*** 7D9Z Crystal structure of anti-basigin Fab fragment ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2608161417401737521.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2608161417401737521.atom to be opened.
Openam> File opened: 2608161417401737521.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 424
First residue number = 1
Last residue number = 214
Number of atoms found = 6754
Mean number per residue = 15.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 20.464332 +/- 10.853202 From: -3.222000 To: 47.750000
= -0.730923 +/- 14.981383 From: -37.766000 To: 33.777000
= 12.671775 +/- 14.967633 From: -20.739000 To: 45.711000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.5943 % Filled.
Pdbmat> 5325626 non-zero elements.
Pdbmat> 587333 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 173.92 +/- 51.40
Maximum number = 297
Minimum number = 31
Pdbmat> Matrix trace = 1.174666E+07
Pdbmat> Larger element = 1087.94
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
424 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2608161417401737521.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2608161417401737521.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2608161417401737521.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 6754 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 424 residues.
Blocpdb> 40 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 47 atoms in block 2
Block first atom: 41
Blocpdb> 45 atoms in block 3
Block first atom: 88
Blocpdb> 66 atoms in block 4
Block first atom: 133
Blocpdb> 43 atoms in block 5
Block first atom: 199
Blocpdb> 30 atoms in block 6
Block first atom: 242
Blocpdb> 58 atoms in block 7
Block first atom: 272
Blocpdb> 54 atoms in block 8
Block first atom: 330
Blocpdb> 56 atoms in block 9
Block first atom: 384
Blocpdb> 47 atoms in block 10
Block first atom: 440
Blocpdb> 54 atoms in block 11
Block first atom: 487
Blocpdb> 53 atoms in block 12
Block first atom: 541
Blocpdb> 55 atoms in block 13
Block first atom: 594
Blocpdb> 43 atoms in block 14
Block first atom: 649
Blocpdb> 45 atoms in block 15
Block first atom: 692
Blocpdb> 60 atoms in block 16
Block first atom: 737
Blocpdb> 68 atoms in block 17
Block first atom: 797
Blocpdb> 33 atoms in block 18
Block first atom: 865
Blocpdb> 51 atoms in block 19
Block first atom: 898
Blocpdb> 35 atoms in block 20
Block first atom: 949
Blocpdb> 55 atoms in block 21
Block first atom: 984
Blocpdb> 40 atoms in block 22
Block first atom: 1039
Blocpdb> 25 atoms in block 23
Block first atom: 1079
Blocpdb> 51 atoms in block 24
Block first atom: 1104
Blocpdb> 47 atoms in block 25
Block first atom: 1155
Blocpdb> 50 atoms in block 26
Block first atom: 1202
Blocpdb> 44 atoms in block 27
Block first atom: 1252
Blocpdb> 32 atoms in block 28
Block first atom: 1296
Blocpdb> 45 atoms in block 29
Block first atom: 1328
Blocpdb> 59 atoms in block 30
Block first atom: 1373
Blocpdb> 56 atoms in block 31
Block first atom: 1432
Blocpdb> 48 atoms in block 32
Block first atom: 1488
Blocpdb> 42 atoms in block 33
Block first atom: 1536
Blocpdb> 40 atoms in block 34
Block first atom: 1578
Blocpdb> 21 atoms in block 35
Block first atom: 1618
Blocpdb> 60 atoms in block 36
Block first atom: 1639
Blocpdb> 54 atoms in block 37
Block first atom: 1699
Blocpdb> 54 atoms in block 38
Block first atom: 1753
Blocpdb> 34 atoms in block 39
Block first atom: 1807
Blocpdb> 59 atoms in block 40
Block first atom: 1841
Blocpdb> 53 atoms in block 41
Block first atom: 1900
Blocpdb> 37 atoms in block 42
Block first atom: 1953
Blocpdb> 51 atoms in block 43
Block first atom: 1990
Blocpdb> 40 atoms in block 44
Block first atom: 2041
Blocpdb> 35 atoms in block 45
Block first atom: 2081
Blocpdb> 42 atoms in block 46
Block first atom: 2116
Blocpdb> 52 atoms in block 47
Block first atom: 2158
Blocpdb> 69 atoms in block 48
Block first atom: 2210
Blocpdb> 53 atoms in block 49
Block first atom: 2279
Blocpdb> 48 atoms in block 50
Block first atom: 2332
Blocpdb> 63 atoms in block 51
Block first atom: 2380
Blocpdb> 42 atoms in block 52
Block first atom: 2443
Blocpdb> 46 atoms in block 53
Block first atom: 2485
Blocpdb> 32 atoms in block 54
Block first atom: 2531
Blocpdb> 43 atoms in block 55
Block first atom: 2563
Blocpdb> 69 atoms in block 56
Block first atom: 2606
Blocpdb> 60 atoms in block 57
Block first atom: 2675
Blocpdb> 45 atoms in block 58
Block first atom: 2735
Blocpdb> 45 atoms in block 59
Block first atom: 2780
Blocpdb> 41 atoms in block 60
Block first atom: 2825
Blocpdb> 44 atoms in block 61
Block first atom: 2866
Blocpdb> 44 atoms in block 62
Block first atom: 2910
Blocpdb> 44 atoms in block 63
Block first atom: 2954
Blocpdb> 58 atoms in block 64
Block first atom: 2998
Blocpdb> 77 atoms in block 65
Block first atom: 3056
Blocpdb> 48 atoms in block 66
Block first atom: 3133
Blocpdb> 45 atoms in block 67
Block first atom: 3181
Blocpdb> 41 atoms in block 68
Block first atom: 3226
Blocpdb> 41 atoms in block 69
Block first atom: 3267
Blocpdb> 44 atoms in block 70
Block first atom: 3308
Blocpdb> 53 atoms in block 71
Block first atom: 3352
Blocpdb> 45 atoms in block 72
Block first atom: 3405
Blocpdb> 15 atoms in block 73
Block first atom: 3450
Blocpdb> 42 atoms in block 74
Block first atom: 3465
Blocpdb> 33 atoms in block 75
Block first atom: 3507
Blocpdb> 50 atoms in block 76
Block first atom: 3540
Blocpdb> 44 atoms in block 77
Block first atom: 3590
Blocpdb> 35 atoms in block 78
Block first atom: 3634
Blocpdb> 52 atoms in block 79
Block first atom: 3669
Blocpdb> 38 atoms in block 80
Block first atom: 3721
Blocpdb> 34 atoms in block 81
Block first atom: 3759
Blocpdb> 50 atoms in block 82
Block first atom: 3793
Blocpdb> 56 atoms in block 83
Block first atom: 3843
Blocpdb> 38 atoms in block 84
Block first atom: 3899
Blocpdb> 64 atoms in block 85
Block first atom: 3937
Blocpdb> 41 atoms in block 86
Block first atom: 4001
Blocpdb> 36 atoms in block 87
Block first atom: 4042
Blocpdb> 58 atoms in block 88
Block first atom: 4078
Blocpdb> 45 atoms in block 89
Block first atom: 4136
Blocpdb> 50 atoms in block 90
Block first atom: 4181
Blocpdb> 29 atoms in block 91
Block first atom: 4231
Blocpdb> 71 atoms in block 92
Block first atom: 4260
Blocpdb> 45 atoms in block 93
Block first atom: 4331
Blocpdb> 39 atoms in block 94
Block first atom: 4376
Blocpdb> 58 atoms in block 95
Block first atom: 4415
Blocpdb> 52 atoms in block 96
Block first atom: 4473
Blocpdb> 39 atoms in block 97
Block first atom: 4525
Blocpdb> 42 atoms in block 98
Block first atom: 4564
Blocpdb> 60 atoms in block 99
Block first atom: 4606
Blocpdb> 39 atoms in block 100
Block first atom: 4666
Blocpdb> 43 atoms in block 101
Block first atom: 4705
Blocpdb> 36 atoms in block 102
Block first atom: 4748
Blocpdb> 55 atoms in block 103
Block first atom: 4784
Blocpdb> 54 atoms in block 104
Block first atom: 4839
Blocpdb> 73 atoms in block 105
Block first atom: 4893
Blocpdb> 30 atoms in block 106
Block first atom: 4966
Blocpdb> 70 atoms in block 107
Block first atom: 4996
Blocpdb> 35 atoms in block 108
Block first atom: 5066
Blocpdb> 68 atoms in block 109
Block first atom: 5101
Blocpdb> 38 atoms in block 110
Block first atom: 5169
Blocpdb> 35 atoms in block 111
Block first atom: 5207
Blocpdb> 43 atoms in block 112
Block first atom: 5242
Blocpdb> 47 atoms in block 113
Block first atom: 5285
Blocpdb> 43 atoms in block 114
Block first atom: 5332
Blocpdb> 25 atoms in block 115
Block first atom: 5375
Blocpdb> 45 atoms in block 116
Block first atom: 5400
Blocpdb> 36 atoms in block 117
Block first atom: 5445
Blocpdb> 56 atoms in block 118
Block first atom: 5481
Blocpdb> 55 atoms in block 119
Block first atom: 5537
Blocpdb> 64 atoms in block 120
Block first atom: 5592
Blocpdb> 44 atoms in block 121
Block first atom: 5656
Blocpdb> 51 atoms in block 122
Block first atom: 5700
Blocpdb> 32 atoms in block 123
Block first atom: 5751
Blocpdb> 43 atoms in block 124
Block first atom: 5783
Blocpdb> 46 atoms in block 125
Block first atom: 5826
Blocpdb> 51 atoms in block 126
Block first atom: 5872
Blocpdb> 56 atoms in block 127
Block first atom: 5923
Blocpdb> 48 atoms in block 128
Block first atom: 5979
Blocpdb> 37 atoms in block 129
Block first atom: 6027
Blocpdb> 63 atoms in block 130
Block first atom: 6064
Blocpdb> 50 atoms in block 131
Block first atom: 6127
Blocpdb> 46 atoms in block 132
Block first atom: 6177
Blocpdb> 48 atoms in block 133
Block first atom: 6223
Blocpdb> 37 atoms in block 134
Block first atom: 6271
Blocpdb> 63 atoms in block 135
Block first atom: 6308
Blocpdb> 60 atoms in block 136
Block first atom: 6371
Blocpdb> 59 atoms in block 137
Block first atom: 6431
Blocpdb> 54 atoms in block 138
Block first atom: 6490
Blocpdb> 39 atoms in block 139
Block first atom: 6544
Blocpdb> 50 atoms in block 140
Block first atom: 6583
Blocpdb> 60 atoms in block 141
Block first atom: 6633
Blocpdb> 51 atoms in block 142
Block first atom: 6693
Blocpdb> 11 atoms in block 143
Block first atom: 6743
Blocpdb> 143 blocks.
Blocpdb> At most, 77 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 11 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 5325769 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 20262
Prepmat> Matrix trace = 11746660.0000
Prepmat> Last element read: 20262 20262 221.9715
Prepmat> 10297 lines saved.
Prepmat> 8771 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 6754
RTB> Total mass = 6754.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 6754
RTB> Number of blocks = 143
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 386650.8915
RTB> 52755 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 858
Diagstd> Nb of non-zero elements: 52755
Diagstd> Projected matrix trace = 386650.8915
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 858 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 386650.8915
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.1196525 2.7146211 6.7328569 7.5948635
8.4516808 12.1552058 12.9762624 15.0243097 16.1059622
17.4276669 22.3129919 23.5767667 26.2115861 28.9386701
29.6499611 30.9504694 33.7318325 35.4208177 36.9758422
37.7069810 40.7999035 43.6161848 44.7141240 45.6951642
46.6687850 49.1025629 49.9376418 51.3646243 52.0176104
54.6410087 56.1608213 58.3973166 61.3307016 63.3223591
65.4324966 67.0799965 68.0203996 69.5799917 70.0280207
71.7810835 73.5733168 76.0392293 76.2079052 77.0863385
79.5813140 80.5627344 81.6658994 85.5378094 86.1942795
87.7899848 90.3790371 92.1945220 94.2167502 96.2849762
97.6055461 98.5114415 100.3747031 101.6529587 103.0506580
105.1299149 105.4900645 107.1301961 108.2238178 110.2056662
111.1091998 112.7803888 113.3492093 114.5187030 115.0674643
116.0869523 117.3596501 119.0147563 120.3752908 122.0933345
122.6746351 124.6603118 124.8217297 126.5843666 127.5579356
128.4451653 129.9646295 131.5846435 133.9062775 135.1092163
136.3617482 137.3936729 138.0971923 139.1802366 140.9491295
142.5127422 144.3306459 145.6767161 147.3359592 147.8853934
148.8575296 150.8782566 152.2856295 153.2157816 154.4966012
155.2430046
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034261 0.0034304 0.0034329 0.0034345 0.0034363
0.0034363 114.9044680 178.9162933 281.7701433 299.2645442
315.6943597 378.5963644 391.1740983 420.9131979 435.8013975
453.3304647 512.9489963 527.2752704 555.9579321 584.1636979
591.2992722 604.1279103 630.6889871 646.2857373 660.3197968
666.8162290 693.6251763 717.1650512 726.1354566 734.0580424
741.8370630 760.9346502 767.3779133 778.2647103 783.1960327
802.7025345 813.7893562 829.8349577 850.4215299 864.1195356
878.3993910 889.3890860 895.6016185 905.8107415 908.7223425
920.0263904 931.4412082 946.9218405 947.9715247 953.4194100
968.7257255 974.6807291 981.3313086 1004.3251593 1008.1716996
1017.4609901 1032.3551655 1042.6723066 1054.0454557 1065.5517431
1072.8339988 1077.8010871 1087.9461940 1094.8516878 1102.3529402
1113.4185094 1115.3240299 1123.9609696 1129.6832918 1139.9800272
1144.6436155 1153.2197565 1156.1242955 1162.0732136 1164.8541508
1170.0030262 1176.3990994 1184.6653501 1191.4174450 1199.8895131
1202.7425282 1212.4375679 1213.2222835 1221.7583524 1226.4476667
1230.7055559 1237.9635759 1245.6553121 1256.5962198 1262.2278775
1268.0651305 1272.8541622 1276.1088035 1281.1030508 1289.2183525
1296.3495723 1304.5915398 1310.6609245 1318.1039383 1320.5593388
1324.8926289 1333.8549624 1340.0615357 1344.1478162 1349.7543789
1353.0109146
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 6754
Rtb_to_modes> Number of blocs = 143
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9544E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9791E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9941E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.120
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.715
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.733
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.595
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.452
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 145.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 148.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 154.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 155.2
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 858 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
0.99997 1.00002 0.99997 0.99997 1.00000
0.99998 0.99999 0.99998 0.99999 1.00002
1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 0.99998 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
1.00003 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
1.00001 1.00002 0.99997 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 0.99996 0.99998
0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 1.00003 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 121572 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
0.99997 1.00002 0.99997 0.99997 1.00000
0.99998 0.99999 0.99998 0.99999 1.00002
1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 0.99998 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
1.00003 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001
1.00001 1.00002 0.99997 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 0.99996 0.99998
0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 1.00003 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2608161417401737521.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2608161417401737521.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2608161417401737521.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2608161417401737521.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 424
First residue number = 1
Last residue number = 214
Number of atoms found = 6754
Mean number per residue = 15.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9544E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9791E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9941E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.120
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.715
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.733
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.595
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.452
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.2
Bfactors> 106 vectors, 20262 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.120000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.595 for 460 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.007 +/- 0.01
Bfactors> = 15.112 +/- 4.55
Bfactors> Shiftng-fct= 15.105
Bfactors> Scaling-fct= 703.066
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2608161417401737521.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2608161417401737521.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4260E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4302E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4362E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4362E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 378.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 666.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 778.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 829.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 850.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 889.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 905.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 946.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 947.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 953.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 968.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 974.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 981.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1004.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1017.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1043.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1054.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1065.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1073.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1078.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1088.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1095.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1103.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1113.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1115.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1124.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1130.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1140.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1153.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1156.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1162.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1165.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1170.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1177.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1185.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1191.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1200.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1203.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1213.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1213.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1222.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1227.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1230.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1238.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1246.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1257.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1262.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1268.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1273.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1276.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1281.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1289.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1296.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1304.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1311.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1318.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1321.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1325.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1334.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1340.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1344.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1350.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1353.
Chkmod> 106 vectors, 20262 coordinates in file.
Chkmod> That is: 6754 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8415
0.0034 0.7296
0.0034 0.6723
0.0034 0.7105
0.0034 0.8316
0.0034 0.9136
114.9174 0.7366
178.9211 0.7225
281.7610 0.7050
299.2544 0.6829
315.6868 0.7806
378.6548 0.6782
391.2136 0.4686
420.8348 0.6271
435.8373 0.0147
453.3413 0.1877
512.8926 0.4288
527.2888 0.4072
555.9172 0.4335
584.1520 0.2378
591.2743 0.2345
604.0974 0.3943
630.6448 0.2700
646.2505 0.5587
660.3286 0.5230
666.8143 0.5866
693.5962 0.5715
717.1656 0.4261
726.0708 0.0281
734.0654 0.2166
741.8149 0.3563
760.8821 0.4660
767.3631 0.4810
778.1963 0.2781
783.1804 0.4613
802.6607 0.4570
813.7485 0.4636
829.8184 0.4713
850.3802 0.4818
864.0663 0.2011
878.3449 0.4132
889.3509 0.1532
895.5605 0.1023
905.7719 0.3303
908.6962 0.3543
919.9800 0.2994
931.3802 0.2047
946.8860 0.3973
947.9439 0.3832
953.4011 0.2730
968.6761 0.2690
974.6223 0.5320
981.3138 0.4004
1004.2949 0.5427
1008.1034 0.3471
1017.4174 0.3942
1032.3163 0.4562
1042.6020 0.2794
1054.0184 0.2625
1065.4785 0.4955
1072.8124 0.2723
1077.7469 0.3464
1088.0366 0.2893
1095.0580 0.4286
1102.5695 0.3654
1113.2123 0.4062
1115.3287 0.4547
1123.7543 0.2230
1129.5105 0.4651
1139.9018 0.3786
1144.5471 0.2142
1153.2705 0.3378
1155.8237 0.2701
1161.9284 0.3912
1164.9688 0.4313
1170.0185 0.2458
1176.5508 0.4313
1184.5411 0.3125
1191.4886 0.4250
1199.8708 0.2374
1202.8152 0.5315
1212.5785 0.4724
1213.0646 0.3327
1221.7813 0.3063
1226.5972 0.4987
1230.4363 0.3871
1238.0789 0.3380
1245.6745 0.4624
1256.5128 0.3574
1262.1306 0.2544
1268.1885 0.4596
1272.8288 0.3154
1276.0670 0.4183
1281.1390 0.5205
1288.9383 0.4678
1296.2360 0.4151
1304.3970 0.4613
1310.7094 0.1882
1317.8865 0.3826
1320.5679 0.3649
1325.0247 0.4551
1333.8938 0.4667
1340.0672 0.3508
1344.0209 0.4300
1349.7113 0.3962
1352.7654 0.5532
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2608161417401737521 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
making animated gifs
11 models are in 2608161417401737521.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2608161417401737521 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
making animated gifs
11 models are in 2608161417401737521.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2608161417401737521 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
making animated gifs
11 models are in 2608161417401737521.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2608161417401737521 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
making animated gifs
11 models are in 2608161417401737521.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2608161417401737521 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2608161417401737521.eigenfacs
2608161417401737521.atom
making animated gifs
11 models are in 2608161417401737521.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608161417401737521.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2608161417401737521.10.pdb
2608161417401737521.11.pdb
2608161417401737521.7.pdb
2608161417401737521.8.pdb
2608161417401737521.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m28.058s
user 0m27.748s
sys 0m0.300s
rm: cannot remove '2608161417401737521.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|
