*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260811125318241389.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260811125318241389.atom to be opened.
Openam> File opened: 260811125318241389.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 60
First residue number = 2
Last residue number = 20
Number of atoms found = 1275
Mean number per residue = 21.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -17.926122 +/- 9.545940 From: -42.170000 To: 5.156000
= 11.736084 +/- 8.901342 From: -10.781000 To: 27.784000
= -12.498508 +/- 14.187101 From: -37.977000 To: 20.252000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'C ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 60 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.9602 % Filled.
Pdbmat> 436121 non-zero elements.
Pdbmat> 47619 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 74.70 +/- 23.87
Maximum number = 135
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 952380.
Pdbmat> Larger element = 520.392
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
60 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260811125318241389.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260811125318241389.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260811125318241389.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1275 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 60 residues.
Blocpdb> 23 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 22 atoms in block 2
Block first atom: 24
Blocpdb> 20 atoms in block 3
Block first atom: 46
Blocpdb> 23 atoms in block 4
Block first atom: 66
Blocpdb> 20 atoms in block 5
Block first atom: 89
Blocpdb> 22 atoms in block 6
Block first atom: 109
Blocpdb> 20 atoms in block 7
Block first atom: 131
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 151
Blocpdb> 22 atoms in block 9
Block first atom: 171
Blocpdb> 20 atoms in block 10
Block first atom: 193
Blocpdb> 20 atoms in block 11
Block first atom: 213
Blocpdb> 22 atoms in block 12
Block first atom: 233
Blocpdb> 23 atoms in block 13
Block first atom: 255
Blocpdb> 20 atoms in block 14
Block first atom: 278
Blocpdb> 20 atoms in block 15
Block first atom: 298
Blocpdb> 23 atoms in block 16
Block first atom: 318
Blocpdb> 22 atoms in block 17
Block first atom: 341
Blocpdb> 20 atoms in block 18
Block first atom: 363
Blocpdb> 23 atoms in block 19
Block first atom: 383
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 406
Blocpdb> 23 atoms in block 21
Block first atom: 428
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 451
Blocpdb> 20 atoms in block 23
Block first atom: 471
Blocpdb> 20 atoms in block 24
Block first atom: 491
Blocpdb> 20 atoms in block 25
Block first atom: 511
Blocpdb> 22 atoms in block 26
Block first atom: 531
Blocpdb> 22 atoms in block 27
Block first atom: 553
Blocpdb> 22 atoms in block 28
Block first atom: 575
Blocpdb> 20 atoms in block 29
Block first atom: 597
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 617
Blocpdb> 23 atoms in block 31
Block first atom: 639
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 662
Blocpdb> 22 atoms in block 33
Block first atom: 685
Blocpdb> 20 atoms in block 34
Block first atom: 707
Blocpdb> 23 atoms in block 35
Block first atom: 727
Blocpdb> 22 atoms in block 36
Block first atom: 750
Blocpdb> 22 atoms in block 37
Block first atom: 772
Blocpdb> 22 atoms in block 38
Block first atom: 794
Blocpdb> 20 atoms in block 39
Block first atom: 816
Blocpdb> 23 atoms in block 40
Block first atom: 836
Blocpdb> 20 atoms in block 41
Block first atom: 859
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 879
Blocpdb> 20 atoms in block 43
Block first atom: 899
Blocpdb> 23 atoms in block 44
Block first atom: 919
Blocpdb> 20 atoms in block 45
Block first atom: 942
Blocpdb> 23 atoms in block 46
Block first atom: 962
Blocpdb> 20 atoms in block 47
Block first atom: 985
Blocpdb> 20 atoms in block 48
Block first atom: 1005
Blocpdb> 20 atoms in block 49
Block first atom: 1025
Blocpdb> 23 atoms in block 50
Block first atom: 1045
Blocpdb> 23 atoms in block 51
Block first atom: 1068
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 1091
Blocpdb> 20 atoms in block 53
Block first atom: 1113
Blocpdb> 20 atoms in block 54
Block first atom: 1133
Blocpdb> 20 atoms in block 55
Block first atom: 1153
Blocpdb> 22 atoms in block 56
Block first atom: 1173
Blocpdb> 22 atoms in block 57
Block first atom: 1195
Blocpdb> 20 atoms in block 58
Block first atom: 1217
Blocpdb> 20 atoms in block 59
Block first atom: 1237
Blocpdb> 19 atoms in block 60
Block first atom: 1256
Blocpdb> 60 blocks.
Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 19 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 436181 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 3825
Prepmat> Matrix trace = 952380.0000
Prepmat> Last element read: 3825 3825 255.2589
Prepmat> 1831 lines saved.
Prepmat> 1434 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1275
RTB> Total mass = 1275.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1275
RTB> Number of blocks = 60
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 69271.1771
RTB> 13356 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 360
Diagstd> Nb of non-zero elements: 13356
Diagstd> Projected matrix trace = 69271.1771
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 360 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 69271.1771
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3280818 0.6606471 1.1602189 1.5478883
2.3893383 2.6919675 3.0012977 4.1693646 4.6292525
5.7970769 6.1679023 7.0514163 7.4637295 9.4750839
9.8611101 10.5110467 11.2741376 12.1470662 13.3533635
14.8157010 15.6827405 16.5971490 17.5156340 18.0404224
20.5163526 20.7733542 21.9825987 22.6538323 22.7890537
25.0939077 26.8505193 27.0317183 28.5858241 28.7758137
30.0526353 30.7063951 32.2214141 33.2403966 34.0505244
34.8241268 35.4552874 36.6156437 37.8880619 39.5490604
39.5738969 40.6440433 41.7023156 43.6885355 44.5908740
45.0002738 46.3775317 48.7187966 49.2432485 50.3922186
50.8129378 51.0966612 52.7270233 53.4197978 54.8843169
55.1701302 56.5563545 58.2767059 58.9174812 60.2421803
61.1042486 61.3398061 62.8499347 63.7524440 65.1843450
66.0926986 66.4962029 68.2398371 69.0082737 70.9325027
72.1803171 74.7222828 75.5231359 77.1979054 78.3431847
78.8774086 80.0711359 80.9768587 83.2674627 83.9253116
84.9209214 86.4761971 87.9700932 89.0095597 90.2593335
91.0546295 93.5672681 94.2108897 95.5037466 97.4791277
99.5480519 100.5468092 100.8434595 102.3752330 104.0157331
105.0524504
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034332 0.0034333 0.0034335 0.0034337 0.0034345
0.0034346 62.1994250 88.2632755 116.9675131 135.1030291
167.8549321 178.1681991 188.1264327 221.7329424 233.6418925
261.4567209 269.6894908 288.3589647 296.6697230 334.2618506
341.0029878 352.0612801 364.6170276 378.4695811 396.8173165
417.9808479 430.0374313 442.3968503 454.4731301 461.2311503
491.8643628 494.9354866 509.1371608 516.8519040 518.3921618
543.9756111 562.6931463 564.5886024 580.5914538 582.5176468
595.3009294 601.7411299 616.4070235 626.0779072 633.6612984
640.8190269 646.6001268 657.0956872 668.4154435 682.9098315
683.1242291 692.2990455 701.2540230 717.7596228 725.1340067
728.4552174 739.5185897 757.9552343 762.0239613 770.8626788
774.0739148 776.2319988 788.5185363 793.6817613 804.4877063
806.5796948 816.6500338 828.9775663 833.5225740 842.8409364
848.8500613 850.4846497 860.8900643 867.0491156 876.7321515
882.8197140 885.5104764 897.0450851 902.0816779 914.5720439
922.5813543 938.6860114 943.7028953 954.1091013 961.1604479
964.4319678 971.7023991 977.1826399 990.9071129 994.8137093
1000.6970719 1009.8190785 1018.5041578 1024.5038778 1031.6712816
1036.2064615 1050.4061482 1054.0126732 1061.2201436 1072.1390079
1083.4569581 1088.8785103 1090.4836243 1098.7344249 1107.5027095
1113.0082250
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1275
Rtb_to_modes> Number of blocs = 60
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9964E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3281
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6606
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.160
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.548
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.389
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.692
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.001
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.169
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.629
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.797
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.168
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.051
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.464
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.475
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.861
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.34
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.1
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 360 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 0.99998 0.99996 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 0.99999 0.99995 0.99997
0.99997 1.00006 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00007 1.00002 1.00003 1.00002
0.99999 0.99996 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 1.00003 0.99997
0.99998 0.99997 1.00000 1.00003 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 1.00006
0.99999 0.99998 1.00005 1.00004 0.99996
1.00002 1.00001 0.99995 0.99999 1.00002
1.00000 1.00002 1.00004 1.00001 1.00001
1.00002 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 0.99994 0.99998 0.99999 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00003 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002
0.99996 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002
0.99998 1.00000 1.00002 1.00002 1.00004
1.00000 1.00000 0.99998 1.00002 1.00002
1.00003 1.00000 0.99999 0.99997 0.99998
1.00001 1.00000 0.99998 1.00003 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 22950 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99998 0.99996 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 0.99999 0.99995 0.99997
0.99997 1.00006 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00007 1.00002 1.00003 1.00002
0.99999 0.99996 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 1.00003 0.99997
0.99998 0.99997 1.00000 1.00003 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 1.00006
0.99999 0.99998 1.00005 1.00004 0.99996
1.00002 1.00001 0.99995 0.99999 1.00002
1.00000 1.00002 1.00004 1.00001 1.00001
1.00002 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 0.99994 0.99998 0.99999 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00003 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002
0.99996 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002
0.99998 1.00000 1.00002 1.00002 1.00004
1.00000 1.00000 0.99998 1.00002 1.00002
1.00003 1.00000 0.99999 0.99997 0.99998
1.00001 1.00000 0.99998 1.00003 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260811125318241389.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260811125318241389.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260811125318241389.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260811125318241389.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 60
First residue number = 2
Last residue number = 20
Number of atoms found = 1275
Mean number per residue = 21.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9964E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3281
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6606
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.160
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.548
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.389
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.692
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.001
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.169
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.629
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.797
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.168
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.051
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.464
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.475
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.861
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.1
Bfactors> 106 vectors, 3825 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.328100
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> 0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260811125318241389.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260811125318241389.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 88.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 117.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 352.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 378.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 739.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 757.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 816.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 829.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 833.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 842.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 848.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 850.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 860.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 897.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 902.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 914.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 922.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 938.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 943.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 954.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 961.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 964.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 977.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 990.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 994.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1010.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1018.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1036.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1054.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1061.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1072.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1083.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1089.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1090.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1099.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1107.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1113.
Chkmod> 106 vectors, 3825 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1275 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 12 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 17 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 45 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 48 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 67 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8930
0.0034 0.8386
0.0034 0.6864
0.0034 0.6636
0.0034 0.9537
0.0034 0.7270
62.1985 0.6348
88.2563 0.6174
116.9515 0.4927
135.1021 0.5936
167.8358 0.5473
178.1616 0.2111
188.1090 0.7153
221.7137 0.6821
233.6255 0.6023
261.4438 0.5716
269.6800 0.4399
288.3381 0.6112
296.6624 0.4089
334.2460 0.5331
340.9864 0.3420
352.0286 0.2372
364.5345 0.4277
378.4990 0.3535
396.7503 0.4306
418.0235 0.4450
429.9814 0.4187
442.4159 0.3460
454.5103 0.5944
461.2060 0.5284
491.8870 0.5840
494.8743 0.5642
509.0852 0.5227
516.7860 0.4023
518.3807 0.5400
543.9099 0.4170
562.6635 0.4583
564.5464 0.5434
580.6089 0.3036
582.5350 0.5615
595.2493 0.4860
601.7506 0.3612
616.3670 0.5230
626.0473 0.4835
633.6292 0.4654
640.7535 0.3345
646.6153 0.3863
657.1066 0.3932
668.4038 0.4914
682.8886 0.4878
683.0613 0.5053
692.2349 0.4967
701.2045 0.5190
717.7408 0.4899
725.0958 0.4678
728.4217 0.4817
739.5065 0.5426
757.9321 0.4274
761.9661 0.4950
770.8126 0.5035
774.0183 0.4558
776.2240 0.3865
788.5069 0.5321
793.6492 0.5710
804.4215 0.2644
806.5441 0.3707
816.6413 0.4151
828.9654 0.3349
833.5046 0.5746
842.7895 0.5278
848.7841 0.5232
850.4495 0.5426
860.8536 0.5244
866.9953 0.4976
876.6653 0.5591
882.7638 0.2651
885.4977 0.5497
897.0076 0.2255
902.0542 0.4336
914.5166 0.5351
922.5397 0.4643
938.6314 0.4296
943.6428 0.5526
954.0811 0.4956
961.0997 0.4811
964.4064 0.5212
971.6538 0.6091
977.1596 0.2900
990.8797 0.4924
994.7988 0.2064
1000.6487 0.4594
1009.7979 0.5867
1018.4599 0.5743
1024.4624 0.5387
1031.6308 0.5526
1036.1356 0.5164
1050.3764 0.4757
1053.9625 0.4655
1061.1538 0.5400
1072.0978 0.4851
1083.4210 0.6248
1088.5783 0.4867
1090.2018 0.5408
1098.8202 0.4924
1107.3714 0.4947
1113.2123 0.6202
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260811125318241389 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
making animated gifs
11 models are in 260811125318241389.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260811125318241389.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260811125318241389.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260811125318241389 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260811125318241389.eigenfacs
260811125318241389.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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making thumbnail 100x100
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getting mode 11
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m1.813s
user 0m1.773s
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rm: cannot remove '260811125318241389.sdijf': No such file or directory
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