***  citrate_open_cutoff8  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604281742252934881.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604281742252934881.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604281742252934881.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 429
First residue number = 1
Last residue number = 433
Number of atoms found = 429
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 28.944928 +/- 13.683103 From: 0.076000 To: 58.594000
= 51.915727 +/- 11.894803 From: 21.539000 To: 76.603000
= -15.637249 +/- 12.870140 From: -42.037000 To: 12.981000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijf
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.5257 % Filled.
Pdbmat> 20934 non-zero elements.
Pdbmat> 2040 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 9.51 +/- 2.76
Maximum number = 15
Minimum number = 2
Pdbmat> Matrix trace = 40800.0
Pdbmat> Larger element = 70.4012
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
using diagstd (there are 429 atoms in your structure)
Diagstd> Version 1.05, August 2004.
Diagstd> Matrix to be read from file: pdbmat.sdijf
Diagstd> Lecture de la matrice -Format CERFACS-
Diagstd> Matrix dimension (Nord) = 1287
Diagstd> Number of non-zero elements 20934
Diagstd> Nb of elements found twice: 0
Diagstd> Nb of elements > 1E+10 : 0
Diagstd> Matrix trace: 40800.0000013
%Diagstd-Wn: Nb on non-zero elements there: 1287
Openam> file on opening on unit 11:
pdbmat.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1287 eigenvectors are about to be computed.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 40800.0000013
Diagstd> Eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0008841
0.0031851 0.0070973 0.0107276 0.0138214 0.0305875
0.0379357 0.0567544 0.0681421 0.0796913 0.0828713
0.0983777 0.1069373 0.1144026 0.1286792 0.1334238
0.1434240 0.1609386 0.2019240 0.2243913 0.2317311
0.2485926 0.2733258 0.2859748 0.3337941 0.3508490
0.3687111 0.3777225 0.4007933 0.4086238 0.4375240
0.4687374 0.5114205 0.5442557 0.5502990 0.5618274
0.5744621 0.6068517 0.6229995 0.6464190 0.6659593
0.6829792 0.6930552 0.7328811 0.7480386 0.7817668
0.7921622 0.8150488 0.8447495 0.8530038 0.8604166
0.8757425 0.8812256 0.9263763 0.9444457 0.9773211
1.0170330 1.0281732 1.0388061 1.0528950 1.0880483
1.1011790 1.1290981 1.1837993 1.2324070 1.2508180
1.2923338 1.3167362 1.3660329 1.3766418 1.4012609
1.4122221 1.4455649 1.4569679 1.5262462 1.5448903
1.5600176 1.6204857 1.6471552 1.6931239 1.7138466
1.7570124 1.7747578 1.7798190 1.7986983 1.8308024
1.8508943 1.8830119 1.9161238 1.9236696 1.9739447
1.9808087 1.9994446 2.0158538 2.0504973 2.0697850
2.1401765 2.1555084 2.1734514 2.1998201 2.2426722
2.2735121 2.3516633 2.3944659 2.4167480 2.4694142
2.5337235 2.5597860 2.6013007 2.6133713 2.6571439
2.7347001 2.7501975 2.8104703 2.8361019 2.8923335
2.9188211 2.9525728 2.9787677 3.0223175 3.0330535
3.0798639 3.1489568 3.1631176 3.1966390 3.2262469
3.2737940 3.2956767 3.3532928 3.3825768 3.4163120
3.4452735 3.4967410 3.5870722 3.5930677 3.6100662
3.6601746 3.7071622 3.7278894 3.8137551 3.8255910
3.8622038 3.9617358 4.0083016 4.0409103 4.0665888
4.1139234 4.1220012 4.1658072 4.2197586 4.2607605
4.3169441 4.3837570 4.4138228 4.4434742 4.4662978
4.5095557 4.5385962 4.5844135 4.6412719 4.6635923
4.6824198 4.7356376 4.7782086 4.8581331 4.8632043
4.9711428 5.0331125 5.0813850 5.1243043 5.1417934
5.2014458 5.2620911 5.2951582 5.3059434 5.3320671
5.4170875 5.4865345 5.5344356 5.5456218 5.6175786
5.6558714 5.6871747 5.7309841 5.7376918 5.7742234
5.8502492 5.8956385 5.9279047 6.0254838 6.0493057
6.1029678 6.1241145 6.2041336 6.2228031 6.2719934
6.2958890 6.3574630 6.3872706 6.4037832 6.4496458
6.4743569 6.5387329 6.6090756 6.6623126 6.7228012
6.7482145 6.7646840 6.8719198 6.8982149 6.9112165
7.0244292 7.0367418 7.1086336 7.1451616 7.1851846
7.2328483 7.2609229 7.2631284 7.3309215 7.3955506
7.4327099 7.4410968 7.4722853 7.4867665 7.5358390
7.5760704 7.6588273 7.6795425 7.6954824 7.7721919
7.8088220 7.8284721 7.8682090 7.9220454 7.9459854
7.9953555 8.0300913 8.0621910 8.1062504 8.1354313
8.1553063 8.2459949 8.2956132 8.3286014 8.3687043
8.4229885 8.4537893 8.5104688 8.5407901 8.6078928
8.6578596 8.7279716 8.8095056 8.8276190 8.8472084
8.8970638 8.9408774 8.9752694 9.0134380 9.0635806
9.1093982 9.1345538 9.2292827 9.3209676 9.3576632
9.4045036 9.4506592 9.4889274 9.5391086 9.6126367
9.6985836 9.7065217 9.7812129 9.8773333 9.8929933
9.9864745 10.0574488 10.1140437 10.1497797 10.1744713
10.2164943 10.2827311 10.3091893 10.3464449 10.4071519
10.4865433 10.5174892 10.6018147 10.6272695 10.6754290
10.7159483 10.7388386 10.7619209 10.8313568 10.8684883
10.9248168 10.9877761 10.9990886 11.1028869 11.1462742
11.2036327 11.2537473 11.2952059 11.3438777 11.4529017
11.4791322 11.5514308 11.5696057 11.6324775 11.7056857
11.7436675 11.7789814 11.8394326 11.8820481 11.9168219
11.9495370 12.0378947 12.0542146 12.0828267 12.0884543
12.1553934 12.2303606 12.2964546 12.3415939 12.3949508
12.5002081 12.5345808 12.5589274 12.6153534 12.6846183
12.6966859 12.7462565 12.7965337 12.8445080 12.8936433
12.9264522 12.9983345 13.0658729 13.1328340 13.1595652
13.2282815 13.2368877 13.2690362 13.3028805 13.3396310
13.4274932 13.4737137 13.5465830 13.5922592 13.6435323
13.7043448 13.7418649 13.8034640 13.8305176 13.9267316
14.0043367 14.0197731 14.0539398 14.0828310 14.1434250
14.2277397 14.2697792 14.3417237 14.3890502 14.4319064
14.4712001 14.5102144 14.5546025 14.6037049 14.6345420
14.6925165 14.7512166 14.7816667 14.9187523 14.9659035
15.0387126 15.0595331 15.0912553 15.1546519 15.2130398
15.2647018 15.2839414 15.3767659 15.3926045 15.3982445
15.4806163 15.5909212 15.6371742 15.7026193 15.7780169
15.7787070 15.8154450 15.9372336 15.9625918 16.0533178
16.0654704 16.0857287 16.1048574 16.1645873 16.2349969
16.2847405 16.2984103 16.4044381 16.4420987 16.4786553
16.6466482 16.6606030 16.8017984 16.8523258 16.9058552
16.9711795 17.0473480 17.1826818 17.2037198 17.2388753
17.2727155 17.3902015 17.4239232 17.4711379 17.5426410
17.5999886 17.6352656 17.6701363 17.7623591 17.7917188
17.8573613 17.8984220 17.9638917 18.0937916 18.1155781
18.1470111 18.2274365 18.2729552 18.3349625 18.3811650
18.4126442 18.4536324 18.5153426 18.5338896 18.5631604
18.6410460 18.6763399 18.7428882 18.7727225 18.9024207
18.9322132 19.0508353 19.0818630 19.1622444 19.2035150
19.2661576 19.3083501 19.3683245 19.4527607 19.4767865
19.5395932 19.5770615 19.6011272 19.6435728 19.7027986
19.7822362 19.8564978 19.8766333 19.9989587 20.0466529
20.1175279 20.1512564 20.2246802 20.2547333 20.3010669
20.3583290 20.3836226 20.4629716 20.4763935 20.5330108
20.5913513 20.6353435 20.6782554 20.7477421 20.7735762
20.8259304 20.8364821 20.8852623 20.9635276 20.9927416
21.0403512 21.0596995 21.1806164 21.1864264 21.1982189
21.2680823 21.2907902 21.3481279 21.4335472 21.4695732
21.5022349 21.5120957 21.6103233 21.6340493 21.6945914
21.7360545 21.7681688 21.7906905 21.8685876 21.8735540
21.9491770 22.0851751 22.1079180 22.1346689 22.1653074
22.1841197 22.2450859 22.2714204 22.3098203 22.4082000
22.4137526 22.4611088 22.5000458 22.5607744 22.5969325
22.6379190 22.6812718 22.7339324 22.7459338 22.7977416
22.8343133 22.8907940 22.9013177 22.9759408 23.0259068
23.0824724 23.1212754 23.1303343 23.1820995 23.2081527
23.2677117 23.3213872 23.3568828 23.4133197 23.4533664
23.4730563 23.5478655 23.5982095 23.6319917 23.7110458
23.7871877 23.8235640 23.8444967 23.8694977 23.9014827
23.9312174 23.9616568 23.9938528 24.1292768 24.2209437
24.2314884 24.2725143 24.3026787 24.3561074 24.3933771
24.4312259 24.5036890 24.5475818 24.5610988 24.5779738
24.6340804 24.6751417 24.7307573 24.7767502 24.8075203
24.8530397 24.9399133 24.9774552 25.0052198 25.0479721
25.0878300 25.1193966 25.1425507 25.2716705 25.3040593
25.3760151 25.4074146 25.4212490 25.4489608 25.4993822
25.5521850 25.5962057 25.6180157 25.6871769 25.6961577
25.7604806 25.8200783 25.8744419 25.9053411 25.9477304
25.9867498 26.0443848 26.0906252 26.1104431 26.1354305
26.1638477 26.1948162 26.2595241 26.2790775 26.3299485
26.3812755 26.4201812 26.4408854 26.5243584 26.5591319
26.6009618 26.6522510 26.6746695 26.6919603 26.7936702
26.8226683 26.8656929 26.8932074 26.9181501 26.9743820
27.0954844 27.1472341 27.2151853 27.2329153 27.2603781
27.2854684 27.3862412 27.4285159 27.5009228 27.5182647
27.5668039 27.5885433 27.6265454 27.6516798 27.7279723
27.7640583 27.7881071 27.8279316 27.9048972 27.9360067
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Diagstd> Frequencies (cm-1, if the matrix is a hessien in CHARMM units):
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1086.9913183 1094.9676109
Diagstd> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604281742252934881.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604281742252934881.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604281742252934881.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604281742252934881.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 429
First residue number = 1
Last residue number = 433
Number of atoms found = 429
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.981
%Rdmodfacs-Wn> More than 106 vectors in file.
Bfactors> 106 vectors, 1287 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 14 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000884
Bfactors> 92 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.188 for 429 C-alpha atoms.
Bfactors> = 73.424 +/- 283.53
Bfactors> = 19.408 +/- 7.04
Bfactors> Shiftng-fct= -54.015
Bfactors> Scaling-fct= 0.025
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604281742252934881.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604281742252934881.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.8
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Chkmod> 106 vectors, 1287 coordinates in file.
Chkmod> That is: 429 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 20 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 51 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.0220
0.0034 0.0349
0.0034 0.0571
0.0034 0.7056
0.0034 0.6146
0.0034 0.0110
0.0034 0.6930
0.0034 0.6363
0.0034 0.9520
0.0034 0.7300
0.0034 0.0515
0.0035 0.0350
0.0035 0.0501
0.0035 0.0355
3.2286 0.0648
6.1283 0.0755
9.1479 0.0700
11.2470 0.0463
12.7658 0.0744
18.9912 0.1248
21.1496 0.0782
25.8687 0.1536
28.3455 0.1673
30.6536 0.1278
31.2592 0.2899
34.0585 0.2125
35.5030 0.1845
36.7274 0.2049
38.9552 0.2648
39.6602 0.2670
41.1198 0.0258
43.5567 0.5442
48.7916 0.0649
51.4385 0.6167
52.2685 0.1147
54.1411 0.1776
56.7671 0.3964
58.0710 0.5220
62.7364 0.1094
64.3141 0.3477
65.9346 0.3682
66.7345 0.2774
68.7449 0.4218
69.4106 0.4804
71.8234 0.4660
74.3403 0.2412
77.6528 0.3568
80.1117 0.2994
80.5520 0.2204
81.3893 0.2197
82.3041 0.3077
84.5932 0.3026
85.7079 0.3422
87.3026 0.2661
88.6163 0.1877
89.7402 0.2003
90.4013 0.5125
92.9606 0.4153
93.9134 0.4644
96.0118 0.4283
96.6483 0.3065
98.0292 0.4272
99.7994 0.4830
100.2885 0.1588
100.7226 0.1784
101.6142 0.4091
101.9328 0.5529
104.5143 0.4552
105.5248 0.4514
107.3472 0.3397
109.5058 0.4664
110.0964 0.3094
110.6839 0.2764
111.4271 0.4681
113.2638 0.3964
113.9384 0.4008
115.3782 0.1968
118.1551 0.5730
120.5263 0.3263
121.4522 0.3968
123.4264 0.4476
124.6148 0.3409
126.9118 0.4587
127.4218 0.4551
128.5274 0.3580
129.0310 0.2301
130.5752 0.4971
131.0709 0.3194
134.1386 0.4331
134.9711 0.1697
135.6247 0.4340
138.2083 0.3979
139.3553 0.2964
141.2879 0.3372
142.1615 0.4923
143.9337 0.3870
144.6691 0.5983
144.8727 0.4591
145.6439 0.4778
146.9335 0.4158
147.7338 0.4890
149.0053 0.3132
150.3053 0.2644
150.6188 0.4768
152.5633 0.3744
152.8336 0.3292
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604281742252934881.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604281742252934881.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604281742252934881.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604281742252934881.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604281742252934881.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604281742252934881.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4071E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4126E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4207E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4297E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4315E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4360E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4390E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4403E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4501E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4525E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4583E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.229
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.128
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.148
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 11.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 25.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 30.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 35.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 43.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 51.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 64.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 85.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 88.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 98.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 124.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 131.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.8
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Projmod> 106 vectors, 1287 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 429
First residue number = 1
Last residue number = 433
Number of atoms found = 429
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 429
First residue number = 1
Last residue number = 433
Number of atoms found = 429
Mean number per residue = 1.0
%Projmod-Wn> Atom 12 belongs to residue SER in a file and ALA in the other.
%Projmod-Wn> Atom 30 belongs to residue ASN in a file and GLY in the other.
%Projmod-Wn> Atom 33 belongs to residue VAL in a file and LEU in the other.
%Projmod-Wn> Atom 52 belongs to residue ILE in a file and VAL in the other.
%Projmod-Wn> ...
%Projmod-Wn> 27 atoms belong to different residues in the two pdb files.
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 429 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 2.30
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.091 Sum= 0.008 q= -4.3310
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.190 Sum= 0.044 q= -9.0344
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.086 Sum= 0.052 q= -4.1131
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.170 Sum= 0.081 q= 8.1068
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.074 Sum= 0.086 q= 3.4976
Vector: 6 F= 0.00 Cos= 0.080 Sum= 0.093 q= 3.8190
Vector: 7 F= 0.00 Cos= 0.016 Sum= 0.093 q= 0.7799
Vector: 8 F= 0.00 Cos= -0.049 Sum= 0.095 q= -2.3133
Vector: 9 F= 0.00 Cos= -0.012 Sum= 0.096 q= -0.5585
Vector: 10 F= 0.00 Cos= 0.056 Sum= 0.099 q= 2.6736
Vector: 11 F= 0.00 Cos= -0.002 Sum= 0.099 q= -0.1077
Vector: 12 F= 0.00 Cos= -0.026 Sum= 0.099 q= -1.2265
Vector: 13 F= 0.00 Cos= -0.165 Sum= 0.127 q= -7.8519
Vector: 14 F= 0.00 Cos= 0.201 Sum= 0.167 q= 9.5660
Vector: 15 F= 3.23 Cos= -0.021 Sum= 0.168 q= -0.9986
Vector: 16 F= 6.13 Cos= -0.114 Sum= 0.181 q= -5.4218
Vector: 17 F= 9.15 Cos= -0.059 Sum= 0.184 q= -2.7986
Vector: 18 F= 11.25 Cos= -0.032 Sum= 0.185 q= -1.5024
%Projmod-Wn> Eigenvector 19 Norm= 0.9999
Vector: 19 F= 12.77 Cos= 0.080 Sum= 0.191 q= 3.7890
%Projmod-Wn> Eigenvector 20 Norm= 0.9999
Vector: 20 F= 18.99 Cos= 0.074 Sum= 0.197 q= 3.5198
Vector: 21 F= 21.15 Cos= -0.216 Sum= 0.243 q= -10.2635
Vector: 22 F= 25.87 Cos= -0.408 Sum= 0.410 q= -19.3892
Vector: 23 F= 28.35 Cos= 0.177 Sum= 0.441 q= 8.4171
Vector: 24 F= 30.65 Cos= 0.263 Sum= 0.510 q= 12.5121
Vector: 25 F= 31.26 Cos= -0.091 Sum= 0.519 q= -4.3262
Vector: 26 F= 34.06 Cos= -0.176 Sum= 0.550 q= -8.3807
Vector: 27 F= 35.50 Cos= 0.087 Sum= 0.557 q= 4.1420
Vector: 28 F= 36.73 Cos= -0.000 Sum= 0.557 q= -0.0106
Vector: 29 F= 38.96 Cos= -0.027 Sum= 0.558 q= -1.2621
Vector: 30 F= 39.66 Cos= 0.050 Sum= 0.560 q= 2.3862
Vector: 31 F= 41.12 Cos= -0.005 Sum= 0.560 q= -0.2433
Vector: 32 F= 43.56 Cos= 0.152 Sum= 0.584 q= 7.2352
Vector: 33 F= 48.79 Cos= 0.129 Sum= 0.600 q= 6.1459
Vector: 34 F= 51.44 Cos= -0.100 Sum= 0.610 q= -4.7531
Vector: 35 F= 52.27 Cos= 0.076 Sum= 0.616 q= 3.6206
Vector: 36 F= 54.14 Cos= -0.006 Sum= 0.616 q= -0.2791
Vector: 37 F= 56.77 Cos= 0.108 Sum= 0.628 q= 5.1132
Vector: 38 F= 58.07 Cos= -0.128 Sum= 0.644 q= -6.0881
Vector: 39 F= 62.74 Cos= 0.001 Sum= 0.644 q= 0.0464
Vector: 40 F= 64.31 Cos= 0.061 Sum= 0.648 q= 2.9062
Vector: 41 F= 65.93 Cos= -0.034 Sum= 0.649 q= -1.6196
Vector: 42 F= 66.73 Cos= -0.037 Sum= 0.650 q= -1.7481
Vector: 43 F= 68.74 Cos= 0.020 Sum= 0.651 q= 0.9634
Vector: 44 F= 69.41 Cos= 0.030 Sum= 0.652 q= 1.4256
Vector: 45 F= 71.82 Cos= 0.150 Sum= 0.674 q= 7.1327
Vector: 46 F= 74.34 Cos= -0.064 Sum= 0.678 q= -3.0373
Vector: 47 F= 77.65 Cos= 0.029 Sum= 0.679 q= 1.4007
Vector: 48 F= 80.11 Cos= -0.064 Sum= 0.683 q= -3.0316
Vector: 49 F= 80.55 Cos= 0.025 Sum= 0.684 q= 1.1969
Vector: 50 F= 81.39 Cos= 0.052 Sum= 0.687 q= 2.4922
%Projmod-Wn> Eigenvector 51 Norm= 1.0001
Vector: 51 F= 82.30 Cos= 0.075 Sum= 0.692 q= 3.5599
Vector: 52 F= 84.59 Cos= -0.005 Sum= 0.692 q= -0.2522
Vector: 53 F= 85.71 Cos= -0.038 Sum= 0.694 q= -1.7859
Vector: 54 F= 87.30 Cos= 0.035 Sum= 0.695 q= 1.6589
Vector: 55 F= 88.62 Cos= -0.004 Sum= 0.695 q= -0.2104
Vector: 56 F= 89.74 Cos= 0.030 Sum= 0.696 q= 1.4349
Vector: 57 F= 90.40 Cos= -0.015 Sum= 0.696 q= -0.7099
Vector: 58 F= 92.96 Cos= 0.028 Sum= 0.697 q= 1.3300
Vector: 59 F= 93.91 Cos= 0.094 Sum= 0.706 q= 4.4756
Vector: 60 F= 96.01 Cos= -0.051 Sum= 0.708 q= -2.4071
Vector: 61 F= 96.65 Cos= -0.026 Sum= 0.709 q= -1.2458
Vector: 62 F= 98.03 Cos= -0.056 Sum= 0.712 q= -2.6662
Vector: 63 F= 99.80 Cos= -0.045 Sum= 0.714 q= -2.1400
Vector: 64 F= 100.29 Cos= -0.017 Sum= 0.714 q= -0.8176
Vector: 65 F= 100.72 Cos= -0.041 Sum= 0.716 q= -1.9411
Vector: 66 F= 101.61 Cos= -0.056 Sum= 0.719 q= -2.6641
Vector: 67 F= 101.93 Cos= -0.003 Sum= 0.719 q= -0.1407
Vector: 68 F= 104.51 Cos= -0.036 Sum= 0.720 q= -1.7214
Vector: 69 F= 105.52 Cos= -0.014 Sum= 0.721 q= -0.6610
Vector: 70 F= 107.35 Cos= 0.013 Sum= 0.721 q= 0.6013
Vector: 71 F= 109.51 Cos= 0.004 Sum= 0.721 q= 0.1726
Vector: 72 F= 110.10 Cos= 0.041 Sum= 0.722 q= 1.9568
Vector: 73 F= 110.68 Cos= -0.034 Sum= 0.724 q= -1.6018
Vector: 74 F= 111.43 Cos= 0.097 Sum= 0.733 q= 4.6015
Vector: 75 F= 113.26 Cos= 0.049 Sum= 0.735 q= 2.3436
Vector: 76 F= 113.94 Cos= -0.029 Sum= 0.736 q= -1.3689
Vector: 77 F= 115.38 Cos= -0.036 Sum= 0.738 q= -1.7016
Vector: 78 F= 118.16 Cos= 0.072 Sum= 0.743 q= 3.4089
Vector: 79 F= 120.53 Cos= -0.106 Sum= 0.754 q= -5.0429
Vector: 80 F= 121.45 Cos= -0.023 Sum= 0.754 q= -1.0777
Vector: 81 F= 123.43 Cos= -0.019 Sum= 0.755 q= -0.8999
Vector: 82 F= 124.61 Cos= -0.037 Sum= 0.756 q= -1.7434
Vector: 83 F= 126.91 Cos= -0.093 Sum= 0.765 q= -4.4039
Vector: 84 F= 127.42 Cos= 0.063 Sum= 0.769 q= 2.9912
Vector: 85 F= 128.53 Cos= -0.014 Sum= 0.769 q= -0.6572
Vector: 86 F= 129.03 Cos= -0.009 Sum= 0.769 q= -0.4368
Vector: 87 F= 130.58 Cos= 0.016 Sum= 0.769 q= 0.7791
Vector: 88 F= 131.07 Cos= -0.049 Sum= 0.772 q= -2.3242
Vector: 89 F= 134.14 Cos= -0.007 Sum= 0.772 q= -0.3452
Vector: 90 F= 134.97 Cos= 0.041 Sum= 0.773 q= 1.9308
Vector: 91 F= 135.62 Cos= 0.008 Sum= 0.773 q= 0.3824
Vector: 92 F= 138.21 Cos= 0.025 Sum= 0.774 q= 1.1747
Vector: 93 F= 139.36 Cos= -0.024 Sum= 0.775 q= -1.1274
Vector: 94 F= 141.29 Cos= 0.134 Sum= 0.792 q= 6.3596
Vector: 95 F= 142.16 Cos= 0.025 Sum= 0.793 q= 1.1888
Vector: 96 F= 143.93 Cos= 0.052 Sum= 0.796 q= 2.4640
Vector: 97 F= 144.67 Cos= 0.019 Sum= 0.796 q= 0.9066
Vector: 98 F= 144.87 Cos= -0.035 Sum= 0.797 q= -1.6616
Vector: 99 F= 145.64 Cos= -0.018 Sum= 0.798 q= -0.8704
Vector: 100 F= 146.93 Cos= -0.014 Sum= 0.798 q= -0.6853
Vector: 101 F= 147.73 Cos= 0.051 Sum= 0.800 q= 2.4222
Vector: 102 F= 149.01 Cos= -0.038 Sum= 0.802 q= -1.7938
Vector: 103 F= 150.31 Cos= -0.017 Sum= 0.802 q= -0.8273
Vector: 104 F= 150.62 Cos= 0.032 Sum= 0.803 q= 1.4995
Vector: 105 F= 152.56 Cos= 0.034 Sum= 0.804 q= 1.6128
Vector: 106 F= 152.83 Cos= -0.011 Sum= 0.804 q= -0.5049
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003407
Projmod> 14 frequencies less than: 0.003458
Projmod> Lowest non-zero frequency : 3.228643
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.41 for mode 22 with F= 25.87 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.166 0.282 0.390 0.477 0.541 0.804
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 7 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
making animated gifs
3 models are in 2604281742252934881.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
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3 models are in 2604281742252934881.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-20 429 2.334 373 1.322
MODEL 2 MODE=7 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=7 DQ=20 429 2.302 374 1.334
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 8 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
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3 models are in 2604281742252934881.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-20 429 2.280 380 1.338
MODEL 2 MODE=8 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=8 DQ=20 429 2.373 367 1.301
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 9 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.9.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-20 429 2.295 373 1.317
MODEL 2 MODE=9 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=9 DQ=20 429 2.318 376 1.336
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 10 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
making animated gifs
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-20 429 2.375 370 1.308
MODEL 2 MODE=10 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=10 DQ=20 429 2.268 377 1.192
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 11 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
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MODEL 1 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.11.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-20 429 2.445 371 1.309
MODEL 2 MODE=11 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=11 DQ=20 429 2.449 369 1.317
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 12 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.12.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=12 DQ=-20 429 2.463 373 1.305
MODEL 2 MODE=12 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=12 DQ=20 429 2.509 369 1.309
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 13 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
making animated gifs
3 models are in 2604281742252934881.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.13.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=13 DQ=-20 429 2.333 376 1.336
MODEL 2 MODE=13 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=13 DQ=20 429 2.628 362 1.238
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 14 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
making animated gifs
3 models are in 2604281742252934881.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=14 DQ=-20 429 2.641 365 1.235
MODEL 2 MODE=14 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=14 DQ=20 429 2.279 379 1.360
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 15 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
making animated gifs
3 models are in 2604281742252934881.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=15 DQ=-20 429 2.472 365 1.312
MODEL 2 MODE=15 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=15 DQ=20 429 2.509 368 1.311
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2604281742252934881 16 -20 20 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604281742252934881.eigenfacs
2604281742252934881.atom
making animated gifs
3 models are in 2604281742252934881.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604281742252934881.16.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=16 DQ=-20 429 2.387 370 1.310
MODEL 2 MODE=16 DQ=0 429 2.296 375 1.318
MODEL 3 MODE=16 DQ=20 429 2.590 362 1.280
2604281742252934881.10.pdb
2604281742252934881.11.pdb
2604281742252934881.12.pdb
2604281742252934881.13.pdb
2604281742252934881.14.pdb
2604281742252934881.15.pdb
2604281742252934881.16.pdb
2604281742252934881.7.pdb
2604281742252934881.8.pdb
2604281742252934881.9.pdb
STDERR:
real 0m30.840s
user 0m30.722s
sys 0m0.107s
rm: cannot remove '2604281742252934881.sdijb': No such file or directory
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