*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604270830312621747.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604270830312621747.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604270830312621747.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 5.149500 +/- 10.921006 From: -17.371000 To: 27.304000
= 14.472070 +/- 9.136279 From: -5.320000 To: 35.219000
= 24.620505 +/- 14.543085 From: -3.850000 To: 56.557000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.6662 % Filled.
Pdbmat> 35697 non-zero elements.
Pdbmat> 3717 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 19.88 +/- 6.11
Maximum number = 34
Minimum number = 7
Pdbmat> Matrix trace = 74340.0
Pdbmat> Larger element = 132.310
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
374 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604270830312621747.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604270830312621747.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604270830312621747.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 374 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 374 residues.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 1 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2th, in residue A 2
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 1
Block first atom: 1
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 2 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 6th, in residue A 6
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 2
Block first atom: 5
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 3 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 10th, in residue A 10
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 3
Block first atom: 9
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 4 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 14th, in residue A 14
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 4
Block first atom: 13
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 5 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 18th, in residue A 18
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 17
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 6 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 22th, in residue A 22
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 6
Block first atom: 21
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 7 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 26th, in residue A 26
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 25
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 8 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 30th, in residue A 30
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 8
Block first atom: 29
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 9 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 34th, in residue A 34
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 9
Block first atom: 33
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 10 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 38th, in residue A 38
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 10
Block first atom: 37
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 11 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 42th, in residue A 42
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 41
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 12 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 46th, in residue A 46
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 12
Block first atom: 45
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 13 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 50th, in residue A 50
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 13
Block first atom: 49
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 14 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 54th, in residue A 54
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 14
Block first atom: 53
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 15 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 58th, in residue A 58
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 15
Block first atom: 57
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 16 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 62th, in residue A 62
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 61
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 17 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 66th, in residue A 66
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 65
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 18 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 70th, in residue A 70
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 18
Block first atom: 69
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 19 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 74th, in residue A 74
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 19
Block first atom: 73
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 20 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 78th, in residue A 78
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 20
Block first atom: 77
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 21 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 82th, in residue A 82
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 81
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 22 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 86th, in residue A 86
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 22
Block first atom: 85
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 23 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 90th, in residue A 90
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 89
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 24 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 94th, in residue A 94
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 24
Block first atom: 93
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 25 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 98th, in residue A 98
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 25
Block first atom: 97
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 26 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 102th, in residue A 102
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 101
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 27 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 106th, in residue A 106
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 105
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 28 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 110th, in residue A 110
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 28
Block first atom: 109
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 29 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 114th, in residue A 114
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 29
Block first atom: 113
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 30 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 118th, in residue A 118
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 30
Block first atom: 117
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 31 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 122th, in residue A 122
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 31
Block first atom: 121
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 32 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 126th, in residue A 126
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 32
Block first atom: 125
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 33 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 130th, in residue A 130
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 129
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 34 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 134th, in residue A 134
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 34
Block first atom: 133
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 35 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 138th, in residue A 138
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 35
Block first atom: 137
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 36 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 142th, in residue A 142
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 36
Block first atom: 141
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 37 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 146th, in residue A 146
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 37
Block first atom: 145
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 38 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 150th, in residue A 150
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 38
Block first atom: 149
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 39 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 154th, in residue A 154
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 39
Block first atom: 153
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 40 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 158th, in residue A 158
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 40
Block first atom: 157
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 41 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 162th, in residue A 162
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 41
Block first atom: 161
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 42 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 166th, in residue A 166
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 42
Block first atom: 165
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 43 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 170th, in residue A 170
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 169
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 44 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 174th, in residue A 174
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 44
Block first atom: 173
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 45 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 178th, in residue A 178
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 45
Block first atom: 177
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 46 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 182th, in residue A 182
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 46
Block first atom: 181
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 47 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 186th, in residue A 186
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 47
Block first atom: 185
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 48 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 190th, in residue A 190
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 48
Block first atom: 189
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 49 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 194th, in residue A 194
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 193
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 50 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 198th, in residue A 198
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 50
Block first atom: 197
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 51 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 202th, in residue A 202
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 51
Block first atom: 201
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 52 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 206th, in residue A 206
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 52
Block first atom: 205
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 53 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 210th, in residue A 210
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 53
Block first atom: 209
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 54 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 214th, in residue A 214
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 54
Block first atom: 213
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 55 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 218th, in residue A 218
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 55
Block first atom: 217
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 56 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 222th, in residue A 222
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 56
Block first atom: 221
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 57 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 226th, in residue A 226
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 57
Block first atom: 225
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 58 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 230th, in residue A 230
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 58
Block first atom: 229
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 59 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 234th, in residue A 234
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 59
Block first atom: 233
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 60 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 238th, in residue A 238
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 60
Block first atom: 237
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 61 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 242th, in residue A 242
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 61
Block first atom: 241
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 62 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 246th, in residue A 246
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 62
Block first atom: 245
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 63 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 250th, in residue A 250
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 63
Block first atom: 249
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 64 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 254th, in residue A 254
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 64
Block first atom: 253
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 65 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 258th, in residue A 258
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 65
Block first atom: 257
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 66 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 262th, in residue A 262
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 66
Block first atom: 261
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 67 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 266th, in residue A 266
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 67
Block first atom: 265
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 68 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 270th, in residue A 270
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 68
Block first atom: 269
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 69 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 274th, in residue A 274
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 69
Block first atom: 273
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 70 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 278th, in residue A 278
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 70
Block first atom: 277
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 71 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 282th, in residue A 282
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 71
Block first atom: 281
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 72 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 286th, in residue A 286
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 72
Block first atom: 285
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 73 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 290th, in residue A 290
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 73
Block first atom: 289
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 74 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 294th, in residue A 294
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 74
Block first atom: 293
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 75 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 298th, in residue A 298
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 75
Block first atom: 297
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 76 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 302th, in residue A 302
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 76
Block first atom: 301
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 77 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 306th, in residue A 306
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 77
Block first atom: 305
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 78 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 310th, in residue A 310
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 78
Block first atom: 309
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 79 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 314th, in residue A 314
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 79
Block first atom: 313
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 80 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 318th, in residue A 318
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 80
Block first atom: 317
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 81 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 322th, in residue A 322
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 81
Block first atom: 321
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 82 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 326th, in residue A 326
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 82
Block first atom: 325
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 83 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 330th, in residue A 330
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 83
Block first atom: 329
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 84 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 334th, in residue A 334
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 84
Block first atom: 333
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 85 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 338th, in residue A 338
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 85
Block first atom: 337
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 86 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 342th, in residue A 342
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 86
Block first atom: 341
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 87 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 346th, in residue A 346
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 87
Block first atom: 345
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 88 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 350th, in residue A 350
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 88
Block first atom: 349
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 89 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 354th, in residue A 354
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 89
Block first atom: 353
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 90 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 358th, in residue A 358
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 90
Block first atom: 357
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 91 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 362th, in residue A 362
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 91
Block first atom: 361
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 92 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 366th, in residue A 366
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 92
Block first atom: 365
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 93 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 370th, in residue A 370
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 93
Block first atom: 369
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 94 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 374th, in residue A 374
%Blocpdb-Wn> It is merged with last block.
Blocpdb> 93 blocks.
Blocpdb> At most, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 35790 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1122
Prepmat> Matrix trace = 74340.0000
Prepmat> Last element read: 1122 1122 48.9577
Prepmat> 4372 lines saved.
Prepmat> 3684 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 374
RTB> Total mass = 374.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 374
RTB> Number of blocks = 93
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 32587.9221
RTB> 23337 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 558
Diagstd> Nb of non-zero elements: 23337
Diagstd> Projected matrix trace = 32587.9221
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 558 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 32587.9221
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.5679828 0.9262167 0.9703233 1.4152695
1.9394657 2.2241535 2.4148100 2.7927752 2.9723859
3.0771926 3.2843714 3.5984027 3.6553920 4.0087557
4.3155268 4.5030589 4.7187141 4.9217966 5.0054840
5.0799226 5.4787723 5.8790871 6.3705983 6.5029564
6.5168970 6.7995109 7.1274885 7.7142113 7.9836460
8.0328348 8.1847180 8.2349121 8.6178533 9.2234205
9.2661790 9.4461837 9.6109749 9.6966493 10.2606707
10.3592045 10.6786032 10.7883150 11.0293684 11.4469534
11.5140922 11.5953776 11.9194122 12.1471812 12.4817928
12.5474914 12.7735449 13.0090460 13.2882923 13.4092668
13.9885122 14.0903336 14.4255905 14.5577204 14.7797175
15.0388700 15.4032570 15.4839145 15.7173265 15.9449391
16.1414867 16.5413771 16.8366493 17.1047644 17.2789131
17.4816288 17.7180185 18.0457643 18.1823255 18.3966535
18.5027426 19.0484972 19.2181996 19.3295850 19.7085273
19.7588180 19.9770967 20.2040130 20.4953395 20.8110536
21.0385462 21.7735965 21.8056767 21.9970233 22.1677419
22.4796731 22.6088152 22.6801713 23.0129725 23.4064035
23.5515347 23.7321167 23.8553623 23.9715370 24.3518535
24.5299821
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034335 0.0034336 0.0034337 0.0034337 0.0034340
0.0034340 81.8394823 104.5084912 106.9679085 129.1858238
151.2294354 161.9487729 168.7472735 181.4735226 187.2181199
190.4901934 196.7983322 205.9919098 207.6166873 217.4202927
225.5860237 230.4353451 235.8886864 240.9112660 242.9507920
244.7506348 254.1773851 263.2996162 274.0850765 276.9176914
277.2143505 283.1614429 289.9102314 301.6067414 306.8286555
307.7724189 310.6684426 311.6195983 318.7827611 329.7928869
330.5564408 333.7516908 336.6502960 338.1474555 347.8429095
349.5090967 354.8562878 356.6745227 360.6372663 367.4009181
368.4767857 369.7751547 374.9062666 378.4713733 383.6487300
384.6570835 388.1065744 391.6679224 395.8492872 397.6470792
406.1449363 407.6204073 412.4412364 414.3257899 417.4729558
421.1171054 426.1883370 427.3027250 430.5113615 433.6174112
436.2817507 441.6529251 445.5773566 449.1111416 451.3916188
454.0317540 457.0911953 461.2994323 463.0415831 465.7626882
467.1037280 473.9424833 476.0489703 477.4265259 482.0836105
482.6982899 485.3571887 488.1059476 491.6124110 495.3843868
498.0846329 506.7110393 507.0841833 509.3041765 511.2767081
514.8613326 516.3381119 517.1522818 520.9327232 525.3667993
526.9930490 529.0095568 530.3814035 531.6713044 535.8722789
537.8286043
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 374
Rtb_to_modes> Number of blocs = 93
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9987E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5680
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9262
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9703
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.415
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.939
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.224
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.415
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.793
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.972
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.077
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.284
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.598
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.655
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.009
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.316
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.503
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.719
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.922
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.005
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.080
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.479
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.879
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.371
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.503
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.517
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.800
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.127
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.714
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.984
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.033
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.185
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.235
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.618
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.223
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.266
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.446
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.611
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.697
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.53
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 558 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000
0.99997 0.99999 0.99997 1.00001 1.00000
0.99995 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00002
1.00001 1.00003 0.99999 0.99999 0.99998
1.00003 1.00002 1.00002 0.99998 1.00001
0.99998 1.00001 0.99997 0.99999 1.00002
0.99997 0.99998 1.00005 1.00002 1.00000
0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 1.00001
1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998
1.00002 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 0.99999 1.00000 0.99997 1.00003
1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 0.99997
0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99996
1.00003 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00003
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99997 1.00000 1.00000 0.99998 1.00002
1.00002 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
1.00001 1.00002 0.99999 1.00001 0.99999
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 6732 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000
0.99997 0.99999 0.99997 1.00001 1.00000
0.99995 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00002
1.00001 1.00003 0.99999 0.99999 0.99998
1.00003 1.00002 1.00002 0.99998 1.00001
0.99998 1.00001 0.99997 0.99999 1.00002
0.99997 0.99998 1.00005 1.00002 1.00000
0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 1.00001
1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998
1.00002 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 0.99999 1.00000 0.99997 1.00003
1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 0.99997
0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99996
1.00003 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00003
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99997 1.00000 1.00000 0.99998 1.00002
1.00002 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
1.00001 1.00002 0.99999 1.00001 0.99999
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604270830312621747.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604270830312621747.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604270830312621747.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604270830312621747.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9987E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5680
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9262
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9703
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.415
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.939
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.224
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.415
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.793
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.972
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.077
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.284
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.598
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.655
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.009
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.316
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.503
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.719
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.922
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.005
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.080
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.479
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.879
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.371
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.503
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.517
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.800
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.127
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.714
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.984
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.033
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.185
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.235
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.618
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.223
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.266
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.446
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.611
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.697
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.53
Bfactors> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.568000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.645 +/- 0.81
Bfactors> = 16.700 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= 16.055
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604270830312621747.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604270830312621747.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 181.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.8
Chkmod> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Chkmod> That is: 374 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 36 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 43 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 70 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7602
0.0034 0.9895
0.0034 0.7507
0.0034 0.8605
0.0034 0.7442
0.0034 0.9845
81.8372 0.4680
104.5031 0.4622
106.9620 0.2848
129.1680 0.2062
151.2048 0.3854
161.9362 0.2080
168.7467 0.4752
181.4730 0.4423
187.1979 0.7407
190.4761 0.1729
196.7788 0.4356
205.9715 0.2592
207.5966 0.2280
217.4176 0.3342
225.5887 0.2548
230.4239 0.2825
235.8857 0.1998
240.9059 0.3506
242.9286 0.4794
244.7420 0.4125
254.1718 0.2425
263.2864 0.4975
274.0820 0.3409
276.9067 0.5086
277.2046 0.4840
283.1595 0.4467
289.8879 0.4929
301.5897 0.5882
306.8223 0.4295
307.7624 0.2228
310.6605 0.5382
311.6079 0.5194
318.7718 0.5714
329.7712 0.4028
330.5391 0.3376
333.7341 0.1902
336.6363 0.3739
338.1391 0.4469
347.8166 0.4449
349.5075 0.2361
354.8643 0.4742
356.6871 0.5675
360.6321 0.4831
367.4340 0.5018
368.3955 0.4747
369.8330 0.3773
374.8994 0.4801
378.4990 0.3612
383.6047 0.5475
384.6790 0.5888
388.0361 0.5121
391.6655 0.4929
395.8577 0.2584
397.6409 0.4060
406.1491 0.5988
407.5981 0.4229
412.4866 0.4168
414.3404 0.5610
417.4590 0.4148
421.1148 0.3810
426.1250 0.5565
427.2304 0.4743
430.5295 0.5093
433.5316 0.4809
436.2429 0.5627
441.6156 0.5560
445.6026 0.5214
449.0293 0.5679
451.3864 0.5060
453.9911 0.4155
457.0971 0.5365
461.3338 0.3846
462.9921 0.4568
465.7851 0.5102
467.0491 0.4674
473.9408 0.4788
476.0508 0.4297
477.4112 0.3056
482.0809 0.5081
482.6920 0.4510
485.3716 0.4929
488.0365 0.4837
491.6472 0.4235
495.3506 0.4364
498.0805 0.3760
506.6474 0.3850
507.1127 0.4691
509.3168 0.5601
511.2808 0.5211
514.8430 0.5291
516.3295 0.4764
517.1281 0.4757
520.8767 0.5556
525.3846 0.5082
526.9533 0.5236
528.9633 0.5040
530.4102 0.5431
531.6314 0.3773
535.8289 0.5344
537.8057 0.5316
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604270830312621747.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604270830312621747.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604270830312621747.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604270830312621747.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604270830312621747.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604270830312621747.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 181.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 190.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 283.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.8
Projmod> 106 vectors, 1122 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 374
First residue number = 1
Last residue number = 374
Number of atoms found = 374
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 374 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 1.36
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0003
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0002
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0000
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0000
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.000 Sum= 0.000 q= 0.0006
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0002
Vector: 7 F= 81.84 Cos= 0.144 Sum= 0.021 q= 3.7835
Vector: 8 F= 104.50 Cos= 0.672 Sum= 0.472 q= 17.7136
Vector: 9 F= 106.96 Cos= 0.304 Sum= 0.564 q= 8.0192
Vector: 10 F= 129.17 Cos= -0.105 Sum= 0.575 q= -2.7610
Vector: 11 F= 151.20 Cos= 0.086 Sum= 0.583 q= 2.2631
Vector: 12 F= 161.94 Cos= 0.079 Sum= 0.589 q= 2.0897
Vector: 13 F= 168.75 Cos= 0.020 Sum= 0.589 q= 0.5175
Vector: 14 F= 181.47 Cos= 0.062 Sum= 0.593 q= 1.6407
Vector: 15 F= 187.20 Cos= 0.060 Sum= 0.597 q= 1.5931
Vector: 16 F= 190.48 Cos= -0.042 Sum= 0.599 q= -1.1172
Vector: 17 F= 196.78 Cos= -0.159 Sum= 0.624 q= -4.1964
Vector: 18 F= 205.97 Cos= -0.043 Sum= 0.626 q= -1.1229
Vector: 19 F= 207.60 Cos= -0.073 Sum= 0.631 q= -1.9228
Vector: 20 F= 217.42 Cos= -0.006 Sum= 0.631 q= -0.1524
Vector: 21 F= 225.59 Cos= -0.017 Sum= 0.632 q= -0.4547
Vector: 22 F= 230.42 Cos= 0.049 Sum= 0.634 q= 1.2797
Vector: 23 F= 235.89 Cos= -0.063 Sum= 0.638 q= -1.6519
Vector: 24 F= 240.91 Cos= 0.015 Sum= 0.638 q= 0.4047
Vector: 25 F= 242.93 Cos= -0.036 Sum= 0.639 q= -0.9591
Vector: 26 F= 244.74 Cos= 0.013 Sum= 0.640 q= 0.3555
Vector: 27 F= 254.17 Cos= 0.065 Sum= 0.644 q= 1.7232
Vector: 28 F= 263.29 Cos= 0.016 Sum= 0.644 q= 0.4172
Vector: 29 F= 274.08 Cos= -0.063 Sum= 0.648 q= -1.6647
Vector: 30 F= 276.91 Cos= -0.042 Sum= 0.650 q= -1.1100
Vector: 31 F= 277.20 Cos= 0.087 Sum= 0.657 q= 2.2966
Vector: 32 F= 283.16 Cos= -0.085 Sum= 0.665 q= -2.2449
Vector: 33 F= 289.89 Cos= 0.025 Sum= 0.665 q= 0.6486
Vector: 34 F= 301.59 Cos= -0.014 Sum= 0.666 q= -0.3788
Vector: 35 F= 306.82 Cos= -0.026 Sum= 0.666 q= -0.6762
%Projmod-Wn> Eigenvector 36 Norm= 0.9999
Vector: 36 F= 307.76 Cos= -0.011 Sum= 0.666 q= -0.2971
Vector: 37 F= 310.66 Cos= 0.009 Sum= 0.666 q= 0.2475
Vector: 38 F= 311.61 Cos= -0.038 Sum= 0.668 q= -1.0063
Vector: 39 F= 318.77 Cos= 0.011 Sum= 0.668 q= 0.2897
Vector: 40 F= 329.77 Cos= 0.039 Sum= 0.669 q= 1.0215
Vector: 41 F= 330.54 Cos= 0.012 Sum= 0.670 q= 0.3094
Vector: 42 F= 333.73 Cos= 0.018 Sum= 0.670 q= 0.4653
%Projmod-Wn> Eigenvector 43 Norm= 1.0001
Vector: 43 F= 336.64 Cos= 0.033 Sum= 0.671 q= 0.8655
Vector: 44 F= 338.14 Cos= -0.006 Sum= 0.671 q= -0.1583
Vector: 45 F= 347.82 Cos= 0.011 Sum= 0.671 q= 0.2827
Vector: 46 F= 349.51 Cos= -0.008 Sum= 0.671 q= -0.2063
Vector: 47 F= 354.86 Cos= -0.025 Sum= 0.672 q= -0.6682
Vector: 48 F= 356.69 Cos= -0.001 Sum= 0.672 q= -0.0193
Vector: 49 F= 360.63 Cos= 0.074 Sum= 0.677 q= 1.9550
Vector: 50 F= 367.43 Cos= 0.039 Sum= 0.679 q= 1.0336
Vector: 51 F= 368.40 Cos= 0.032 Sum= 0.680 q= 0.8538
Vector: 52 F= 369.83 Cos= 0.048 Sum= 0.682 q= 1.2708
Vector: 53 F= 374.90 Cos= -0.059 Sum= 0.686 q= -1.5478
Vector: 54 F= 378.50 Cos= 0.023 Sum= 0.686 q= 0.6008
Vector: 55 F= 383.60 Cos= 0.070 Sum= 0.691 q= 1.8553
Vector: 56 F= 384.68 Cos= -0.020 Sum= 0.692 q= -0.5249
Vector: 57 F= 388.04 Cos= 0.037 Sum= 0.693 q= 0.9732
Vector: 58 F= 391.67 Cos= 0.050 Sum= 0.695 q= 1.3213
Vector: 59 F= 395.86 Cos= 0.029 Sum= 0.696 q= 0.7721
Vector: 60 F= 397.64 Cos= 0.012 Sum= 0.696 q= 0.3076
Vector: 61 F= 406.15 Cos= -0.003 Sum= 0.696 q= -0.0855
Vector: 62 F= 407.60 Cos= -0.013 Sum= 0.697 q= -0.3315
Vector: 63 F= 412.49 Cos= -0.031 Sum= 0.698 q= -0.8157
Vector: 64 F= 414.34 Cos= 0.006 Sum= 0.698 q= 0.1479
Vector: 65 F= 417.46 Cos= -0.060 Sum= 0.701 q= -1.5752
Vector: 66 F= 421.11 Cos= -0.091 Sum= 0.709 q= -2.3894
Vector: 67 F= 426.12 Cos= 0.049 Sum= 0.712 q= 1.2941
Vector: 68 F= 427.23 Cos= 0.049 Sum= 0.714 q= 1.2814
Vector: 69 F= 430.53 Cos= -0.008 Sum= 0.714 q= -0.2141
%Projmod-Wn> Eigenvector 70 Norm= 0.9999
Vector: 70 F= 433.53 Cos= 0.017 Sum= 0.715 q= 0.4612
Vector: 71 F= 436.24 Cos= -0.007 Sum= 0.715 q= -0.1724
Vector: 72 F= 441.62 Cos= -0.038 Sum= 0.716 q= -1.0115
Vector: 73 F= 445.60 Cos= 0.031 Sum= 0.717 q= 0.8113
Vector: 74 F= 449.03 Cos= -0.019 Sum= 0.717 q= -0.5040
Vector: 75 F= 451.39 Cos= -0.040 Sum= 0.719 q= -1.0578
Vector: 76 F= 453.99 Cos= -0.018 Sum= 0.719 q= -0.4827
Vector: 77 F= 457.10 Cos= 0.025 Sum= 0.720 q= 0.6635
Vector: 78 F= 461.33 Cos= -0.018 Sum= 0.720 q= -0.4662
Vector: 79 F= 462.99 Cos= 0.004 Sum= 0.720 q= 0.0939
Vector: 80 F= 465.79 Cos= -0.001 Sum= 0.720 q= -0.0221
Vector: 81 F= 467.05 Cos= -0.036 Sum= 0.722 q= -0.9392
Vector: 82 F= 473.94 Cos= 0.013 Sum= 0.722 q= 0.3369
Vector: 83 F= 476.05 Cos= 0.003 Sum= 0.722 q= 0.0753
Vector: 84 F= 477.41 Cos= -0.034 Sum= 0.723 q= -0.8897
Vector: 85 F= 482.08 Cos= -0.025 Sum= 0.724 q= -0.6721
Vector: 86 F= 482.69 Cos= 0.004 Sum= 0.724 q= 0.1182
Vector: 87 F= 485.37 Cos= -0.021 Sum= 0.724 q= -0.5464
Vector: 88 F= 488.04 Cos= 0.017 Sum= 0.724 q= 0.4496
Vector: 89 F= 491.65 Cos= 0.020 Sum= 0.725 q= 0.5282
Vector: 90 F= 495.35 Cos= 0.080 Sum= 0.731 q= 2.1045
Vector: 91 F= 498.08 Cos= 0.037 Sum= 0.732 q= 0.9776
Vector: 92 F= 506.65 Cos= 0.027 Sum= 0.733 q= 0.7096
Vector: 93 F= 507.11 Cos= -0.023 Sum= 0.734 q= -0.6070
Vector: 94 F= 509.32 Cos= 0.008 Sum= 0.734 q= 0.2198
Vector: 95 F= 511.28 Cos= -0.005 Sum= 0.734 q= -0.1426
Vector: 96 F= 514.84 Cos= 0.016 Sum= 0.734 q= 0.4202
Vector: 97 F= 516.33 Cos= -0.026 Sum= 0.735 q= -0.6789
Vector: 98 F= 517.13 Cos= 0.020 Sum= 0.735 q= 0.5176
Vector: 99 F= 520.88 Cos= 0.000 Sum= 0.735 q= 0.0124
Vector: 100 F= 525.38 Cos= 0.018 Sum= 0.735 q= 0.4640
Vector: 101 F= 526.95 Cos= 0.014 Sum= 0.736 q= 0.3746
Vector: 102 F= 528.96 Cos= 0.018 Sum= 0.736 q= 0.4719
Vector: 103 F= 530.41 Cos= -0.013 Sum= 0.736 q= -0.3308
Vector: 104 F= 531.63 Cos= -0.027 Sum= 0.737 q= -0.7167
Vector: 105 F= 535.83 Cos= -0.012 Sum= 0.737 q= -0.3133
Vector: 106 F= 537.81 Cos= 0.001 Sum= 0.737 q= 0.0278
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 81.837208
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.67 for mode 8 with F= 104.50 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.451 0.569 0.609 0.631 0.649 0.737
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 7 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-20 374 1.825 346 1.456
MODEL 2 MODE=7 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=7 DQ=20 374 1.588 358 1.376
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 8 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-20 374 2.196 332 1.663
MODEL 2 MODE=8 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=8 DQ=20 374 1.017 369 0.817
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 9 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-20 374 1.946 345 1.620
MODEL 2 MODE=9 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=9 DQ=20 374 1.439 364 1.111
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 10 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-20 374 1.622 365 1.315
MODEL 2 MODE=10 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=10 DQ=20 374 1.795 354 1.420
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 11 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-20 374 1.780 343 1.310
MODEL 2 MODE=11 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=11 DQ=20 374 1.639 353 1.380
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 12 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=12 DQ=-20 374 1.775 347 1.394
MODEL 2 MODE=12 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=12 DQ=20 374 1.645 356 1.237
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 13 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=13 DQ=-20 374 1.727 357 1.465
MODEL 2 MODE=13 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=13 DQ=20 374 1.695 352 1.368
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 14 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=14 DQ=-20 374 1.762 357 1.512
MODEL 2 MODE=14 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=14 DQ=20 374 1.659 354 1.315
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 15 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=15 DQ=-20 374 1.760 350 1.447
MODEL 2 MODE=15 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=15 DQ=20 374 1.661 363 1.509
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270830312621747 16 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270830312621747.eigenfacs
2604270830312621747.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270830312621747.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270830312621747.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=16 DQ=-20 374 1.676 352 1.219
MODEL 2 MODE=16 DQ=0 374 1.363 365 1.200
MODEL 3 MODE=16 DQ=20 374 1.746 354 1.391
2604270830312621747.10.pdb
2604270830312621747.11.pdb
2604270830312621747.12.pdb
2604270830312621747.13.pdb
2604270830312621747.14.pdb
2604270830312621747.15.pdb
2604270830312621747.16.pdb
2604270830312621747.7.pdb
2604270830312621747.8.pdb
2604270830312621747.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m2.350s
user 0m2.330s
sys 0m0.019s
rm: cannot remove '2604270830312621747.sdijf': No such file or directory
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