*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604262123532527858.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604262123532527858.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604262123532527858.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 5.149503 +/- 10.990167 From: -17.510000 To: 28.414000
= 14.472075 +/- 9.064471 From: -5.996000 To: 34.682000
= 24.620500 +/- 14.867370 From: -6.251000 To: 56.898000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.6790 % Filled.
Pdbmat> 35778 non-zero elements.
Pdbmat> 3726 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 19.93 +/- 6.43
Maximum number = 36
Minimum number = 5
Pdbmat> Matrix trace = 74520.0
Pdbmat> Larger element = 134.413
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
374 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604262123532527858.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604262123532527858.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604262123532527858.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 374 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 374 residues.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 1 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2th, in residue A 2
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 1
Block first atom: 1
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 2 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 6th, in residue A 6
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 2
Block first atom: 5
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 3 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 10th, in residue A 10
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 3
Block first atom: 9
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 4 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 14th, in residue A 14
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 4
Block first atom: 13
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 5 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 18th, in residue A 18
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 17
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 6 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 22th, in residue A 22
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 6
Block first atom: 21
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 7 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 26th, in residue A 26
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 25
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 8 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 30th, in residue A 30
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 8
Block first atom: 29
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 9 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 34th, in residue A 34
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 9
Block first atom: 33
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 10 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 38th, in residue A 38
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 10
Block first atom: 37
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 11 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 42th, in residue A 42
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 41
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 12 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 46th, in residue A 46
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 12
Block first atom: 45
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 13 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 50th, in residue A 50
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 13
Block first atom: 49
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 14 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 54th, in residue A 54
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 14
Block first atom: 53
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 15 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 58th, in residue A 58
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 15
Block first atom: 57
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 16 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 62th, in residue A 62
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 61
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 17 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 66th, in residue A 66
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 65
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 18 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 70th, in residue A 70
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 18
Block first atom: 69
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 19 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 74th, in residue A 74
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 19
Block first atom: 73
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 20 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 78th, in residue A 78
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 20
Block first atom: 77
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 21 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 82th, in residue A 82
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 81
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 22 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 86th, in residue A 86
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 22
Block first atom: 85
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 23 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 90th, in residue A 90
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 89
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 24 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 94th, in residue A 94
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 24
Block first atom: 93
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 25 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 98th, in residue A 98
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 25
Block first atom: 97
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 26 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 102th, in residue A 102
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 101
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 27 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 106th, in residue A 106
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 105
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 28 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 110th, in residue A 110
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 28
Block first atom: 109
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 29 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 114th, in residue A 114
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 29
Block first atom: 113
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 30 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 118th, in residue A 118
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 30
Block first atom: 117
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 31 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 122th, in residue A 122
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 31
Block first atom: 121
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 32 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 126th, in residue A 126
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 32
Block first atom: 125
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 33 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 130th, in residue A 130
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 129
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 34 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 134th, in residue A 134
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 34
Block first atom: 133
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 35 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 138th, in residue A 138
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 35
Block first atom: 137
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 36 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 142th, in residue A 142
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 36
Block first atom: 141
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 37 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 146th, in residue A 146
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 37
Block first atom: 145
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 38 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 150th, in residue A 150
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 38
Block first atom: 149
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 39 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 154th, in residue A 154
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 39
Block first atom: 153
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 40 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 158th, in residue A 158
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 40
Block first atom: 157
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 41 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 162th, in residue A 162
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 41
Block first atom: 161
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 42 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 166th, in residue A 166
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 42
Block first atom: 165
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 43 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 170th, in residue A 170
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 169
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 44 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 174th, in residue A 174
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 44
Block first atom: 173
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 45 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 178th, in residue A 178
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 45
Block first atom: 177
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 46 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 182th, in residue A 182
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 46
Block first atom: 181
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 47 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 186th, in residue A 186
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 47
Block first atom: 185
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 48 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 190th, in residue A 190
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 48
Block first atom: 189
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 49 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 194th, in residue A 194
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 193
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 50 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 198th, in residue A 198
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 50
Block first atom: 197
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 51 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 202th, in residue A 202
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 51
Block first atom: 201
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 52 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 206th, in residue A 206
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 52
Block first atom: 205
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 53 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 210th, in residue A 210
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 53
Block first atom: 209
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 54 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 214th, in residue A 214
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 54
Block first atom: 213
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 55 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 218th, in residue A 218
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 55
Block first atom: 217
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 56 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 222th, in residue A 222
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 56
Block first atom: 221
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 57 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 226th, in residue A 226
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 57
Block first atom: 225
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 58 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 230th, in residue A 230
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 58
Block first atom: 229
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 59 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 234th, in residue A 234
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 59
Block first atom: 233
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 60 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 238th, in residue A 238
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 60
Block first atom: 237
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 61 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 242th, in residue A 242
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 61
Block first atom: 241
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 62 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 246th, in residue A 246
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 62
Block first atom: 245
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 63 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 250th, in residue A 250
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 63
Block first atom: 249
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 64 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 254th, in residue A 254
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 64
Block first atom: 253
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 65 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 258th, in residue A 258
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 65
Block first atom: 257
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 66 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 262th, in residue A 262
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 66
Block first atom: 261
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 67 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 266th, in residue A 266
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 67
Block first atom: 265
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 68 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 270th, in residue A 270
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 68
Block first atom: 269
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 69 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 274th, in residue A 274
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 69
Block first atom: 273
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 70 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 278th, in residue A 278
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 70
Block first atom: 277
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 71 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 282th, in residue A 282
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 71
Block first atom: 281
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 72 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 286th, in residue A 286
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 72
Block first atom: 285
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 73 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 290th, in residue A 290
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 73
Block first atom: 289
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 74 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 294th, in residue A 294
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 74
Block first atom: 293
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 75 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 298th, in residue A 298
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 75
Block first atom: 297
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 76 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 302th, in residue A 302
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 76
Block first atom: 301
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 77 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 306th, in residue A 306
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 77
Block first atom: 305
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 78 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 310th, in residue A 310
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 78
Block first atom: 309
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 79 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 314th, in residue A 314
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 79
Block first atom: 313
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 80 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 318th, in residue A 318
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 80
Block first atom: 317
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 81 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 322th, in residue A 322
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 81
Block first atom: 321
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 82 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 326th, in residue A 326
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 82
Block first atom: 325
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 83 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 330th, in residue A 330
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 83
Block first atom: 329
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 84 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 334th, in residue A 334
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 84
Block first atom: 333
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 85 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 338th, in residue A 338
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 85
Block first atom: 337
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 86 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 342th, in residue A 342
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 86
Block first atom: 341
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 87 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 346th, in residue A 346
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 87
Block first atom: 345
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 88 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 350th, in residue A 350
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 88
Block first atom: 349
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 89 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 354th, in residue A 354
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 89
Block first atom: 353
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 90 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 358th, in residue A 358
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 90
Block first atom: 357
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 91 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 362th, in residue A 362
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 91
Block first atom: 361
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 92 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 366th, in residue A 366
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 92
Block first atom: 365
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 93 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 370th, in residue A 370
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 93
Block first atom: 369
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 94 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 374th, in residue A 374
%Blocpdb-Wn> It is merged with last block.
Blocpdb> 93 blocks.
Blocpdb> At most, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 35871 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1122
Prepmat> Matrix trace = 74520.0000
Prepmat> Last element read: 1122 1122 58.3612
Prepmat> 4372 lines saved.
Prepmat> 3688 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 374
RTB> Total mass = 374.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 374
RTB> Number of blocks = 93
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 32712.0137
RTB> 23193 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 558
Diagstd> Nb of non-zero elements: 23193
Diagstd> Projected matrix trace = 32712.0137
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 558 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 32712.0137
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.5132977 0.7461614 0.8567231 1.1142982
1.8873032 2.2042327 2.4093134 2.5848163 2.7768466
3.0063272 3.2237306 3.4636081 3.4918042 3.8432691
3.9633596 4.2517315 4.5438100 4.7537389 5.1116697
5.5424555 5.6379004 5.8323517 5.9938849 6.2607705
6.4314385 6.5067805 7.1065160 7.3582566 7.4826552
7.9625781 8.2333195 8.2652672 8.4694112 8.5579353
8.7449328 9.1750480 9.2542558 9.7611859 9.7755244
10.0720012 10.1324988 10.5377103 10.7930230 10.9009121
11.1214777 11.3144763 11.7027818 11.9589427 12.0470924
12.2971324 12.5304887 12.8189151 13.0543871 13.2783272
13.5359646 13.6714612 13.9537655 14.4666576 14.5905878
14.7337785 14.9405690 15.2949636 15.3498888 15.5972373
15.8344049 16.1698928 16.3547867 16.5292214 16.7411666
16.9371826 17.1353322 17.4104041 17.7217596 17.9378165
18.2098636 18.3549132 18.6017160 18.9575372 19.3658946
19.5568003 19.6903496 20.0082920 20.1466566 20.4404232
20.6411746 20.9476237 21.1090113 21.3268617 21.6291196
21.6773935 22.0142478 22.1697635 22.5179599 22.6841177
22.7758780 22.9782443 23.1649551 23.7411674 23.7680392
24.0805255
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034334 0.0034336 0.0034338 0.0034338 0.0034338
0.0034342 77.8000622 93.8019097 100.5114468 114.6293911
149.1818955 161.2218876 168.5551121 174.5862842 180.9552640
188.2839954 194.9730798 202.0969018 202.9178366 212.8853017
216.1857280 223.9124259 231.4756769 236.7625140 245.5142323
255.6503476 257.8421904 262.2509877 265.8578447 271.7122219
275.3907454 276.9991003 289.4833903 294.5660856 297.0456158
306.4235443 311.5894652 312.1934075 316.0253269 317.6726158
321.1245577 328.9269464 330.3437008 339.2708699 339.5199615
344.6300680 345.6635300 352.5075382 356.7523410 358.5309886
362.1400262 365.2687416 371.4837607 375.5274372 376.9089067
380.8002321 384.3963765 388.7952183 392.3498792 395.7008325
399.5212517 401.5158993 405.6402026 413.0278934 414.7932439
416.8236465 419.7385417 424.6875253 425.4493817 428.8635339
432.1118269 436.6654701 439.1548898 441.4906172 444.3120985
446.9056709 449.5122628 453.1058887 457.1394499 459.9176423
463.3921012 465.2340018 468.3513595 472.8095486 477.8747268
480.2243537 481.8612394 485.7359966 487.4126227 490.9533430
493.3583512 497.0071788 498.9180619 501.4859349 505.0271205
505.5903909 509.5035394 511.3000212 515.2995953 517.1972728
518.2422833 520.5395131 522.6500683 529.1104215 529.4097772
532.8785766
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 374
Rtb_to_modes> Number of blocs = 93
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5133
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7462
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8567
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.114
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.887
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.204
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.409
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.585
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.777
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.006
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.224
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.464
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.492
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.843
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.963
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.252
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.544
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.754
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.112
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.542
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.638
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.832
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.994
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.261
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.431
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.507
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.107
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.358
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.483
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.963
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.233
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.265
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.469
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.558
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.745
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.175
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.254
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.761
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.776
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.08
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 558 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99994 0.99998 1.00003 0.99996
0.99998 0.99997 0.99998 1.00002 1.00002
1.00003 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001
0.99998 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 0.99996
1.00001 0.99999 1.00002 0.99999 1.00004
0.99998 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
0.99999 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 1.00002 1.00004 1.00000
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
0.99998 1.00002 1.00000 1.00003 1.00001
1.00001 0.99999 1.00003 1.00004 1.00000
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998
1.00000 1.00000 1.00003 0.99998 1.00002
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 6732 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99994 0.99998 1.00003 0.99996
0.99998 0.99997 0.99998 1.00002 1.00002
1.00003 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001
0.99998 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 0.99996
1.00001 0.99999 1.00002 0.99999 1.00004
0.99998 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
0.99999 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 1.00002 1.00004 1.00000
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
0.99998 1.00002 1.00000 1.00003 1.00001
1.00001 0.99999 1.00003 1.00004 1.00000
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998
1.00000 1.00000 1.00003 0.99998 1.00002
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604262123532527858.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262123532527858.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604262123532527858.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604262123532527858.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5133
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7462
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8567
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.114
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.887
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.204
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.409
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.585
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.006
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.224
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.464
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.492
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.843
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.963
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.252
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.544
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.754
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.112
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.542
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.638
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.832
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.994
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.261
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.431
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.507
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.107
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.358
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.483
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.963
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.233
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.265
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.469
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.558
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.745
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.175
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.254
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.761
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.776
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.08
Bfactors> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.513300
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.497 for 374 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.690 +/- 0.97
Bfactors> = 20.968 +/- 5.38
Bfactors> Shiftng-fct= 20.278
Bfactors> Scaling-fct= 5.552
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604262123532527858.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262123532527858.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.8
Chkmod> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Chkmod> That is: 374 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 17 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 52 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 94 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7610
0.0034 0.9759
0.0034 0.8085
0.0034 0.7587
0.0034 0.9800
0.0034 0.7445
77.7969 0.4456
93.8003 0.2580
100.5058 0.2521
114.6091 0.3449
149.1635 0.4004
161.2065 0.2848
168.5369 0.4551
174.5850 0.5213
180.9525 0.6599
188.2657 0.2277
194.9729 0.3507
202.0997 0.2598
202.9148 0.3484
212.8687 0.2199
216.1666 0.3744
223.9099 0.3729
231.4706 0.4213
236.7589 0.3424
245.5116 0.4378
255.6289 0.3130
257.8334 0.3382
262.2318 0.1667
265.8490 0.4183
271.7055 0.4947
275.3695 0.3301
276.9919 0.5143
289.4808 0.4414
294.5483 0.5080
297.0397 0.3620
306.4185 0.5538
311.5700 0.3193
312.1750 0.5446
316.0041 0.4372
317.6602 0.4005
321.1120 0.4118
328.9120 0.4746
330.3250 0.2550
339.2531 0.4102
339.5136 0.1859
344.5810 0.4574
345.6061 0.5046
352.5307 0.4083
356.6871 0.3445
358.5006 0.3385
362.1004 0.4457
365.1808 0.4021
371.4237 0.4897
375.5279 0.3349
376.9382 0.3927
380.8283 0.4589
384.3724 0.4724
388.7950 0.4581
392.2671 0.2528
395.7088 0.5231
399.5636 0.5458
401.4772 0.4889
405.5681 0.5697
413.0579 0.5770
414.7671 0.3419
416.7523 0.3854
419.7125 0.5044
424.6004 0.4095
425.4327 0.4111
428.8831 0.5882
432.0332 0.4227
436.6482 0.5038
439.0718 0.5438
441.4821 0.4892
444.2775 0.5026
446.9237 0.5128
449.5542 0.4579
453.0812 0.3298
457.0971 0.5025
459.9259 0.5778
463.3739 0.4719
465.1518 0.3927
468.3097 0.4320
472.8200 0.5441
477.9049 0.4868
480.2430 0.5252
481.8363 0.5058
485.7359 0.4902
487.4321 0.5069
490.9272 0.5146
493.3231 0.4335
497.0140 0.5716
498.9083 0.4837
501.5013 0.5736
505.0157 0.5614
505.5991 0.4876
509.4325 0.5673
511.2808 0.6189
515.3008 0.5061
517.1281 0.4743
518.2669 0.5166
520.5371 0.4594
522.5717 0.3849
529.0747 0.4478
529.4089 0.5351
532.8499 0.2889
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604262123532527858.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262123532527858.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604262123532527858.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604262123532527858.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604262123532527858.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604262123532527858.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 181.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 231.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 236.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 265.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.8
Projmod> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 374 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 1.36
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0005
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0001
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0002
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0002
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0002
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0007
Vector: 7 F= 77.80 Cos= -0.115 Sum= 0.013 q= -3.0347
Vector: 8 F= 93.80 Cos= 0.552 Sum= 0.318 q= 14.5665
Vector: 9 F= 100.51 Cos= 0.512 Sum= 0.581 q= 13.4990
Vector: 10 F= 114.61 Cos= 0.010 Sum= 0.581 q= 0.2532
Vector: 11 F= 149.16 Cos= -0.041 Sum= 0.582 q= -1.0786
Vector: 12 F= 161.21 Cos= -0.050 Sum= 0.585 q= -1.3163
Vector: 13 F= 168.54 Cos= 0.074 Sum= 0.590 q= 1.9608
Vector: 14 F= 174.58 Cos= -0.137 Sum= 0.609 q= -3.6061
Vector: 15 F= 180.95 Cos= 0.132 Sum= 0.627 q= 3.4924
Vector: 16 F= 188.27 Cos= -0.159 Sum= 0.652 q= -4.1928
%Projmod-Wn> Eigenvector 17 Norm= 0.9998
Vector: 17 F= 194.97 Cos= 0.016 Sum= 0.652 q= 0.4190
Vector: 18 F= 202.10 Cos= -0.075 Sum= 0.658 q= -1.9883
Vector: 19 F= 202.91 Cos= 0.079 Sum= 0.664 q= 2.0721
Vector: 20 F= 212.87 Cos= 0.082 Sum= 0.671 q= 2.1717
Vector: 21 F= 216.17 Cos= -0.058 Sum= 0.674 q= -1.5317
Vector: 22 F= 223.91 Cos= 0.023 Sum= 0.675 q= 0.6049
Vector: 23 F= 231.47 Cos= -0.016 Sum= 0.675 q= -0.4130
Vector: 24 F= 236.76 Cos= -0.068 Sum= 0.680 q= -1.7983
Vector: 25 F= 245.51 Cos= 0.028 Sum= 0.680 q= 0.7331
Vector: 26 F= 255.63 Cos= 0.060 Sum= 0.684 q= 1.5798
Vector: 27 F= 257.83 Cos= 0.011 Sum= 0.684 q= 0.2805
Vector: 28 F= 262.23 Cos= 0.033 Sum= 0.685 q= 0.8718
Vector: 29 F= 265.85 Cos= -0.019 Sum= 0.686 q= -0.4963
Vector: 30 F= 271.71 Cos= -0.022 Sum= 0.686 q= -0.5686
Vector: 31 F= 275.37 Cos= 0.087 Sum= 0.694 q= 2.2875
Vector: 32 F= 276.99 Cos= -0.022 Sum= 0.694 q= -0.5672
Vector: 33 F= 289.48 Cos= 0.084 Sum= 0.701 q= 2.2207
Vector: 34 F= 294.55 Cos= 0.031 Sum= 0.702 q= 0.8271
Vector: 35 F= 297.04 Cos= 0.096 Sum= 0.711 q= 2.5428
Vector: 36 F= 306.42 Cos= 0.051 Sum= 0.714 q= 1.3485
Vector: 37 F= 311.57 Cos= 0.039 Sum= 0.716 q= 1.0301
Vector: 38 F= 312.17 Cos= -0.012 Sum= 0.716 q= -0.3043
Vector: 39 F= 316.00 Cos= 0.056 Sum= 0.719 q= 1.4774
Vector: 40 F= 317.66 Cos= -0.031 Sum= 0.720 q= -0.8237
Vector: 41 F= 321.11 Cos= 0.001 Sum= 0.720 q= 0.0333
Vector: 42 F= 328.91 Cos= -0.030 Sum= 0.721 q= -0.7991
Vector: 43 F= 330.32 Cos= 0.010 Sum= 0.721 q= 0.2761
Vector: 44 F= 339.25 Cos= 0.048 Sum= 0.723 q= 1.2548
Vector: 45 F= 339.51 Cos= 0.001 Sum= 0.723 q= 0.0193
Vector: 46 F= 344.58 Cos= 0.036 Sum= 0.724 q= 0.9592
Vector: 47 F= 345.61 Cos= 0.054 Sum= 0.727 q= 1.4156
Vector: 48 F= 352.53 Cos= -0.010 Sum= 0.727 q= -0.2526
Vector: 49 F= 356.69 Cos= 0.045 Sum= 0.729 q= 1.1795
Vector: 50 F= 358.50 Cos= -0.077 Sum= 0.735 q= -2.0283
Vector: 51 F= 362.10 Cos= -0.008 Sum= 0.735 q= -0.2054
%Projmod-Wn> Eigenvector 52 Norm= 0.9999
Vector: 52 F= 365.18 Cos= 0.002 Sum= 0.735 q= 0.0447
Vector: 53 F= 371.42 Cos= -0.005 Sum= 0.735 q= -0.1245
Vector: 54 F= 375.53 Cos= -0.078 Sum= 0.741 q= -2.0524
Vector: 55 F= 376.94 Cos= 0.010 Sum= 0.742 q= 0.2663
Vector: 56 F= 380.83 Cos= 0.037 Sum= 0.743 q= 0.9743
Vector: 57 F= 384.37 Cos= 0.004 Sum= 0.743 q= 0.1034
Vector: 58 F= 388.79 Cos= -0.015 Sum= 0.743 q= -0.3902
Vector: 59 F= 392.27 Cos= 0.024 Sum= 0.744 q= 0.6433
Vector: 60 F= 395.71 Cos= 0.030 Sum= 0.745 q= 0.7810
Vector: 61 F= 399.56 Cos= -0.056 Sum= 0.748 q= -1.4847
Vector: 62 F= 401.48 Cos= -0.003 Sum= 0.748 q= -0.0868
Vector: 63 F= 405.57 Cos= 0.095 Sum= 0.757 q= 2.5061
Vector: 64 F= 413.06 Cos= -0.043 Sum= 0.759 q= -1.1245
Vector: 65 F= 414.77 Cos= 0.076 Sum= 0.764 q= 1.9937
Vector: 66 F= 416.75 Cos= 0.004 Sum= 0.764 q= 0.1142
Vector: 67 F= 419.71 Cos= -0.003 Sum= 0.764 q= -0.0830
Vector: 68 F= 424.60 Cos= 0.032 Sum= 0.765 q= 0.8394
Vector: 69 F= 425.43 Cos= 0.007 Sum= 0.765 q= 0.1893
Vector: 70 F= 428.88 Cos= 0.032 Sum= 0.766 q= 0.8327
Vector: 71 F= 432.03 Cos= -0.048 Sum= 0.769 q= -1.2665
Vector: 72 F= 436.65 Cos= -0.044 Sum= 0.771 q= -1.1724
Vector: 73 F= 439.07 Cos= -0.007 Sum= 0.771 q= -0.1800
Vector: 74 F= 441.48 Cos= -0.034 Sum= 0.772 q= -0.8880
Vector: 75 F= 444.28 Cos= -0.040 Sum= 0.774 q= -1.0631
Vector: 76 F= 446.92 Cos= -0.003 Sum= 0.774 q= -0.0807
Vector: 77 F= 449.55 Cos= -0.003 Sum= 0.774 q= -0.0688
Vector: 78 F= 453.08 Cos= 0.085 Sum= 0.781 q= 2.2391
Vector: 79 F= 457.10 Cos= 0.002 Sum= 0.781 q= 0.0462
Vector: 80 F= 459.93 Cos= -0.011 Sum= 0.781 q= -0.2906
Vector: 81 F= 463.37 Cos= -0.019 Sum= 0.781 q= -0.5095
Vector: 82 F= 465.15 Cos= -0.041 Sum= 0.783 q= -1.0854
Vector: 83 F= 468.31 Cos= 0.001 Sum= 0.783 q= 0.0335
Vector: 84 F= 472.82 Cos= 0.009 Sum= 0.783 q= 0.2338
Vector: 85 F= 477.90 Cos= -0.000 Sum= 0.783 q= -0.0034
Vector: 86 F= 480.24 Cos= 0.056 Sum= 0.786 q= 1.4862
Vector: 87 F= 481.84 Cos= 0.013 Sum= 0.786 q= 0.3332
Vector: 88 F= 485.74 Cos= 0.001 Sum= 0.786 q= 0.0390
Vector: 89 F= 487.43 Cos= 0.044 Sum= 0.788 q= 1.1547
Vector: 90 F= 490.93 Cos= -0.033 Sum= 0.789 q= -0.8602
Vector: 91 F= 493.32 Cos= -0.000 Sum= 0.789 q= -0.0126
Vector: 92 F= 497.01 Cos= -0.019 Sum= 0.790 q= -0.4951
Vector: 93 F= 498.91 Cos= 0.002 Sum= 0.790 q= 0.0594
%Projmod-Wn> Eigenvector 94 Norm= 1.0001
Vector: 94 F= 501.50 Cos= -0.034 Sum= 0.791 q= -0.8969
Vector: 95 F= 505.02 Cos= -0.004 Sum= 0.791 q= -0.1114
Vector: 96 F= 505.60 Cos= -0.041 Sum= 0.793 q= -1.0799
Vector: 97 F= 509.43 Cos= -0.022 Sum= 0.793 q= -0.5774
Vector: 98 F= 511.28 Cos= -0.025 Sum= 0.794 q= -0.6640
Vector: 99 F= 515.30 Cos= -0.011 Sum= 0.794 q= -0.3029
Vector: 100 F= 517.13 Cos= 0.030 Sum= 0.795 q= 0.7896
Vector: 101 F= 518.27 Cos= -0.008 Sum= 0.795 q= -0.2026
Vector: 102 F= 520.54 Cos= -0.039 Sum= 0.796 q= -1.0284
Vector: 103 F= 522.57 Cos= 0.000 Sum= 0.796 q= 0.0004
Vector: 104 F= 529.07 Cos= -0.029 Sum= 0.797 q= -0.7556
Vector: 105 F= 529.41 Cos= 0.024 Sum= 0.798 q= 0.6439
Vector: 106 F= 532.85 Cos= -0.035 Sum= 0.799 q= -0.9196
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 77.796896
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.55 for mode 8 with F= 93.80 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.305 0.593 0.642 0.668 0.689 0.799
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 7 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262123532527858.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-20 374 1.613 362 1.430
MODEL 2 MODE=7 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=7 DQ=20 374 1.803 349 1.448
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 8 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262123532527858.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-20 374 2.118 338 1.582
MODEL 2 MODE=8 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=8 DQ=20 374 1.171 369 0.924
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 9 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262123532527858.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-20 374 2.091 338 1.665
MODEL 2 MODE=9 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=9 DQ=20 374 1.218 366 0.840
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 10 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262123532527858.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-20 374 1.719 353 1.416
MODEL 2 MODE=10 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=10 DQ=20 374 1.703 354 1.369
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 11 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
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2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262123532527858.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-20 374 1.677 357 1.469
MODEL 2 MODE=11 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=11 DQ=20 374 1.744 343 1.218
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 12 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262123532527858.eigenfacs
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2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262123532527858.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=12 DQ=-20 374 1.670 357 1.350
MODEL 2 MODE=12 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=12 DQ=20 374 1.752 349 1.384
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 13 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=13 DQ=-20 374 1.771 356 1.498
MODEL 2 MODE=13 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=13 DQ=20 374 1.649 357 1.306
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 14 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-20
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making animated gifs
3 models are in 2604262123532527858.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=14 DQ=-20 374 1.595 361 1.445
MODEL 2 MODE=14 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=14 DQ=20 374 1.820 347 1.417
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 15 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262123532527858.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262123532527858.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=15 DQ=-20 374 1.817 351 1.535
MODEL 2 MODE=15 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=15 DQ=20 374 1.598 363 1.416
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262123532527858 16 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262123532527858.eigenfacs
2604262123532527858.atom
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MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262123532527858.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=16 DQ=-20 374 1.575 356 1.086
MODEL 2 MODE=16 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=16 DQ=20 374 1.838 351 1.525
2604262123532527858.10.pdb
2604262123532527858.11.pdb
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2604262123532527858.13.pdb
2604262123532527858.14.pdb
2604262123532527858.15.pdb
2604262123532527858.16.pdb
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2604262123532527858.8.pdb
2604262123532527858.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m2.412s
user 0m2.395s
sys 0m0.016s
rm: cannot remove '2604262123532527858.sdijf': No such file or directory
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