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***  5GY7  ***

LOGs for ID: 2606190142442927379

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2606190142442927379.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2606190142442927379.atom to be opened. Openam> File opened: 2606190142442927379.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 676 First residue number = 1 Last residue number = 338 Number of atoms found = 5142 Mean number per residue = 7.6 Pdbmat> Coordinate statistics: = 9.332244 +/- 11.443354 From: -16.834000 To: 38.004000 = 3.086037 +/- 11.262626 From: -23.419000 To: 31.056000 = -0.554400 +/- 22.204285 From: -44.379000 To: 45.175000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 1.7171 % Filled. Pdbmat> 2043156 non-zero elements. Pdbmat> 223621 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 86.98 +/- 21.24 Maximum number = 133 Minimum number = 19 Pdbmat> Matrix trace = 4.472420E+06 Pdbmat> Larger element = 510.444 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 676 non-zero elements, NRBL set to 4 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2606190142442927379.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 4 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2606190142442927379.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2606190142442927379.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 5142 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 4 residue(s) per block. Blocpdb> 676 residues. Blocpdb> 34 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 22 atoms in block 2 Block first atom: 35 Blocpdb> 30 atoms in block 3 Block first atom: 57 Blocpdb> 27 atoms in block 4 Block first atom: 87 Blocpdb> 26 atoms in block 5 Block first atom: 114 Blocpdb> 29 atoms in block 6 Block first atom: 140 Blocpdb> 33 atoms in block 7 Block first atom: 169 Blocpdb> 32 atoms in block 8 Block first atom: 202 Blocpdb> 28 atoms in block 9 Block first atom: 234 Blocpdb> 33 atoms in block 10 Block first atom: 262 Blocpdb> 30 atoms in block 11 Block first atom: 295 Blocpdb> 32 atoms in block 12 Block first atom: 325 Blocpdb> 30 atoms in block 13 Block first atom: 357 Blocpdb> 34 atoms in block 14 Block first atom: 387 Blocpdb> 31 atoms in block 15 Block first atom: 421 Blocpdb> 30 atoms in block 16 Block first atom: 452 Blocpdb> 32 atoms in block 17 Block first atom: 482 Blocpdb> 36 atoms in block 18 Block first atom: 514 Blocpdb> 28 atoms in block 19 Block first atom: 550 Blocpdb> 36 atoms in block 20 Block first atom: 578 Blocpdb> 26 atoms in block 21 Block first atom: 614 Blocpdb> 25 atoms in block 22 Block first atom: 640 Blocpdb> 31 atoms in block 23 Block first atom: 665 Blocpdb> 36 atoms in block 24 Block first atom: 696 Blocpdb> 36 atoms in block 25 Block first atom: 732 Blocpdb> 26 atoms in block 26 Block first atom: 768 Blocpdb> 35 atoms in block 27 Block first atom: 794 Blocpdb> 24 atoms in block 28 Block first atom: 829 Blocpdb> 22 atoms in block 29 Block first atom: 853 Blocpdb> 32 atoms in block 30 Block first atom: 875 Blocpdb> 29 atoms in block 31 Block first atom: 907 Blocpdb> 31 atoms in block 32 Block first atom: 936 Blocpdb> 28 atoms in block 33 Block first atom: 967 Blocpdb> 36 atoms in block 34 Block first atom: 995 Blocpdb> 33 atoms in block 35 Block first atom: 1031 Blocpdb> 25 atoms in block 36 Block first atom: 1064 Blocpdb> 29 atoms in block 37 Block first atom: 1089 Blocpdb> 31 atoms in block 38 Block first atom: 1118 Blocpdb> 32 atoms in block 39 Block first atom: 1149 Blocpdb> 34 atoms in block 40 Block first atom: 1181 Blocpdb> 32 atoms in block 41 Block first atom: 1215 Blocpdb> 26 atoms in block 42 Block first atom: 1247 Blocpdb> 36 atoms in block 43 Block first atom: 1273 Blocpdb> 32 atoms in block 44 Block first atom: 1309 Blocpdb> 38 atoms in block 45 Block first atom: 1341 Blocpdb> 26 atoms in block 46 Block first atom: 1379 Blocpdb> 25 atoms in block 47 Block first atom: 1405 Blocpdb> 26 atoms in block 48 Block first atom: 1430 Blocpdb> 28 atoms in block 49 Block first atom: 1456 Blocpdb> 31 atoms in block 50 Block first atom: 1484 Blocpdb> 35 atoms in block 51 Block first atom: 1515 Blocpdb> 26 atoms in block 52 Block first atom: 1550 Blocpdb> 33 atoms in block 53 Block first atom: 1576 Blocpdb> 24 atoms in block 54 Block first atom: 1609 Blocpdb> 31 atoms in block 55 Block first atom: 1633 Blocpdb> 34 atoms in block 56 Block first atom: 1664 Blocpdb> 24 atoms in block 57 Block first atom: 1698 Blocpdb> 30 atoms in block 58 Block first atom: 1722 Blocpdb> 37 atoms in block 59 Block first atom: 1752 Blocpdb> 29 atoms in block 60 Block first atom: 1789 Blocpdb> 27 atoms in block 61 Block first atom: 1818 Blocpdb> 29 atoms in block 62 Block first atom: 1845 Blocpdb> 30 atoms in block 63 Block first atom: 1874 Blocpdb> 27 atoms in block 64 Block first atom: 1904 Blocpdb> 38 atoms in block 65 Block first atom: 1931 Blocpdb> 21 atoms in block 66 Block first atom: 1969 Blocpdb> 25 atoms in block 67 Block first atom: 1990 Blocpdb> 30 atoms in block 68 Block first atom: 2015 Blocpdb> 31 atoms in block 69 Block first atom: 2045 Blocpdb> 22 atoms in block 70 Block first atom: 2076 Blocpdb> 23 atoms in block 71 Block first atom: 2098 Blocpdb> 41 atoms in block 72 Block first atom: 2121 Blocpdb> 34 atoms in block 73 Block first atom: 2162 Blocpdb> 29 atoms in block 74 Block first atom: 2196 Blocpdb> 38 atoms in block 75 Block first atom: 2225 Blocpdb> 24 atoms in block 76 Block first atom: 2263 Blocpdb> 33 atoms in block 77 Block first atom: 2287 Blocpdb> 39 atoms in block 78 Block first atom: 2320 Blocpdb> 36 atoms in block 79 Block first atom: 2359 Blocpdb> 32 atoms in block 80 Block first atom: 2395 Blocpdb> 30 atoms in block 81 Block first atom: 2427 Blocpdb> 45 atoms in block 82 Block first atom: 2457 Blocpdb> 36 atoms in block 83 Block first atom: 2502 Blocpdb> 32 atoms in block 84 Block first atom: 2538 Blocpdb> 12 atoms in block 85 Block first atom: 2570 Blocpdb> 34 atoms in block 86 Block first atom: 2582 Blocpdb> 22 atoms in block 87 Block first atom: 2616 Blocpdb> 30 atoms in block 88 Block first atom: 2638 Blocpdb> 27 atoms in block 89 Block first atom: 2668 Blocpdb> 30 atoms in block 90 Block first atom: 2695 Blocpdb> 29 atoms in block 91 Block first atom: 2725 Blocpdb> 33 atoms in block 92 Block first atom: 2754 Blocpdb> 32 atoms in block 93 Block first atom: 2787 Blocpdb> 28 atoms in block 94 Block first atom: 2819 Blocpdb> 33 atoms in block 95 Block first atom: 2847 Blocpdb> 30 atoms in block 96 Block first atom: 2880 Blocpdb> 32 atoms in block 97 Block first atom: 2910 Blocpdb> 30 atoms in block 98 Block first atom: 2942 Blocpdb> 34 atoms in block 99 Block first atom: 2972 Blocpdb> 31 atoms in block 100 Block first atom: 3006 Blocpdb> 30 atoms in block 101 Block first atom: 3037 Blocpdb> 28 atoms in block 102 Block first atom: 3067 Blocpdb> 31 atoms in block 103 Block first atom: 3095 Blocpdb> 28 atoms in block 104 Block first atom: 3126 Blocpdb> 36 atoms in block 105 Block first atom: 3154 Blocpdb> 26 atoms in block 106 Block first atom: 3190 Blocpdb> 25 atoms in block 107 Block first atom: 3216 Blocpdb> 31 atoms in block 108 Block first atom: 3241 Blocpdb> 36 atoms in block 109 Block first atom: 3272 Blocpdb> 36 atoms in block 110 Block first atom: 3308 Blocpdb> 26 atoms in block 111 Block first atom: 3344 Blocpdb> 35 atoms in block 112 Block first atom: 3370 Blocpdb> 24 atoms in block 113 Block first atom: 3405 Blocpdb> 22 atoms in block 114 Block first atom: 3429 Blocpdb> 32 atoms in block 115 Block first atom: 3451 Blocpdb> 29 atoms in block 116 Block first atom: 3483 Blocpdb> 31 atoms in block 117 Block first atom: 3512 Blocpdb> 25 atoms in block 118 Block first atom: 3543 Blocpdb> 32 atoms in block 119 Block first atom: 3568 Blocpdb> 27 atoms in block 120 Block first atom: 3600 Blocpdb> 25 atoms in block 121 Block first atom: 3627 Blocpdb> 29 atoms in block 122 Block first atom: 3652 Blocpdb> 31 atoms in block 123 Block first atom: 3681 Blocpdb> 32 atoms in block 124 Block first atom: 3712 Blocpdb> 34 atoms in block 125 Block first atom: 3744 Blocpdb> 32 atoms in block 126 Block first atom: 3778 Blocpdb> 26 atoms in block 127 Block first atom: 3810 Blocpdb> 36 atoms in block 128 Block first atom: 3836 Blocpdb> 32 atoms in block 129 Block first atom: 3872 Blocpdb> 38 atoms in block 130 Block first atom: 3904 Blocpdb> 26 atoms in block 131 Block first atom: 3942 Blocpdb> 25 atoms in block 132 Block first atom: 3968 Blocpdb> 26 atoms in block 133 Block first atom: 3993 Blocpdb> 28 atoms in block 134 Block first atom: 4019 Blocpdb> 31 atoms in block 135 Block first atom: 4047 Blocpdb> 35 atoms in block 136 Block first atom: 4078 Blocpdb> 26 atoms in block 137 Block first atom: 4113 Blocpdb> 33 atoms in block 138 Block first atom: 4139 Blocpdb> 24 atoms in block 139 Block first atom: 4172 Blocpdb> 31 atoms in block 140 Block first atom: 4196 Blocpdb> 34 atoms in block 141 Block first atom: 4227 Blocpdb> 28 atoms in block 142 Block first atom: 4261 Blocpdb> 30 atoms in block 143 Block first atom: 4289 Blocpdb> 37 atoms in block 144 Block first atom: 4319 Blocpdb> 29 atoms in block 145 Block first atom: 4356 Blocpdb> 27 atoms in block 146 Block first atom: 4385 Blocpdb> 29 atoms in block 147 Block first atom: 4412 Blocpdb> 30 atoms in block 148 Block first atom: 4441 Blocpdb> 23 atoms in block 149 Block first atom: 4471 Blocpdb> 38 atoms in block 150 Block first atom: 4494 Blocpdb> 21 atoms in block 151 Block first atom: 4532 Blocpdb> 25 atoms in block 152 Block first atom: 4553 Blocpdb> 30 atoms in block 153 Block first atom: 4578 Blocpdb> 31 atoms in block 154 Block first atom: 4608 Blocpdb> 26 atoms in block 155 Block first atom: 4639 Blocpdb> 23 atoms in block 156 Block first atom: 4665 Blocpdb> 41 atoms in block 157 Block first atom: 4688 Blocpdb> 34 atoms in block 158 Block first atom: 4729 Blocpdb> 29 atoms in block 159 Block first atom: 4763 Blocpdb> 38 atoms in block 160 Block first atom: 4792 Blocpdb> 24 atoms in block 161 Block first atom: 4830 Blocpdb> 33 atoms in block 162 Block first atom: 4854 Blocpdb> 39 atoms in block 163 Block first atom: 4887 Blocpdb> 30 atoms in block 164 Block first atom: 4926 Blocpdb> 32 atoms in block 165 Block first atom: 4956 Blocpdb> 30 atoms in block 166 Block first atom: 4988 Blocpdb> 45 atoms in block 167 Block first atom: 5018 Blocpdb> 36 atoms in block 168 Block first atom: 5063 Blocpdb> 32 atoms in block 169 Block first atom: 5099 Blocpdb> 12 atoms in block 170 Block first atom: 5130 Blocpdb> 170 blocks. Blocpdb> At most, 45 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 2043326 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 15426 Prepmat> Matrix trace = 4472420.0000 Prepmat> Last element read: 15426 15426 114.5133 Prepmat> 14536 lines saved. Prepmat> 12853 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5142 RTB> Total mass = 5142.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 5142 RTB> Number of blocks = 170 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 223784.1120 RTB> 58002 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1020 Diagstd> Nb of non-zero elements: 58002 Diagstd> Projected matrix trace = 223784.1120 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1020 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 223784.1120 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.6509829 1.0217929 1.2798877 2.6505973 4.7483433 5.5639790 8.1140178 8.8156358 10.8465348 11.5709306 11.6147178 13.8952656 15.5835162 16.2547203 16.6502177 16.9022373 17.9878658 18.1369691 19.1497868 19.6318020 20.3009723 20.4796509 21.0855871 21.4816871 21.5329959 22.8580322 23.1447073 24.5970723 25.4987920 25.8542306 26.2571546 27.1465356 27.8734722 28.6270153 29.3156765 29.8681221 30.5308680 30.7724839 31.2892379 31.6461354 32.8212114 34.5314166 35.0786727 35.5197887 35.6759395 36.0292393 37.2374405 37.8231497 38.0531622 38.7442326 39.3712140 39.7507048 40.0575154 40.6863138 40.8721053 41.1708245 42.5134927 43.1723455 43.5373185 44.2309365 45.0838723 45.1538398 46.4366118 47.1746380 47.4636846 48.9463620 49.4159878 49.8413151 50.0608023 50.6668364 50.8715519 51.3955119 51.8395763 53.0608297 53.9416687 54.3269277 55.2566185 55.5681950 55.8567382 56.5583304 56.8565705 57.3020546 57.7194543 58.8651070 58.9748303 59.6496116 60.0799092 60.5115731 61.2488890 61.8185786 62.2228836 62.5276466 63.6493854 63.9357799 64.8198886 65.1345576 65.1864234 65.4432854 65.8436979 66.1505718 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034320 0.0034321 0.0034322 0.0034329 0.0034343 0.0034346 87.6153224 109.7682450 122.8517139 176.7938497 236.6281099 256.1462619 309.3237442 322.4200945 357.6356370 369.3851440 370.0834052 404.7890038 428.6748540 437.8093488 443.1035591 446.4443978 460.5588153 462.4636861 475.2008971 481.1443200 489.2757591 491.4242179 498.6411654 503.3029477 503.9036553 519.1761099 522.4216017 538.5635903 548.3465095 552.1551014 556.4409853 565.7863779 573.3117148 581.0096093 587.9565600 593.4706411 600.0187968 602.3883395 607.4251549 610.8795985 622.1177372 638.1201781 643.1567866 647.1880164 648.6090284 651.8127132 662.6515095 667.8426121 669.8701972 675.9254706 681.3726282 684.6485570 687.2856631 692.6589533 694.2386440 696.7709933 708.0414345 713.5067771 716.5163731 722.2014363 729.1315413 729.6971069 739.9894747 745.8466927 748.1281649 759.7233753 763.3593350 766.6374431 768.3236175 772.9602747 774.5202438 778.4986756 781.8546112 791.0105914 797.5491729 800.3922096 807.2116710 809.4842915 811.5832324 816.6642991 818.8146613 822.0162013 825.0046348 833.1520153 833.9281425 838.6854147 841.7050133 844.7233552 849.8541273 853.7973210 856.5847676 858.6799487 866.3480205 868.2949271 874.2777391 876.3972661 876.7461284 878.4718048 881.1551566 883.2061442 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5142 Rtb_to_modes> Number of blocs = 170 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9888E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9894E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9896E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9936E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6510 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.022 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.280 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.651 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.748 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.564 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.114 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.816 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.15 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1020 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 0.99997 1.00001 1.00003 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00003 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 0.99997 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 1.00003 0.99997 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 92556 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 0.99997 1.00001 1.00003 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00003 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 0.99997 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 1.00003 0.99997 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3:-0.000 0.000 Vector 4: 0.000 0.000-0.000 Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 7:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 10:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2606190142442927379.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2606190142442927379.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2606190142442927379.atom Openam> file on opening on unit 11: 2606190142442927379.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 676 First residue number = 1 Last residue number = 338 Number of atoms found = 5142 Mean number per residue = 7.6 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9888E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9894E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9896E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9936E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6510 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.022 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.280 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.651 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.748 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.564 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.114 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.816 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.15 Bfactors> 106 vectors, 15426 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.651000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.675 for 676 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.021 +/- 0.01 Bfactors> = 8.930 +/- 2.70 Bfactors> Shiftng-fct= 8.909 Bfactors> Scaling-fct= 199.037 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2606190142442927379.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2606190142442927379.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 236.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 357.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 602.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.6 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vecteur en lecture: 778.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 791.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 816.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 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Chkmod> That is: 5142 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.9291 0.0034 0.8877 0.0034 0.7676 0.0034 0.7151 0.0034 0.8047 0.0034 0.8914 87.6127 0.7738 109.7747 0.7405 122.8518 0.7444 176.7997 0.6813 236.6094 0.7229 256.1357 0.7706 309.3101 0.6280 322.4129 0.5900 357.6774 0.6602 369.3544 0.5612 369.9924 0.5797 404.8406 0.7307 428.6081 0.6397 437.7270 0.6041 443.0816 0.7123 446.3957 0.6986 460.5664 0.6173 462.4825 0.6538 475.1831 0.5062 481.1016 0.6377 489.2430 0.6425 491.4073 0.3804 498.6719 0.6518 503.2616 0.7045 503.8470 0.6062 519.1762 0.6522 522.3460 0.5739 538.5725 0.4979 548.3360 0.1728 552.0862 0.6309 556.4472 0.5020 565.7982 0.3297 573.2514 0.2389 581.0150 0.4949 587.9747 0.6456 593.4638 0.3550 599.9845 0.4580 602.3382 0.4964 607.4065 0.5264 610.8907 0.4170 622.0796 0.4809 638.0797 0.2317 643.1413 0.5776 647.1622 0.2445 648.6181 0.4552 651.7916 0.5592 662.6458 0.4458 667.7861 0.5589 669.8136 0.5244 675.8595 0.3991 681.3329 0.4551 684.6131 0.3054 687.2775 0.4459 692.6606 0.3045 694.1910 0.3969 696.7341 0.4947 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2606190142442927379 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom making animated gifs 11 models are in 2606190142442927379.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2606190142442927379.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2606190142442927379.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2606190142442927379 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2606190142442927379.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2606190142442927379 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2606190142442927379.eigenfacs 2606190142442927379.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2606190142442927379.eigenfacs 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2606190142442927379.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2606190142442927379.10.pdb 2606190142442927379.11.pdb 2606190142442927379.7.pdb 2606190142442927379.8.pdb 2606190142442927379.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m21.719s user 0m21.547s sys 0m0.162s rm: cannot remove '2606190142442927379.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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