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LOGs for ID: 260504085739148381

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 260504085739148381.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 260504085739148381.atom to be opened. Openam> File opened: 260504085739148381.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 196 First residue number = 43 Last residue number = 167 Number of atoms found = 1553 Mean number per residue = 7.9 Pdbmat> Coordinate statistics: = 0.324834 +/- 10.615248 From: -25.705000 To: 23.134000 = -17.034006 +/- 9.709930 From: -40.547000 To: 10.898000 = 13.949601 +/- 8.023441 From: -4.225000 To: 38.094000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 5.3322 % Filled. Pdbmat> 578839 non-zero elements. Pdbmat> 63294 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 81.51 +/- 26.09 Maximum number = 135 Minimum number = 11 Pdbmat> Matrix trace = 1.265880E+06 Pdbmat> Larger element = 532.353 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 196 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 260504085739148381.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 260504085739148381.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 260504085739148381.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1553 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 196 residues. Blocpdb> 4 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 6 atoms in block 2 Block first atom: 5 Blocpdb> 10 atoms in block 3 Block first atom: 11 Blocpdb> 13 atoms in block 4 Block first atom: 21 Blocpdb> 8 atoms in block 5 Block first atom: 34 Blocpdb> 5 atoms in block 6 Block first atom: 42 Blocpdb> 5 atoms in block 7 Block first atom: 47 Blocpdb> 8 atoms in block 8 Block first atom: 52 Blocpdb> 8 atoms in block 9 Block first atom: 60 Blocpdb> 9 atoms in block 10 Block first atom: 68 Blocpdb> 8 atoms in block 11 Block first atom: 77 Blocpdb> 9 atoms in block 12 Block first atom: 85 Blocpdb> 11 atoms in block 13 Block first atom: 94 Blocpdb> 5 atoms in block 14 Block first atom: 105 Blocpdb> 5 atoms in block 15 Block first atom: 110 Blocpdb> 8 atoms in block 16 Block first atom: 115 Blocpdb> 7 atoms in block 17 Block first atom: 123 Blocpdb> 19 atoms in block 18 Block first atom: 130 Blocpdb> 14 atoms in block 19 Block first atom: 149 Blocpdb> 9 atoms in block 20 Block first atom: 163 Blocpdb> 6 atoms in block 21 Block first atom: 172 Blocpdb> 9 atoms in block 22 Block first atom: 178 Blocpdb> 5 atoms in block 23 Block first atom: 187 Blocpdb> 9 atoms in block 24 Block first atom: 192 Blocpdb> 8 atoms in block 25 Block first atom: 201 Blocpdb> 9 atoms in block 26 Block first atom: 209 Blocpdb> 4 atoms in block 27 Block first atom: 218 Blocpdb> 6 atoms in block 28 Block first atom: 222 Blocpdb> 9 atoms in block 29 Block first atom: 228 Blocpdb> 11 atoms in block 30 Block first atom: 237 Blocpdb> 8 atoms in block 31 Block first atom: 248 Blocpdb> 8 atoms in block 32 Block first atom: 256 Blocpdb> 9 atoms in block 33 Block first atom: 264 Blocpdb> 8 atoms in block 34 Block first atom: 273 Blocpdb> 6 atoms in block 35 Block first atom: 281 Blocpdb> 8 atoms in block 36 Block first atom: 287 Blocpdb> 9 atoms in block 37 Block first atom: 295 Blocpdb> 8 atoms in block 38 Block first atom: 304 Blocpdb> 9 atoms in block 39 Block first atom: 312 Blocpdb> 9 atoms in block 40 Block first atom: 321 Blocpdb> 9 atoms in block 41 Block first atom: 330 Blocpdb> 9 atoms in block 42 Block first atom: 339 Blocpdb> 9 atoms in block 43 Block first atom: 348 Blocpdb> 7 atoms in block 44 Block first atom: 357 Blocpdb> 8 atoms in block 45 Block first atom: 364 Blocpdb> 4 atoms in block 46 Block first atom: 372 Blocpdb> 16 atoms in block 47 Block first atom: 376 Blocpdb> 9 atoms in block 48 Block first atom: 392 Blocpdb> 8 atoms in block 49 Block first atom: 401 Blocpdb> 4 atoms in block 50 Block first atom: 409 Blocpdb> 5 atoms in block 51 Block first atom: 413 Blocpdb> 12 atoms in block 52 Block first atom: 418 Blocpdb> 11 atoms in block 53 Block first atom: 430 Blocpdb> 8 atoms in block 54 Block first atom: 441 Blocpdb> 9 atoms in block 55 Block first atom: 449 Blocpdb> 9 atoms in block 56 Block first atom: 458 Blocpdb> 9 atoms in block 57 Block first atom: 467 Blocpdb> 4 atoms in block 58 Block first atom: 476 Blocpdb> 8 atoms in block 59 Block first atom: 480 Blocpdb> 8 atoms in block 60 Block first atom: 488 Blocpdb> 4 atoms in block 61 Block first atom: 496 Blocpdb> 12 atoms in block 62 Block first atom: 500 Blocpdb> 6 atoms in block 63 Block first atom: 512 Blocpdb> 9 atoms in block 64 Block first atom: 518 Blocpdb> 8 atoms in block 65 Block first atom: 527 Blocpdb> 4 atoms in block 66 Block first atom: 535 Blocpdb> 5 atoms in block 67 Block first atom: 539 Blocpdb> 4 atoms in block 68 Block first atom: 544 Blocpdb> 7 atoms in block 69 Block first atom: 548 Blocpdb> 21 atoms in block 70 Block first atom: 555 Blocpdb> 9 atoms in block 71 Block first atom: 576 Blocpdb> 9 atoms in block 72 Block first atom: 585 Blocpdb> 4 atoms in block 73 Block first atom: 594 Blocpdb> 7 atoms in block 74 Block first atom: 598 Blocpdb> 11 atoms in block 75 Block first atom: 605 Blocpdb> 10 atoms in block 76 Block first atom: 616 Blocpdb> 7 atoms in block 77 Block first atom: 626 Blocpdb> 8 atoms in block 78 Block first atom: 633 Blocpdb> 14 atoms in block 79 Block first atom: 641 Blocpdb> 10 atoms in block 80 Block first atom: 655 Blocpdb> 7 atoms in block 81 Block first atom: 665 Blocpdb> 7 atoms in block 82 Block first atom: 672 Blocpdb> 27 atoms in block 83 Block first atom: 679 Blocpdb> 4 atoms in block 84 Block first atom: 706 Blocpdb> 5 atoms in block 85 Block first atom: 710 Blocpdb> 7 atoms in block 86 Block first atom: 715 Blocpdb> 8 atoms in block 87 Block first atom: 722 Blocpdb> 8 atoms in block 88 Block first atom: 730 Blocpdb> 10 atoms in block 89 Block first atom: 738 Blocpdb> 9 atoms in block 90 Block first atom: 748 Blocpdb> 4 atoms in block 91 Block first atom: 757 Blocpdb> 9 atoms in block 92 Block first atom: 761 Blocpdb> 11 atoms in block 93 Block first atom: 770 Blocpdb> 8 atoms in block 94 Block first atom: 781 Blocpdb> 9 atoms in block 95 Block first atom: 789 Blocpdb> 7 atoms in block 96 Block first atom: 798 Blocpdb> 6 atoms in block 97 Block first atom: 805 Blocpdb> 14 atoms in block 98 Block first atom: 811 Blocpdb> 5 atoms in block 99 Block first atom: 825 Blocpdb> 8 atoms in block 100 Block first atom: 830 Blocpdb> 7 atoms in block 101 Block first atom: 838 Blocpdb> 5 atoms in block 102 Block first atom: 845 Blocpdb> 9 atoms in block 103 Block first atom: 850 Blocpdb> 8 atoms in block 104 Block first atom: 859 Blocpdb> 8 atoms in block 105 Block first atom: 867 Blocpdb> 8 atoms in block 106 Block first atom: 875 Blocpdb> 6 atoms in block 107 Block first atom: 883 Blocpdb> 12 atoms in block 108 Block first atom: 889 Blocpdb> 8 atoms in block 109 Block first atom: 901 Blocpdb> 4 atoms in block 110 Block first atom: 909 Blocpdb> 4 atoms in block 111 Block first atom: 913 Blocpdb> 14 atoms in block 112 Block first atom: 917 Blocpdb> 9 atoms in block 113 Block first atom: 931 Blocpdb> 8 atoms in block 114 Block first atom: 940 Blocpdb> 9 atoms in block 115 Block first atom: 948 Blocpdb> 4 atoms in block 116 Block first atom: 957 Blocpdb> 9 atoms in block 117 Block first atom: 961 Blocpdb> 14 atoms in block 118 Block first atom: 970 Blocpdb> 5 atoms in block 119 Block first atom: 984 Blocpdb> 9 atoms in block 120 Block first atom: 989 Blocpdb> 4 atoms in block 121 Block first atom: 998 Blocpdb> 9 atoms in block 122 Block first atom: 1002 Blocpdb> 9 atoms in block 123 Block first atom: 1011 Blocpdb> 7 atoms in block 124 Block first atom: 1020 Blocpdb> 9 atoms in block 125 Block first atom: 1027 Blocpdb> 7 atoms in block 126 Block first atom: 1036 Blocpdb> 13 atoms in block 127 Block first atom: 1043 Blocpdb> 5 atoms in block 128 Block first atom: 1056 Blocpdb> 8 atoms in block 129 Block first atom: 1061 Blocpdb> 9 atoms in block 130 Block first atom: 1069 Blocpdb> 7 atoms in block 131 Block first atom: 1078 Blocpdb> 4 atoms in block 132 Block first atom: 1085 Blocpdb> 9 atoms in block 133 Block first atom: 1089 Blocpdb> 8 atoms in block 134 Block first atom: 1098 Blocpdb> 7 atoms in block 135 Block first atom: 1106 Blocpdb> 11 atoms in block 136 Block first atom: 1113 Blocpdb> 5 atoms in block 137 Block first atom: 1124 Blocpdb> 7 atoms in block 138 Block first atom: 1129 Blocpdb> 9 atoms in block 139 Block first atom: 1136 Blocpdb> 7 atoms in block 140 Block first atom: 1145 Blocpdb> 9 atoms in block 141 Block first atom: 1152 Blocpdb> 7 atoms in block 142 Block first atom: 1161 Blocpdb> 4 atoms in block 143 Block first atom: 1168 Blocpdb> 8 atoms in block 144 Block first atom: 1172 Blocpdb> 11 atoms in block 145 Block first atom: 1180 Blocpdb> 9 atoms in block 146 Block first atom: 1191 Blocpdb> 7 atoms in block 147 Block first atom: 1200 Blocpdb> 8 atoms in block 148 Block first atom: 1207 Blocpdb> 7 atoms in block 149 Block first atom: 1215 Blocpdb> 4 atoms in block 150 Block first atom: 1222 Blocpdb> 7 atoms in block 151 Block first atom: 1226 Blocpdb> 8 atoms in block 152 Block first atom: 1233 Blocpdb> 4 atoms in block 153 Block first atom: 1241 Blocpdb> 5 atoms in block 154 Block first atom: 1245 Blocpdb> 7 atoms in block 155 Block first atom: 1250 Blocpdb> 6 atoms in block 156 Block first atom: 1257 Blocpdb> 8 atoms in block 157 Block first atom: 1263 Blocpdb> 8 atoms in block 158 Block first atom: 1271 Blocpdb> 11 atoms in block 159 Block first atom: 1279 Blocpdb> 6 atoms in block 160 Block first atom: 1290 Blocpdb> 7 atoms in block 161 Block first atom: 1296 Blocpdb> 4 atoms in block 162 Block first atom: 1303 Blocpdb> 7 atoms in block 163 Block first atom: 1307 Blocpdb> 6 atoms in block 164 Block first atom: 1314 Blocpdb> 4 atoms in block 165 Block first atom: 1320 Blocpdb> 6 atoms in block 166 Block first atom: 1324 Blocpdb> 7 atoms in block 167 Block first atom: 1330 Blocpdb> 8 atoms in block 168 Block first atom: 1337 Blocpdb> 7 atoms in block 169 Block first atom: 1345 Blocpdb> 8 atoms in block 170 Block first atom: 1352 Blocpdb> 9 atoms in block 171 Block first atom: 1360 Blocpdb> 9 atoms in block 172 Block first atom: 1369 Blocpdb> 6 atoms in block 173 Block first atom: 1378 Blocpdb> 9 atoms in block 174 Block first atom: 1384 Blocpdb> 7 atoms in block 175 Block first atom: 1393 Blocpdb> 7 atoms in block 176 Block first atom: 1400 Blocpdb> 4 atoms in block 177 Block first atom: 1407 Blocpdb> 8 atoms in block 178 Block first atom: 1411 Blocpdb> 12 atoms in block 179 Block first atom: 1419 Blocpdb> 4 atoms in block 180 Block first atom: 1431 Blocpdb> 8 atoms in block 181 Block first atom: 1435 Blocpdb> 4 atoms in block 182 Block first atom: 1443 Blocpdb> 11 atoms in block 183 Block first atom: 1447 Blocpdb> 11 atoms in block 184 Block first atom: 1458 Blocpdb> 7 atoms in block 185 Block first atom: 1469 Blocpdb> 5 atoms in block 186 Block first atom: 1476 Blocpdb> 6 atoms in block 187 Block first atom: 1481 Blocpdb> 4 atoms in block 188 Block first atom: 1487 Blocpdb> 5 atoms in block 189 Block first atom: 1491 Blocpdb> 21 atoms in block 190 Block first atom: 1496 Blocpdb> 7 atoms in block 191 Block first atom: 1517 Blocpdb> 6 atoms in block 192 Block first atom: 1524 Blocpdb> 5 atoms in block 193 Block first atom: 1530 Blocpdb> 8 atoms in block 194 Block first atom: 1535 Blocpdb> 5 atoms in block 195 Block first atom: 1543 Blocpdb> 6 atoms in block 196 Block first atom: 1547 Blocpdb> 196 blocks. Blocpdb> At most, 27 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 579035 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 4659 Prepmat> Matrix trace = 1265880.0000 Prepmat> Last element read: 4659 4659 92.7221 Prepmat> 19307 lines saved. Prepmat> 16799 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1553 RTB> Total mass = 1553.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1553 RTB> Number of blocks = 196 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 294072.7056 RTB> 87312 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1176 Diagstd> Nb of non-zero elements: 87312 Diagstd> Projected matrix trace = 294072.7056 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1176 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 294072.7056 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.2780764 0.7398102 1.3300737 2.9711621 3.6227349 3.9811442 4.9102526 5.3410377 5.5796572 6.6824334 8.3545610 9.0675987 9.4641729 9.6367801 10.2357739 11.3931157 11.9833448 12.2976527 12.8751158 13.5818552 14.4138822 15.1652057 16.3989908 16.8346093 17.8510317 18.5102392 18.9529398 19.8436016 20.4747895 20.9606655 22.9199057 23.9024543 24.2791417 25.5022628 26.6725195 27.5248969 28.3251696 28.8719471 29.2840990 30.5131573 31.5997240 32.0207706 32.8261815 33.4989307 33.7073004 34.5570801 35.5964167 35.9833234 37.0541150 37.3732858 38.5562271 39.9358152 40.7504088 41.5311307 41.7121998 42.8410951 43.1636432 43.4200917 44.3863312 45.2062582 45.8659989 47.3216438 47.4550752 49.3793651 49.4397557 50.4366776 50.5677446 51.1093522 51.8622514 52.7940891 53.7544603 54.6830936 55.9754417 56.4127554 56.8586295 57.4746247 58.4137243 59.0762644 59.3488232 59.9778403 60.8626535 61.4184850 62.7964567 62.9293129 64.0349107 64.3497625 65.5725589 66.1871141 66.5871697 67.0203389 67.9062720 68.9104365 69.3396415 69.7081352 69.7876360 70.0172420 71.4680741 71.4988759 71.9402283 72.6491885 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034296 0.0034318 0.0034330 0.0034335 0.0034340 0.0034341 57.2634329 93.4018421 125.2371378 187.1795742 206.6871877 216.6702260 240.6285735 250.9620779 256.5068918 280.7130471 313.8752694 326.9952366 334.0693350 337.1019421 347.4206456 366.5359133 375.9103708 380.8082881 389.6465648 400.1979217 412.2738268 422.8822274 439.7479684 445.5503627 458.8037314 467.1983448 472.7522146 483.7327933 491.3658877 497.1618717 519.8783037 530.9046487 535.0716547 548.3838277 560.8249176 569.7156252 577.9383849 583.4898649 587.6398153 599.8447388 610.4314837 614.4848363 622.1648385 628.5079163 630.4596058 638.3572577 647.8857403 651.3972429 661.0183300 663.8591125 674.2835197 686.2408350 693.2043274 699.8132446 701.3371226 710.7642281 713.4348620 715.5510914 723.4689636 730.1205312 735.4289274 747.0078946 748.0603104 763.0764158 763.5428918 771.2026540 772.2040447 776.3283903 782.0255877 789.0198526 796.1639945 803.0115984 812.4451397 815.6126193 818.8294878 823.2530573 829.9515273 834.6449942 836.5681698 840.9897293 847.1702993 851.0299222 860.5237276 861.4335364 868.9678012 871.1014858 879.3390223 883.4500568 886.1159587 888.9935092 894.8499633 901.4419828 904.2449173 906.6444612 907.1613189 908.6524042 918.0182604 918.2160656 921.0457142 925.5729717 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1553 Rtb_to_modes> Number of blocs = 196 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9747E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9875E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9947E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2781 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7398 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.330 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.971 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.623 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.981 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.910 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.341 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.580 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.682 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.355 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.068 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.464 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.637 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.65 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1176 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99993 0.99999 0.99998 0.99998 0.99999 1.00007 0.99996 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00004 1.00002 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99996 0.99996 1.00000 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99996 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 0.99996 1.00002 0.99999 0.99999 1.00004 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 1.00004 0.99999 1.00001 1.00000 1.00004 1.00004 0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 0.99997 0.99998 1.00001 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 27954 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99993 0.99999 0.99998 0.99998 0.99999 1.00007 0.99996 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00004 1.00002 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99996 0.99996 1.00000 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99996 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 0.99996 1.00002 0.99999 0.99999 1.00004 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 1.00004 0.99999 1.00001 1.00000 1.00004 1.00004 0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 0.99997 0.99998 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4: 0.000 0.000 0.000 Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 260504085739148381.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 260504085739148381.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 260504085739148381.atom Openam> file on opening on unit 11: 260504085739148381.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 196 First residue number = 43 Last residue number = 167 Number of atoms found = 1553 Mean number per residue = 7.9 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9747E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9875E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9947E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2781 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7398 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.330 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.971 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.623 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.981 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.910 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.341 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.580 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.682 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.355 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.068 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.464 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.637 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.65 Bfactors> 106 vectors, 4659 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.278100 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.058 for 211 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.104 +/- 0.61 Bfactors> = 11.891 +/- 4.24 Bfactors> Shiftng-fct= 11.787 Bfactors> Scaling-fct= 7.006 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 260504085739148381.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 260504085739148381.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4295E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 445.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 497.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 747.0 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Chkmod> That is: 1553 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 7 is: 0.9998 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 12 is: 1.0002 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 27 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 74 is: 1.0001 (instead of 1.0000). 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 260504085739148381.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 260504085739148381.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 260504085739148381 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=0 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=20 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=40 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=60 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=80 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=100 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../../bin/get_modes.sh 260504085739148381 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=0 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=20 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=40 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=60 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom 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MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 260504085739148381 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=0 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=20 260504085739148381.eigenfacs 260504085739148381.atom calculating perturbed structure for DQ=40 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be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 260504085739148381.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 260504085739148381.10.pdb 260504085739148381.11.pdb 260504085739148381.7.pdb 260504085739148381.8.pdb 260504085739148381.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m19.429s user 0m19.360s sys 0m0.055s rm: cannot remove '260504085739148381.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format 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