*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2609201528582559597.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2609201528582559597.atom to be opened.
Openam> File opened: 2609201528582559597.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 60
First residue number = 1
Last residue number = 60
Number of atoms found = 1319
Mean number per residue = 22.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.056426 +/- 22.787445 From: -42.498000 To: 46.658000
= 0.096346 +/- 18.466914 From: -40.419000 To: 29.508000
= 0.010225 +/- 17.468118 From: -42.397000 To: 31.507000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DG5 ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 60 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.9209 % Filled.
Pdbmat> 228732 non-zero elements.
Pdbmat> 24537 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 37.21 +/- 16.43
Maximum number = 115
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 490740.
Pdbmat> Larger element = 450.882
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
60 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2609201528582559597.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2609201528582559597.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2609201528582559597.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1319 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 60 residues.
Blocpdb> 23 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 21 atoms in block 2
Block first atom: 24
Blocpdb> 23 atoms in block 3
Block first atom: 45
Blocpdb> 21 atoms in block 4
Block first atom: 68
Blocpdb> 21 atoms in block 5
Block first atom: 89
Blocpdb> 23 atoms in block 6
Block first atom: 110
Blocpdb> 21 atoms in block 7
Block first atom: 133
Blocpdb> 23 atoms in block 8
Block first atom: 154
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 177
Blocpdb> 23 atoms in block 10
Block first atom: 198
Blocpdb> 21 atoms in block 11
Block first atom: 221
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 242
Blocpdb> 25 atoms in block 13
Block first atom: 263
Blocpdb> 23 atoms in block 14
Block first atom: 288
Blocpdb> 21 atoms in block 15
Block first atom: 311
Blocpdb> 23 atoms in block 16
Block first atom: 332
Blocpdb> 21 atoms in block 17
Block first atom: 355
Blocpdb> 21 atoms in block 18
Block first atom: 376
Blocpdb> 21 atoms in block 19
Block first atom: 397
Blocpdb> 23 atoms in block 20
Block first atom: 418
Blocpdb> 21 atoms in block 21
Block first atom: 441
Blocpdb> 21 atoms in block 22
Block first atom: 462
Blocpdb> 21 atoms in block 23
Block first atom: 483
Blocpdb> 25 atoms in block 24
Block first atom: 504
Blocpdb> 21 atoms in block 25
Block first atom: 529
Blocpdb> 21 atoms in block 26
Block first atom: 550
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 571
Blocpdb> 25 atoms in block 28
Block first atom: 592
Blocpdb> 23 atoms in block 29
Block first atom: 617
Blocpdb> 21 atoms in block 30
Block first atom: 640
Blocpdb> 21 atoms in block 31
Block first atom: 661
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 682
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 705
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 728
Blocpdb> 23 atoms in block 35
Block first atom: 749
Blocpdb> 21 atoms in block 36
Block first atom: 772
Blocpdb> 21 atoms in block 37
Block first atom: 793
Blocpdb> 23 atoms in block 38
Block first atom: 814
Blocpdb> 25 atoms in block 39
Block first atom: 837
Blocpdb> 21 atoms in block 40
Block first atom: 862
Blocpdb> 21 atoms in block 41
Block first atom: 883
Blocpdb> 21 atoms in block 42
Block first atom: 904
Blocpdb> 23 atoms in block 43
Block first atom: 925
Blocpdb> 21 atoms in block 44
Block first atom: 948
Blocpdb> 21 atoms in block 45
Block first atom: 969
Blocpdb> 25 atoms in block 46
Block first atom: 990
Blocpdb> 21 atoms in block 47
Block first atom: 1015
Blocpdb> 21 atoms in block 48
Block first atom: 1036
Blocpdb> 21 atoms in block 49
Block first atom: 1057
Blocpdb> 23 atoms in block 50
Block first atom: 1078
Blocpdb> 21 atoms in block 51
Block first atom: 1101
Blocpdb> 21 atoms in block 52
Block first atom: 1122
Blocpdb> 21 atoms in block 53
Block first atom: 1143
Blocpdb> 21 atoms in block 54
Block first atom: 1164
Blocpdb> 21 atoms in block 55
Block first atom: 1185
Blocpdb> 25 atoms in block 56
Block first atom: 1206
Blocpdb> 21 atoms in block 57
Block first atom: 1231
Blocpdb> 21 atoms in block 58
Block first atom: 1252
Blocpdb> 25 atoms in block 59
Block first atom: 1273
Blocpdb> 22 atoms in block 60
Block first atom: 1297
Blocpdb> 60 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 21 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 228792 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 3957
Prepmat> Matrix trace = 490740.0000
Prepmat> Last element read: 3957 3957 110.2203
Prepmat> 1831 lines saved.
Prepmat> 1641 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1319
RTB> Total mass = 1319.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1319
RTB> Number of blocks = 60
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 22889.1115
RTB> 5904 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 360
Diagstd> Nb of non-zero elements: 5904
Diagstd> Projected matrix trace = 22889.1115
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 360 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 22889.1115
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0003889 0.0005635 0.0010861 0.0019059
0.0029687 0.0032981 0.0038837 0.0051260 0.0064337
0.0078621 0.0126565 0.0134005 0.0154942 0.0193398
0.0227547 0.0252984 0.0288002 0.0330329 0.0378990
0.0446846 0.0507323 0.0577539 0.0608142 0.0679499
0.0857934 0.0946396 0.1001606 0.1119842 0.1443842
0.1621891 0.1848442 0.1906297 0.1971680 0.2071664
0.2334157 0.2575248 0.2870054 0.3008604 0.3384824
0.3862688 0.4086937 0.4236644 0.4476019 0.5106428
0.5503901 0.5969053 0.6144957 0.6805697 0.7395927
0.7862297 0.8578503 0.9370842 0.9770894 1.0655232
1.0906657 1.1464768 1.1990049 1.2537440 1.3518827
1.4412641 1.4889650 1.5305074 1.6135743 1.6333278
1.7767305 1.8369618 1.8938254 2.0111240 2.1218476
2.2434286 2.3050993 2.4908204 2.5277513 2.7028109
2.8295717 3.1497133 3.3254856 3.3552264 3.4501731
3.4993800 3.7066589 4.0298726 4.1949490 4.2210878
4.3676871 4.5093207 5.0071227 5.0175278 5.2118277
5.2368972 5.4935628 5.6043051 5.7651179 5.8414856
5.9402607 6.0357477 6.5354562 6.8210210 6.9616153
7.0556290
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034338 0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034340
0.0034340 2.1415571 2.5776762 3.5786840 4.7407410
5.9166402 6.2362877 6.7673124 7.7747316 8.7101453
9.6286354 12.2166714 12.5706115 13.5169775 15.1015247
16.3806302 17.2719629 18.4286295 19.7364317 21.1401949
22.9548332 24.4589248 26.0967295 26.7792068 28.3067234
31.8069611 33.4065497 34.3671736 36.3390578 41.2624659
43.7326818 46.6872445 47.4122506 48.2184791 49.4259364
52.4638640 55.1067486 58.1755290 59.5631728 63.1776311
67.4901009 69.4215406 70.6815803 72.6509431 77.5985993
80.5620631 83.8972994 85.1245249 89.5842322 93.3881105
96.2875220 100.5775444 105.1198152 107.3402090 112.0925467
113.4073241 116.2727405 118.9065445 121.5905207 126.2597099
130.3668184 132.5066061 134.3423689 137.9398565 138.7816206
144.7458293 147.1788288 149.4394464 153.9978677 158.1802943
162.6490027 164.8694158 171.3825039 172.6483575 178.5266738
182.6651210 192.7217767 198.0262742 198.9098054 201.7045633
203.1378426 209.0675303 217.9921915 222.4122078 223.1040605
226.9452203 230.5955083 242.9905579 243.2429012 247.9078651
248.5033830 254.5202414 257.0728223 260.7350255 262.4562589
264.6659272 266.7846380 277.6088037 283.6089762 286.5169306
288.4450884
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1319
Rtb_to_modes> Number of blocs = 60
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.8893E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.6346E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0861E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.9059E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.9687E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.2981E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.8837E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.1260E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.4337E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.8621E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2657E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.3401E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.5494E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.9340E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.2755E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.5298E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.8800E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.3033E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.7899E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.4685E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.0732E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.7754E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.0814E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.7950E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.5793E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.4640E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1002
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1120
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1444
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1622
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1848
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1906
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1972
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2072
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2334
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2575
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2870
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3009
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3385
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3863
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4087
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4237
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4476
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5106
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5504
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5969
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6145
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6806
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7396
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7862
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8579
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9371
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9771
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.066
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.091
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.146
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.199
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.254
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.352
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.441
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.489
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.531
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.614
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.633
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.777
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.837
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.894
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.011
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.122
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.243
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.305
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.491
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.528
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.703
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.830
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.150
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.325
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.355
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.450
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.030
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.221
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.368
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.841
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.940
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.036
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.535
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.821
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.962
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.056
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 360 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 1.00002 1.00000 0.99998
1.00004 1.00000 0.99999 0.99995 0.99997
1.00003 1.00000 1.00000 0.99998 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 0.99997
1.00002 1.00003 0.99999 0.99996 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00003
0.99999 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999
0.99998 1.00004 1.00003 1.00002 1.00003
0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00003 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999
0.99999 1.00002 1.00000 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 1.00002 1.00003 1.00000
0.99999 1.00000 1.00005 1.00002 1.00002
1.00004 0.99999 1.00005 0.99997 0.99999
1.00006 0.99995 0.99993 0.99999 1.00002
0.99996 1.00001 0.99998 1.00001 1.00003
1.00003 0.99994 1.00000 0.99999 1.00001
1.00003 0.99998 0.99998 0.99998 0.99997
0.99999 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000
1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 1.00001
0.99997 1.00003 1.00006 0.99998 1.00000
1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 23742 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 1.00002 1.00000 0.99998
1.00004 1.00000 0.99999 0.99995 0.99997
1.00003 1.00000 1.00000 0.99998 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 0.99997
1.00002 1.00003 0.99999 0.99996 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00003
0.99999 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999
0.99998 1.00004 1.00003 1.00002 1.00003
0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00003 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999
0.99999 1.00002 1.00000 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 1.00002 1.00003 1.00000
0.99999 1.00000 1.00005 1.00002 1.00002
1.00004 0.99999 1.00005 0.99997 0.99999
1.00006 0.99995 0.99993 0.99999 1.00002
0.99996 1.00001 0.99998 1.00001 1.00003
1.00003 0.99994 1.00000 0.99999 1.00001
1.00003 0.99998 0.99998 0.99998 0.99997
0.99999 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000
1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 1.00001
0.99997 1.00003 1.00006 0.99998 1.00000
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609201528582559597.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609201528582559597.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2609201528582559597.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2609201528582559597.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 60
First residue number = 1
Last residue number = 60
Number of atoms found = 1319
Mean number per residue = 22.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.8893E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.6346E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0861E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.9059E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.9687E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.2981E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.8837E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.1260E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.8621E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2657E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3401E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.5494E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.9340E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.2755E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.5298E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.8800E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.3033E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.7899E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.4685E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.0732E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.7754E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.0814E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.7950E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.5793E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.4640E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1002
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1120
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1444
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1622
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1848
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1906
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1972
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2072
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2334
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2575
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2870
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3009
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3385
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3863
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4087
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4237
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4476
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5106
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5504
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5969
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6145
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6806
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7396
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7862
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8579
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9371
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9771
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.066
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.091
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.146
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.199
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.254
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.352
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.441
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.489
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.531
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.614
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.633
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.837
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.894
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.011
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.122
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.243
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.305
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.491
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.528
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.703
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.830
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.150
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.325
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.355
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.450
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.499
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.707
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.030
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.195
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.221
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.368
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.509
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.007
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.018
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.212
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.237
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.494
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.604
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.765
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.841
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.940
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.036
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.535
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.821
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.962
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.056
Bfactors> 106 vectors, 3957 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000389
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> 0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609201528582559597.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609201528582559597.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.141
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.578
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.579
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.741
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.916
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.236
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.767
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.774
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.710
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.628
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 13.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 22.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 43.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 46.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 85.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 164.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 201.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 283.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 286.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.4
Chkmod> 106 vectors, 3957 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1319 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 66 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 68 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 71 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 73 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 82 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 103 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7556
0.0034 0.6962
0.0034 0.6565
0.0034 0.9721
0.0034 0.8257
0.0034 0.7671
2.1415 0.2132
2.5776 0.1866
3.5786 0.5786
4.7405 0.8028
5.9164 0.5055
6.2360 0.6311
6.7671 0.2252
7.7744 0.7227
8.7098 0.5886
9.6282 0.5597
12.2164 0.3617
12.5703 0.5531
13.5163 0.5475
15.1010 0.6957
16.3800 0.6186
17.2711 0.6327
18.4278 0.4074
19.7356 0.4403
21.1393 0.5936
22.9540 0.4450
24.4578 0.4349
26.0956 0.5129
26.7780 0.5675
28.3055 0.4043
31.8055 0.4532
33.4052 0.1827
34.3725 0.4409
36.3401 0.4931
41.2629 0.5727
43.7323 0.4139
46.6797 0.4368
47.4065 0.3311
48.2203 0.2987
49.4278 0.3513
52.4599 0.2431
55.1017 0.2270
58.1725 0.2078
59.5645 0.4855
63.1766 0.2470
67.4899 0.2265
69.4191 0.6966
70.6815 0.2350
72.6477 0.1619
77.5920 0.5097
80.5593 0.3704
83.8933 0.4032
85.1212 0.2843
89.5824 0.4309
93.3846 0.1567
96.2816 0.2883
100.5761 0.1209
105.1162 0.0899
107.3362 0.3566
112.1128 0.4167
113.4198 0.1995
116.2436 0.2772
118.9012 0.1232
121.5977 0.4354
126.2598 0.3297
130.3493 0.3058
132.5025 0.0816
134.3582 0.2969
137.9521 0.3935
138.7617 0.3362
144.7506 0.2513
147.1740 0.2168
149.4399 0.0547
153.9865 0.3039
158.1792 0.2649
162.6265 0.2830
164.8588 0.1823
171.3813 0.2700
172.6494 0.1937
178.5253 0.2836
182.6711 0.2757
192.7223 0.2946
198.0033 0.2965
198.8946 0.2690
201.6908 0.1879
203.1181 0.1205
209.0682 0.3101
217.9863 0.1576
222.4040 0.2635
223.0922 0.1156
226.9436 0.3158
230.5774 0.3014
242.9771 0.1478
243.2439 0.1629
247.9013 0.1996
248.4952 0.2042
254.5194 0.2423
257.0548 0.2689
260.7212 0.3115
262.4341 0.3415
264.6488 0.2558
266.7788 0.1811
277.5872 0.1379
283.5964 0.1505
286.5125 0.0840
288.4403 0.1022
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2609201528582559597.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609201528582559597.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2609201528582559597.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2609201528582559597.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2609201528582559597.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2609201528582559597.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.141
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.578
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.579
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.741
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.916
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.236
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.767
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.774
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.710
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.628
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 13.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 22.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.46
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.4
Projmod> 106 vectors, 3957 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 60
First residue number = 1
Last residue number = 60
Number of atoms found = 1319
Mean number per residue = 22.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 60
First residue number = 1
Last residue number = 60
Number of atoms found = 1319
Mean number per residue = 22.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 1319 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 0.00
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 2 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 3 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 4 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 5 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 6 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 7 F= 2.14 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 8 F= 2.58 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 9 F= 3.58 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 10 F= 4.74 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 11 F= 5.92 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 12 F= 6.24 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 13 F= 6.77 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 14 F= 7.77 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 15 F= 8.71 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
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Vector: 18 F= 12.57 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
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Vector: 64 F= 121.60 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 65 F= 126.26 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
%Projmod-Wn> Eigenvector 66 Norm= 1.0001
Vector: 66 F= 130.35 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 67 F= 132.50 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
%Projmod-Wn> Eigenvector 68 Norm= 1.0001
Vector: 68 F= 134.36 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 69 F= 137.95 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 70 F= 138.76 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
%Projmod-Wn> Eigenvector 71 Norm= 1.0001
Vector: 71 F= 144.75 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
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%Projmod-Wn> Eigenvector 73 Norm= 0.9998
Vector: 73 F= 149.44 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
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Vector: 80 F= 178.53 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
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%Projmod-Wn> Eigenvector 82 Norm= 0.9999
Vector: 82 F= 192.72 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
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%Projmod-Wn> Eigenvector 103 Norm= 1.0001
Vector: 103 F= 277.59 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
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Vector: 106 F= 288.44 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003434
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 2.141472
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.00 for mode -1 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2609201528582559597 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609201528582559597.eigenfacs
2609201528582559597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609201528582559597.eigenfacs
2609201528582559597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609201528582559597.eigenfacs
2609201528582559597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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2609201528582559597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609201528582559597.eigenfacs
2609201528582559597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609201528582559597.eigenfacs
2609201528582559597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609201528582559597.eigenfacs
2609201528582559597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609201528582559597.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2609201528582559597.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2609201528582559597.eigenfacs
2609201528582559597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609201528582559597.eigenfacs
2609201528582559597.atom
making animated gifs
11 models are in 2609201528582559597.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609201528582559597.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 2609201528582559597.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 0
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609201528582559597.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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normal mode computation
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MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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making animated gifs
11 models are in 2609201528582559597.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609201528582559597.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609201528582559597.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
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getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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making animated gifs
11 models are in 2609201528582559597.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609201528582559597.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 0
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 0
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 0
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 0
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 0
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 0
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 0
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 0
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 0
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 0
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 0
2609201528582559597.10.pdb
2609201528582559597.11.pdb
2609201528582559597.7.pdb
2609201528582559597.8.pdb
2609201528582559597.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m1.587s
user 0m1.544s
sys 0m0.040s
rm: cannot remove '2609201528582559597.sdijf': No such file or directory
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_INVALID_FLAG
pstopnm: Writing ppmraw format
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