***  clase1  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260929220154822328.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260929220154822328.atom to be opened.
Openam> File opened: 260929220154822328.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 253
First residue number = 7
Last residue number = 259
Number of atoms found = 4027
Mean number per residue = 15.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -25.685045 +/- 8.948838 From: -46.816000 To: -5.960000
= -7.748609 +/- 12.057928 From: -35.952000 To: 18.211000
= 22.154431 +/- 12.255415 From: -3.794000 To: 53.669000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'NCC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> 1 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.7280 % Filled.
Pdbmat> 2720711 non-zero elements.
Pdbmat> 299666 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 148.83 +/- 46.17
Maximum number = 255
Minimum number = 23
Pdbmat> Matrix trace = 5.993320E+06
Pdbmat> Larger element = 908.843
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
253 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260929220154822328.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260929220154822328.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260929220154822328.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4027 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 253 residues.
Blocpdb> 36 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 33 atoms in block 2
Block first atom: 37
Blocpdb> 39 atoms in block 3
Block first atom: 70
Blocpdb> 41 atoms in block 4
Block first atom: 109
Blocpdb> 32 atoms in block 5
Block first atom: 150
Blocpdb> 29 atoms in block 6
Block first atom: 182
Blocpdb> 33 atoms in block 7
Block first atom: 211
Blocpdb> 33 atoms in block 8
Block first atom: 244
Blocpdb> 27 atoms in block 9
Block first atom: 277
Blocpdb> 26 atoms in block 10
Block first atom: 304
Blocpdb> 35 atoms in block 11
Block first atom: 330
Blocpdb> 29 atoms in block 12
Block first atom: 365
Blocpdb> 43 atoms in block 13
Block first atom: 394
Blocpdb> 35 atoms in block 14
Block first atom: 437
Blocpdb> 38 atoms in block 15
Block first atom: 472
Blocpdb> 23 atoms in block 16
Block first atom: 510
Blocpdb> 37 atoms in block 17
Block first atom: 533
Blocpdb> 40 atoms in block 18
Block first atom: 570
Blocpdb> 31 atoms in block 19
Block first atom: 610
Blocpdb> 28 atoms in block 20
Block first atom: 641
Blocpdb> 26 atoms in block 21
Block first atom: 669
Blocpdb> 30 atoms in block 22
Block first atom: 695
Blocpdb> 29 atoms in block 23
Block first atom: 725
Blocpdb> 35 atoms in block 24
Block first atom: 754
Blocpdb> 41 atoms in block 25
Block first atom: 789
Blocpdb> 38 atoms in block 26
Block first atom: 830
Blocpdb> 27 atoms in block 27
Block first atom: 868
Blocpdb> 26 atoms in block 28
Block first atom: 895
Blocpdb> 29 atoms in block 29
Block first atom: 921
Blocpdb> 37 atoms in block 30
Block first atom: 950
Blocpdb> 21 atoms in block 31
Block first atom: 987
Blocpdb> 30 atoms in block 32
Block first atom: 1008
Blocpdb> 31 atoms in block 33
Block first atom: 1038
Blocpdb> 42 atoms in block 34
Block first atom: 1069
Blocpdb> 21 atoms in block 35
Block first atom: 1111
Blocpdb> 43 atoms in block 36
Block first atom: 1132
Blocpdb> 29 atoms in block 37
Block first atom: 1175
Blocpdb> 35 atoms in block 38
Block first atom: 1204
Blocpdb> 18 atoms in block 39
Block first atom: 1239
Blocpdb> 36 atoms in block 40
Block first atom: 1257
Blocpdb> 34 atoms in block 41
Block first atom: 1293
Blocpdb> 41 atoms in block 42
Block first atom: 1327
Blocpdb> 30 atoms in block 43
Block first atom: 1368
Blocpdb> 30 atoms in block 44
Block first atom: 1398
Blocpdb> 30 atoms in block 45
Block first atom: 1428
Blocpdb> 37 atoms in block 46
Block first atom: 1458
Blocpdb> 26 atoms in block 47
Block first atom: 1495
Blocpdb> 31 atoms in block 48
Block first atom: 1521
Blocpdb> 31 atoms in block 49
Block first atom: 1552
Blocpdb> 30 atoms in block 50
Block first atom: 1583
Blocpdb> 29 atoms in block 51
Block first atom: 1613
Blocpdb> 30 atoms in block 52
Block first atom: 1642
Blocpdb> 33 atoms in block 53
Block first atom: 1672
Blocpdb> 22 atoms in block 54
Block first atom: 1705
Blocpdb> 26 atoms in block 55
Block first atom: 1727
Blocpdb> 38 atoms in block 56
Block first atom: 1753
Blocpdb> 30 atoms in block 57
Block first atom: 1791
Blocpdb> 38 atoms in block 58
Block first atom: 1821
Blocpdb> 41 atoms in block 59
Block first atom: 1859
Blocpdb> 33 atoms in block 60
Block first atom: 1900
Blocpdb> 25 atoms in block 61
Block first atom: 1933
Blocpdb> 29 atoms in block 62
Block first atom: 1958
Blocpdb> 25 atoms in block 63
Block first atom: 1987
Blocpdb> 35 atoms in block 64
Block first atom: 2012
Blocpdb> 36 atoms in block 65
Block first atom: 2047
Blocpdb> 38 atoms in block 66
Block first atom: 2083
Blocpdb> 33 atoms in block 67
Block first atom: 2121
Blocpdb> 33 atoms in block 68
Block first atom: 2154
Blocpdb> 36 atoms in block 69
Block first atom: 2187
Blocpdb> 40 atoms in block 70
Block first atom: 2223
Blocpdb> 27 atoms in block 71
Block first atom: 2263
Blocpdb> 37 atoms in block 72
Block first atom: 2290
Blocpdb> 30 atoms in block 73
Block first atom: 2327
Blocpdb> 17 atoms in block 74
Block first atom: 2357
Blocpdb> 30 atoms in block 75
Block first atom: 2374
Blocpdb> 35 atoms in block 76
Block first atom: 2404
Blocpdb> 41 atoms in block 77
Block first atom: 2439
Blocpdb> 36 atoms in block 78
Block first atom: 2480
Blocpdb> 27 atoms in block 79
Block first atom: 2516
Blocpdb> 24 atoms in block 80
Block first atom: 2543
Blocpdb> 38 atoms in block 81
Block first atom: 2567
Blocpdb> 32 atoms in block 82
Block first atom: 2605
Blocpdb> 32 atoms in block 83
Block first atom: 2637
Blocpdb> 28 atoms in block 84
Block first atom: 2669
Blocpdb> 38 atoms in block 85
Block first atom: 2697
Blocpdb> 27 atoms in block 86
Block first atom: 2735
Blocpdb> 17 atoms in block 87
Block first atom: 2762
Blocpdb> 29 atoms in block 88
Block first atom: 2779
Blocpdb> 29 atoms in block 89
Block first atom: 2808
Blocpdb> 35 atoms in block 90
Block first atom: 2837
Blocpdb> 22 atoms in block 91
Block first atom: 2872
Blocpdb> 27 atoms in block 92
Block first atom: 2894
Blocpdb> 26 atoms in block 93
Block first atom: 2921
Blocpdb> 29 atoms in block 94
Block first atom: 2947
Blocpdb> 27 atoms in block 95
Block first atom: 2976
Blocpdb> 14 atoms in block 96
Block first atom: 3003
Blocpdb> 40 atoms in block 97
Block first atom: 3017
Blocpdb> 25 atoms in block 98
Block first atom: 3057
Blocpdb> 32 atoms in block 99
Block first atom: 3082
Blocpdb> 38 atoms in block 100
Block first atom: 3114
Blocpdb> 35 atoms in block 101
Block first atom: 3152
Blocpdb> 26 atoms in block 102
Block first atom: 3187
Blocpdb> 36 atoms in block 103
Block first atom: 3213
Blocpdb> 29 atoms in block 104
Block first atom: 3249
Blocpdb> 31 atoms in block 105
Block first atom: 3278
Blocpdb> 20 atoms in block 106
Block first atom: 3309
Blocpdb> 20 atoms in block 107
Block first atom: 3329
Blocpdb> 35 atoms in block 108
Block first atom: 3349
Blocpdb> 30 atoms in block 109
Block first atom: 3384
Blocpdb> 33 atoms in block 110
Block first atom: 3414
Blocpdb> 21 atoms in block 111
Block first atom: 3447
Blocpdb> 33 atoms in block 112
Block first atom: 3468
Blocpdb> 39 atoms in block 113
Block first atom: 3501
Blocpdb> 26 atoms in block 114
Block first atom: 3540
Blocpdb> 36 atoms in block 115
Block first atom: 3566
Blocpdb> 33 atoms in block 116
Block first atom: 3602
Blocpdb> 34 atoms in block 117
Block first atom: 3635
Blocpdb> 29 atoms in block 118
Block first atom: 3669
Blocpdb> 21 atoms in block 119
Block first atom: 3698
Blocpdb> 38 atoms in block 120
Block first atom: 3719
Blocpdb> 27 atoms in block 121
Block first atom: 3757
Blocpdb> 27 atoms in block 122
Block first atom: 3784
Blocpdb> 40 atoms in block 123
Block first atom: 3811
Blocpdb> 40 atoms in block 124
Block first atom: 3851
Blocpdb> 26 atoms in block 125
Block first atom: 3891
Blocpdb> 41 atoms in block 126
Block first atom: 3917
Blocpdb> 70 atoms in block 127
Block first atom: 3957
Blocpdb> 127 blocks.
Blocpdb> At most, 70 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2720838 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 12081
Prepmat> Matrix trace = 5993320.0000
Prepmat> Last element read: 12081 12081 526.5012
Prepmat> 8129 lines saved.
Prepmat> 6745 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4027
RTB> Total mass = 4027.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4027
RTB> Number of blocks = 127
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 317152.7620
RTB> 47883 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 762
Diagstd> Nb of non-zero elements: 47883
Diagstd> Projected matrix trace = 317152.7620
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 762 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 317152.7620
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 2.7547265 4.1839108 4.7999838 5.2401339
5.6931304 6.1285176 6.6884874 7.9144197 11.7919540
12.1523471 12.4378092 14.5194702 15.4548256 16.8781749
17.7700220 19.2349314 21.3681538 23.2399261 23.6252046
24.9728586 26.5127037 26.7991700 26.9959365 27.6580759
29.9923106 31.3376287 32.8668733 36.0339807 38.0321410
40.0708135 40.4917005 42.7537358 43.2528054 45.0841989
45.7081279 45.7383275 47.2190175 48.8688513 49.9154365
50.5191248 52.5364937 54.0436111 55.7436623 59.8131454
62.0722880 63.4625174 64.0507429 65.1076639 67.2242260
69.0965862 70.3067425 70.6193448 72.5333113 74.0405806
76.0442861 77.8102528 79.6902283 79.9004100 81.4168655
82.1181977 83.0751113 86.1368517 86.1991842 87.5652361
90.9116424 92.4605165 93.5424432 93.6164950 95.6900200
98.2378263 100.2354696 103.0134091 103.8100274 105.7367091
107.7459968 109.0658561 110.6149135 111.8213539 113.2291511
114.2638813 116.0469917 117.7567577 118.9631685 119.9610017
122.4182093 123.6367613 124.5109630 126.5711089 128.0038079
129.7273033 130.0879013 131.3141797 133.5128072 134.2510028
135.9494625 136.3986956 137.3773961 138.3984572 139.5292647
142.9023827
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034339 0.0034345 0.0034349 0.0034371
0.0034383 180.2330896 222.1193989 237.9113515 248.5801659
259.1020492 268.8270713 280.8401762 305.4955009 372.8963808
378.5518412 382.9721783 413.7811149 426.9011591 446.1265006
457.7614992 476.2561541 501.9711764 523.4951367 527.8166296
542.6619982 559.1422236 562.1548371 564.2148068 571.0922442
594.7031550 607.8946839 622.5503410 651.8556007 669.6851480
687.3997339 691.0003835 710.0391815 714.1713456 729.1341821
734.1621617 734.4046535 746.1974376 759.1215938 767.2072830
771.8327269 787.0925879 798.3024466 810.7613350 839.8342867
855.5475606 865.0753322 869.0752179 876.2163179 890.3447158
902.6587073 910.5289706 912.5509511 924.8345217 934.3943161
946.9533264 957.8857080 969.3883939 970.6659252 979.8339193
984.0450587 989.7619325 1007.8357912 1008.2003830 1016.1577690
1035.3925412 1044.1753530 1050.2667941 1050.6824278 1062.2545571
1076.3032518 1087.1913664 1102.1536929 1106.4070465 1116.6271289
1127.1866900 1134.0695419 1142.0947159 1148.3060510 1155.5118564
1160.7795979 1169.8016338 1178.3876978 1184.4085712 1189.3654599
1201.4848294 1207.4498177 1211.7110722 1221.6943708 1228.5892893
1236.8327471 1238.5505426 1244.3744712 1254.7486698 1258.2126562
1266.1467011 1268.2369109 1272.7787637 1277.4999879 1282.7083832
1298.1205208
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4027
Rtb_to_modes> Number of blocs = 127
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9902E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0018E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0025E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.755
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.184
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.800
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.240
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.693
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.129
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.688
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.914
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.9
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 762 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 0.99997 1.00002
1.00000 1.00002 1.00004 0.99997 0.99998
1.00000 1.00003 0.99997 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 0.99997
0.99998 1.00002 0.99998 1.00000 0.99998
1.00005 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
1.00003 0.99997 1.00001 1.00001 0.99998
0.99998 1.00000 0.99998 1.00003 1.00003
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997
0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000
1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 0.99998
1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99997 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 1.00003 1.00004 1.00000 1.00004
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 72486 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 0.99997 1.00002
1.00000 1.00002 1.00004 0.99997 0.99998
1.00000 1.00003 0.99997 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 0.99997
0.99998 1.00002 0.99998 1.00000 0.99998
1.00005 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
1.00003 0.99997 1.00001 1.00001 0.99998
0.99998 1.00000 0.99998 1.00003 1.00003
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997
0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000
1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 0.99998
1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99997 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 1.00003 1.00004 1.00000 1.00004
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260929220154822328.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260929220154822328.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260929220154822328.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260929220154822328.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 253
First residue number = 7
Last residue number = 259
Number of atoms found = 4027
Mean number per residue = 15.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9902E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0018E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0025E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.755
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.184
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.800
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.240
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.693
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.129
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.688
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.914
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.9
Bfactors> 106 vectors, 12081 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 2.755000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.001 for 252 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.011 +/- 0.01
Bfactors> = 75.617 +/- 51.11
Bfactors> Shiftng-fct= 75.607
Bfactors> Scaling-fct= 3434.605
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260929220154822328.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260929220154822328.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4369E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4381E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 378.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 426.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 810.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 839.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 855.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 865.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 890.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 902.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 934.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 946.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 970.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 979.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 984.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 989.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1035.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1044.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1051.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1062.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1076.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1087.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1102.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1106.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1116.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1127.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1134.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1142.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1148.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1155.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1161.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1170.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1179.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1185.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1190.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1201.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1207.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1212.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1222.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1229.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1237.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1239.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1244.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1255.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1258.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1266.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1268.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1273.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1277.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1283.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1298.
Chkmod> 106 vectors, 12081 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4027 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8034
0.0034 0.6770
0.0034 0.9865
0.0034 0.9146
0.0034 0.9401
0.0034 0.7467
180.2343 0.3283
222.1122 0.3510
237.9015 0.2184
248.5663 0.0982
259.0880 0.1708
268.8261 0.1455
280.8179 0.3851
305.4743 0.0938
372.8495 0.4304
378.4990 0.3845
382.9895 0.4035
413.7709 0.2868
426.8162 0.3311
446.1315 0.1974
457.7416 0.3306
476.1747 0.2316
501.9713 0.4111
523.4735 0.3209
527.8475 0.3587
542.6076 0.2859
559.0897 0.4169
562.1394 0.0799
564.2330 0.3132
571.0876 0.3067
594.6547 0.4682
607.8916 0.3940
622.5532 0.5305
651.7916 0.4856
669.6376 0.4831
687.3632 0.3436
690.9562 0.2193
709.9777 0.5047
714.1175 0.3227
729.0689 0.5222
734.1457 0.2539
734.3866 0.4542
746.1732 0.4790
759.0979 0.4416
767.2094 0.4468
771.8063 0.4188
787.0851 0.5365
798.2415 0.5081
810.6999 0.4631
839.7762 0.4695
855.4951 0.4089
865.0210 0.4233
869.0329 0.5240
876.1944 0.3176
890.2785 0.3897
902.6423 0.3882
910.5110 0.4914
912.5160 0.4145
924.7737 0.3493
934.3505 0.3921
946.8860 0.4498
957.8430 0.3035
969.3454 0.3953
970.6218 0.4652
979.8107 0.4104
984.0136 0.5503
989.7486 0.4662
1007.8109 0.4188
1008.1619 0.4207
1016.1418 0.4752
1035.3387 0.4392
1044.1276 0.4878
1050.2080 0.4698
1050.6570 0.3974
1062.2088 0.5022
1076.2690 0.4971
1086.9523 0.5401
1102.0346 0.4896
1106.3061 0.4423
1116.3854 0.4579
1126.8977 0.4042
1134.1984 0.4416
1141.9687 0.4553
1148.1471 0.2294
1155.3135 0.5186
1160.9132 0.3747
1169.5146 0.3408
1178.5534 0.4352
1184.5411 0.4567
1189.5077 0.4050
1201.3439 0.3691
1207.2185 0.4170
1211.6057 0.3946
1221.7813 0.3777
1228.5183 0.4240
1236.6495 0.4184
1238.5550 0.4694
1244.2539 0.3994
1254.6346 0.5057
1258.3882 0.4656
1265.8620 0.4726
1268.1885 0.2454
1272.8288 0.5466
1277.4523 0.4239
1282.5188 0.4616
1298.0540 0.3890
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260929220154822328 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
making animated gifs
11 models are in 260929220154822328.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260929220154822328 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
making animated gifs
11 models are in 260929220154822328.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260929220154822328 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
making animated gifs
11 models are in 260929220154822328.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260929220154822328 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
making animated gifs
11 models are in 260929220154822328.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260929220154822328 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260929220154822328.eigenfacs
260929220154822328.atom
making animated gifs
11 models are in 260929220154822328.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260929220154822328.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
260929220154822328.10.pdb
260929220154822328.11.pdb
260929220154822328.7.pdb
260929220154822328.8.pdb
260929220154822328.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m12.175s
user 0m12.002s
sys 0m0.168s
rm: cannot remove '260929220154822328.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|