*** open-closed-cutoff10 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604270913122637632.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604270913122637632.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604270913122637632.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 401
First residue number = 3
Last residue number = 410
Number of atoms found = 401
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 43.865883 +/- 15.185813 From: 14.662000 To: 76.615000
= 13.256613 +/- 11.406021 From: -11.812000 To: 37.795000
= 46.847032 +/- 10.389321 From: 7.064000 To: 68.044000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.8762 % Filled.
Pdbmat> 35314 non-zero elements.
Pdbmat> 3657 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 18.24 +/- 5.73
Maximum number = 32
Minimum number = 4
Pdbmat> Matrix trace = 73140.0
Pdbmat> Larger element = 134.796
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
401 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604270913122637632.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604270913122637632.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604270913122637632.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 401 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 401 residues.
Blocpdb> 3 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 3 atoms in block 2
Block first atom: 4
Blocpdb> 3 atoms in block 3
Block first atom: 7
Blocpdb> 3 atoms in block 4
Block first atom: 10
Blocpdb> 3 atoms in block 5
Block first atom: 13
Blocpdb> 3 atoms in block 6
Block first atom: 16
Blocpdb> 3 atoms in block 7
Block first atom: 19
Blocpdb> 3 atoms in block 8
Block first atom: 22
Blocpdb> 3 atoms in block 9
Block first atom: 25
Blocpdb> 3 atoms in block 10
Block first atom: 28
Blocpdb> 3 atoms in block 11
Block first atom: 31
Blocpdb> 3 atoms in block 12
Block first atom: 34
Blocpdb> 3 atoms in block 13
Block first atom: 37
Blocpdb> 3 atoms in block 14
Block first atom: 40
Blocpdb> 3 atoms in block 15
Block first atom: 43
Blocpdb> 3 atoms in block 16
Block first atom: 46
Blocpdb> 3 atoms in block 17
Block first atom: 49
Blocpdb> 3 atoms in block 18
Block first atom: 52
Blocpdb> 3 atoms in block 19
Block first atom: 55
Blocpdb> 3 atoms in block 20
Block first atom: 58
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 21 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 62th, in residue A 64
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 5 atoms in block 21
Block first atom: 61
Blocpdb> 3 atoms in block 22
Block first atom: 66
Blocpdb> 3 atoms in block 23
Block first atom: 69
Blocpdb> 3 atoms in block 24
Block first atom: 72
Blocpdb> 3 atoms in block 25
Block first atom: 75
Blocpdb> 3 atoms in block 26
Block first atom: 78
Blocpdb> 3 atoms in block 27
Block first atom: 81
Blocpdb> 3 atoms in block 28
Block first atom: 84
Blocpdb> 3 atoms in block 29
Block first atom: 87
Blocpdb> 3 atoms in block 30
Block first atom: 90
Blocpdb> 3 atoms in block 31
Block first atom: 93
Blocpdb> 3 atoms in block 32
Block first atom: 96
Blocpdb> 3 atoms in block 33
Block first atom: 99
Blocpdb> 3 atoms in block 34
Block first atom: 102
Blocpdb> 3 atoms in block 35
Block first atom: 105
Blocpdb> 3 atoms in block 36
Block first atom: 108
Blocpdb> 3 atoms in block 37
Block first atom: 111
Blocpdb> 3 atoms in block 38
Block first atom: 114
Blocpdb> 3 atoms in block 39
Block first atom: 117
Blocpdb> 3 atoms in block 40
Block first atom: 120
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 41 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 123th, in residue A 126
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 41
Block first atom: 123
Blocpdb> 3 atoms in block 42
Block first atom: 126
Blocpdb> 3 atoms in block 43
Block first atom: 129
Blocpdb> 3 atoms in block 44
Block first atom: 132
Blocpdb> 3 atoms in block 45
Block first atom: 135
Blocpdb> 3 atoms in block 46
Block first atom: 138
Blocpdb> 3 atoms in block 47
Block first atom: 141
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 48 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 145th, in residue A 152
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 5 atoms in block 48
Block first atom: 144
Blocpdb> 3 atoms in block 49
Block first atom: 149
Blocpdb> 3 atoms in block 50
Block first atom: 152
Blocpdb> 3 atoms in block 51
Block first atom: 155
Blocpdb> 3 atoms in block 52
Block first atom: 158
Blocpdb> 3 atoms in block 53
Block first atom: 161
Blocpdb> 3 atoms in block 54
Block first atom: 164
Blocpdb> 3 atoms in block 55
Block first atom: 167
Blocpdb> 3 atoms in block 56
Block first atom: 170
Blocpdb> 3 atoms in block 57
Block first atom: 173
Blocpdb> 3 atoms in block 58
Block first atom: 176
Blocpdb> 3 atoms in block 59
Block first atom: 179
Blocpdb> 3 atoms in block 60
Block first atom: 182
Blocpdb> 3 atoms in block 61
Block first atom: 185
Blocpdb> 3 atoms in block 62
Block first atom: 188
Blocpdb> 3 atoms in block 63
Block first atom: 191
Blocpdb> 3 atoms in block 64
Block first atom: 194
Blocpdb> 3 atoms in block 65
Block first atom: 197
Blocpdb> 3 atoms in block 66
Block first atom: 200
Blocpdb> 3 atoms in block 67
Block first atom: 203
Blocpdb> 3 atoms in block 68
Block first atom: 206
Blocpdb> 3 atoms in block 69
Block first atom: 209
Blocpdb> 3 atoms in block 70
Block first atom: 212
Blocpdb> 3 atoms in block 71
Block first atom: 215
Blocpdb> 3 atoms in block 72
Block first atom: 218
Blocpdb> 3 atoms in block 73
Block first atom: 221
Blocpdb> 3 atoms in block 74
Block first atom: 224
Blocpdb> 3 atoms in block 75
Block first atom: 227
Blocpdb> 3 atoms in block 76
Block first atom: 230
Blocpdb> 3 atoms in block 77
Block first atom: 233
Blocpdb> 3 atoms in block 78
Block first atom: 236
Blocpdb> 3 atoms in block 79
Block first atom: 239
Blocpdb> 3 atoms in block 80
Block first atom: 242
Blocpdb> 3 atoms in block 81
Block first atom: 245
Blocpdb> 3 atoms in block 82
Block first atom: 248
Blocpdb> 3 atoms in block 83
Block first atom: 251
Blocpdb> 3 atoms in block 84
Block first atom: 254
Blocpdb> 3 atoms in block 85
Block first atom: 257
Blocpdb> 3 atoms in block 86
Block first atom: 260
Blocpdb> 3 atoms in block 87
Block first atom: 263
Blocpdb> 3 atoms in block 88
Block first atom: 266
Blocpdb> 3 atoms in block 89
Block first atom: 269
Blocpdb> 3 atoms in block 90
Block first atom: 272
Blocpdb> 3 atoms in block 91
Block first atom: 275
Blocpdb> 3 atoms in block 92
Block first atom: 278
Blocpdb> 3 atoms in block 93
Block first atom: 281
Blocpdb> 3 atoms in block 94
Block first atom: 284
Blocpdb> 3 atoms in block 95
Block first atom: 287
Blocpdb> 3 atoms in block 96
Block first atom: 290
Blocpdb> 3 atoms in block 97
Block first atom: 293
Blocpdb> 3 atoms in block 98
Block first atom: 296
Blocpdb> 3 atoms in block 99
Block first atom: 299
Blocpdb> 3 atoms in block 100
Block first atom: 302
Blocpdb> 3 atoms in block 101
Block first atom: 305
Blocpdb> 3 atoms in block 102
Block first atom: 308
Blocpdb> 3 atoms in block 103
Block first atom: 311
Blocpdb> 3 atoms in block 104
Block first atom: 314
Blocpdb> 3 atoms in block 105
Block first atom: 317
Blocpdb> 3 atoms in block 106
Block first atom: 320
Blocpdb> 3 atoms in block 107
Block first atom: 323
Blocpdb> 3 atoms in block 108
Block first atom: 326
Blocpdb> 3 atoms in block 109
Block first atom: 329
Blocpdb> 3 atoms in block 110
Block first atom: 332
Blocpdb> 3 atoms in block 111
Block first atom: 335
Blocpdb> 3 atoms in block 112
Block first atom: 338
Blocpdb> 3 atoms in block 113
Block first atom: 341
Blocpdb> 3 atoms in block 114
Block first atom: 344
Blocpdb> 3 atoms in block 115
Block first atom: 347
Blocpdb> 3 atoms in block 116
Block first atom: 350
Blocpdb> 3 atoms in block 117
Block first atom: 353
Blocpdb> 3 atoms in block 118
Block first atom: 356
Blocpdb> 3 atoms in block 119
Block first atom: 359
Blocpdb> 3 atoms in block 120
Block first atom: 362
Blocpdb> 3 atoms in block 121
Block first atom: 365
Blocpdb> 3 atoms in block 122
Block first atom: 368
Blocpdb> 3 atoms in block 123
Block first atom: 371
Blocpdb> 3 atoms in block 124
Block first atom: 374
Blocpdb> 3 atoms in block 125
Block first atom: 377
Blocpdb> 3 atoms in block 126
Block first atom: 380
Blocpdb> 3 atoms in block 127
Block first atom: 383
Blocpdb> 3 atoms in block 128
Block first atom: 386
Blocpdb> 3 atoms in block 129
Block first atom: 389
Blocpdb> 3 atoms in block 130
Block first atom: 392
Blocpdb> 3 atoms in block 131
Block first atom: 395
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 132 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 398th, in residue A 406
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 132
Block first atom: 397
Blocpdb> 132 blocks.
Blocpdb> At most, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 3 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 35446 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1203
Prepmat> Matrix trace = 73140.0000
Prepmat> Last element read: 1203 1203 45.3019
Prepmat> 8779 lines saved.
Prepmat> 7842 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 401
RTB> Total mass = 401.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 401
RTB> Number of blocks = 132
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 44426.7846
RTB> 31716 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 792
Diagstd> Nb of non-zero elements: 31716
Diagstd> Projected matrix trace = 44426.7846
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 792 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 44426.7846
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0022300 0.0036675 0.0215069 0.0533845
0.2024989 0.3324737 0.3787976 0.5396126 0.5617169
0.8010934 1.0155165 1.0976610 1.2536775 1.4896999
1.5494361 1.8501023 1.9988185 2.0622688 2.2600085
2.3866930 2.5148906 2.6092098 2.7336586 2.8051221
2.9449145 3.1318981 3.2871060 3.3943261 3.4987296
3.6588276 3.9627520 4.1795193 4.4114636 4.5106072
4.6539680 4.9313487 5.1923874 5.3760203 5.5549380
5.8450880 5.9201952 5.9404182 6.1811254 6.3846568
6.5440381 6.7080511 6.8628436 6.9859460 7.0745664
7.1309483 7.2620574 7.4896918 7.5458550 7.8840418
8.0076203 8.0952034 8.1447744 8.4680918 8.6089276
8.7050428 8.9976702 9.1472412 9.3160731 9.4305089
9.5882877 9.7068588 9.7950228 9.9603515 9.9940312
10.2623714 10.4284533 10.6295210 10.7936198 11.0023260
11.1435366 11.4542788 11.5769156 11.6182484 11.9937472
12.0664796 12.2561998 12.3498481 12.5833952 12.8851158
12.9806336 13.2255132 13.3627310 13.4642495 13.7219903
13.8419074 14.0414187 14.1304304 14.2624195 14.4400065
14.5819104 14.6774572 14.8428374 15.0939184 15.2433533
15.3215780
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034335 0.0034339 0.0034339 0.0034340 0.0034340
0.0034342 5.1279471 6.5763150 15.9251879 25.0901344
48.8659819 62.6143590 66.8342188 79.7694018 81.3868133
97.1934162 109.4305967 113.7704282 121.5872929 132.5393025
135.1705594 147.7043051 153.5260102 155.9437300 163.2489209
167.7619864 172.2085967 175.4081564 179.5425614 181.8742291
186.3509573 192.1759737 196.8802413 200.0654350 203.1189615
207.7142326 216.1691570 222.0027980 228.0796989 230.6283989
234.2647677 241.1449313 247.4450794 251.7826089 255.9380676
262.5371741 264.2185436 264.6694342 269.9784240 274.3873340
277.7910119 281.2506032 284.4771119 287.0171798 288.8319249
289.9805875 292.6342251 297.1852514 298.2974281 304.9086468
307.2890011 308.9649140 309.9094436 316.0007102 318.6176346
320.3913148 325.7319177 328.4281284 331.4451916 333.4746644
336.2527225 338.3254259 339.8583979 342.7146055 343.2935406
347.8717350 350.6753432 354.0398328 356.7622044 360.1948791
362.4989908 367.5184571 369.4806625 370.1396498 376.0734943
377.2120623 380.1659328 381.6155721 385.2070242 389.7978536
391.2399774 394.9131063 396.9564781 398.4614903 402.2572077
404.0110559 406.9122602 408.1999759 410.1019962 412.6472688
414.6698818 416.0262086 418.3634597 421.8871326 423.9704013
425.0568587
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 401
Rtb_to_modes> Number of blocs = 132
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.2300E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.6675E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.1507E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.3385E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2025
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3325
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3788
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5396
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.32
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 792 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 7218 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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0.99999 0.99998 1.00000 1.00002 0.99997
1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00002
0.99999 0.99999 0.99999 1.00003 1.00000
1.00002 0.99998 0.99998 1.00000 0.99999
1.00000 1.00002 0.99999 1.00002 1.00002
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1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 0.99998 0.99998 0.99997
1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 1.00000
1.00005 1.00000 0.99999 0.99999 0.99997
0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604270913122637632.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604270913122637632.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604270913122637632.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604270913122637632.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 401
First residue number = 3
Last residue number = 410
Number of atoms found = 401
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.2300E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.6675E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.1507E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.3385E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2025
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3325
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3788
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5396
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5617
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8011
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.016
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.098
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.254
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.490
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.387
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.515
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.609
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.734
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.805
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.945
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.132
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.287
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.394
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.499
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.659
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.963
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.180
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.411
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.511
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.654
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.931
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.192
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.376
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.555
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.845
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.920
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.940
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.181
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.385
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.544
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.708
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.863
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.986
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.075
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.131
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.262
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.490
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.546
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.884
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.008
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.095
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.145
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.468
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.609
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.705
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.998
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.147
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.316
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.32
Bfactors> 106 vectors, 1203 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.002230
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.392 for 401 C-alpha atoms.
Bfactors> = 31.746 +/- 246.92
Bfactors> = 12.755 +/- 8.12
Bfactors> Shiftng-fct= -18.991
Bfactors> Scaling-fct= 0.033
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604270913122637632.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604270913122637632.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.128
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.576
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 25.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 153.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 241.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 410.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.0
Chkmod> 106 vectors, 1203 coordinates in file.
Chkmod> That is: 401 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 14 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 45 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 57 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 72 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 81 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9859
0.0034 0.7130
0.0034 0.7433
0.0034 0.9038
0.0034 0.7967
0.0034 0.6926
5.1278 0.0226
6.5760 0.0345
15.9245 0.0224
25.0892 0.0334
48.8640 0.1096
62.6141 0.3588
66.8316 0.4587
79.7650 0.0465
81.3821 0.1321
97.1896 0.1825
109.4519 0.3452
113.7831 0.0510
121.5977 0.4424
132.5470 0.1246
135.1457 0.2266
147.6939 0.4823
153.5264 0.5107
155.9269 0.2516
163.2416 0.5548
167.7656 0.2310
172.2050 0.3332
175.3936 0.3484
179.5461 0.1926
181.8625 0.2474
186.3457 0.3415
192.1709 0.5756
196.8686 0.2854
200.0472 0.3109
203.1181 0.4791
207.7102 0.2311
216.1666 0.5831
222.0060 0.0486
228.0579 0.4353
230.6285 0.4778
234.2555 0.5090
241.1261 0.4040
247.4252 0.2562
251.7713 0.5226
255.9285 0.4861
262.5239 0.3869
264.2028 0.5807
264.6488 0.2795
269.9641 0.5456
274.3829 0.4061
277.7783 0.5585
281.2375 0.4424
284.4681 0.3188
287.0060 0.4685
288.8284 0.2397
289.9692 0.5635
292.6205 0.3078
297.1786 0.5026
298.2875 0.5739
304.8947 0.5759
307.2831 0.4053
308.9478 0.4572
309.9004 0.2242
315.9854 0.3966
318.6053 0.5504
320.3768 0.4343
325.7239 0.3248
328.4097 0.5958
331.4297 0.4918
333.4690 0.6353
336.2332 0.5655
338.3134 0.3648
339.8434 0.2752
342.6938 0.4400
343.2783 0.4111
347.8166 0.4881
350.6863 0.4611
354.0326 0.5244
356.6871 0.4650
360.1413 0.2267
362.4259 0.4067
367.4340 0.4946
369.5140 0.5139
370.1517 0.3860
375.9986 0.3955
377.2509 0.5622
380.2085 0.3580
381.6015 0.4908
385.1385 0.4715
389.8550 0.5003
391.2136 0.3275
394.9631 0.4551
396.8989 0.5367
398.3815 0.5342
402.2108 0.4426
403.9659 0.2810
406.8742 0.4393
408.1762 0.4318
410.0496 0.2961
412.6295 0.4057
414.6249 0.3727
416.0444 0.3923
418.3055 0.4120
421.8143 0.4426
423.9056 0.2777
425.0167 0.0851
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604270913122637632.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604270913122637632.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604270913122637632.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604270913122637632.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604270913122637632.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604270913122637632.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.128
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.576
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 25.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 153.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 181.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 241.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 410.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.0
Projmod> 106 vectors, 1203 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 401
First residue number = 3
Last residue number = 410
Number of atoms found = 401
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 401
First residue number = 3
Last residue number = 410
Number of atoms found = 401
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 401 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 1.66
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0002
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0001
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0001
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0005
Vector: 5 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0002
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.000 Sum= 0.000 q= -0.0001
Vector: 7 F= 5.13 Cos= -0.186 Sum= 0.035 q= -6.1847
%Projmod-Wn> Eigenvector 8 Norm= 1.0001
Vector: 8 F= 6.58 Cos= 0.129 Sum= 0.051 q= 4.2911
Vector: 9 F= 15.92 Cos= -0.009 Sum= 0.051 q= -0.2931
%Projmod-Wn> Eigenvector 10 Norm= 0.9998
Vector: 10 F= 25.09 Cos= -0.104 Sum= 0.062 q= -3.4416
Vector: 11 F= 48.86 Cos= 0.376 Sum= 0.204 q= 12.4988
Vector: 12 F= 62.61 Cos= -0.414 Sum= 0.375 q= -13.7359
Vector: 13 F= 66.83 Cos= 0.515 Sum= 0.641 q= 17.1099
%Projmod-Wn> Eigenvector 14 Norm= 1.0001
Vector: 14 F= 79.77 Cos= 0.128 Sum= 0.657 q= 4.2567
Vector: 15 F= 81.38 Cos= -0.003 Sum= 0.657 q= -0.1065
Vector: 16 F= 97.19 Cos= -0.185 Sum= 0.692 q= -6.1448
Vector: 17 F= 109.45 Cos= 0.035 Sum= 0.693 q= 1.1743
Vector: 18 F= 113.78 Cos= -0.123 Sum= 0.708 q= -4.0871
Vector: 19 F= 121.60 Cos= -0.114 Sum= 0.721 q= -3.7920
Vector: 20 F= 132.55 Cos= -0.031 Sum= 0.722 q= -1.0366
Vector: 21 F= 135.15 Cos= -0.014 Sum= 0.722 q= -0.4706
Vector: 22 F= 147.69 Cos= -0.154 Sum= 0.746 q= -5.1172
Vector: 23 F= 153.53 Cos= -0.163 Sum= 0.773 q= -5.4190
Vector: 24 F= 155.93 Cos= -0.106 Sum= 0.784 q= -3.5275
Vector: 25 F= 163.24 Cos= 0.105 Sum= 0.795 q= 3.4783
Vector: 26 F= 167.77 Cos= 0.189 Sum= 0.831 q= 6.2753
Vector: 27 F= 172.20 Cos= 0.043 Sum= 0.832 q= 1.4204
Vector: 28 F= 175.39 Cos= 0.015 Sum= 0.833 q= 0.4922
Vector: 29 F= 179.55 Cos= 0.133 Sum= 0.850 q= 4.4232
Vector: 30 F= 181.86 Cos= 0.083 Sum= 0.857 q= 2.7707
Vector: 31 F= 186.35 Cos= 0.076 Sum= 0.863 q= 2.5307
Vector: 32 F= 192.17 Cos= -0.039 Sum= 0.865 q= -1.2802
Vector: 33 F= 196.87 Cos= -0.044 Sum= 0.867 q= -1.4667
Vector: 34 F= 200.05 Cos= -0.023 Sum= 0.867 q= -0.7635
Vector: 35 F= 203.12 Cos= 0.082 Sum= 0.874 q= 2.7207
Vector: 36 F= 207.71 Cos= 0.001 Sum= 0.874 q= 0.0308
Vector: 37 F= 216.17 Cos= 0.015 Sum= 0.874 q= 0.5021
Vector: 38 F= 222.01 Cos= -0.015 Sum= 0.874 q= -0.5120
Vector: 39 F= 228.06 Cos= 0.029 Sum= 0.875 q= 0.9661
Vector: 40 F= 230.63 Cos= 0.027 Sum= 0.876 q= 0.9075
Vector: 41 F= 234.26 Cos= -0.014 Sum= 0.876 q= -0.4812
Vector: 42 F= 241.13 Cos= -0.026 Sum= 0.877 q= -0.8734
Vector: 43 F= 247.43 Cos= 0.025 Sum= 0.877 q= 0.8281
Vector: 44 F= 251.77 Cos= -0.032 Sum= 0.878 q= -1.0493
%Projmod-Wn> Eigenvector 45 Norm= 0.9999
Vector: 45 F= 255.93 Cos= 0.037 Sum= 0.880 q= 1.2229
Vector: 46 F= 262.52 Cos= 0.004 Sum= 0.880 q= 0.1433
Vector: 47 F= 264.20 Cos= -0.015 Sum= 0.880 q= -0.5026
Vector: 48 F= 264.65 Cos= -0.021 Sum= 0.880 q= -0.6955
Vector: 49 F= 269.96 Cos= 0.027 Sum= 0.881 q= 0.9069
Vector: 50 F= 274.38 Cos= 0.009 Sum= 0.881 q= 0.3042
Vector: 51 F= 277.78 Cos= 0.018 Sum= 0.882 q= 0.6000
Vector: 52 F= 281.24 Cos= 0.001 Sum= 0.882 q= 0.0488
Vector: 53 F= 284.47 Cos= 0.038 Sum= 0.883 q= 1.2653
Vector: 54 F= 287.01 Cos= -0.002 Sum= 0.883 q= -0.0530
Vector: 55 F= 288.83 Cos= 0.005 Sum= 0.883 q= 0.1770
Vector: 56 F= 289.97 Cos= -0.004 Sum= 0.883 q= -0.1436
%Projmod-Wn> Eigenvector 57 Norm= 0.9999
Vector: 57 F= 292.62 Cos= 0.032 Sum= 0.884 q= 1.0668
Vector: 58 F= 297.18 Cos= -0.009 Sum= 0.884 q= -0.3067
Vector: 59 F= 298.29 Cos= 0.018 Sum= 0.885 q= 0.5817
Vector: 60 F= 304.89 Cos= -0.022 Sum= 0.885 q= -0.7176
Vector: 61 F= 307.28 Cos= -0.002 Sum= 0.885 q= -0.0587
Vector: 62 F= 308.95 Cos= -0.022 Sum= 0.886 q= -0.7282
Vector: 63 F= 309.90 Cos= -0.030 Sum= 0.886 q= -0.9828
Vector: 64 F= 315.99 Cos= 0.000 Sum= 0.886 q= 0.0063
Vector: 65 F= 318.61 Cos= 0.018 Sum= 0.887 q= 0.6091
Vector: 66 F= 320.38 Cos= 0.002 Sum= 0.887 q= 0.0783
Vector: 67 F= 325.72 Cos= -0.018 Sum= 0.887 q= -0.5999
Vector: 68 F= 328.41 Cos= 0.001 Sum= 0.887 q= 0.0241
Vector: 69 F= 331.43 Cos= -0.001 Sum= 0.887 q= -0.0208
Vector: 70 F= 333.47 Cos= -0.007 Sum= 0.887 q= -0.2265
Vector: 71 F= 336.23 Cos= -0.018 Sum= 0.887 q= -0.6113
%Projmod-Wn> Eigenvector 72 Norm= 1.0001
Vector: 72 F= 338.31 Cos= 0.039 Sum= 0.889 q= 1.3007
Vector: 73 F= 339.84 Cos= -0.024 Sum= 0.890 q= -0.8060
Vector: 74 F= 342.69 Cos= 0.018 Sum= 0.890 q= 0.6133
Vector: 75 F= 343.28 Cos= -0.033 Sum= 0.891 q= -1.0981
Vector: 76 F= 347.82 Cos= -0.038 Sum= 0.892 q= -1.2668
Vector: 77 F= 350.69 Cos= 0.022 Sum= 0.893 q= 0.7304
Vector: 78 F= 354.03 Cos= 0.017 Sum= 0.893 q= 0.5526
Vector: 79 F= 356.69 Cos= -0.010 Sum= 0.893 q= -0.3344
Vector: 80 F= 360.14 Cos= 0.010 Sum= 0.893 q= 0.3196
%Projmod-Wn> Eigenvector 81 Norm= 1.0001
Vector: 81 F= 362.43 Cos= -0.011 Sum= 0.894 q= -0.3723
Vector: 82 F= 367.43 Cos= 0.008 Sum= 0.894 q= 0.2722
Vector: 83 F= 369.51 Cos= 0.032 Sum= 0.895 q= 1.0761
Vector: 84 F= 370.15 Cos= 0.020 Sum= 0.895 q= 0.6508
Vector: 85 F= 376.00 Cos= -0.002 Sum= 0.895 q= -0.0614
Vector: 86 F= 377.25 Cos= -0.016 Sum= 0.895 q= -0.5434
Vector: 87 F= 380.21 Cos= -0.009 Sum= 0.895 q= -0.3017
Vector: 88 F= 381.60 Cos= -0.005 Sum= 0.895 q= -0.1721
Vector: 89 F= 385.14 Cos= -0.022 Sum= 0.896 q= -0.7354
Vector: 90 F= 389.85 Cos= 0.005 Sum= 0.896 q= 0.1538
Vector: 91 F= 391.21 Cos= -0.017 Sum= 0.896 q= -0.5613
Vector: 92 F= 394.96 Cos= -0.003 Sum= 0.896 q= -0.1067
Vector: 93 F= 396.90 Cos= 0.007 Sum= 0.896 q= 0.2462
Vector: 94 F= 398.38 Cos= 0.005 Sum= 0.896 q= 0.1597
Vector: 95 F= 402.21 Cos= 0.022 Sum= 0.897 q= 0.7175
Vector: 96 F= 403.97 Cos= -0.007 Sum= 0.897 q= -0.2405
Vector: 97 F= 406.87 Cos= 0.012 Sum= 0.897 q= 0.3904
Vector: 98 F= 408.18 Cos= -0.014 Sum= 0.897 q= -0.4771
Vector: 99 F= 410.05 Cos= 0.020 Sum= 0.898 q= 0.6800
Vector: 100 F= 412.63 Cos= 0.047 Sum= 0.900 q= 1.5765
Vector: 101 F= 414.62 Cos= 0.015 Sum= 0.900 q= 0.4827
Vector: 102 F= 416.04 Cos= -0.011 Sum= 0.900 q= -0.3602
Vector: 103 F= 418.31 Cos= 0.039 Sum= 0.902 q= 1.2954
Vector: 104 F= 421.81 Cos= 0.006 Sum= 0.902 q= 0.2013
Vector: 105 F= 423.91 Cos= -0.002 Sum= 0.902 q= -0.0548
Vector: 106 F= 425.02 Cos= -0.025 Sum= 0.902 q= -0.8372
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 5.127776
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.52 for mode 13 with F= 66.83 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.266 0.579 0.683 0.751 0.800 0.902
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 7 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-20 401 1.769 377 1.345
MODEL 2 MODE=7 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=7 DQ=20 401 2.089 364 1.229
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 8 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-20 401 2.043 366 1.257
MODEL 2 MODE=8 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=8 DQ=20 401 1.821 372 1.297
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 9 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-20 401 1.928 372 1.332
MODEL 2 MODE=9 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=9 DQ=20 401 1.943 363 1.220
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 10 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-20 401 1.844 374 1.341
MODEL 2 MODE=10 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=10 DQ=20 401 2.022 361 1.226
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 11 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-20 401 2.234 350 1.417
MODEL 2 MODE=11 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=11 DQ=20 401 1.581 387 1.133
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 12 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=12 DQ=-20 401 1.541 383 1.225
MODEL 2 MODE=12 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=12 DQ=20 401 2.262 346 1.447
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 13 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=13 DQ=-20 401 2.335 331 1.365
MODEL 2 MODE=13 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=13 DQ=20 401 1.428 377 1.033
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 14 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=14 DQ=-20 401 2.042 355 1.258
MODEL 2 MODE=14 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=14 DQ=20 401 1.822 373 1.353
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 15 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=15 DQ=-20 401 1.933 363 1.452
MODEL 2 MODE=15 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=15 DQ=20 401 1.938 360 1.217
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2604270913122637632 16 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604270913122637632.eigenfacs
2604270913122637632.atom
making animated gifs
3 models are in 2604270913122637632.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604270913122637632.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=16 DQ=-20 401 1.770 371 1.381
MODEL 2 MODE=16 DQ=0 401 1.658 377 1.303
MODEL 3 MODE=16 DQ=20 401 2.088 352 1.284
2604270913122637632.10.pdb
2604270913122637632.11.pdb
2604270913122637632.12.pdb
2604270913122637632.13.pdb
2604270913122637632.14.pdb
2604270913122637632.15.pdb
2604270913122637632.16.pdb
2604270913122637632.7.pdb
2604270913122637632.8.pdb
2604270913122637632.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.646s
user 0m5.621s
sys 0m0.023s
rm: cannot remove '2604270913122637632.sdijf': No such file or directory
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