***  rhamnosidase_6gsz  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2606171002082554050.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 5.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2606171002082554050.atom to be opened.
Openam> File opened: 2606171002082554050.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 871
First residue number = 1
Last residue number = 871
Number of atoms found = 6867
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.473328 +/- 17.552220 From: -46.777000 To: 38.971000
= -0.351447 +/- 13.846509 From: -32.688000 To: 37.818000
= 1.098818 +/- 17.120890 From: -41.562000 To: 37.840000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.3695 % Filled.
Pdbmat> 784203 non-zero elements.
Pdbmat> 82574 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 24.05 +/- 6.22
Maximum number = 41
Minimum number = 3
Pdbmat> Matrix trace = 1.651480E+06
Pdbmat> Larger element = 166.999
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
871 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2606171002082554050.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2606171002082554050.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2606171002082554050.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 6867 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 871 residues.
Blocpdb> 35 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 38 atoms in block 2
Block first atom: 36
Blocpdb> 47 atoms in block 3
Block first atom: 74
Blocpdb> 29 atoms in block 4
Block first atom: 121
Blocpdb> 43 atoms in block 5
Block first atom: 150
Blocpdb> 49 atoms in block 6
Block first atom: 193
Blocpdb> 33 atoms in block 7
Block first atom: 242
Blocpdb> 51 atoms in block 8
Block first atom: 275
Blocpdb> 43 atoms in block 9
Block first atom: 326
Blocpdb> 36 atoms in block 10
Block first atom: 369
Blocpdb> 38 atoms in block 11
Block first atom: 405
Blocpdb> 43 atoms in block 12
Block first atom: 443
Blocpdb> 35 atoms in block 13
Block first atom: 486
Blocpdb> 41 atoms in block 14
Block first atom: 521
Blocpdb> 36 atoms in block 15
Block first atom: 562
Blocpdb> 34 atoms in block 16
Block first atom: 598
Blocpdb> 42 atoms in block 17
Block first atom: 632
Blocpdb> 33 atoms in block 18
Block first atom: 674
Blocpdb> 41 atoms in block 19
Block first atom: 707
Blocpdb> 40 atoms in block 20
Block first atom: 748
Blocpdb> 34 atoms in block 21
Block first atom: 788
Blocpdb> 38 atoms in block 22
Block first atom: 822
Blocpdb> 45 atoms in block 23
Block first atom: 860
Blocpdb> 33 atoms in block 24
Block first atom: 905
Blocpdb> 42 atoms in block 25
Block first atom: 938
Blocpdb> 37 atoms in block 26
Block first atom: 980
Blocpdb> 46 atoms in block 27
Block first atom: 1017
Blocpdb> 46 atoms in block 28
Block first atom: 1063
Blocpdb> 41 atoms in block 29
Block first atom: 1109
Blocpdb> 37 atoms in block 30
Block first atom: 1150
Blocpdb> 40 atoms in block 31
Block first atom: 1187
Blocpdb> 38 atoms in block 32
Block first atom: 1227
Blocpdb> 44 atoms in block 33
Block first atom: 1265
Blocpdb> 40 atoms in block 34
Block first atom: 1309
Blocpdb> 31 atoms in block 35
Block first atom: 1349
Blocpdb> 50 atoms in block 36
Block first atom: 1380
Blocpdb> 54 atoms in block 37
Block first atom: 1430
Blocpdb> 42 atoms in block 38
Block first atom: 1484
Blocpdb> 40 atoms in block 39
Block first atom: 1526
Blocpdb> 33 atoms in block 40
Block first atom: 1566
Blocpdb> 33 atoms in block 41
Block first atom: 1599
Blocpdb> 43 atoms in block 42
Block first atom: 1632
Blocpdb> 33 atoms in block 43
Block first atom: 1675
Blocpdb> 37 atoms in block 44
Block first atom: 1708
Blocpdb> 43 atoms in block 45
Block first atom: 1745
Blocpdb> 35 atoms in block 46
Block first atom: 1788
Blocpdb> 37 atoms in block 47
Block first atom: 1823
Blocpdb> 37 atoms in block 48
Block first atom: 1860
Blocpdb> 39 atoms in block 49
Block first atom: 1897
Blocpdb> 35 atoms in block 50
Block first atom: 1936
Blocpdb> 41 atoms in block 51
Block first atom: 1971
Blocpdb> 34 atoms in block 52
Block first atom: 2012
Blocpdb> 41 atoms in block 53
Block first atom: 2046
Blocpdb> 42 atoms in block 54
Block first atom: 2087
Blocpdb> 42 atoms in block 55
Block first atom: 2129
Blocpdb> 42 atoms in block 56
Block first atom: 2171
Blocpdb> 39 atoms in block 57
Block first atom: 2213
Blocpdb> 39 atoms in block 58
Block first atom: 2252
Blocpdb> 38 atoms in block 59
Block first atom: 2291
Blocpdb> 42 atoms in block 60
Block first atom: 2329
Blocpdb> 37 atoms in block 61
Block first atom: 2371
Blocpdb> 33 atoms in block 62
Block first atom: 2408
Blocpdb> 43 atoms in block 63
Block first atom: 2441
Blocpdb> 40 atoms in block 64
Block first atom: 2484
Blocpdb> 35 atoms in block 65
Block first atom: 2524
Blocpdb> 33 atoms in block 66
Block first atom: 2559
Blocpdb> 40 atoms in block 67
Block first atom: 2592
Blocpdb> 41 atoms in block 68
Block first atom: 2632
Blocpdb> 45 atoms in block 69
Block first atom: 2673
Blocpdb> 33 atoms in block 70
Block first atom: 2718
Blocpdb> 46 atoms in block 71
Block first atom: 2751
Blocpdb> 40 atoms in block 72
Block first atom: 2797
Blocpdb> 38 atoms in block 73
Block first atom: 2837
Blocpdb> 37 atoms in block 74
Block first atom: 2875
Blocpdb> 42 atoms in block 75
Block first atom: 2912
Blocpdb> 41 atoms in block 76
Block first atom: 2954
Blocpdb> 34 atoms in block 77
Block first atom: 2995
Blocpdb> 43 atoms in block 78
Block first atom: 3029
Blocpdb> 40 atoms in block 79
Block first atom: 3072
Blocpdb> 48 atoms in block 80
Block first atom: 3112
Blocpdb> 43 atoms in block 81
Block first atom: 3160
Blocpdb> 38 atoms in block 82
Block first atom: 3203
Blocpdb> 39 atoms in block 83
Block first atom: 3241
Blocpdb> 33 atoms in block 84
Block first atom: 3280
Blocpdb> 38 atoms in block 85
Block first atom: 3313
Blocpdb> 43 atoms in block 86
Block first atom: 3351
Blocpdb> 42 atoms in block 87
Block first atom: 3394
Blocpdb> 37 atoms in block 88
Block first atom: 3436
Blocpdb> 42 atoms in block 89
Block first atom: 3473
Blocpdb> 44 atoms in block 90
Block first atom: 3515
Blocpdb> 42 atoms in block 91
Block first atom: 3559
Blocpdb> 39 atoms in block 92
Block first atom: 3601
Blocpdb> 41 atoms in block 93
Block first atom: 3640
Blocpdb> 40 atoms in block 94
Block first atom: 3681
Blocpdb> 41 atoms in block 95
Block first atom: 3721
Blocpdb> 43 atoms in block 96
Block first atom: 3762
Blocpdb> 39 atoms in block 97
Block first atom: 3805
Blocpdb> 36 atoms in block 98
Block first atom: 3844
Blocpdb> 49 atoms in block 99
Block first atom: 3880
Blocpdb> 41 atoms in block 100
Block first atom: 3929
Blocpdb> 40 atoms in block 101
Block first atom: 3970
Blocpdb> 42 atoms in block 102
Block first atom: 4010
Blocpdb> 41 atoms in block 103
Block first atom: 4052
Blocpdb> 38 atoms in block 104
Block first atom: 4093
Blocpdb> 34 atoms in block 105
Block first atom: 4131
Blocpdb> 40 atoms in block 106
Block first atom: 4165
Blocpdb> 31 atoms in block 107
Block first atom: 4205
Blocpdb> 50 atoms in block 108
Block first atom: 4236
Blocpdb> 38 atoms in block 109
Block first atom: 4286
Blocpdb> 41 atoms in block 110
Block first atom: 4324
Blocpdb> 38 atoms in block 111
Block first atom: 4365
Blocpdb> 43 atoms in block 112
Block first atom: 4403
Blocpdb> 36 atoms in block 113
Block first atom: 4446
Blocpdb> 38 atoms in block 114
Block first atom: 4482
Blocpdb> 47 atoms in block 115
Block first atom: 4520
Blocpdb> 46 atoms in block 116
Block first atom: 4567
Blocpdb> 45 atoms in block 117
Block first atom: 4613
Blocpdb> 34 atoms in block 118
Block first atom: 4658
Blocpdb> 32 atoms in block 119
Block first atom: 4692
Blocpdb> 43 atoms in block 120
Block first atom: 4724
Blocpdb> 34 atoms in block 121
Block first atom: 4767
Blocpdb> 44 atoms in block 122
Block first atom: 4801
Blocpdb> 36 atoms in block 123
Block first atom: 4845
Blocpdb> 35 atoms in block 124
Block first atom: 4881
Blocpdb> 36 atoms in block 125
Block first atom: 4916
Blocpdb> 40 atoms in block 126
Block first atom: 4952
Blocpdb> 45 atoms in block 127
Block first atom: 4992
Blocpdb> 42 atoms in block 128
Block first atom: 5037
Blocpdb> 48 atoms in block 129
Block first atom: 5079
Blocpdb> 33 atoms in block 130
Block first atom: 5127
Blocpdb> 37 atoms in block 131
Block first atom: 5160
Blocpdb> 35 atoms in block 132
Block first atom: 5197
Blocpdb> 40 atoms in block 133
Block first atom: 5232
Blocpdb> 45 atoms in block 134
Block first atom: 5272
Blocpdb> 34 atoms in block 135
Block first atom: 5317
Blocpdb> 34 atoms in block 136
Block first atom: 5351
Blocpdb> 42 atoms in block 137
Block first atom: 5385
Blocpdb> 42 atoms in block 138
Block first atom: 5427
Blocpdb> 39 atoms in block 139
Block first atom: 5469
Blocpdb> 31 atoms in block 140
Block first atom: 5508
Blocpdb> 40 atoms in block 141
Block first atom: 5539
Blocpdb> 42 atoms in block 142
Block first atom: 5579
Blocpdb> 32 atoms in block 143
Block first atom: 5621
Blocpdb> 45 atoms in block 144
Block first atom: 5653
Blocpdb> 43 atoms in block 145
Block first atom: 5698
Blocpdb> 47 atoms in block 146
Block first atom: 5741
Blocpdb> 39 atoms in block 147
Block first atom: 5788
Blocpdb> 39 atoms in block 148
Block first atom: 5827
Blocpdb> 48 atoms in block 149
Block first atom: 5866
Blocpdb> 35 atoms in block 150
Block first atom: 5914
Blocpdb> 33 atoms in block 151
Block first atom: 5949
Blocpdb> 41 atoms in block 152
Block first atom: 5982
Blocpdb> 42 atoms in block 153
Block first atom: 6023
Blocpdb> 27 atoms in block 154
Block first atom: 6065
Blocpdb> 48 atoms in block 155
Block first atom: 6092
Blocpdb> 30 atoms in block 156
Block first atom: 6140
Blocpdb> 32 atoms in block 157
Block first atom: 6170
Blocpdb> 52 atoms in block 158
Block first atom: 6202
Blocpdb> 38 atoms in block 159
Block first atom: 6254
Blocpdb> 33 atoms in block 160
Block first atom: 6292
Blocpdb> 36 atoms in block 161
Block first atom: 6325
Blocpdb> 45 atoms in block 162
Block first atom: 6361
Blocpdb> 30 atoms in block 163
Block first atom: 6406
Blocpdb> 53 atoms in block 164
Block first atom: 6436
Blocpdb> 36 atoms in block 165
Block first atom: 6489
Blocpdb> 33 atoms in block 166
Block first atom: 6525
Blocpdb> 41 atoms in block 167
Block first atom: 6558
Blocpdb> 38 atoms in block 168
Block first atom: 6599
Blocpdb> 37 atoms in block 169
Block first atom: 6637
Blocpdb> 35 atoms in block 170
Block first atom: 6674
Blocpdb> 33 atoms in block 171
Block first atom: 6709
Blocpdb> 29 atoms in block 172
Block first atom: 6742
Blocpdb> 48 atoms in block 173
Block first atom: 6771
Blocpdb> 40 atoms in block 174
Block first atom: 6819
Blocpdb> 9 atoms in block 175
Block first atom: 6858
Blocpdb> 175 blocks.
Blocpdb> At most, 54 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 784378 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 20601
Prepmat> Matrix trace = 1651480.0000
Prepmat> Last element read: 20601 20601 19.3467
Prepmat> 15401 lines saved.
Prepmat> 14297 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 6867
RTB> Total mass = 6867.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 6867
RTB> Number of blocks = 175
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 40513.8704
RTB> 37083 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1050
Diagstd> Nb of non-zero elements: 37083
Diagstd> Projected matrix trace = 40513.8704
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1050 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 40513.8704
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1790341 0.2086354 0.3248932 0.3776200
0.4169001 0.4672224 0.6110396 0.6510527 0.7636416
0.8499771 0.8939567 1.0464986 1.1279002 1.2042440
1.2666485 1.2883423 1.3121901 1.3782632 1.4826191
1.6179999 1.7867452 1.8896906 1.9115695 1.9677005
1.9886134 2.1004305 2.2067825 2.3081730 2.3911992
2.4368956 2.5536083 2.6428469 2.7480940 2.8675256
2.9589265 2.9698827 3.0599945 3.1554971 3.2012646
3.2602931 3.3242367 3.4060500 3.4733025 3.5047349
3.6538872 3.7423038 3.8344309 3.9078345 3.9401541
4.0158725 4.1250008 4.1471712 4.3361454 4.3924871
4.4395268 4.5062743 4.5625731 4.6438669 4.6796309
4.8001424 4.8224384 4.9163309 4.9432144 5.0109565
5.0927098 5.1438364 5.2709724 5.3142670 5.4138553
5.4266448 5.5084702 5.5132134 5.6419296 5.7047117
5.7384871 5.7870557 5.8809362 5.9442856 6.0649097
6.1258484 6.1734741 6.2710485 6.3668334 6.4263043
6.4930517 6.6288695 6.6713473 6.7643840 6.7774680
6.8580382 6.9419087 6.9677500 7.0368076 7.1531066
7.1923604 7.2217026 7.2635719 7.3606280 7.4105464
7.4858808
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034335 0.0034336 0.0034337 0.0034338 0.0034340
0.0034342 45.9476378 49.6008658 61.8964305 66.7302503
70.1150592 74.2261807 84.8848063 87.6200182 94.8942879
100.1149386 102.6723543 111.0873520 115.3269006 119.1660439
122.2146696 123.2568049 124.3923442 127.4856665 132.2239346
138.1288908 145.1531942 149.2762211 150.1378962 152.3262598
153.1335898 157.3799632 161.3151107 164.9793025 167.9202825
169.5171906 173.5291428 176.5351868 180.0159870 183.8861143
186.7937625 187.1392692 189.9571302 192.8986425 194.2925142
196.0756234 197.9890854 200.4106482 202.3795297 203.2932068
207.5739499 210.0703696 212.6403781 214.6660477 215.5519133
217.6132027 220.5501206 221.1420159 226.1242806 227.5886116
228.8040041 230.5176012 231.9531090 234.0104011 234.9097703
237.9152829 238.4671842 240.7774621 241.4348757 243.0835652
245.0584859 246.2855065 249.3105457 250.3323442 252.6670462
252.9653165 254.8653432 254.9750488 257.9343090 259.3654549
260.1321217 261.2306375 263.3410204 264.7555750 267.4283524
268.7685216 269.8112763 271.9351573 274.0040756 275.2808006
276.7067223 279.5857377 280.4801005 282.4290781 282.7020886
284.3774979 286.1111153 286.6431456 288.0601072 290.4307726
291.2265743 291.8200179 292.6647379 294.6135479 295.6108671
297.1096335
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 6867
Rtb_to_modes> Number of blocs = 175
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.942
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.968
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.153
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.192
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.222
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.264
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.361
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.411
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.486
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1050 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001
0.99998 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00002
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 1.00001 0.99997 0.99998 0.99999
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1.00002 1.00002 1.00001 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000
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1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 123606 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 1.00001
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0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00002
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 1.00001 0.99997 0.99998 0.99999
1.00002 0.99998 1.00001 0.99999 1.00001
1.00002 1.00002 1.00001 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2606171002082554050.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2606171002082554050.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2606171002082554050.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2606171002082554050.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 871
First residue number = 1
Last residue number = 871
Number of atoms found = 6867
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1790
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2086
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3249
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3776
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4169
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4672
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6110
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6511
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.128
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.989
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.100
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.554
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.493
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.671
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.764
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.858
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.942
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.968
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.037
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.153
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.192
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.222
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.264
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.361
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.411
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.486
Bfactors> 106 vectors, 20601 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.179000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.624 for 871 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.121 +/- 0.13
Bfactors> = 96.313 +/- 4.16
Bfactors> Shiftng-fct= 96.193
Bfactors> Scaling-fct= 32.760
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2606171002082554050.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2606171002082554050.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 45.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 94.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 124.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 212.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 214.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 217.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 241.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 275.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 286.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 286.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.1
Chkmod> 106 vectors, 20601 coordinates in file.
Chkmod> That is: 6867 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7320
0.0034 0.7509
0.0034 0.9685
0.0034 0.8279
0.0034 0.9274
0.0034 0.7257
45.9413 0.3901
49.5945 0.4503
61.8944 0.5536
66.7256 0.4215
70.1120 0.6240
74.2212 0.4833
84.8784 0.3940
87.6194 0.2218
94.8876 0.4934
100.1120 0.5808
102.6704 0.4411
111.0561 0.5337
115.3271 0.5796
119.1489 0.4249
122.2264 0.4217
123.2351 0.6200
124.3780 0.4186
127.4680 0.4899
132.2352 0.3489
138.1230 0.4817
145.1573 0.6710
149.2820 0.3017
150.1484 0.4623
152.3313 0.3528
153.1419 0.4075
157.3571 0.6531
161.3161 0.4655
164.9660 0.3804
167.9061 0.2355
169.5135 0.3389
173.5350 0.5257
176.5327 0.5047
180.0052 0.3422
183.8934 0.5253
186.7881 0.4517
187.1349 0.4086
189.9491 0.4727
192.8752 0.4386
194.2761 0.4038
196.0584 0.5127
197.9735 0.4499
200.4006 0.3811
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
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user 0m29.143s
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rm: cannot remove '2606171002082554050.sdijf': No such file or directory
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