CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been relocated.
**Some cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***  v-3  ***

LOGs for ID: 2608150924451376424

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2608150924451376424.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2608150924451376424.atom to be opened. Openam> File opened: 2608150924451376424.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 297 First residue number = 1 Last residue number = 297 Number of atoms found = 2650 Mean number per residue = 8.9 Pdbmat> Coordinate statistics: = 15.838702 +/- 21.111760 From: -28.790000 To: 59.241000 = -4.152077 +/- 11.080300 From: -37.612000 To: 17.328000 = -7.829508 +/- 20.437412 From: -45.577000 To: 59.157000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 2.2860 % Filled. Pdbmat> 722491 non-zero elements. Pdbmat> 78524 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 59.26 +/- 21.21 Maximum number = 143 Minimum number = 10 Pdbmat> Matrix trace = 1.570480E+06 Pdbmat> Larger element = 513.759 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 297 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2608150924451376424.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2608150924451376424.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2608150924451376424.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2650 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 297 residues. Blocpdb> 18 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 12 atoms in block 2 Block first atom: 19 Blocpdb> 22 atoms in block 3 Block first atom: 31 Blocpdb> 29 atoms in block 4 Block first atom: 53 Blocpdb> 17 atoms in block 5 Block first atom: 82 Blocpdb> 18 atoms in block 6 Block first atom: 99 Blocpdb> 15 atoms in block 7 Block first atom: 117 Blocpdb> 17 atoms in block 8 Block first atom: 132 Blocpdb> 18 atoms in block 9 Block first atom: 149 Blocpdb> 23 atoms in block 10 Block first atom: 167 Blocpdb> 21 atoms in block 11 Block first atom: 190 Blocpdb> 16 atoms in block 12 Block first atom: 211 Blocpdb> 25 atoms in block 13 Block first atom: 227 Blocpdb> 18 atoms in block 14 Block first atom: 252 Blocpdb> 22 atoms in block 15 Block first atom: 270 Blocpdb> 18 atoms in block 16 Block first atom: 292 Blocpdb> 26 atoms in block 17 Block first atom: 310 Blocpdb> 12 atoms in block 18 Block first atom: 336 Blocpdb> 19 atoms in block 19 Block first atom: 348 Blocpdb> 15 atoms in block 20 Block first atom: 367 Blocpdb> 24 atoms in block 21 Block first atom: 382 Blocpdb> 30 atoms in block 22 Block first atom: 406 Blocpdb> 20 atoms in block 23 Block first atom: 436 Blocpdb> 25 atoms in block 24 Block first atom: 456 Blocpdb> 22 atoms in block 25 Block first atom: 481 Blocpdb> 31 atoms in block 26 Block first atom: 503 Blocpdb> 14 atoms in block 27 Block first atom: 534 Blocpdb> 24 atoms in block 28 Block first atom: 548 Blocpdb> 18 atoms in block 29 Block first atom: 572 Blocpdb> 23 atoms in block 30 Block first atom: 590 Blocpdb> 13 atoms in block 31 Block first atom: 613 Blocpdb> 16 atoms in block 32 Block first atom: 626 Blocpdb> 30 atoms in block 33 Block first atom: 642 Blocpdb> 25 atoms in block 34 Block first atom: 672 Blocpdb> 18 atoms in block 35 Block first atom: 697 Blocpdb> 18 atoms in block 36 Block first atom: 715 Blocpdb> 28 atoms in block 37 Block first atom: 733 Blocpdb> 22 atoms in block 38 Block first atom: 761 Blocpdb> 17 atoms in block 39 Block first atom: 783 Blocpdb> 12 atoms in block 40 Block first atom: 800 Blocpdb> 19 atoms in block 41 Block first atom: 812 Blocpdb> 23 atoms in block 42 Block first atom: 831 Blocpdb> 20 atoms in block 43 Block first atom: 854 Blocpdb> 17 atoms in block 44 Block first atom: 874 Blocpdb> 13 atoms in block 45 Block first atom: 891 Blocpdb> 14 atoms in block 46 Block first atom: 904 Blocpdb> 10 atoms in block 47 Block first atom: 918 Blocpdb> 19 atoms in block 48 Block first atom: 928 Blocpdb> 17 atoms in block 49 Block first atom: 947 Blocpdb> 13 atoms in block 50 Block first atom: 964 Blocpdb> 14 atoms in block 51 Block first atom: 977 Blocpdb> 19 atoms in block 52 Block first atom: 991 Blocpdb> 10 atoms in block 53 Block first atom: 1010 Blocpdb> 13 atoms in block 54 Block first atom: 1020 Blocpdb> 22 atoms in block 55 Block first atom: 1033 Blocpdb> 18 atoms in block 56 Block first atom: 1055 Blocpdb> 20 atoms in block 57 Block first atom: 1073 Blocpdb> 14 atoms in block 58 Block first atom: 1093 Blocpdb> 22 atoms in block 59 Block first atom: 1107 Blocpdb> 10 atoms in block 60 Block first atom: 1129 Blocpdb> 17 atoms in block 61 Block first atom: 1139 Blocpdb> 17 atoms in block 62 Block first atom: 1156 Blocpdb> 18 atoms in block 63 Block first atom: 1173 Blocpdb> 17 atoms in block 64 Block first atom: 1191 Blocpdb> 13 atoms in block 65 Block first atom: 1208 Blocpdb> 10 atoms in block 66 Block first atom: 1221 Blocpdb> 13 atoms in block 67 Block first atom: 1231 Blocpdb> 21 atoms in block 68 Block first atom: 1244 Blocpdb> 21 atoms in block 69 Block first atom: 1265 Blocpdb> 19 atoms in block 70 Block first atom: 1286 Blocpdb> 17 atoms in block 71 Block first atom: 1305 Blocpdb> 14 atoms in block 72 Block first atom: 1322 Blocpdb> 10 atoms in block 73 Block first atom: 1336 Blocpdb> 17 atoms in block 74 Block first atom: 1346 Blocpdb> 15 atoms in block 75 Block first atom: 1363 Blocpdb> 23 atoms in block 76 Block first atom: 1378 Blocpdb> 17 atoms in block 77 Block first atom: 1401 Blocpdb> 12 atoms in block 78 Block first atom: 1418 Blocpdb> 10 atoms in block 79 Block first atom: 1430 Blocpdb> 13 atoms in block 80 Block first atom: 1440 Blocpdb> 11 atoms in block 81 Block first atom: 1453 Blocpdb> 15 atoms in block 82 Block first atom: 1464 Blocpdb> 22 atoms in block 83 Block first atom: 1479 Blocpdb> 14 atoms in block 84 Block first atom: 1501 Blocpdb> 17 atoms in block 85 Block first atom: 1515 Blocpdb> 12 atoms in block 86 Block first atom: 1532 Blocpdb> 12 atoms in block 87 Block first atom: 1544 Blocpdb> 17 atoms in block 88 Block first atom: 1556 Blocpdb> 18 atoms in block 89 Block first atom: 1573 Blocpdb> 17 atoms in block 90 Block first atom: 1591 Blocpdb> 13 atoms in block 91 Block first atom: 1608 Blocpdb> 24 atoms in block 92 Block first atom: 1621 Blocpdb> 15 atoms in block 93 Block first atom: 1645 Blocpdb> 19 atoms in block 94 Block first atom: 1660 Blocpdb> 16 atoms in block 95 Block first atom: 1679 Blocpdb> 12 atoms in block 96 Block first atom: 1695 Blocpdb> 12 atoms in block 97 Block first atom: 1707 Blocpdb> 18 atoms in block 98 Block first atom: 1719 Blocpdb> 21 atoms in block 99 Block first atom: 1737 Blocpdb> 18 atoms in block 100 Block first atom: 1758 Blocpdb> 13 atoms in block 101 Block first atom: 1776 Blocpdb> 18 atoms in block 102 Block first atom: 1789 Blocpdb> 18 atoms in block 103 Block first atom: 1807 Blocpdb> 14 atoms in block 104 Block first atom: 1825 Blocpdb> 18 atoms in block 105 Block first atom: 1839 Blocpdb> 12 atoms in block 106 Block first atom: 1857 Blocpdb> 12 atoms in block 107 Block first atom: 1869 Blocpdb> 13 atoms in block 108 Block first atom: 1881 Blocpdb> 21 atoms in block 109 Block first atom: 1894 Blocpdb> 17 atoms in block 110 Block first atom: 1915 Blocpdb> 16 atoms in block 111 Block first atom: 1932 Blocpdb> 17 atoms in block 112 Block first atom: 1948 Blocpdb> 14 atoms in block 113 Block first atom: 1965 Blocpdb> 14 atoms in block 114 Block first atom: 1979 Blocpdb> 21 atoms in block 115 Block first atom: 1993 Blocpdb> 22 atoms in block 116 Block first atom: 2014 Blocpdb> 18 atoms in block 117 Block first atom: 2036 Blocpdb> 23 atoms in block 118 Block first atom: 2054 Blocpdb> 17 atoms in block 119 Block first atom: 2077 Blocpdb> 14 atoms in block 120 Block first atom: 2094 Blocpdb> 21 atoms in block 121 Block first atom: 2108 Blocpdb> 18 atoms in block 122 Block first atom: 2129 Blocpdb> 18 atoms in block 123 Block first atom: 2147 Blocpdb> 22 atoms in block 124 Block first atom: 2165 Blocpdb> 23 atoms in block 125 Block first atom: 2187 Blocpdb> 14 atoms in block 126 Block first atom: 2210 Blocpdb> 20 atoms in block 127 Block first atom: 2224 Blocpdb> 13 atoms in block 128 Block first atom: 2244 Blocpdb> 26 atoms in block 129 Block first atom: 2257 Blocpdb> 20 atoms in block 130 Block first atom: 2283 Blocpdb> 11 atoms in block 131 Block first atom: 2303 Blocpdb> 16 atoms in block 132 Block first atom: 2314 Blocpdb> 25 atoms in block 133 Block first atom: 2330 Blocpdb> 24 atoms in block 134 Block first atom: 2355 Blocpdb> 20 atoms in block 135 Block first atom: 2379 Blocpdb> 25 atoms in block 136 Block first atom: 2399 Blocpdb> 19 atoms in block 137 Block first atom: 2424 Blocpdb> 22 atoms in block 138 Block first atom: 2443 Blocpdb> 17 atoms in block 139 Block first atom: 2465 Blocpdb> 30 atoms in block 140 Block first atom: 2482 Blocpdb> 17 atoms in block 141 Block first atom: 2512 Blocpdb> 24 atoms in block 142 Block first atom: 2529 Blocpdb> 17 atoms in block 143 Block first atom: 2553 Blocpdb> 18 atoms in block 144 Block first atom: 2570 Blocpdb> 21 atoms in block 145 Block first atom: 2588 Blocpdb> 10 atoms in block 146 Block first atom: 2609 Blocpdb> 13 atoms in block 147 Block first atom: 2619 Blocpdb> 10 atoms in block 148 Block first atom: 2632 Blocpdb> 9 atoms in block 149 Block first atom: 2641 Blocpdb> 149 blocks. Blocpdb> At most, 31 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 722640 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 7950 Prepmat> Matrix trace = 1570480.0000 Prepmat> Last element read: 7950 7950 38.9700 Prepmat> 11176 lines saved. Prepmat> 10319 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2650 RTB> Total mass = 2650.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2650 RTB> Number of blocks = 149 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 128541.8695 RTB> 28581 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 894 Diagstd> Nb of non-zero elements: 28581 Diagstd> Projected matrix trace = 128541.8695 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 894 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 128541.8695 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0005421 0.0008333 0.0071268 0.0123363 0.0246435 0.0324069 0.0527335 0.0717814 0.0950211 0.1143262 0.1289981 0.1919950 0.2168067 0.2394798 0.2630216 0.3198256 0.3653242 0.3750612 0.4056093 0.4896401 0.5846003 0.6378508 0.6615223 0.7432038 0.8088271 0.8786026 0.9353589 0.9963387 1.0699955 1.2263237 1.3535604 1.3777161 1.4776260 1.5878000 1.6362090 1.8511093 2.0121070 2.1236235 2.2501834 2.3465310 2.4466977 2.5516213 2.6576866 2.7224766 2.8820598 2.9522683 3.1473145 3.1600611 3.3210328 3.6395409 3.6763666 3.8496329 3.9742857 4.1959209 4.2936510 4.6333079 4.6749506 4.8913275 5.1349867 5.3458615 5.7386147 5.9152961 6.0063101 6.1474473 6.3522990 6.3877709 6.5094544 6.5519773 6.9984851 7.4229151 7.5404498 7.8148173 7.9594159 8.1306940 8.3330774 8.3832951 8.5474968 8.6865285 9.1347424 9.2068679 9.3519432 9.5083556 9.9032784 10.1315987 10.1648574 10.3598137 10.7164882 10.7842377 11.0129474 11.2783842 11.6714566 11.8956887 11.9915579 12.1462377 12.2395842 12.4579384 12.5711964 12.6971586 12.8405552 13.0045112 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034327 0.0034337 0.0034339 0.0034342 0.0034344 0.0034344 2.5284330 3.1346326 9.1673219 12.0611075 17.0469311 19.5485331 24.9366744 29.0938446 33.4738283 36.7170760 39.0020091 47.5817255 50.5628625 53.1410050 55.6917673 61.4118115 65.6348532 66.5037823 69.1590865 75.9860323 83.0280417 86.7271011 88.3217220 93.6158164 97.6614390 101.7868122 105.0230017 108.3923886 112.3275437 120.2535323 126.3380302 127.4603607 132.0010998 136.8337363 138.9039744 147.7444968 154.0354982 158.2464751 162.8936814 166.3444930 169.8577780 173.4616164 177.0301183 179.1749767 184.3515404 186.5834826 192.6483754 193.0380950 197.8936520 207.1660487 208.2114862 213.0614787 216.4835113 222.4379714 225.0135403 233.7442104 234.7922702 240.1644112 246.0735545 251.0753826 260.1350153 264.1091976 266.1332618 269.2419243 273.6911443 274.4542413 277.0560102 277.9594681 287.2746477 295.8574625 298.1905713 303.5670954 306.3626934 309.6414470 313.4714459 314.4145652 317.4788169 320.0504227 328.2036697 329.4968264 332.0826694 334.8482141 341.7313124 345.6481758 346.2150364 349.5193741 355.4852002 356.6071162 360.3686994 364.6856903 370.9862476 374.5329882 376.0391687 378.4566739 379.9081516 383.2819527 385.0202629 386.9443878 389.1232510 391.5996511 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2650 Rtb_to_modes> Number of blocs = 149 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9927E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9983E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.4214E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.3326E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.1268E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2336E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.4643E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.2407E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.2733E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.1781E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.5021E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1143 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1290 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1920 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2168 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2395 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2630 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3198 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3653 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3751 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4056 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4896 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5846 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6379 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6615 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7432 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8088 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8786 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9354 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9963 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.070 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.226 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.354 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.378 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.478 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.588 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.636 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.851 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.012 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.124 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.250 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.347 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.447 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.552 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.658 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.722 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.882 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.952 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.147 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.160 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.321 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.640 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.676 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.850 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.974 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.196 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.294 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.633 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.675 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.891 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.135 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.346 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.739 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.915 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.006 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.147 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.352 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.388 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.509 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.552 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.998 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.423 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.540 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.815 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.959 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.131 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.333 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.383 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.547 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.687 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.135 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.207 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.352 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.508 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.903 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.00 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 894 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00004 1.00001 1.00001 0.99996 1.00001 1.00001 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 0.99998 1.00005 1.00002 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 1.00001 0.99999 1.00002 1.00001 0.99997 0.99997 1.00003 0.99999 0.99995 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 0.99997 0.99998 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 1.00004 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 1.00002 1.00002 1.00003 0.99997 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00003 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 47700 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00004 1.00001 1.00001 0.99996 1.00001 1.00001 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 0.99998 1.00005 1.00002 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 1.00001 0.99999 1.00002 1.00001 0.99997 0.99997 1.00003 0.99999 0.99995 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 0.99997 0.99998 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 1.00004 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 1.00002 1.00002 1.00003 0.99997 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00003 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000 0.000 Vector 4:-0.000-0.000-0.000 Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2608150924451376424.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2608150924451376424.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2608150924451376424.atom Openam> file on opening on unit 11: 2608150924451376424.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 297 First residue number = 1 Last residue number = 297 Number of atoms found = 2650 Mean number per residue = 8.9 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9927E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9983E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.4214E-04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.3326E-04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.1268E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2336E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.4643E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.2407E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.2733E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.1781E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.5021E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1143 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1290 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1920 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2168 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2395 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2630 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3198 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3653 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3751 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4056 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4896 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5846 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6379 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6615 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7432 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8088 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8786 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9354 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9963 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.070 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.226 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.354 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.378 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.478 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.588 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.636 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.851 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.012 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.124 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.250 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.347 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.447 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.552 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.658 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.722 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.882 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.952 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.147 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.160 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.321 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.640 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.676 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.850 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.974 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.196 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.294 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.633 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.675 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.891 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.135 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.346 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.739 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.915 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.006 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.147 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.352 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.388 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.509 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.552 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.998 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.423 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.540 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.815 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.959 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.131 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.333 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.383 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.547 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.687 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.135 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.207 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.352 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.508 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.903 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.00 Bfactors> 106 vectors, 7950 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000542 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 20.041 +/- 21.90 Bfactors> = 0.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= -20.041 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2608150924451376424.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2608150924451376424.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.528 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.134 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.167 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 50.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 75.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 88.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 197.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 314.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 329.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 355.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 378.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.5 Chkmod> 106 vectors, 7950 coordinates in file. Chkmod> That is: 2650 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 22 is: 1.0001 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7215 0.0034 0.7754 0.0034 0.6015 0.0034 0.6611 0.0034 0.8236 0.0034 0.9946 2.5283 0.6384 3.1345 0.4781 9.1669 0.4738 12.0605 0.0460 17.0460 0.4954 19.5477 0.0255 24.9355 0.2822 29.0925 0.1826 33.4724 0.2693 36.7113 0.1573 39.0006 0.5687 47.5803 0.5525 50.5599 0.4378 53.1410 0.1530 55.6871 0.5507 61.4067 0.2001 65.6299 0.0588 66.5044 0.4751 69.1553 0.4431 75.9797 0.3358 83.0245 0.5464 86.7267 0.2088 88.3164 0.4993 93.6116 0.2910 97.6556 0.3727 101.7823 0.3857 105.0208 0.2901 108.3856 0.2144 112.3230 0.2583 120.2325 0.2967 126.3531 0.1804 127.4680 0.1456 132.0121 0.4434 136.8365 0.4202 138.8891 0.4496 147.7338 0.2872 154.0248 0.1029 158.2537 0.1433 162.8801 0.3538 166.3540 0.3685 169.8610 0.3134 173.4670 0.2257 177.0330 0.3548 179.1516 0.2771 184.3417 0.2000 186.5670 0.3256 192.6305 0.2096 193.0279 0.3199 197.8842 0.4583 207.1702 0.2016 208.1922 0.3300 213.0625 0.4190 216.4664 0.2782 222.4305 0.3151 225.0130 0.1631 233.7264 0.3880 234.7834 0.4212 240.1461 0.3847 246.0633 0.3415 251.0679 0.3018 260.1326 0.1371 264.0912 0.4481 266.1150 0.1854 269.2206 0.3561 273.6730 0.2917 274.4474 0.2024 277.0344 0.2634 277.9480 0.4258 287.2524 0.2530 295.8465 0.2835 298.1689 0.2607 303.5576 0.2231 306.3415 0.1990 309.6340 0.3591 313.4565 0.2804 314.3955 0.3296 317.4560 0.2598 320.0454 0.3041 328.1942 0.2228 329.4850 0.2645 332.0694 0.4165 334.8276 0.4749 341.7118 0.2996 345.6061 0.3762 346.1174 0.2361 349.5075 0.0997 355.5282 0.0556 356.5217 0.3079 360.3050 0.3011 364.6962 0.2823 370.9472 0.2272 374.5848 0.3966 375.9986 0.1395 378.4990 0.4387 379.8983 0.2912 383.2972 0.4123 384.9854 0.1406 386.9711 0.4978 389.0981 0.3871 391.5149 0.3647 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 2608150924451376424 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom making animated gifs 11 models are in 2608150924451376424.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2608150924451376424 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom making animated gifs 11 models are in 2608150924451376424.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2608150924451376424 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom making animated gifs 11 models are in 2608150924451376424.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2608150924451376424 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom making animated gifs 11 models are in 2608150924451376424.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2608150924451376424 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608150924451376424.eigenfacs 2608150924451376424.atom making animated gifs 11 models are in 2608150924451376424.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608150924451376424.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2608150924451376424.10.pdb 2608150924451376424.11.pdb 2608150924451376424.7.pdb 2608150924451376424.8.pdb 2608150924451376424.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m14.619s user 0m14.479s sys 0m0.131s rm: cannot remove '2608150924451376424.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.