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LOGs for ID: 2604291712113430818

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2604291712113430818.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2604291712113430818.atom to be opened. Openam> File opened: 2604291712113430818.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1102 First residue number = 33 Last residue number = 583 Number of atoms found = 8948 Mean number per residue = 8.1 Pdbmat> Coordinate statistics: = 22.555904 +/- 14.881992 From: -14.320000 To: 58.417000 = 41.027596 +/- 14.925975 From: 3.272000 To: 75.965000 = 39.578905 +/- 23.025944 From: -10.218000 To: 89.748000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'OAS ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'OAS ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> 2 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 0.9893 % Filled. Pdbmat> 3564548 non-zero elements. Pdbmat> 390160 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 87.21 +/- 21.23 Maximum number = 134 Minimum number = 10 Pdbmat> Matrix trace = 7.803200E+06 Pdbmat> Larger element = 530.765 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 1102 non-zero elements, NRBL set to 6 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2604291712113430818.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 6 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2604291712113430818.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2604291712113430818.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 8948 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 6 residue(s) per block. Blocpdb> 1102 residues. Blocpdb> 42 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 51 atoms in block 2 Block first atom: 43 Blocpdb> 38 atoms in block 3 Block first atom: 94 Blocpdb> 53 atoms in block 4 Block first atom: 132 Blocpdb> 45 atoms in block 5 Block first atom: 185 Blocpdb> 48 atoms in block 6 Block first atom: 230 Blocpdb> 40 atoms in block 7 Block first atom: 278 Blocpdb> 51 atoms in block 8 Block first atom: 318 Blocpdb> 43 atoms in block 9 Block first atom: 369 Blocpdb> 52 atoms in block 10 Block first atom: 412 Blocpdb> 49 atoms in block 11 Block first atom: 464 Blocpdb> 55 atoms in block 12 Block first atom: 513 Blocpdb> 61 atoms in block 13 Block first atom: 568 Blocpdb> 46 atoms in block 14 Block first atom: 629 Blocpdb> 48 atoms in block 15 Block first atom: 675 Blocpdb> 45 atoms in block 16 Block first atom: 723 Blocpdb> 52 atoms in block 17 Block first atom: 768 Blocpdb> 54 atoms in block 18 Block first atom: 820 Blocpdb> 44 atoms in block 19 Block first atom: 874 Blocpdb> 55 atoms in block 20 Block first atom: 918 Blocpdb> 44 atoms in block 21 Block first atom: 973 Blocpdb> 39 atoms in block 22 Block first atom: 1017 Blocpdb> 47 atoms in block 23 Block first atom: 1056 Blocpdb> 46 atoms in block 24 Block first atom: 1103 Blocpdb> 49 atoms in block 25 Block first atom: 1149 Blocpdb> 58 atoms in block 26 Block first atom: 1198 Blocpdb> 41 atoms in block 27 Block first atom: 1256 Blocpdb> 51 atoms in block 28 Block first atom: 1297 Blocpdb> 53 atoms in block 29 Block first atom: 1348 Blocpdb> 57 atoms in block 30 Block first atom: 1401 Blocpdb> 49 atoms in block 31 Block first atom: 1458 Blocpdb> 43 atoms in block 32 Block first atom: 1507 Blocpdb> 41 atoms in block 33 Block first atom: 1550 Blocpdb> 51 atoms in block 34 Block first atom: 1591 Blocpdb> 51 atoms in block 35 Block first atom: 1642 Blocpdb> 56 atoms in block 36 Block first atom: 1693 Blocpdb> 50 atoms in block 37 Block first atom: 1749 Blocpdb> 46 atoms in block 38 Block first atom: 1799 Blocpdb> 48 atoms in block 39 Block first atom: 1845 Blocpdb> 44 atoms in block 40 Block first atom: 1893 Blocpdb> 51 atoms in block 41 Block first atom: 1937 Blocpdb> 49 atoms in block 42 Block first atom: 1988 Blocpdb> 45 atoms in block 43 Block first atom: 2037 Blocpdb> 44 atoms in block 44 Block first atom: 2082 Blocpdb> 45 atoms in block 45 Block first atom: 2126 Blocpdb> 57 atoms in block 46 Block first atom: 2171 Blocpdb> 50 atoms in block 47 Block first atom: 2228 Blocpdb> 52 atoms in block 48 Block first atom: 2278 Blocpdb> 51 atoms in block 49 Block first atom: 2330 Blocpdb> 50 atoms in block 50 Block first atom: 2381 Blocpdb> 47 atoms in block 51 Block first atom: 2431 Blocpdb> 48 atoms in block 52 Block first atom: 2478 Blocpdb> 53 atoms in block 53 Block first atom: 2526 Blocpdb> 50 atoms in block 54 Block first atom: 2579 Blocpdb> 56 atoms in block 55 Block first atom: 2629 Blocpdb> 51 atoms in block 56 Block first atom: 2685 Blocpdb> 59 atoms in block 57 Block first atom: 2736 Blocpdb> 46 atoms in block 58 Block first atom: 2795 Blocpdb> 56 atoms in block 59 Block first atom: 2841 Blocpdb> 64 atoms in block 60 Block first atom: 2897 Blocpdb> 53 atoms in block 61 Block first atom: 2961 Blocpdb> 58 atoms in block 62 Block first atom: 3014 Blocpdb> 57 atoms in block 63 Block first atom: 3072 Blocpdb> 47 atoms in block 64 Block first atom: 3129 Blocpdb> 49 atoms in block 65 Block first atom: 3176 Blocpdb> 47 atoms in block 66 Block first atom: 3225 Blocpdb> 44 atoms in block 67 Block first atom: 3272 Blocpdb> 39 atoms in block 68 Block first atom: 3316 Blocpdb> 44 atoms in block 69 Block first atom: 3355 Blocpdb> 41 atoms in block 70 Block first atom: 3399 Blocpdb> 57 atoms in block 71 Block first atom: 3440 Blocpdb> 55 atoms in block 72 Block first atom: 3497 Blocpdb> 63 atoms in block 73 Block first atom: 3552 Blocpdb> 47 atoms in block 74 Block first atom: 3615 Blocpdb> 50 atoms in block 75 Block first atom: 3662 Blocpdb> 42 atoms in block 76 Block first atom: 3712 Blocpdb> 41 atoms in block 77 Block first atom: 3754 Blocpdb> 45 atoms in block 78 Block first atom: 3795 Blocpdb> 48 atoms in block 79 Block first atom: 3840 Blocpdb> 48 atoms in block 80 Block first atom: 3888 Blocpdb> 50 atoms in block 81 Block first atom: 3936 Blocpdb> 44 atoms in block 82 Block first atom: 3986 Blocpdb> 43 atoms in block 83 Block first atom: 4030 Blocpdb> 41 atoms in block 84 Block first atom: 4073 Blocpdb> 42 atoms in block 85 Block first atom: 4114 Blocpdb> 53 atoms in block 86 Block first atom: 4156 Blocpdb> 42 atoms in block 87 Block first atom: 4209 Blocpdb> 48 atoms in block 88 Block first atom: 4251 Blocpdb> 41 atoms in block 89 Block first atom: 4299 Blocpdb> 45 atoms in block 90 Block first atom: 4340 Blocpdb> 44 atoms in block 91 Block first atom: 4385 Blocpdb> 37 atoms in block 92 Block first atom: 4429 Blocpdb> 42 atoms in block 93 Block first atom: 4466 Blocpdb> 51 atoms in block 94 Block first atom: 4508 Blocpdb> 38 atoms in block 95 Block first atom: 4559 Blocpdb> 53 atoms in block 96 Block first atom: 4597 Blocpdb> 45 atoms in block 97 Block first atom: 4650 Blocpdb> 48 atoms in block 98 Block first atom: 4695 Blocpdb> 46 atoms in block 99 Block first atom: 4743 Blocpdb> 51 atoms in block 100 Block first atom: 4789 Blocpdb> 49 atoms in block 101 Block first atom: 4840 Blocpdb> 52 atoms in block 102 Block first atom: 4889 Blocpdb> 49 atoms in block 103 Block first atom: 4941 Blocpdb> 55 atoms in block 104 Block first atom: 4990 Blocpdb> 61 atoms in block 105 Block first atom: 5045 Blocpdb> 46 atoms in block 106 Block first atom: 5106 Blocpdb> 48 atoms in block 107 Block first atom: 5152 Blocpdb> 44 atoms in block 108 Block first atom: 5200 Blocpdb> 52 atoms in block 109 Block first atom: 5244 Blocpdb> 57 atoms in block 110 Block first atom: 5296 Blocpdb> 44 atoms in block 111 Block first atom: 5353 Blocpdb> 55 atoms in block 112 Block first atom: 5397 Blocpdb> 42 atoms in block 113 Block first atom: 5452 Blocpdb> 39 atoms in block 114 Block first atom: 5494 Blocpdb> 47 atoms in block 115 Block first atom: 5533 Blocpdb> 46 atoms in block 116 Block first atom: 5580 Blocpdb> 49 atoms in block 117 Block first atom: 5626 Blocpdb> 58 atoms in block 118 Block first atom: 5675 Blocpdb> 41 atoms in block 119 Block first atom: 5733 Blocpdb> 51 atoms in block 120 Block first atom: 5774 Blocpdb> 53 atoms in block 121 Block first atom: 5825 Blocpdb> 57 atoms in block 122 Block first atom: 5878 Blocpdb> 49 atoms in block 123 Block first atom: 5935 Blocpdb> 43 atoms in block 124 Block first atom: 5984 Blocpdb> 41 atoms in block 125 Block first atom: 6027 Blocpdb> 51 atoms in block 126 Block first atom: 6068 Blocpdb> 51 atoms in block 127 Block first atom: 6119 Blocpdb> 53 atoms in block 128 Block first atom: 6170 Blocpdb> 50 atoms in block 129 Block first atom: 6223 Blocpdb> 46 atoms in block 130 Block first atom: 6273 Blocpdb> 48 atoms in block 131 Block first atom: 6319 Blocpdb> 45 atoms in block 132 Block first atom: 6367 Blocpdb> 51 atoms in block 133 Block first atom: 6412 Blocpdb> 52 atoms in block 134 Block first atom: 6463 Blocpdb> 45 atoms in block 135 Block first atom: 6515 Blocpdb> 44 atoms in block 136 Block first atom: 6560 Blocpdb> 45 atoms in block 137 Block first atom: 6604 Blocpdb> 57 atoms in block 138 Block first atom: 6649 Blocpdb> 50 atoms in block 139 Block first atom: 6706 Blocpdb> 52 atoms in block 140 Block first atom: 6756 Blocpdb> 51 atoms in block 141 Block first atom: 6808 Blocpdb> 50 atoms in block 142 Block first atom: 6859 Blocpdb> 47 atoms in block 143 Block first atom: 6909 Blocpdb> 48 atoms in block 144 Block first atom: 6956 Blocpdb> 53 atoms in block 145 Block first atom: 7004 Blocpdb> 50 atoms in block 146 Block first atom: 7057 Blocpdb> 56 atoms in block 147 Block first atom: 7107 Blocpdb> 51 atoms in block 148 Block first atom: 7163 Blocpdb> 59 atoms in block 149 Block first atom: 7214 Blocpdb> 46 atoms in block 150 Block first atom: 7273 Blocpdb> 56 atoms in block 151 Block first atom: 7319 Blocpdb> 64 atoms in block 152 Block first atom: 7375 Blocpdb> 53 atoms in block 153 Block first atom: 7439 Blocpdb> 58 atoms in block 154 Block first atom: 7492 Blocpdb> 57 atoms in block 155 Block first atom: 7550 Blocpdb> 47 atoms in block 156 Block first atom: 7607 Blocpdb> 49 atoms in block 157 Block first atom: 7654 Blocpdb> 51 atoms in block 158 Block first atom: 7703 Blocpdb> 44 atoms in block 159 Block first atom: 7754 Blocpdb> 39 atoms in block 160 Block first atom: 7798 Blocpdb> 44 atoms in block 161 Block first atom: 7837 Blocpdb> 41 atoms in block 162 Block first atom: 7881 Blocpdb> 51 atoms in block 163 Block first atom: 7922 Blocpdb> 55 atoms in block 164 Block first atom: 7973 Blocpdb> 63 atoms in block 165 Block first atom: 8028 Blocpdb> 53 atoms in block 166 Block first atom: 8091 Blocpdb> 50 atoms in block 167 Block first atom: 8144 Blocpdb> 42 atoms in block 168 Block first atom: 8194 Blocpdb> 42 atoms in block 169 Block first atom: 8236 Blocpdb> 45 atoms in block 170 Block first atom: 8278 Blocpdb> 48 atoms in block 171 Block first atom: 8323 Blocpdb> 48 atoms in block 172 Block first atom: 8371 Blocpdb> 50 atoms in block 173 Block first atom: 8419 Blocpdb> 44 atoms in block 174 Block first atom: 8469 Blocpdb> 43 atoms in block 175 Block first atom: 8513 Blocpdb> 41 atoms in block 176 Block first atom: 8556 Blocpdb> 42 atoms in block 177 Block first atom: 8597 Blocpdb> 53 atoms in block 178 Block first atom: 8639 Blocpdb> 42 atoms in block 179 Block first atom: 8692 Blocpdb> 48 atoms in block 180 Block first atom: 8734 Blocpdb> 41 atoms in block 181 Block first atom: 8782 Blocpdb> 45 atoms in block 182 Block first atom: 8823 Blocpdb> 44 atoms in block 183 Block first atom: 8868 Blocpdb> 37 atoms in block 184 Block first atom: 8911 Blocpdb> 184 blocks. Blocpdb> At most, 64 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 37 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 3564732 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 26844 Prepmat> Matrix trace = 7803200.0000 Prepmat> Last element read: 26844 26844 221.1823 Prepmat> 17021 lines saved. Prepmat> 15329 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8948 RTB> Total mass = 8948.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 8948 RTB> Number of blocks = 184 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 216114.2233 RTB> 58116 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1104 Diagstd> Nb of non-zero elements: 58116 Diagstd> Projected matrix trace = 216114.2233 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1104 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 216114.2233 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.9454088 1.4159553 2.9382401 3.0529752 3.9709736 4.1680224 4.4299435 4.8735391 5.3347067 5.3862020 6.2216178 7.4261779 7.6662548 7.9160185 8.2757154 8.3201447 8.7974613 9.3817118 11.0991233 11.3017944 12.0523479 12.3710677 12.4903290 12.8451776 13.7720080 13.9677005 14.3889198 14.6533008 15.4780087 16.1146076 16.5890132 17.0009168 18.1069579 18.9722516 19.4854623 19.8044913 20.3941053 20.8563105 21.5086495 21.6641309 22.5597672 22.7833442 23.4639405 23.6299286 23.9932987 24.2089178 24.5104626 24.8436059 25.8521108 26.4455034 26.9347894 27.3636554 28.2250753 28.6332725 28.8154453 29.2722636 30.2221155 30.6844949 30.9325445 31.2442693 31.7530070 32.2352258 32.5896667 32.8185484 33.0341762 33.7453099 34.1115786 34.6646443 34.9265713 35.6132350 36.1402553 36.6197777 36.9093121 37.3544048 37.8417122 38.0195068 38.6627640 38.8298131 38.9656695 39.6575418 39.7904673 40.5557376 40.7635446 41.3767635 41.9030892 42.9668226 43.4067095 43.9774984 44.4315891 44.5868148 45.0185993 45.5918474 45.7943685 45.9156036 46.8170275 47.2460672 47.8955364 48.2762025 48.4237425 49.0739204 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034324 0.0034329 0.0034336 0.0034338 0.0034341 0.0034353 105.5856997 129.2171188 186.1396628 189.7391355 216.3932842 221.6972473 228.5569187 239.7273086 250.8132958 252.0209243 270.8612906 295.9224773 300.6677899 305.5263558 312.3906700 313.2281029 322.0875686 332.6107820 361.7758880 365.0639775 376.9911106 381.9432795 383.7798945 389.1932838 402.9896702 405.8426985 411.9166778 415.6837172 427.2212278 435.9183466 442.2884071 447.7457284 462.0809092 472.9930050 479.3476887 483.2558572 490.3967793 495.9227393 503.6187044 505.4357022 515.7777312 518.3272199 526.0121249 527.8693975 531.9125784 534.2972858 537.6145749 541.2558404 552.1324651 558.4331601 563.5754576 568.0444701 576.9163335 581.0731035 582.9186467 587.5210534 596.9771532 601.5265064 603.9529455 606.9885047 611.9102246 616.5391201 619.9194171 622.0924983 624.1328205 630.8149698 634.2291363 639.3499774 641.7609052 648.0387760 652.8161477 657.1327805 659.7254773 663.6914009 668.0064709 669.5739049 675.2144526 676.6715704 677.8542943 683.8457867 684.9908971 691.5465717 693.3160446 698.5114648 702.9400713 711.8064182 715.4408157 720.1293989 723.8377070 725.1010006 728.6035272 733.2277204 734.8544312 735.8265080 743.0143446 746.4111392 751.5239075 754.5044929 755.6565582 760.7126837 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8948 Rtb_to_modes> Number of blocs = 184 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9907E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9454 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.416 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.938 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.053 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.971 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.168 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.430 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.874 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.335 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.386 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.222 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.426 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.666 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.916 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.276 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.320 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.797 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.382 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.07 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1104 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99996 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 0.99998 1.00000 0.99997 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 161064 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99996 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 0.99998 1.00000 0.99997 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000 0.000 Vector 4: 0.000-0.000 0.000 Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604291712113430818.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604291712113430818.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2604291712113430818.atom Openam> file on opening on unit 11: 2604291712113430818.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1102 First residue number = 33 Last residue number = 583 Number of atoms found = 8948 Mean number per residue = 8.1 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9907E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9454 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.416 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.938 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.053 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.971 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.168 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.430 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.874 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.335 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.386 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.222 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.426 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.666 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.916 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.276 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.320 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.797 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.382 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.07 Bfactors> 106 vectors, 26844 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.945400 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.654 for 1109 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.013 +/- 0.01 Bfactors> = 27.556 +/- 10.03 Bfactors> Shiftng-fct= 27.543 Bfactors> Scaling-fct= 868.318 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604291712113430818.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604291712113430818.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.6 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Chkmod> That is: 8948 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2604291712113430818 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom making animated gifs 11 models are in 2604291712113430818.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604291712113430818.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604291712113430818.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2604291712113430818 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604291712113430818.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2604291712113430818 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604291712113430818.eigenfacs 2604291712113430818.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604291712113430818.eigenfacs 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604291712113430818.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2604291712113430818.10.pdb 2604291712113430818.11.pdb 2604291712113430818.7.pdb 2604291712113430818.8.pdb 2604291712113430818.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m55.089s user 0m54.686s sys 0m0.360s rm: cannot remove '2604291712113430818.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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