*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604262204102534339.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 9.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604262204102534339.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604262204102534339.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 5.149503 +/- 10.990167 From: -17.510000 To: 28.414000
= 14.472075 +/- 9.064471 From: -5.996000 To: 34.682000
= 24.620500 +/- 14.867370 From: -6.251000 To: 56.898000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.2376 % Filled.
Pdbmat> 26697 non-zero elements.
Pdbmat> 2717 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 14.53 +/- 4.47
Maximum number = 25
Minimum number = 4
Pdbmat> Matrix trace = 54340.0
Pdbmat> Larger element = 94.0957
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
374 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604262204102534339.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604262204102534339.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604262204102534339.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 374 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 374 residues.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 1 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2th, in residue A 2
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 1
Block first atom: 1
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 2 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 6th, in residue A 6
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 2
Block first atom: 5
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 3 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 10th, in residue A 10
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 3
Block first atom: 9
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 4 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 14th, in residue A 14
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 4
Block first atom: 13
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 5 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 18th, in residue A 18
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 17
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 6 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 22th, in residue A 22
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 6
Block first atom: 21
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 7 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 26th, in residue A 26
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 25
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 8 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 30th, in residue A 30
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 8
Block first atom: 29
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 9 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 34th, in residue A 34
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 9
Block first atom: 33
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 10 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 38th, in residue A 38
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 10
Block first atom: 37
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 11 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 42th, in residue A 42
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 41
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 12 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 46th, in residue A 46
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 12
Block first atom: 45
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 13 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 50th, in residue A 50
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 13
Block first atom: 49
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 14 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 54th, in residue A 54
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 14
Block first atom: 53
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 15 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 58th, in residue A 58
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 15
Block first atom: 57
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 16 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 62th, in residue A 62
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 61
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 17 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 66th, in residue A 66
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 65
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 18 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 70th, in residue A 70
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 18
Block first atom: 69
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 19 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 74th, in residue A 74
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 19
Block first atom: 73
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 20 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 78th, in residue A 78
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 20
Block first atom: 77
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 21 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 82th, in residue A 82
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 81
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 22 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 86th, in residue A 86
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 22
Block first atom: 85
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 23 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 90th, in residue A 90
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 89
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 24 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 94th, in residue A 94
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 24
Block first atom: 93
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 25 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 98th, in residue A 98
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 25
Block first atom: 97
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 26 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 102th, in residue A 102
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 101
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 27 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 106th, in residue A 106
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 105
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 28 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 110th, in residue A 110
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 28
Block first atom: 109
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 29 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 114th, in residue A 114
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 29
Block first atom: 113
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 30 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 118th, in residue A 118
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 30
Block first atom: 117
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 31 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 122th, in residue A 122
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 31
Block first atom: 121
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 32 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 126th, in residue A 126
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 32
Block first atom: 125
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 33 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 130th, in residue A 130
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 129
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 34 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 134th, in residue A 134
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 34
Block first atom: 133
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 35 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 138th, in residue A 138
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 35
Block first atom: 137
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 36 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 142th, in residue A 142
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 36
Block first atom: 141
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 37 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 146th, in residue A 146
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 37
Block first atom: 145
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 38 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 150th, in residue A 150
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 38
Block first atom: 149
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 39 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 154th, in residue A 154
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 39
Block first atom: 153
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 40 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 158th, in residue A 158
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 40
Block first atom: 157
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 41 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 162th, in residue A 162
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 41
Block first atom: 161
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 42 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 166th, in residue A 166
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 42
Block first atom: 165
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 43 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 170th, in residue A 170
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 169
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 44 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 174th, in residue A 174
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 44
Block first atom: 173
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 45 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 178th, in residue A 178
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 45
Block first atom: 177
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 46 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 182th, in residue A 182
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 46
Block first atom: 181
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 47 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 186th, in residue A 186
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 47
Block first atom: 185
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 48 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 190th, in residue A 190
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 48
Block first atom: 189
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 49 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 194th, in residue A 194
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 193
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 50 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 198th, in residue A 198
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 50
Block first atom: 197
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 51 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 202th, in residue A 202
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 51
Block first atom: 201
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 52 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 206th, in residue A 206
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 52
Block first atom: 205
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 53 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 210th, in residue A 210
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 53
Block first atom: 209
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 54 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 214th, in residue A 214
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 54
Block first atom: 213
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 55 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 218th, in residue A 218
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 55
Block first atom: 217
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 56 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 222th, in residue A 222
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 56
Block first atom: 221
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 57 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 226th, in residue A 226
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 57
Block first atom: 225
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 58 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 230th, in residue A 230
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 58
Block first atom: 229
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 59 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 234th, in residue A 234
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 59
Block first atom: 233
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 60 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 238th, in residue A 238
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 60
Block first atom: 237
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 61 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 242th, in residue A 242
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 61
Block first atom: 241
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 62 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 246th, in residue A 246
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 62
Block first atom: 245
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 63 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 250th, in residue A 250
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 63
Block first atom: 249
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 64 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 254th, in residue A 254
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 64
Block first atom: 253
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 65 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 258th, in residue A 258
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 65
Block first atom: 257
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 66 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 262th, in residue A 262
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 66
Block first atom: 261
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 67 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 266th, in residue A 266
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 67
Block first atom: 265
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 68 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 270th, in residue A 270
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 68
Block first atom: 269
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 69 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 274th, in residue A 274
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 69
Block first atom: 273
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 70 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 278th, in residue A 278
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 70
Block first atom: 277
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 71 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 282th, in residue A 282
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 71
Block first atom: 281
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 72 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 286th, in residue A 286
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 72
Block first atom: 285
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 73 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 290th, in residue A 290
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 73
Block first atom: 289
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 74 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 294th, in residue A 294
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 74
Block first atom: 293
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 75 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 298th, in residue A 298
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 75
Block first atom: 297
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 76 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 302th, in residue A 302
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 76
Block first atom: 301
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 77 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 306th, in residue A 306
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 77
Block first atom: 305
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 78 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 310th, in residue A 310
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 78
Block first atom: 309
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 79 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 314th, in residue A 314
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 79
Block first atom: 313
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 80 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 318th, in residue A 318
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 80
Block first atom: 317
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 81 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 322th, in residue A 322
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 81
Block first atom: 321
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 82 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 326th, in residue A 326
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 82
Block first atom: 325
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 83 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 330th, in residue A 330
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 83
Block first atom: 329
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 84 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 334th, in residue A 334
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 84
Block first atom: 333
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 85 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 338th, in residue A 338
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 85
Block first atom: 337
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 86 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 342th, in residue A 342
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 86
Block first atom: 341
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 87 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 346th, in residue A 346
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 87
Block first atom: 345
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 88 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 350th, in residue A 350
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 88
Block first atom: 349
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 89 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 354th, in residue A 354
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 89
Block first atom: 353
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 90 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 358th, in residue A 358
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 90
Block first atom: 357
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 91 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 362th, in residue A 362
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 91
Block first atom: 361
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 92 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 366th, in residue A 366
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 92
Block first atom: 365
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 93 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 370th, in residue A 370
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 93
Block first atom: 369
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 94 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 374th, in residue A 374
%Blocpdb-Wn> It is merged with last block.
Blocpdb> 93 blocks.
Blocpdb> At most, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 26790 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1122
Prepmat> Matrix trace = 54340.0000
Prepmat> Last element read: 1122 1122 37.3804
Prepmat> 4372 lines saved.
Prepmat> 3817 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 374
RTB> Total mass = 374.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 374
RTB> Number of blocks = 93
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 22609.3390
RTB> 18549 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 558
Diagstd> Nb of non-zero elements: 18549
Diagstd> Projected matrix trace = 22609.3390
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 558 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 22609.3390
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2553324 0.3286281 0.3978333 0.5196800
0.8523849 1.1092832 1.2141772 1.3282969 1.3735215
1.4392091 1.5941173 1.7205031 1.8452003 1.9222581
1.9404918 2.2380157 2.2568348 2.3794547 2.4986912
2.5559322 2.7647959 2.8680164 2.9535709 3.0733915
3.2295882 3.3712694 3.4349968 3.5267975 3.6555496
3.7490763 3.9522178 4.0907979 4.2750375 4.3790038
4.4656048 4.6642166 4.7895518 4.9522852 5.0539362
5.2697502 5.3279532 5.4562807 5.6776766 5.7911642
5.8755580 5.9320706 6.2026567 6.3243136 6.4928105
6.5424760 6.6678604 6.8735961 6.9760926 7.1349530
7.2907320 7.3648339 7.4360689 7.5654670 7.6995540
7.7150462 7.8939924 7.9970803 8.0787941 8.2964195
8.3479387 8.4962223 8.8037731 8.8370097 9.0547055
9.1293410 9.2528898 9.3490268 9.5682903 9.8595692
9.8925484 10.1705268 10.4357018 10.5658825 10.8700523
10.9236165 11.1395927 11.2216798 11.3031317 11.4098124
11.4903788 11.6677707 11.7844025 11.9813433 12.0658671
12.2159854 12.5462582 12.6789030 12.7200768 12.9971762
13.1195697 13.2104862 13.2869656 13.4497484 13.5532732
13.6354141
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034338 0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034341
0.0034342 54.8716804 62.2511899 68.4929494 78.2822460
100.2566400 114.3711524 119.6565082 125.1534610 127.2661823
130.2738449 137.1056718 142.4370643 147.5084968 150.5570620
151.2694356 162.4526656 163.1342559 167.5074015 171.6530679
173.6080848 180.5621934 183.9018474 186.6246396 190.3725039
195.1501339 199.3847814 201.2604532 203.9320759 207.6211637
210.2603691 215.8816443 219.6338582 224.5252784 227.2390381
229.4750242 234.5225639 237.6526807 241.6562911 244.1238215
249.2816400 250.6544863 253.6551192 258.7501475 261.3233527
263.2205778 264.4834109 270.4482355 273.0875992 276.7015838
277.7578555 280.4067919 284.6998802 286.8146950 290.0620008
293.2113981 294.6977083 296.1194827 298.6848205 301.3200734
301.6230638 305.1010004 307.0867000 308.6516126 312.7811928
313.7508461 316.5251438 322.2030897 322.8107180 326.7626774
328.1066215 330.3193202 332.0308839 335.9018931 340.9763444
341.5461333 346.3115720 350.7971943 352.9784310 358.0231397
358.9041682 362.4348380 363.7677681 365.0855748 366.8043962
368.0971490 370.9276631 372.7769609 375.8789768 377.2024879
379.5417303 384.6381800 386.6661189 387.2934448 391.4891975
393.3281922 394.6886892 395.8295248 398.2468601 399.7766064
400.9862175
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 374
Rtb_to_modes> Number of blocs = 93
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2553
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3286
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3978
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5197
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8524
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.109
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.214
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.328
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.374
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.439
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.594
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.721
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.845
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.922
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.940
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.238
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.257
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.379
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.499
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.556
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.765
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.868
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.954
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.073
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.230
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.371
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.435
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.527
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.656
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.749
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.952
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.091
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.275
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.379
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.466
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.664
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.790
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.952
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.054
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.270
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.328
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.456
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.678
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.791
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.876
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.932
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.203
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.324
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.493
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.542
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.668
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.874
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.976
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.135
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.291
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.365
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.436
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.565
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.700
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.715
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.894
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.997
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.079
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.296
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.348
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.496
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.804
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.837
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.055
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.129
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.253
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.349
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.568
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.860
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.893
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.64
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 558 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998
0.99999 0.99998 1.00001 0.99997 1.00001
1.00003 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001
1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 0.99996
1.00002 1.00002 1.00004 1.00003 1.00001
0.99999 1.00000 1.00004 1.00001 1.00003
1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00004
0.99996 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 0.99997 1.00000 0.99997 1.00001
0.99998 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998
1.00002 0.99999 1.00002 0.99995 1.00000
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 0.99999
0.99996 1.00001 1.00002 1.00004 1.00001
1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999
0.99999 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999
0.99997 1.00000 1.00001 0.99996 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 1.00003 0.99999
1.00001 0.99996 1.00004 1.00005 1.00001
0.99999 0.99998 0.99998 0.99999 1.00004
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 6732 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998
0.99999 0.99998 1.00001 0.99997 1.00001
1.00003 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001
1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 0.99996
1.00002 1.00002 1.00004 1.00003 1.00001
0.99999 1.00000 1.00004 1.00001 1.00003
1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00004
0.99996 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 0.99997 1.00000 0.99997 1.00001
0.99998 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998
1.00002 0.99999 1.00002 0.99995 1.00000
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 0.99999
0.99996 1.00001 1.00002 1.00004 1.00001
1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999
0.99999 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999
0.99997 1.00000 1.00001 0.99996 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 1.00003 0.99999
1.00001 0.99996 1.00004 1.00005 1.00001
0.99999 0.99998 0.99998 0.99999 1.00004
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604262204102534339.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262204102534339.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604262204102534339.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604262204102534339.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2553
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3286
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3978
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5197
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8524
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.109
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.214
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.328
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.374
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.439
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.594
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.721
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.845
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.922
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.940
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.238
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.257
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.379
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.499
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.556
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.765
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.868
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.954
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.073
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.230
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.371
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.435
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.527
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.656
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.749
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.952
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.091
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.275
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.379
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.466
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.664
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.790
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.952
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.054
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.270
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.328
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.456
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.678
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.791
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.876
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.932
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.203
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.324
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.493
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.542
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.668
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.874
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.976
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.135
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.291
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.365
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.436
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.565
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.700
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.715
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.894
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.997
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.079
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.296
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.348
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.496
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.804
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.837
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.055
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.129
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.253
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.349
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.568
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.860
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.893
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.64
Bfactors> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.255300
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.434 for 374 C-alpha atoms.
Bfactors> = 1.391 +/- 2.14
Bfactors> = 20.968 +/- 5.38
Bfactors> Shiftng-fct= 19.577
Bfactors> Scaling-fct= 2.513
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604262204102534339.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262204102534339.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.0
Chkmod> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Chkmod> That is: 374 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 35 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 99 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6729
0.0034 0.7323
0.0034 0.8151
0.0034 0.9893
0.0034 0.9184
0.0034 0.7604
54.8658 0.3896
62.2459 0.0406
68.4871 0.5571
78.2804 0.5582
100.2532 0.2546
114.3516 0.3134
119.6426 0.5033
125.1341 0.7236
127.2829 0.4366
130.2588 0.1954
137.0947 0.2410
142.4515 0.3619
147.4942 0.2827
150.5405 0.3032
151.2438 0.3082
162.4451 0.4298
163.1332 0.3710
167.4842 0.3386
171.6563 0.5194
173.6029 0.4745
180.5611 0.5232
183.8934 0.5024
186.6302 0.3917
190.3522 0.4262
195.1542 0.3886
199.3683 0.4814
201.2519 0.4472
203.9292 0.5160
207.6250 0.2841
210.2492 0.3235
215.8664 0.5069
219.6299 0.3969
224.5147 0.3853
227.2292 0.4674
229.4753 0.4388
234.5071 0.2166
237.6536 0.3254
241.6390 0.4894
244.1149 0.5208
249.2768 0.4984
250.6448 0.4346
253.6377 0.4656
258.7464 0.4389
261.3084 0.5858
263.2192 0.4762
264.4705 0.3249
270.4441 0.5318
273.0691 0.5518
276.6937 0.5074
277.7358 0.4830
280.3977 0.5044
284.6960 0.4421
286.8005 0.5984
290.0505 0.4183
293.2042 0.4950
294.6884 0.4318
296.1054 0.5298
298.6628 0.4440
301.3159 0.5702
301.6092 0.5099
305.0881 0.4805
307.0720 0.4988
308.6423 0.4173
312.7599 0.4362
313.7385 0.5796
316.5074 0.5566
322.1934 0.3948
322.7967 0.4800
326.7540 0.4066
328.0864 0.5235
330.3071 0.4452
332.0162 0.5413
335.8824 0.6176
340.9692 0.4897
341.5393 0.5495
346.2877 0.5197
350.8544 0.5576
353.0320 0.5743
358.0069 0.5413
358.8293 0.5659
362.4259 0.5627
363.7249 0.4666
365.0193 0.5047
366.7917 0.5696
368.0753 0.5160
370.9472 0.5049
372.6913 0.5245
375.8418 0.4989
377.2509 0.5798
379.5878 0.5253
384.6790 0.4404
386.6662 0.4318
387.2757 0.4377
391.5149 0.4732
393.3178 0.5549
394.6645 0.4942
395.8577 0.5297
398.2335 0.4670
399.7112 0.4194
401.0364 0.5316
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604262204102534339.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604262204102534339.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604262204102534339.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604262204102534339.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604262204102534339.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604262204102534339.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 190.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.0
Projmod> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 374 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 1.36
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0002
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0000
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0001
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0004
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0003
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0005
Vector: 7 F= 54.87 Cos= 0.225 Sum= 0.051 q= 5.9314
Vector: 8 F= 62.25 Cos= 0.156 Sum= 0.075 q= 4.1233
Vector: 9 F= 68.49 Cos= -0.701 Sum= 0.566 q= -18.4703
Vector: 10 F= 78.28 Cos= -0.179 Sum= 0.598 q= -4.7100
Vector: 11 F= 100.25 Cos= -0.072 Sum= 0.603 q= -1.8927
Vector: 12 F= 114.35 Cos= 0.078 Sum= 0.609 q= 2.0494
Vector: 13 F= 119.64 Cos= -0.000 Sum= 0.609 q= -0.0050
Vector: 14 F= 125.13 Cos= 0.166 Sum= 0.637 q= 4.3822
Vector: 15 F= 127.28 Cos= -0.094 Sum= 0.645 q= -2.4706
Vector: 16 F= 130.26 Cos= -0.029 Sum= 0.646 q= -0.7603
Vector: 17 F= 137.09 Cos= -0.128 Sum= 0.663 q= -3.3821
Vector: 18 F= 142.45 Cos= 0.053 Sum= 0.665 q= 1.4080
Vector: 19 F= 147.49 Cos= -0.071 Sum= 0.671 q= -1.8808
Vector: 20 F= 150.54 Cos= 0.061 Sum= 0.674 q= 1.6143
Vector: 21 F= 151.24 Cos= -0.011 Sum= 0.674 q= -0.2932
Vector: 22 F= 162.45 Cos= -0.060 Sum= 0.678 q= -1.5805
%Projmod-Wn> Eigenvector 23 Norm= 1.0001
Vector: 23 F= 163.13 Cos= 0.018 Sum= 0.678 q= 0.4825
Vector: 24 F= 167.48 Cos= -0.013 Sum= 0.679 q= -0.3558
Vector: 25 F= 171.66 Cos= 0.079 Sum= 0.685 q= 2.0945
Vector: 26 F= 173.60 Cos= 0.054 Sum= 0.688 q= 1.4128
Vector: 27 F= 180.56 Cos= -0.038 Sum= 0.689 q= -1.0055
Vector: 28 F= 183.89 Cos= 0.033 Sum= 0.690 q= 0.8771
Vector: 29 F= 186.63 Cos= 0.102 Sum= 0.701 q= 2.6831
Vector: 30 F= 190.35 Cos= -0.069 Sum= 0.705 q= -1.8280
Vector: 31 F= 195.15 Cos= 0.006 Sum= 0.705 q= 0.1472
Vector: 32 F= 199.37 Cos= 0.084 Sum= 0.712 q= 2.2075
Vector: 33 F= 201.25 Cos= 0.034 Sum= 0.714 q= 0.9070
Vector: 34 F= 203.93 Cos= 0.032 Sum= 0.715 q= 0.8501
%Projmod-Wn> Eigenvector 35 Norm= 1.0001
Vector: 35 F= 207.63 Cos= 0.050 Sum= 0.717 q= 1.3082
Vector: 36 F= 210.25 Cos= 0.076 Sum= 0.723 q= 2.0059
Vector: 37 F= 215.87 Cos= 0.034 Sum= 0.724 q= 0.9023
Vector: 38 F= 219.63 Cos= 0.021 Sum= 0.725 q= 0.5478
Vector: 39 F= 224.51 Cos= 0.042 Sum= 0.726 q= 1.0995
Vector: 40 F= 227.23 Cos= 0.043 Sum= 0.728 q= 1.1459
Vector: 41 F= 229.48 Cos= -0.043 Sum= 0.730 q= -1.1357
Vector: 42 F= 234.51 Cos= -0.020 Sum= 0.730 q= -0.5156
Vector: 43 F= 237.65 Cos= 0.028 Sum= 0.731 q= 0.7290
Vector: 44 F= 241.64 Cos= 0.027 Sum= 0.732 q= 0.7009
Vector: 45 F= 244.11 Cos= 0.006 Sum= 0.732 q= 0.1675
%Projmod-Wn> Eigenvector 46 Norm= 0.9999
Vector: 46 F= 249.28 Cos= -0.074 Sum= 0.737 q= -1.9590
Vector: 47 F= 250.64 Cos= 0.020 Sum= 0.738 q= 0.5245
Vector: 48 F= 253.64 Cos= 0.038 Sum= 0.739 q= 1.0063
Vector: 49 F= 258.75 Cos= 0.021 Sum= 0.740 q= 0.5602
Vector: 50 F= 261.31 Cos= -0.019 Sum= 0.740 q= -0.5115
Vector: 51 F= 263.22 Cos= 0.014 Sum= 0.740 q= 0.3820
Vector: 52 F= 264.47 Cos= -0.030 Sum= 0.741 q= -0.7872
Vector: 53 F= 270.44 Cos= 0.027 Sum= 0.742 q= 0.7234
Vector: 54 F= 273.07 Cos= -0.004 Sum= 0.742 q= -0.0974
Vector: 55 F= 276.69 Cos= -0.050 Sum= 0.745 q= -1.3265
Vector: 56 F= 277.74 Cos= 0.011 Sum= 0.745 q= 0.2822
Vector: 57 F= 280.40 Cos= -0.059 Sum= 0.748 q= -1.5465
Vector: 58 F= 284.70 Cos= 0.025 Sum= 0.749 q= 0.6703
Vector: 59 F= 286.80 Cos= 0.008 Sum= 0.749 q= 0.2055
Vector: 60 F= 290.05 Cos= 0.018 Sum= 0.749 q= 0.4637
Vector: 61 F= 293.20 Cos= 0.017 Sum= 0.749 q= 0.4357
Vector: 62 F= 294.69 Cos= 0.038 Sum= 0.751 q= 1.0023
Vector: 63 F= 296.11 Cos= 0.026 Sum= 0.752 q= 0.6788
Vector: 64 F= 298.66 Cos= -0.012 Sum= 0.752 q= -0.3074
Vector: 65 F= 301.32 Cos= 0.003 Sum= 0.752 q= 0.0859
Vector: 66 F= 301.61 Cos= 0.044 Sum= 0.754 q= 1.1555
Vector: 67 F= 305.09 Cos= 0.017 Sum= 0.754 q= 0.4504
Vector: 68 F= 307.07 Cos= 0.008 Sum= 0.754 q= 0.2007
Vector: 69 F= 308.64 Cos= 0.033 Sum= 0.755 q= 0.8824
Vector: 70 F= 312.76 Cos= -0.032 Sum= 0.756 q= -0.8435
Vector: 71 F= 313.74 Cos= 0.038 Sum= 0.758 q= 1.0118
Vector: 72 F= 316.51 Cos= 0.049 Sum= 0.760 q= 1.2800
Vector: 73 F= 322.19 Cos= 0.023 Sum= 0.760 q= 0.6116
Vector: 74 F= 322.80 Cos= 0.022 Sum= 0.761 q= 0.5921
Vector: 75 F= 326.75 Cos= 0.009 Sum= 0.761 q= 0.2252
Vector: 76 F= 328.09 Cos= 0.001 Sum= 0.761 q= 0.0266
Vector: 77 F= 330.31 Cos= -0.006 Sum= 0.761 q= -0.1595
Vector: 78 F= 332.02 Cos= 0.021 Sum= 0.761 q= 0.5438
Vector: 79 F= 335.88 Cos= 0.000 Sum= 0.761 q= 0.0074
Vector: 80 F= 340.97 Cos= 0.040 Sum= 0.763 q= 1.0454
Vector: 81 F= 341.54 Cos= -0.039 Sum= 0.765 q= -1.0387
Vector: 82 F= 346.29 Cos= 0.011 Sum= 0.765 q= 0.2874
Vector: 83 F= 350.85 Cos= 0.001 Sum= 0.765 q= 0.0372
Vector: 84 F= 353.03 Cos= -0.019 Sum= 0.765 q= -0.5105
Vector: 85 F= 358.01 Cos= 0.037 Sum= 0.766 q= 0.9850
Vector: 86 F= 358.83 Cos= 0.049 Sum= 0.769 q= 1.2879
Vector: 87 F= 362.43 Cos= 0.018 Sum= 0.769 q= 0.4718
Vector: 88 F= 363.72 Cos= 0.052 Sum= 0.772 q= 1.3686
Vector: 89 F= 365.02 Cos= 0.037 Sum= 0.773 q= 0.9799
Vector: 90 F= 366.79 Cos= -0.039 Sum= 0.775 q= -1.0279
Vector: 91 F= 368.08 Cos= 0.018 Sum= 0.775 q= 0.4721
Vector: 92 F= 370.95 Cos= -0.061 Sum= 0.779 q= -1.5989
Vector: 93 F= 372.69 Cos= -0.037 Sum= 0.780 q= -0.9736
Vector: 94 F= 375.84 Cos= 0.014 Sum= 0.780 q= 0.3799
Vector: 95 F= 377.25 Cos= 0.041 Sum= 0.782 q= 1.0724
Vector: 96 F= 379.59 Cos= 0.072 Sum= 0.787 q= 1.8955
Vector: 97 F= 384.68 Cos= 0.023 Sum= 0.788 q= 0.6099
Vector: 98 F= 386.67 Cos= 0.032 Sum= 0.789 q= 0.8391
%Projmod-Wn> Eigenvector 99 Norm= 1.0001
Vector: 99 F= 387.28 Cos= 0.058 Sum= 0.792 q= 1.5325
Vector: 100 F= 391.51 Cos= 0.000 Sum= 0.792 q= 0.0121
Vector: 101 F= 393.32 Cos= 0.012 Sum= 0.792 q= 0.3263
Vector: 102 F= 394.66 Cos= 0.004 Sum= 0.792 q= 0.0991
Vector: 103 F= 395.86 Cos= 0.049 Sum= 0.795 q= 1.2815
Vector: 104 F= 398.23 Cos= -0.010 Sum= 0.795 q= -0.2724
Vector: 105 F= 399.71 Cos= 0.006 Sum= 0.795 q= 0.1657
Vector: 106 F= 401.04 Cos= -0.021 Sum= 0.795 q= -0.5437
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003434
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 54.865841
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.70 for mode 9 with F= 68.49 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.491 0.573 0.642 0.668 0.686 0.795
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 7 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-20 374 1.887 345 1.473
MODEL 2 MODE=7 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=7 DQ=20 374 1.514 361 1.303
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 8 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-20 374 1.835 360 1.389
MODEL 2 MODE=8 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=8 DQ=20 374 1.577 364 1.213
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 9 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-20 374 0.976 369 0.772
MODEL 2 MODE=9 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=9 DQ=20 374 2.214 333 1.726
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 10 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-20 374 1.557 358 1.317
MODEL 2 MODE=10 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=10 DQ=20 374 1.852 348 1.588
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 11 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
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2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-20 374 1.651 354 1.401
MODEL 2 MODE=11 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=11 DQ=20 374 1.769 342 1.190
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 12 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=12 DQ=-20 374 1.774 350 1.476
MODEL 2 MODE=12 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=12 DQ=20 374 1.646 356 1.293
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 13 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
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3 models are in 2604262204102534339.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=13 DQ=-20 374 1.711 355 1.422
MODEL 2 MODE=13 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=13 DQ=20 374 1.711 351 1.389
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 14 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
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making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=14 DQ=-20 374 1.843 349 1.510
MODEL 2 MODE=14 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=14 DQ=20 374 1.568 363 1.423
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 15 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=15 DQ=-20 374 1.632 357 1.438
MODEL 2 MODE=15 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=15 DQ=20 374 1.787 357 1.439
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2604262204102534339 16 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604262204102534339.eigenfacs
2604262204102534339.atom
making animated gifs
3 models are in 2604262204102534339.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604262204102534339.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=16 DQ=-20 374 1.687 354 1.294
MODEL 2 MODE=16 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=16 DQ=20 374 1.735 347 1.322
2604262204102534339.10.pdb
2604262204102534339.11.pdb
2604262204102534339.12.pdb
2604262204102534339.13.pdb
2604262204102534339.14.pdb
2604262204102534339.15.pdb
2604262204102534339.16.pdb
2604262204102534339.7.pdb
2604262204102534339.8.pdb
2604262204102534339.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m2.635s
user 0m2.616s
sys 0m0.017s
rm: cannot remove '2604262204102534339.sdijf': No such file or directory
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