165.96 Cos= 0.028 Sum= 0.731 q= 0.7365
Vector: 44 F= 167.03 Cos= 0.001 Sum= 0.731 q= 0.0192
Vector: 45 F= 169.62 Cos= -0.036 Sum= 0.732 q= -0.9450
Vector: 46 F= 173.43 Cos= -0.034 Sum= 0.733 q= -0.8854
Vector: 47 F= 175.36 Cos= 0.039 Sum= 0.735 q= 1.0334
Vector: 48 F= 177.03 Cos= -0.053 Sum= 0.738 q= -1.3848
Vector: 49 F= 179.97 Cos= 0.024 Sum= 0.738 q= 0.6342
Vector: 50 F= 181.15 Cos= 0.009 Sum= 0.738 q= 0.2390
Vector: 51 F= 182.38 Cos= -0.049 Sum= 0.741 q= -1.3002
Vector: 52 F= 186.98 Cos= 0.067 Sum= 0.745 q= 1.7577
Vector: 53 F= 187.92 Cos= 0.050 Sum= 0.748 q= 1.3156
Vector: 54 F= 192.45 Cos= 0.017 Sum= 0.748 q= 0.4558
Vector: 55 F= 193.18 Cos= 0.011 Sum= 0.748 q= 0.2977
Vector: 56 F= 194.79 Cos= -0.039 Sum= 0.750 q= -1.0371
Vector: 57 F= 195.73 Cos= 0.018 Sum= 0.750 q= 0.4833
Vector: 58 F= 199.49 Cos= -0.031 Sum= 0.751 q= -0.8186
Vector: 59 F= 202.89 Cos= 0.045 Sum= 0.753 q= 1.1907
Vector: 60 F= 204.07 Cos= -0.034 Sum= 0.754 q= -0.8915
%Projmod-Wn> Eigenvector 61 Norm= 0.9999
Vector: 61 F= 206.14 Cos= 0.017 Sum= 0.755 q= 0.4410
Vector: 62 F= 207.23 Cos= 0.001 Sum= 0.755 q= 0.0363
Vector: 63 F= 209.60 Cos= 0.013 Sum= 0.755 q= 0.3416
Vector: 64 F= 213.20 Cos= 0.028 Sum= 0.755 q= 0.7471
Vector: 65 F= 213.39 Cos= 0.003 Sum= 0.755 q= 0.0816
Vector: 66 F= 214.72 Cos= -0.031 Sum= 0.756 q= -0.8269
Vector: 67 F= 218.36 Cos= 0.000 Sum= 0.756 q= 0.0091
Vector: 68 F= 220.11 Cos= 0.005 Sum= 0.756 q= 0.1387
Vector: 69 F= 222.38 Cos= 0.004 Sum= 0.757 q= 0.0961
Vector: 70 F= 225.33 Cos= -0.009 Sum= 0.757 q= -0.2428
Vector: 71 F= 227.90 Cos= 0.018 Sum= 0.757 q= 0.4738
Vector: 72 F= 229.19 Cos= 0.043 Sum= 0.759 q= 1.1309
Vector: 73 F= 230.35 Cos= -0.019 Sum= 0.759 q= -0.5138
Vector: 74 F= 235.29 Cos= -0.028 Sum= 0.760 q= -0.7398
Vector: 75 F= 236.21 Cos= 0.016 Sum= 0.760 q= 0.4190
Vector: 76 F= 239.09 Cos= -0.087 Sum= 0.768 q= -2.2895
Vector: 77 F= 240.51 Cos= -0.029 Sum= 0.769 q= -0.7520
Vector: 78 F= 241.37 Cos= -0.019 Sum= 0.769 q= -0.5117
Vector: 79 F= 245.42 Cos= -0.012 Sum= 0.769 q= -0.3159
Vector: 80 F= 246.30 Cos= 0.020 Sum= 0.769 q= 0.5404
Vector: 81 F= 251.44 Cos= -0.073 Sum= 0.775 q= -1.9239
Vector: 82 F= 252.38 Cos= 0.054 Sum= 0.778 q= 1.4345
Vector: 83 F= 252.85 Cos= 0.005 Sum= 0.778 q= 0.1428
Vector: 84 F= 255.24 Cos= -0.020 Sum= 0.778 q= -0.5160
Vector: 85 F= 257.92 Cos= -0.027 Sum= 0.779 q= -0.7023
Vector: 86 F= 258.22 Cos= -0.014 Sum= 0.779 q= -0.3782
Vector: 87 F= 260.70 Cos= -0.040 Sum= 0.781 q= -1.0646
Vector: 88 F= 261.62 Cos= 0.026 Sum= 0.781 q= 0.6757
Vector: 89 F= 265.34 Cos= -0.009 Sum= 0.781 q= -0.2498
Vector: 90 F= 266.78 Cos= 0.021 Sum= 0.782 q= 0.5533
Vector: 91 F= 267.29 Cos= -0.033 Sum= 0.783 q= -0.8675
Vector: 92 F= 268.89 Cos= 0.000 Sum= 0.783 q= 0.0091
%Projmod-Wn> Eigenvector 93 Norm= 0.9999
Vector: 93 F= 273.69 Cos= -0.050 Sum= 0.785 q= -1.3182
Vector: 94 F= 275.24 Cos= -0.041 Sum= 0.787 q= -1.0856
Vector: 95 F= 278.58 Cos= -0.039 Sum= 0.789 q= -1.0394
Vector: 96 F= 280.63 Cos= -0.036 Sum= 0.790 q= -0.9381
Vector: 97 F= 281.72 Cos= -0.018 Sum= 0.790 q= -0.4795
Vector: 98 F= 283.66 Cos= 0.022 Sum= 0.791 q= 0.5922
Vector: 99 F= 284.61 Cos= -0.037 Sum= 0.792 q= -0.9873
Vector: 100 F= 287.83 Cos= 0.036 Sum= 0.794 q= 0.9404
Vector: 101 F= 288.85 Cos= 0.023 Sum= 0.794 q= 0.5955
Vector: 102 F= 292.10 Cos= -0.023 Sum= 0.795 q= -0.5969
Vector: 103 F= 292.18 Cos= -0.033 Sum= 0.796 q= -0.8686
Vector: 104 F= 295.13 Cos= 0.039 Sum= 0.797 q= 1.0263
Vector: 105 F= 295.61 Cos= -0.023 Sum= 0.798 q= -0.5984
Vector: 106 F= 297.67 Cos= -0.019 Sum= 0.798 q= -0.5056
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003434
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 28.318029
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.53 for mode 8 with F= 37.38 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.282 0.605 0.658 0.681 0.701 0.798
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 7 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262035212519982.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-20 374 1.672 363 1.132
MODEL 2 MODE=7 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=7 DQ=20 374 1.749 363 1.318
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 8 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262035212519982.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-20 374 2.104 334 1.676
MODEL 2 MODE=8 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=8 DQ=20 374 1.196 370 1.071
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 9 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262035212519982.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-20 374 2.101 334 1.689
MODEL 2 MODE=9 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=9 DQ=20 374 1.200 369 1.070
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 10 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-20 374 1.528 362 1.304
MODEL 2 MODE=10 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=10 DQ=20 374 1.876 351 1.660
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 11 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
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2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-20 374 1.843 365 1.340
MODEL 2 MODE=11 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=11 DQ=20 374 1.568 367 1.151
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 12 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
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2604262035212519982.atom
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2604262035212519982.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=12 DQ=-20 374 1.782 341 1.295
MODEL 2 MODE=12 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=12 DQ=20 374 1.637 361 1.428
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 13 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=13 DQ=-20 374 1.702 347 1.382
MODEL 2 MODE=13 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=13 DQ=20 374 1.720 358 1.483
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 14 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604262035212519982.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
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3 models are in 2604262035212519982.14.pdb, 0 models will be skipped
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making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=14 DQ=-20 374 1.802 349 1.470
MODEL 2 MODE=14 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=14 DQ=20 374 1.615 364 1.493
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 15 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262035212519982.eigenfacs
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3 models are in 2604262035212519982.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=15 DQ=-20 374 1.692 348 1.345
MODEL 2 MODE=15 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=15 DQ=20 374 1.730 351 1.359
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262035212519982 16 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262035212519982.eigenfacs
2604262035212519982.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262035212519982.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262035212519982.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=16 DQ=-20 374 1.736 356 1.422
MODEL 2 MODE=16 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=16 DQ=20 374 1.686 358 1.383
2604262035212519982.10.pdb
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2604262035212519982.16.pdb
2604262035212519982.7.pdb
2604262035212519982.8.pdb
2604262035212519982.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m2.238s
user 0m2.221s
sys 0m0.016s
rm: cannot remove '2604262035212519982.sdijf': No such file or directory
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