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LOGs for ID: 2604280955002834926

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2604280955002834926.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2604280955002834926.atom to be opened. Openam> File opened: 2604280955002834926.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1102 First residue number = 33 Last residue number = 583 Number of atoms found = 8946 Mean number per residue = 8.1 Pdbmat> Coordinate statistics: = 22.557845 +/- 14.882742 From: -14.320000 To: 58.417000 = 41.025149 +/- 14.926768 From: 3.272000 To: 75.965000 = 39.575136 +/- 23.026149 From: -10.218000 To: 89.748000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'OAS ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'OAS ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> 2 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 0.9897 % Filled. Pdbmat> 3564293 non-zero elements. Pdbmat> 390133 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 87.22 +/- 21.24 Maximum number = 134 Minimum number = 10 Pdbmat> Matrix trace = 7.802660E+06 Pdbmat> Larger element = 530.765 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 1102 non-zero elements, NRBL set to 6 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2604280955002834926.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 6 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2604280955002834926.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2604280955002834926.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 8946 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 6 residue(s) per block. Blocpdb> 1102 residues. Blocpdb> 42 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 51 atoms in block 2 Block first atom: 43 Blocpdb> 38 atoms in block 3 Block first atom: 94 Blocpdb> 53 atoms in block 4 Block first atom: 132 Blocpdb> 45 atoms in block 5 Block first atom: 185 Blocpdb> 48 atoms in block 6 Block first atom: 230 Blocpdb> 40 atoms in block 7 Block first atom: 278 Blocpdb> 51 atoms in block 8 Block first atom: 318 Blocpdb> 43 atoms in block 9 Block first atom: 369 Blocpdb> 52 atoms in block 10 Block first atom: 412 Blocpdb> 49 atoms in block 11 Block first atom: 464 Blocpdb> 55 atoms in block 12 Block first atom: 513 Blocpdb> 61 atoms in block 13 Block first atom: 568 Blocpdb> 46 atoms in block 14 Block first atom: 629 Blocpdb> 47 atoms in block 15 Block first atom: 675 Blocpdb> 44 atoms in block 16 Block first atom: 722 Blocpdb> 52 atoms in block 17 Block first atom: 766 Blocpdb> 54 atoms in block 18 Block first atom: 818 Blocpdb> 44 atoms in block 19 Block first atom: 872 Blocpdb> 55 atoms in block 20 Block first atom: 916 Blocpdb> 44 atoms in block 21 Block first atom: 971 Blocpdb> 39 atoms in block 22 Block first atom: 1015 Blocpdb> 47 atoms in block 23 Block first atom: 1054 Blocpdb> 46 atoms in block 24 Block first atom: 1101 Blocpdb> 49 atoms in block 25 Block first atom: 1147 Blocpdb> 58 atoms in block 26 Block first atom: 1196 Blocpdb> 41 atoms in block 27 Block first atom: 1254 Blocpdb> 51 atoms in block 28 Block first atom: 1295 Blocpdb> 53 atoms in block 29 Block first atom: 1346 Blocpdb> 57 atoms in block 30 Block first atom: 1399 Blocpdb> 49 atoms in block 31 Block first atom: 1456 Blocpdb> 43 atoms in block 32 Block first atom: 1505 Blocpdb> 41 atoms in block 33 Block first atom: 1548 Blocpdb> 51 atoms in block 34 Block first atom: 1589 Blocpdb> 51 atoms in block 35 Block first atom: 1640 Blocpdb> 56 atoms in block 36 Block first atom: 1691 Blocpdb> 50 atoms in block 37 Block first atom: 1747 Blocpdb> 46 atoms in block 38 Block first atom: 1797 Blocpdb> 48 atoms in block 39 Block first atom: 1843 Blocpdb> 44 atoms in block 40 Block first atom: 1891 Blocpdb> 51 atoms in block 41 Block first atom: 1935 Blocpdb> 49 atoms in block 42 Block first atom: 1986 Blocpdb> 45 atoms in block 43 Block first atom: 2035 Blocpdb> 44 atoms in block 44 Block first atom: 2080 Blocpdb> 45 atoms in block 45 Block first atom: 2124 Blocpdb> 57 atoms in block 46 Block first atom: 2169 Blocpdb> 50 atoms in block 47 Block first atom: 2226 Blocpdb> 52 atoms in block 48 Block first atom: 2276 Blocpdb> 51 atoms in block 49 Block first atom: 2328 Blocpdb> 50 atoms in block 50 Block first atom: 2379 Blocpdb> 47 atoms in block 51 Block first atom: 2429 Blocpdb> 48 atoms in block 52 Block first atom: 2476 Blocpdb> 53 atoms in block 53 Block first atom: 2524 Blocpdb> 50 atoms in block 54 Block first atom: 2577 Blocpdb> 56 atoms in block 55 Block first atom: 2627 Blocpdb> 51 atoms in block 56 Block first atom: 2683 Blocpdb> 59 atoms in block 57 Block first atom: 2734 Blocpdb> 46 atoms in block 58 Block first atom: 2793 Blocpdb> 56 atoms in block 59 Block first atom: 2839 Blocpdb> 64 atoms in block 60 Block first atom: 2895 Blocpdb> 53 atoms in block 61 Block first atom: 2959 Blocpdb> 58 atoms in block 62 Block first atom: 3012 Blocpdb> 57 atoms in block 63 Block first atom: 3070 Blocpdb> 47 atoms in block 64 Block first atom: 3127 Blocpdb> 49 atoms in block 65 Block first atom: 3174 Blocpdb> 47 atoms in block 66 Block first atom: 3223 Blocpdb> 44 atoms in block 67 Block first atom: 3270 Blocpdb> 39 atoms in block 68 Block first atom: 3314 Blocpdb> 44 atoms in block 69 Block first atom: 3353 Blocpdb> 41 atoms in block 70 Block first atom: 3397 Blocpdb> 57 atoms in block 71 Block first atom: 3438 Blocpdb> 55 atoms in block 72 Block first atom: 3495 Blocpdb> 63 atoms in block 73 Block first atom: 3550 Blocpdb> 47 atoms in block 74 Block first atom: 3613 Blocpdb> 50 atoms in block 75 Block first atom: 3660 Blocpdb> 42 atoms in block 76 Block first atom: 3710 Blocpdb> 41 atoms in block 77 Block first atom: 3752 Blocpdb> 45 atoms in block 78 Block first atom: 3793 Blocpdb> 48 atoms in block 79 Block first atom: 3838 Blocpdb> 48 atoms in block 80 Block first atom: 3886 Blocpdb> 50 atoms in block 81 Block first atom: 3934 Blocpdb> 44 atoms in block 82 Block first atom: 3984 Blocpdb> 43 atoms in block 83 Block first atom: 4028 Blocpdb> 41 atoms in block 84 Block first atom: 4071 Blocpdb> 42 atoms in block 85 Block first atom: 4112 Blocpdb> 53 atoms in block 86 Block first atom: 4154 Blocpdb> 42 atoms in block 87 Block first atom: 4207 Blocpdb> 48 atoms in block 88 Block first atom: 4249 Blocpdb> 41 atoms in block 89 Block first atom: 4297 Blocpdb> 45 atoms in block 90 Block first atom: 4338 Blocpdb> 44 atoms in block 91 Block first atom: 4383 Blocpdb> 37 atoms in block 92 Block first atom: 4427 Blocpdb> 42 atoms in block 93 Block first atom: 4464 Blocpdb> 51 atoms in block 94 Block first atom: 4506 Blocpdb> 38 atoms in block 95 Block first atom: 4557 Blocpdb> 53 atoms in block 96 Block first atom: 4595 Blocpdb> 45 atoms in block 97 Block first atom: 4648 Blocpdb> 48 atoms in block 98 Block first atom: 4693 Blocpdb> 46 atoms in block 99 Block first atom: 4741 Blocpdb> 51 atoms in block 100 Block first atom: 4787 Blocpdb> 49 atoms in block 101 Block first atom: 4838 Blocpdb> 52 atoms in block 102 Block first atom: 4887 Blocpdb> 49 atoms in block 103 Block first atom: 4939 Blocpdb> 55 atoms in block 104 Block first atom: 4988 Blocpdb> 61 atoms in block 105 Block first atom: 5043 Blocpdb> 46 atoms in block 106 Block first atom: 5104 Blocpdb> 48 atoms in block 107 Block first atom: 5150 Blocpdb> 44 atoms in block 108 Block first atom: 5198 Blocpdb> 52 atoms in block 109 Block first atom: 5242 Blocpdb> 57 atoms in block 110 Block first atom: 5294 Blocpdb> 44 atoms in block 111 Block first atom: 5351 Blocpdb> 55 atoms in block 112 Block first atom: 5395 Blocpdb> 42 atoms in block 113 Block first atom: 5450 Blocpdb> 39 atoms in block 114 Block first atom: 5492 Blocpdb> 47 atoms in block 115 Block first atom: 5531 Blocpdb> 46 atoms in block 116 Block first atom: 5578 Blocpdb> 49 atoms in block 117 Block first atom: 5624 Blocpdb> 58 atoms in block 118 Block first atom: 5673 Blocpdb> 41 atoms in block 119 Block first atom: 5731 Blocpdb> 51 atoms in block 120 Block first atom: 5772 Blocpdb> 53 atoms in block 121 Block first atom: 5823 Blocpdb> 57 atoms in block 122 Block first atom: 5876 Blocpdb> 49 atoms in block 123 Block first atom: 5933 Blocpdb> 43 atoms in block 124 Block first atom: 5982 Blocpdb> 41 atoms in block 125 Block first atom: 6025 Blocpdb> 51 atoms in block 126 Block first atom: 6066 Blocpdb> 51 atoms in block 127 Block first atom: 6117 Blocpdb> 53 atoms in block 128 Block first atom: 6168 Blocpdb> 50 atoms in block 129 Block first atom: 6221 Blocpdb> 46 atoms in block 130 Block first atom: 6271 Blocpdb> 48 atoms in block 131 Block first atom: 6317 Blocpdb> 45 atoms in block 132 Block first atom: 6365 Blocpdb> 51 atoms in block 133 Block first atom: 6410 Blocpdb> 52 atoms in block 134 Block first atom: 6461 Blocpdb> 45 atoms in block 135 Block first atom: 6513 Blocpdb> 44 atoms in block 136 Block first atom: 6558 Blocpdb> 45 atoms in block 137 Block first atom: 6602 Blocpdb> 57 atoms in block 138 Block first atom: 6647 Blocpdb> 50 atoms in block 139 Block first atom: 6704 Blocpdb> 52 atoms in block 140 Block first atom: 6754 Blocpdb> 51 atoms in block 141 Block first atom: 6806 Blocpdb> 50 atoms in block 142 Block first atom: 6857 Blocpdb> 47 atoms in block 143 Block first atom: 6907 Blocpdb> 48 atoms in block 144 Block first atom: 6954 Blocpdb> 53 atoms in block 145 Block first atom: 7002 Blocpdb> 50 atoms in block 146 Block first atom: 7055 Blocpdb> 56 atoms in block 147 Block first atom: 7105 Blocpdb> 51 atoms in block 148 Block first atom: 7161 Blocpdb> 59 atoms in block 149 Block first atom: 7212 Blocpdb> 46 atoms in block 150 Block first atom: 7271 Blocpdb> 56 atoms in block 151 Block first atom: 7317 Blocpdb> 64 atoms in block 152 Block first atom: 7373 Blocpdb> 53 atoms in block 153 Block first atom: 7437 Blocpdb> 58 atoms in block 154 Block first atom: 7490 Blocpdb> 57 atoms in block 155 Block first atom: 7548 Blocpdb> 47 atoms in block 156 Block first atom: 7605 Blocpdb> 49 atoms in block 157 Block first atom: 7652 Blocpdb> 51 atoms in block 158 Block first atom: 7701 Blocpdb> 44 atoms in block 159 Block first atom: 7752 Blocpdb> 39 atoms in block 160 Block first atom: 7796 Blocpdb> 44 atoms in block 161 Block first atom: 7835 Blocpdb> 41 atoms in block 162 Block first atom: 7879 Blocpdb> 51 atoms in block 163 Block first atom: 7920 Blocpdb> 55 atoms in block 164 Block first atom: 7971 Blocpdb> 63 atoms in block 165 Block first atom: 8026 Blocpdb> 53 atoms in block 166 Block first atom: 8089 Blocpdb> 50 atoms in block 167 Block first atom: 8142 Blocpdb> 42 atoms in block 168 Block first atom: 8192 Blocpdb> 42 atoms in block 169 Block first atom: 8234 Blocpdb> 45 atoms in block 170 Block first atom: 8276 Blocpdb> 48 atoms in block 171 Block first atom: 8321 Blocpdb> 48 atoms in block 172 Block first atom: 8369 Blocpdb> 50 atoms in block 173 Block first atom: 8417 Blocpdb> 44 atoms in block 174 Block first atom: 8467 Blocpdb> 43 atoms in block 175 Block first atom: 8511 Blocpdb> 41 atoms in block 176 Block first atom: 8554 Blocpdb> 42 atoms in block 177 Block first atom: 8595 Blocpdb> 53 atoms in block 178 Block first atom: 8637 Blocpdb> 42 atoms in block 179 Block first atom: 8690 Blocpdb> 48 atoms in block 180 Block first atom: 8732 Blocpdb> 41 atoms in block 181 Block first atom: 8780 Blocpdb> 45 atoms in block 182 Block first atom: 8821 Blocpdb> 44 atoms in block 183 Block first atom: 8866 Blocpdb> 37 atoms in block 184 Block first atom: 8909 Blocpdb> 184 blocks. Blocpdb> At most, 64 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 37 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 3564477 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 26838 Prepmat> Matrix trace = 7802660.0000 Prepmat> Last element read: 26838 26838 221.1823 Prepmat> 17021 lines saved. Prepmat> 15333 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8946 RTB> Total mass = 8946.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 8946 RTB> Number of blocks = 184 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 216113.6908 RTB> 57972 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1104 Diagstd> Nb of non-zero elements: 57972 Diagstd> Projected matrix trace = 216113.6908 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1104 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 216113.6908 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.9430414 1.4094374 2.9259210 3.0524395 3.9573757 4.1565576 4.4271296 4.8637606 5.3135634 5.3709536 6.1717949 7.4179370 7.6549738 7.8836676 8.2578606 8.3013332 8.7366248 9.3525460 11.0632041 11.2757363 11.9942173 12.3619619 12.3762325 12.8213186 13.7125013 13.9135268 14.3781088 14.6516996 15.4535338 16.0744296 16.3995418 16.8950735 18.0323775 18.9600280 19.4454752 19.7639470 20.2995750 20.8213635 21.5030599 21.5781165 22.4785397 22.7205275 23.3798696 23.5737354 23.9576708 24.1469986 24.4509281 24.8075755 25.8228940 26.3928199 26.8357410 27.2851383 28.1584086 28.4869638 28.7643466 29.2337778 30.2162988 30.4599120 30.9024323 31.2088368 31.7078792 32.0878931 32.5642046 32.7036929 33.0007842 33.7076989 34.0729370 34.5129496 34.8222801 35.5283008 35.8848807 36.5638714 36.8446261 37.3343925 37.8018604 37.9509916 38.5438620 38.7718101 38.8526461 39.5600600 39.7426299 40.3409554 40.5467882 41.2635462 41.8786845 42.8926861 43.3509069 43.7628639 44.2280637 44.4902405 44.8504851 45.3507615 45.7751717 45.8977725 46.7814560 47.1991578 47.7792518 48.1266652 48.3805313 48.8608729 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034288 0.0034309 0.0034326 0.0034329 0.0034351 0.0034366 105.4534164 128.9193709 185.7490393 189.7224893 216.0224681 221.3921308 228.4843180 239.4866863 250.3157713 251.6639332 269.7745795 295.7582391 300.4464891 304.9014104 312.0534972 312.8738055 320.9719814 332.0933703 361.1900205 364.6428785 376.0808651 381.8026869 382.0229998 388.8316669 402.1180995 405.0549047 411.7619040 415.6610046 426.8833186 435.3745772 439.7553553 446.3497780 461.1282995 472.8406087 478.8555883 482.7609365 489.2589206 495.5070787 503.5532610 504.4313238 514.8483529 517.6121772 525.0689327 527.2413731 531.5175110 533.6135624 536.9612610 540.8632092 551.8203812 557.8766406 562.5382739 567.2289129 576.2346019 579.5866351 582.4015702 587.1347043 596.9197023 599.3211478 603.6589052 606.6442306 611.4752420 615.1285459 619.6772006 621.0029710 623.8172942 630.4633327 633.8698071 637.9495259 640.8020354 647.2655590 650.5055910 656.6309762 659.1471172 663.5135937 667.6546330 668.9703114 674.1753886 676.1659840 676.8704915 683.0047925 684.5790138 689.7129334 691.4702655 697.5551581 702.7353423 711.1920652 714.9807907 718.3699345 722.1779826 724.3152964 727.2418331 731.2865271 734.7003912 735.6836170 742.7320207 746.0405006 750.6110480 753.3350346 755.3193260 759.0596239 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8946 Rtb_to_modes> Number of blocs = 184 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9697E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9825E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9923E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9940E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0015E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9430 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.409 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.926 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.052 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.957 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.157 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.427 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.864 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.314 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.371 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.172 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.418 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.655 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.884 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.258 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.301 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.737 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.353 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.86 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1104 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00004 0.99998 0.99998 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99998 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 161028 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00004 0.99998 0.99998 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99998 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4:-0.000 0.000-0.000 Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 10:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604280955002834926.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604280955002834926.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2604280955002834926.atom Openam> file on opening on unit 11: 2604280955002834926.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1102 First residue number = 33 Last residue number = 583 Number of atoms found = 8946 Mean number per residue = 8.1 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9697E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9825E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9923E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9940E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0015E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9430 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.409 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.926 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.052 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.957 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.157 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.427 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.864 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.314 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.371 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.172 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.418 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.655 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.884 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.258 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.301 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.737 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.353 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.86 Bfactors> 106 vectors, 26838 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.943000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.656 for 1109 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.013 +/- 0.01 Bfactors> = 27.556 +/- 10.03 Bfactors> Shiftng-fct= 27.543 Bfactors> Scaling-fct= 865.537 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604280955002834926.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604280955002834926.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4286E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4308E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4364E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 426.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.1 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vecteur en lecture: 656.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 663.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 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Chkmod> That is: 8946 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7552 0.0034 0.8851 0.0034 0.8857 0.0034 0.8519 0.0034 0.7383 0.0034 0.7838 105.4466 0.7174 128.8938 0.6484 185.7436 0.3892 189.7007 0.4544 216.0029 0.5247 221.3944 0.3168 228.4712 0.5468 239.4823 0.2675 250.3153 0.6483 251.6542 0.4895 269.7675 0.4969 295.7468 0.2876 300.4341 0.4057 304.8947 0.3882 312.0427 0.4265 312.8541 0.5148 320.9651 0.3272 332.0872 0.4867 361.1222 0.6578 364.6962 0.5885 375.9986 0.3228 381.7560 0.2986 382.0647 0.4833 388.7950 0.2033 402.0642 0.6130 404.9862 0.6316 411.7713 0.6161 415.6191 0.5859 426.8162 0.6275 435.2959 0.4514 439.7426 0.6339 446.3957 0.4869 461.0781 0.4146 472.8200 0.3401 478.8907 0.5479 482.6920 0.6014 489.2430 0.3644 495.4696 0.4534 503.4958 0.4636 504.4317 0.6277 514.8430 0.4577 517.5839 0.5596 525.0479 0.4280 527.1770 0.5401 531.5205 0.3810 533.6238 0.3709 536.9280 0.3951 540.8664 0.4291 551.7658 0.4409 557.8229 0.4477 562.5588 0.3145 567.2551 0.3638 576.2261 0.4326 579.5926 0.2931 582.3326 0.3871 587.0716 0.4206 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DQ=-80 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom making animated gifs 11 models are in 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generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604280955002834926.eigenfacs 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2604280955002834926 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom making animated gifs 11 models are in 2604280955002834926.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604280955002834926.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604280955002834926.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2604280955002834926 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604280955002834926.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2604280955002834926 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604280955002834926.eigenfacs 2604280955002834926.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604280955002834926.eigenfacs 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604280955002834926.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2604280955002834926.10.pdb 2604280955002834926.11.pdb 2604280955002834926.7.pdb 2604280955002834926.8.pdb 2604280955002834926.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m55.095s user 0m54.780s sys 0m0.294s rm: cannot remove '2604280955002834926.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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