CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been relocated.
**Some cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***    ***

LOGs for ID: 2608171538052009043

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2608171538052009043.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2608171538052009043.atom to be opened. Openam> File opened: 2608171538052009043.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 577 First residue number = 1 Last residue number = 577 Number of atoms found = 4472 Mean number per residue = 7.8 Pdbmat> Coordinate statistics: = -0.429477 +/- 20.659763 From: -39.810000 To: 55.859000 = -0.177658 +/- 12.833979 From: -38.627000 To: 27.840000 = 0.750573 +/- 10.646877 From: -28.913000 To: 26.065000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 1.7800 % Filled. Pdbmat> 1601986 non-zero elements. Pdbmat> 175046 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 78.29 +/- 22.16 Maximum number = 126 Minimum number = 8 Pdbmat> Matrix trace = 3.500920E+06 Pdbmat> Larger element = 495.830 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 577 non-zero elements, NRBL set to 3 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2608171538052009043.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 3 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2608171538052009043.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2608171538052009043.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 4472 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 3 residue(s) per block. Blocpdb> 577 residues. Blocpdb> 17 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 25 atoms in block 2 Block first atom: 18 Blocpdb> 28 atoms in block 3 Block first atom: 43 Blocpdb> 17 atoms in block 4 Block first atom: 71 Blocpdb> 26 atoms in block 5 Block first atom: 88 Blocpdb> 26 atoms in block 6 Block first atom: 114 Blocpdb> 29 atoms in block 7 Block first atom: 140 Blocpdb> 23 atoms in block 8 Block first atom: 169 Blocpdb> 31 atoms in block 9 Block first atom: 192 Blocpdb> 18 atoms in block 10 Block first atom: 223 Blocpdb> 24 atoms in block 11 Block first atom: 241 Blocpdb> 25 atoms in block 12 Block first atom: 265 Blocpdb> 24 atoms in block 13 Block first atom: 290 Blocpdb> 24 atoms in block 14 Block first atom: 314 Blocpdb> 19 atoms in block 15 Block first atom: 338 Blocpdb> 26 atoms in block 16 Block first atom: 357 Blocpdb> 20 atoms in block 17 Block first atom: 383 Blocpdb> 26 atoms in block 18 Block first atom: 403 Blocpdb> 21 atoms in block 19 Block first atom: 429 Blocpdb> 27 atoms in block 20 Block first atom: 450 Blocpdb> 27 atoms in block 21 Block first atom: 477 Blocpdb> 29 atoms in block 22 Block first atom: 504 Blocpdb> 27 atoms in block 23 Block first atom: 533 Blocpdb> 24 atoms in block 24 Block first atom: 560 Blocpdb> 28 atoms in block 25 Block first atom: 584 Blocpdb> 27 atoms in block 26 Block first atom: 612 Blocpdb> 22 atoms in block 27 Block first atom: 639 Blocpdb> 23 atoms in block 28 Block first atom: 661 Blocpdb> 24 atoms in block 29 Block first atom: 684 Blocpdb> 23 atoms in block 30 Block first atom: 708 Blocpdb> 25 atoms in block 31 Block first atom: 731 Blocpdb> 23 atoms in block 32 Block first atom: 756 Blocpdb> 26 atoms in block 33 Block first atom: 779 Blocpdb> 19 atoms in block 34 Block first atom: 805 Blocpdb> 21 atoms in block 35 Block first atom: 824 Blocpdb> 24 atoms in block 36 Block first atom: 845 Blocpdb> 21 atoms in block 37 Block first atom: 869 Blocpdb> 21 atoms in block 38 Block first atom: 890 Blocpdb> 26 atoms in block 39 Block first atom: 911 Blocpdb> 24 atoms in block 40 Block first atom: 937 Blocpdb> 26 atoms in block 41 Block first atom: 961 Blocpdb> 27 atoms in block 42 Block first atom: 987 Blocpdb> 21 atoms in block 43 Block first atom: 1014 Blocpdb> 16 atoms in block 44 Block first atom: 1035 Blocpdb> 24 atoms in block 45 Block first atom: 1051 Blocpdb> 22 atoms in block 46 Block first atom: 1075 Blocpdb> 24 atoms in block 47 Block first atom: 1097 Blocpdb> 25 atoms in block 48 Block first atom: 1121 Blocpdb> 27 atoms in block 49 Block first atom: 1146 Blocpdb> 24 atoms in block 50 Block first atom: 1173 Blocpdb> 20 atoms in block 51 Block first atom: 1197 Blocpdb> 18 atoms in block 52 Block first atom: 1217 Blocpdb> 21 atoms in block 53 Block first atom: 1235 Blocpdb> 20 atoms in block 54 Block first atom: 1256 Blocpdb> 20 atoms in block 55 Block first atom: 1276 Blocpdb> 19 atoms in block 56 Block first atom: 1296 Blocpdb> 25 atoms in block 57 Block first atom: 1315 Blocpdb> 29 atoms in block 58 Block first atom: 1340 Blocpdb> 22 atoms in block 59 Block first atom: 1369 Blocpdb> 25 atoms in block 60 Block first atom: 1391 Blocpdb> 25 atoms in block 61 Block first atom: 1416 Blocpdb> 22 atoms in block 62 Block first atom: 1441 Blocpdb> 21 atoms in block 63 Block first atom: 1463 Blocpdb> 23 atoms in block 64 Block first atom: 1484 Blocpdb> 19 atoms in block 65 Block first atom: 1507 Blocpdb> 25 atoms in block 66 Block first atom: 1526 Blocpdb> 20 atoms in block 67 Block first atom: 1551 Blocpdb> 24 atoms in block 68 Block first atom: 1571 Blocpdb> 20 atoms in block 69 Block first atom: 1595 Blocpdb> 22 atoms in block 70 Block first atom: 1615 Blocpdb> 23 atoms in block 71 Block first atom: 1637 Blocpdb> 20 atoms in block 72 Block first atom: 1660 Blocpdb> 24 atoms in block 73 Block first atom: 1680 Blocpdb> 28 atoms in block 74 Block first atom: 1704 Blocpdb> 21 atoms in block 75 Block first atom: 1732 Blocpdb> 24 atoms in block 76 Block first atom: 1753 Blocpdb> 26 atoms in block 77 Block first atom: 1777 Blocpdb> 25 atoms in block 78 Block first atom: 1803 Blocpdb> 23 atoms in block 79 Block first atom: 1828 Blocpdb> 24 atoms in block 80 Block first atom: 1851 Blocpdb> 24 atoms in block 81 Block first atom: 1875 Blocpdb> 21 atoms in block 82 Block first atom: 1899 Blocpdb> 24 atoms in block 83 Block first atom: 1920 Blocpdb> 22 atoms in block 84 Block first atom: 1944 Blocpdb> 25 atoms in block 85 Block first atom: 1966 Blocpdb> 17 atoms in block 86 Block first atom: 1991 Blocpdb> 21 atoms in block 87 Block first atom: 2008 Blocpdb> 14 atoms in block 88 Block first atom: 2029 Blocpdb> 22 atoms in block 89 Block first atom: 2043 Blocpdb> 16 atoms in block 90 Block first atom: 2065 Blocpdb> 24 atoms in block 91 Block first atom: 2081 Blocpdb> 24 atoms in block 92 Block first atom: 2105 Blocpdb> 22 atoms in block 93 Block first atom: 2129 Blocpdb> 23 atoms in block 94 Block first atom: 2151 Blocpdb> 20 atoms in block 95 Block first atom: 2174 Blocpdb> 25 atoms in block 96 Block first atom: 2194 Blocpdb> 22 atoms in block 97 Block first atom: 2219 Blocpdb> 25 atoms in block 98 Block first atom: 2241 Blocpdb> 22 atoms in block 99 Block first atom: 2266 Blocpdb> 23 atoms in block 100 Block first atom: 2288 Blocpdb> 22 atoms in block 101 Block first atom: 2311 Blocpdb> 18 atoms in block 102 Block first atom: 2333 Blocpdb> 28 atoms in block 103 Block first atom: 2351 Blocpdb> 28 atoms in block 104 Block first atom: 2379 Blocpdb> 24 atoms in block 105 Block first atom: 2407 Blocpdb> 29 atoms in block 106 Block first atom: 2431 Blocpdb> 20 atoms in block 107 Block first atom: 2460 Blocpdb> 16 atoms in block 108 Block first atom: 2480 Blocpdb> 33 atoms in block 109 Block first atom: 2496 Blocpdb> 19 atoms in block 110 Block first atom: 2529 Blocpdb> 24 atoms in block 111 Block first atom: 2548 Blocpdb> 19 atoms in block 112 Block first atom: 2572 Blocpdb> 30 atoms in block 113 Block first atom: 2591 Blocpdb> 24 atoms in block 114 Block first atom: 2621 Blocpdb> 22 atoms in block 115 Block first atom: 2645 Blocpdb> 23 atoms in block 116 Block first atom: 2667 Blocpdb> 21 atoms in block 117 Block first atom: 2690 Blocpdb> 25 atoms in block 118 Block first atom: 2711 Blocpdb> 19 atoms in block 119 Block first atom: 2736 Blocpdb> 22 atoms in block 120 Block first atom: 2755 Blocpdb> 21 atoms in block 121 Block first atom: 2777 Blocpdb> 23 atoms in block 122 Block first atom: 2798 Blocpdb> 20 atoms in block 123 Block first atom: 2821 Blocpdb> 16 atoms in block 124 Block first atom: 2841 Blocpdb> 27 atoms in block 125 Block first atom: 2857 Blocpdb> 23 atoms in block 126 Block first atom: 2884 Blocpdb> 23 atoms in block 127 Block first atom: 2907 Blocpdb> 22 atoms in block 128 Block first atom: 2930 Blocpdb> 25 atoms in block 129 Block first atom: 2952 Blocpdb> 23 atoms in block 130 Block first atom: 2977 Blocpdb> 22 atoms in block 131 Block first atom: 3000 Blocpdb> 29 atoms in block 132 Block first atom: 3022 Blocpdb> 25 atoms in block 133 Block first atom: 3051 Blocpdb> 22 atoms in block 134 Block first atom: 3076 Blocpdb> 24 atoms in block 135 Block first atom: 3098 Blocpdb> 24 atoms in block 136 Block first atom: 3122 Blocpdb> 25 atoms in block 137 Block first atom: 3146 Blocpdb> 22 atoms in block 138 Block first atom: 3171 Blocpdb> 16 atoms in block 139 Block first atom: 3193 Blocpdb> 30 atoms in block 140 Block first atom: 3209 Blocpdb> 33 atoms in block 141 Block first atom: 3239 Blocpdb> 23 atoms in block 142 Block first atom: 3272 Blocpdb> 25 atoms in block 143 Block first atom: 3295 Blocpdb> 29 atoms in block 144 Block first atom: 3320 Blocpdb> 22 atoms in block 145 Block first atom: 3349 Blocpdb> 27 atoms in block 146 Block first atom: 3371 Blocpdb> 22 atoms in block 147 Block first atom: 3398 Blocpdb> 22 atoms in block 148 Block first atom: 3420 Blocpdb> 27 atoms in block 149 Block first atom: 3442 Blocpdb> 21 atoms in block 150 Block first atom: 3469 Blocpdb> 19 atoms in block 151 Block first atom: 3490 Blocpdb> 18 atoms in block 152 Block first atom: 3509 Blocpdb> 23 atoms in block 153 Block first atom: 3527 Blocpdb> 20 atoms in block 154 Block first atom: 3550 Blocpdb> 27 atoms in block 155 Block first atom: 3570 Blocpdb> 22 atoms in block 156 Block first atom: 3597 Blocpdb> 19 atoms in block 157 Block first atom: 3619 Blocpdb> 22 atoms in block 158 Block first atom: 3638 Blocpdb> 28 atoms in block 159 Block first atom: 3660 Blocpdb> 25 atoms in block 160 Block first atom: 3688 Blocpdb> 19 atoms in block 161 Block first atom: 3713 Blocpdb> 28 atoms in block 162 Block first atom: 3732 Blocpdb> 25 atoms in block 163 Block first atom: 3760 Blocpdb> 24 atoms in block 164 Block first atom: 3785 Blocpdb> 19 atoms in block 165 Block first atom: 3809 Blocpdb> 24 atoms in block 166 Block first atom: 3828 Blocpdb> 26 atoms in block 167 Block first atom: 3852 Blocpdb> 29 atoms in block 168 Block first atom: 3878 Blocpdb> 26 atoms in block 169 Block first atom: 3907 Blocpdb> 29 atoms in block 170 Block first atom: 3933 Blocpdb> 25 atoms in block 171 Block first atom: 3962 Blocpdb> 24 atoms in block 172 Block first atom: 3987 Blocpdb> 21 atoms in block 173 Block first atom: 4011 Blocpdb> 21 atoms in block 174 Block first atom: 4032 Blocpdb> 27 atoms in block 175 Block first atom: 4053 Blocpdb> 24 atoms in block 176 Block first atom: 4080 Blocpdb> 22 atoms in block 177 Block first atom: 4104 Blocpdb> 24 atoms in block 178 Block first atom: 4126 Blocpdb> 23 atoms in block 179 Block first atom: 4150 Blocpdb> 21 atoms in block 180 Block first atom: 4173 Blocpdb> 22 atoms in block 181 Block first atom: 4194 Blocpdb> 27 atoms in block 182 Block first atom: 4216 Blocpdb> 17 atoms in block 183 Block first atom: 4243 Blocpdb> 14 atoms in block 184 Block first atom: 4260 Blocpdb> 23 atoms in block 185 Block first atom: 4274 Blocpdb> 21 atoms in block 186 Block first atom: 4297 Blocpdb> 23 atoms in block 187 Block first atom: 4318 Blocpdb> 26 atoms in block 188 Block first atom: 4341 Blocpdb> 23 atoms in block 189 Block first atom: 4367 Blocpdb> 29 atoms in block 190 Block first atom: 4390 Blocpdb> 20 atoms in block 191 Block first atom: 4419 Blocpdb> 25 atoms in block 192 Block first atom: 4439 Blocpdb> 9 atoms in block 193 Block first atom: 4463 Blocpdb> 193 blocks. Blocpdb> At most, 33 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1602179 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 13416 Prepmat> Matrix trace = 3500920.0000 Prepmat> Last element read: 13416 13416 78.1320 Prepmat> 18722 lines saved. Prepmat> 16803 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4472 RTB> Total mass = 4472.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 4472 RTB> Number of blocks = 193 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 234219.4567 RTB> 66153 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1158 Diagstd> Nb of non-zero elements: 66153 Diagstd> Projected matrix trace = 234219.4567 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1158 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 234219.4567 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.3320344 0.5356818 0.7480609 1.0699955 1.5274222 1.7486274 1.8958426 2.3626337 2.5760182 2.8528388 3.4691794 4.0812465 4.4983244 4.7820895 5.2962934 5.9280126 6.2031058 6.2291704 6.7011121 7.3518505 7.5640732 7.9851269 8.5003545 8.9182320 10.0326811 10.2220577 10.7530531 11.3373875 11.6339849 12.1148890 12.3318827 13.2145140 13.6696044 14.3223763 14.7924643 15.1032537 15.5421203 15.7804944 15.9236989 16.1014246 17.3052083 18.0405749 18.2190312 18.7780025 19.2384796 19.6786636 19.8073707 20.9421219 21.5329774 21.5529589 22.4969611 22.6359708 23.8325174 23.8882913 24.1364630 24.5299056 24.9465149 25.1314523 25.5659563 26.7000782 26.9683891 27.2754809 28.0712185 28.7105182 29.3582016 29.8033032 29.8383594 30.1303289 31.1750030 31.8418531 32.3403903 32.7535451 32.9683767 33.3377617 33.4963150 34.4110496 34.9591796 35.1920525 35.8520748 36.0517828 36.4356062 37.0589230 37.4100861 38.0394686 38.7004860 38.7286405 39.0627477 39.5498970 39.6583133 40.0096262 40.1342174 40.8887043 41.3706013 41.4657442 41.7026012 42.1969848 42.5974428 42.8492625 43.3261676 43.7556276 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034305 0.0034329 0.0034334 0.0034335 0.0034345 0.0034353 62.5729754 79.4783316 93.9212272 112.3275397 134.2068971 143.5965206 149.5190126 166.9142737 174.2889057 183.4145970 202.2593752 219.3773032 230.3141745 237.4674718 249.9086552 264.3929305 270.4580264 271.0256453 281.1050977 294.4378335 298.6573045 306.8571100 316.6021058 324.2908263 343.9567085 347.1877915 356.0911459 365.6383795 370.3902356 377.9679716 381.3379025 394.7488546 401.4886320 410.9630914 417.6529421 422.0175763 428.1051110 431.3756071 433.3285050 435.7400023 451.7349529 461.2331005 463.5087316 470.5653850 476.3000787 481.7182292 483.2909858 496.9419066 503.9034390 504.1371838 515.0592712 516.6481075 530.1273855 530.7473371 533.4971386 537.8277647 542.3756970 544.3823972 549.0682119 561.1145709 563.9268636 567.1285204 575.3417799 581.8563735 588.3828483 592.8263249 593.1748794 596.0699339 606.3153067 612.7657000 617.5440035 621.4761068 623.5109172 626.9941653 628.4833781 637.0070521 642.0604166 644.1953395 650.2081776 652.0166011 655.4782417 661.0612144 664.1858735 669.7496591 675.5437642 675.7894484 678.6981643 682.9170545 683.8524386 686.8747116 687.9433543 694.3796020 698.4594485 699.2621359 701.2564240 705.4008684 708.7401636 710.8319762 714.7767506 718.3105403 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4472 Rtb_to_modes> Number of blocs = 193 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9798E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9940E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9975E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3320 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5357 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7481 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.070 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.527 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.749 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.896 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.363 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.576 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.853 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.469 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.081 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.498 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.782 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.296 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.928 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.203 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.229 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.701 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.352 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.564 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.985 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.500 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.918 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.76 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1158 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99996 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 0.99996 1.00000 1.00001 1.00003 1.00003 1.00001 0.99996 0.99997 0.99998 0.99998 1.00000 1.00004 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00003 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 0.99998 1.00002 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00003 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 0.99997 0.99999 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 80496 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99996 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 0.99996 1.00000 1.00001 1.00003 1.00003 1.00001 0.99996 0.99997 0.99998 0.99998 1.00000 1.00004 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00003 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 0.99998 1.00002 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00003 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 0.99997 0.99999 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4: 0.000-0.000 0.000 Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2608171538052009043.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2608171538052009043.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2608171538052009043.atom Openam> file on opening on unit 11: 2608171538052009043.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 577 First residue number = 1 Last residue number = 577 Number of atoms found = 4472 Mean number per residue = 7.8 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9798E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9940E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9975E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3320 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5357 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7481 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.070 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.527 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.749 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.896 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.363 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.576 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.853 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.469 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.081 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.498 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.782 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.296 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.928 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.203 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.229 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.701 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.352 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.564 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.985 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.500 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.918 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.76 Bfactors> 106 vectors, 13416 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.332000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.554 for 577 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.050 +/- 0.16 Bfactors> = 88.680 +/- 15.72 Bfactors> Shiftng-fct= 88.629 Bfactors> Scaling-fct= 95.422 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2608171538052009043.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2608171538052009043.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4303E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 410.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 431.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 470.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 496.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 628.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 650.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.3 Chkmod> 106 vectors, 13416 coordinates in file. Chkmod> That is: 4472 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 30 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7473 0.0034 0.8707 0.0034 0.9353 0.0034 0.9698 0.0034 0.7723 0.0034 0.7646 62.5670 0.0245 79.4763 0.0584 93.9196 0.3211 112.3230 0.6327 134.1826 0.0574 143.6057 0.1409 149.5188 0.1868 166.9200 0.0201 174.2808 0.2282 183.4119 0.2431 202.2455 0.2002 219.3613 0.3938 230.2960 0.0298 237.4551 0.2437 249.8910 0.4062 264.3813 0.3095 270.4441 0.2761 271.0103 0.0434 281.0907 0.1947 294.4282 0.2176 298.6430 0.1748 306.8415 0.2254 316.5819 0.2492 324.2727 0.0182 343.8960 0.5228 347.1379 0.2482 356.0253 0.2939 365.6648 0.5152 370.3109 0.2679 377.8755 0.3416 381.2924 0.4067 394.6645 0.4166 401.4772 0.3927 410.9114 0.2368 417.6002 0.5741 421.9540 0.2065 428.0575 0.3960 431.3503 0.4093 433.2596 0.4647 435.7020 0.5011 451.7781 0.3605 461.2060 0.2979 463.5012 0.2994 470.5702 0.2611 476.2985 0.3245 481.7139 0.1001 483.3023 0.2231 496.8954 0.4286 503.8470 0.4840 504.0809 0.5364 515.0719 0.2519 516.6719 0.4808 530.0766 0.4265 530.7435 0.4537 533.5133 0.3793 537.8057 0.5176 542.3903 0.3374 544.3433 0.3183 549.0881 0.3610 561.0897 0.3193 563.9195 0.5215 567.1512 0.1972 575.3046 0.4245 581.8261 0.4946 588.3756 0.4482 592.7680 0.3950 593.1657 0.4196 596.0411 0.4638 606.3379 0.2792 612.7216 0.5269 617.5138 0.4747 621.4158 0.3674 623.4995 0.3269 626.9883 0.3360 628.4910 0.5065 636.9700 0.1581 642.0404 0.4620 644.1489 0.3491 650.1615 0.3823 651.9725 0.4797 655.4896 0.5624 661.0424 0.5458 664.1566 0.4443 669.7256 0.4979 675.5105 0.3289 675.7723 0.3153 678.6452 0.4247 682.8886 0.5237 683.8376 0.4069 686.8484 0.4753 687.8777 0.2721 694.3608 0.4620 698.4244 0.4070 699.2680 0.4993 701.2045 0.5218 705.3958 0.3880 708.7310 0.2736 710.8076 0.4036 714.7777 0.4928 718.3156 0.4829 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 2608171538052009043 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom making animated gifs 11 models are in 2608171538052009043.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2608171538052009043 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom making animated gifs 11 models are in 2608171538052009043.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2608171538052009043 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom making animated gifs 11 models are in 2608171538052009043.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2608171538052009043 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom making animated gifs 11 models are in 2608171538052009043.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2608171538052009043 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608171538052009043.eigenfacs 2608171538052009043.atom making animated gifs 11 models are in 2608171538052009043.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608171538052009043.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2608171538052009043.10.pdb 2608171538052009043.11.pdb 2608171538052009043.7.pdb 2608171538052009043.8.pdb 2608171538052009043.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m41.254s user 0m40.983s sys 0m0.230s rm: cannot remove '2608171538052009043.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.