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***  HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR 26-APR-00 1EWM  ***

LOGs for ID: 2610021246531795849

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2610021246531795849.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2610021246531795849.atom to be opened. Openam> File opened: 2610021246531795849.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 204 First residue number = 1 Last residue number = 212 Number of atoms found = 1593 Mean number per residue = 7.8 Pdbmat> Coordinate statistics: = 7.057177 +/- 8.591672 From: -12.814000 To: 26.022000 = 0.031832 +/- 8.564593 From: -19.976000 To: 20.378000 = 8.563302 +/- 10.548682 From: -15.545000 To: 32.288000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 5.3188 % Filled. Pdbmat> 607502 non-zero elements. Pdbmat> 66451 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 83.43 +/- 23.23 Maximum number = 128 Minimum number = 22 Pdbmat> Matrix trace = 1.329020E+06 Pdbmat> Larger element = 472.381 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 204 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2610021246531795849.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2610021246531795849.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2610021246531795849.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1593 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 204 residues. Blocpdb> 12 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 10 atoms in block 2 Block first atom: 13 Blocpdb> 15 atoms in block 3 Block first atom: 23 Blocpdb> 25 atoms in block 4 Block first atom: 38 Blocpdb> 16 atoms in block 5 Block first atom: 63 Blocpdb> 9 atoms in block 6 Block first atom: 79 Blocpdb> 14 atoms in block 7 Block first atom: 88 Blocpdb> 12 atoms in block 8 Block first atom: 102 Blocpdb> 17 atoms in block 9 Block first atom: 114 Blocpdb> 13 atoms in block 10 Block first atom: 131 Blocpdb> 15 atoms in block 11 Block first atom: 144 Blocpdb> 10 atoms in block 12 Block first atom: 159 Blocpdb> 20 atoms in block 13 Block first atom: 169 Blocpdb> 16 atoms in block 14 Block first atom: 189 Blocpdb> 11 atoms in block 15 Block first atom: 205 Blocpdb> 12 atoms in block 16 Block first atom: 216 Blocpdb> 15 atoms in block 17 Block first atom: 228 Blocpdb> 15 atoms in block 18 Block first atom: 243 Blocpdb> 23 atoms in block 19 Block first atom: 258 Blocpdb> 19 atoms in block 20 Block first atom: 281 Blocpdb> 9 atoms in block 21 Block first atom: 300 Blocpdb> 17 atoms in block 22 Block first atom: 309 Blocpdb> 15 atoms in block 23 Block first atom: 326 Blocpdb> 16 atoms in block 24 Block first atom: 341 Blocpdb> 15 atoms in block 25 Block first atom: 357 Blocpdb> 17 atoms in block 26 Block first atom: 372 Blocpdb> 15 atoms in block 27 Block first atom: 389 Blocpdb> 12 atoms in block 28 Block first atom: 404 Blocpdb> 17 atoms in block 29 Block first atom: 416 Blocpdb> 15 atoms in block 30 Block first atom: 433 Blocpdb> 10 atoms in block 31 Block first atom: 448 Blocpdb> 12 atoms in block 32 Block first atom: 458 Blocpdb> 8 atoms in block 33 Block first atom: 470 Blocpdb> 16 atoms in block 34 Block first atom: 478 Blocpdb> 16 atoms in block 35 Block first atom: 494 Blocpdb> 16 atoms in block 36 Block first atom: 510 Blocpdb> 23 atoms in block 37 Block first atom: 526 Blocpdb> 15 atoms in block 38 Block first atom: 549 Blocpdb> 38 atoms in block 39 Block first atom: 564 Blocpdb> 12 atoms in block 40 Block first atom: 602 Blocpdb> 19 atoms in block 41 Block first atom: 614 Blocpdb> 17 atoms in block 42 Block first atom: 633 Blocpdb> 18 atoms in block 43 Block first atom: 650 Blocpdb> 19 atoms in block 44 Block first atom: 668 Blocpdb> 28 atoms in block 45 Block first atom: 687 Blocpdb> 14 atoms in block 46 Block first atom: 715 Blocpdb> 14 atoms in block 47 Block first atom: 729 Blocpdb> 13 atoms in block 48 Block first atom: 743 Blocpdb> 13 atoms in block 49 Block first atom: 756 Blocpdb> 14 atoms in block 50 Block first atom: 769 Blocpdb> 14 atoms in block 51 Block first atom: 783 Blocpdb> 4 atoms in block 52 Block first atom: 797 Blocpdb> 12 atoms in block 53 Block first atom: 801 Blocpdb> 15 atoms in block 54 Block first atom: 813 Blocpdb> 14 atoms in block 55 Block first atom: 828 Blocpdb> 16 atoms in block 56 Block first atom: 842 Blocpdb> 15 atoms in block 57 Block first atom: 858 Blocpdb> 17 atoms in block 58 Block first atom: 873 Blocpdb> 14 atoms in block 59 Block first atom: 890 Blocpdb> 17 atoms in block 60 Block first atom: 904 Blocpdb> 10 atoms in block 61 Block first atom: 921 Blocpdb> 22 atoms in block 62 Block first atom: 931 Blocpdb> 12 atoms in block 63 Block first atom: 953 Blocpdb> 12 atoms in block 64 Block first atom: 965 Blocpdb> 14 atoms in block 65 Block first atom: 977 Blocpdb> 12 atoms in block 66 Block first atom: 991 Blocpdb> 12 atoms in block 67 Block first atom: 1003 Blocpdb> 13 atoms in block 68 Block first atom: 1015 Blocpdb> 12 atoms in block 69 Block first atom: 1028 Blocpdb> 22 atoms in block 70 Block first atom: 1040 Blocpdb> 19 atoms in block 71 Block first atom: 1062 Blocpdb> 11 atoms in block 72 Block first atom: 1081 Blocpdb> 11 atoms in block 73 Block first atom: 1092 Blocpdb> 8 atoms in block 74 Block first atom: 1103 Blocpdb> 13 atoms in block 75 Block first atom: 1111 Blocpdb> 13 atoms in block 76 Block first atom: 1124 Blocpdb> 24 atoms in block 77 Block first atom: 1137 Blocpdb> 16 atoms in block 78 Block first atom: 1161 Blocpdb> 14 atoms in block 79 Block first atom: 1177 Blocpdb> 15 atoms in block 80 Block first atom: 1191 Blocpdb> 15 atoms in block 81 Block first atom: 1206 Blocpdb> 16 atoms in block 82 Block first atom: 1221 Blocpdb> 39 atoms in block 83 Block first atom: 1237 Blocpdb> 19 atoms in block 84 Block first atom: 1276 Blocpdb> 22 atoms in block 85 Block first atom: 1295 Blocpdb> 17 atoms in block 86 Block first atom: 1317 Blocpdb> 14 atoms in block 87 Block first atom: 1334 Blocpdb> 21 atoms in block 88 Block first atom: 1348 Blocpdb> 16 atoms in block 89 Block first atom: 1369 Blocpdb> 18 atoms in block 90 Block first atom: 1385 Blocpdb> 18 atoms in block 91 Block first atom: 1403 Blocpdb> 16 atoms in block 92 Block first atom: 1421 Blocpdb> 19 atoms in block 93 Block first atom: 1437 Blocpdb> 13 atoms in block 94 Block first atom: 1456 Blocpdb> 13 atoms in block 95 Block first atom: 1469 Blocpdb> 6 atoms in block 96 Block first atom: 1482 Blocpdb> 17 atoms in block 97 Block first atom: 1488 Blocpdb> 14 atoms in block 98 Block first atom: 1505 Blocpdb> 16 atoms in block 99 Block first atom: 1519 Blocpdb> 18 atoms in block 100 Block first atom: 1535 Blocpdb> 11 atoms in block 101 Block first atom: 1553 Blocpdb> 11 atoms in block 102 Block first atom: 1564 Blocpdb> 14 atoms in block 103 Block first atom: 1575 Blocpdb> 5 atoms in block 104 Block first atom: 1588 Blocpdb> 104 blocks. Blocpdb> At most, 39 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 607606 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 4779 Prepmat> Matrix trace = 1329020.0000 Prepmat> Last element read: 4779 4779 115.5462 Prepmat> 5461 lines saved. Prepmat> 4295 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1593 RTB> Total mass = 1593.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1593 RTB> Number of blocks = 104 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 148691.0641 RTB> 40380 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 624 Diagstd> Nb of non-zero elements: 40380 Diagstd> Projected matrix trace = 148691.0641 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 624 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 148691.0641 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 6.2177424 6.7599887 8.5328125 16.6208691 17.3078496 17.4871987 20.5024139 20.7931459 23.0459942 24.0593921 25.0405436 25.3981237 27.1550566 27.5262732 29.1302333 29.7464658 32.2743488 33.5423757 35.2465991 36.0409840 37.4209605 39.3466192 39.7780328 40.1266428 41.7644901 42.3441065 44.8154827 46.2280099 46.5999058 47.4940904 48.2280322 49.4369240 50.4369228 51.6489710 52.3262113 52.5269655 54.3901168 55.1536497 56.1587193 56.6546692 57.5965162 59.2528373 60.9380352 62.0520375 62.7101731 64.2508455 64.9865512 66.1790690 67.0785021 67.6628199 68.1339798 69.4611147 70.8047680 72.0790916 73.1190795 74.2811139 74.4981765 75.5306583 75.7271954 76.7179376 78.3559888 79.8368186 80.6479687 81.9747422 82.3031731 83.3282706 84.4326023 85.5833615 86.1994671 86.3440501 88.0215935 88.9421847 90.4086694 90.8926616 91.7375673 92.2332182 93.3917340 94.0405944 95.2519837 95.8716819 97.4567780 98.3900709 99.1789217 100.1149639 100.7291105 102.4328395 103.6341953 104.7527949 105.6136211 106.7759890 107.7034571 108.2856270 109.1735861 110.1776078 111.0478849 111.7974191 112.9094502 113.7690864 115.2331073 115.7410621 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034329 0.0034333 0.0034336 0.0034345 0.0034346 0.0034349 270.7769192 282.3373055 317.2059908 442.7128679 451.7694265 454.1040792 491.6972491 495.1712033 521.3063370 532.6446946 543.3969003 547.2630137 565.8751677 569.7298683 586.0939816 592.2607707 616.9131451 628.9153427 644.6943882 651.9189425 664.2823996 681.1597716 684.8838592 687.8784334 701.7765822 706.6295047 726.9579991 738.3255188 741.2894166 748.3677562 754.1279745 763.5210251 771.2045292 780.4159147 785.5158012 787.0212096 800.8575534 806.4592147 813.7741270 817.3595370 824.1255678 835.8913974 847.6947705 855.4079915 859.9323360 870.4317097 875.4009733 883.3963629 889.3791793 893.2444507 896.3490429 905.0366247 913.7481953 921.9342146 928.5614248 935.9108542 937.2773059 943.7498925 944.9769532 951.1384533 961.2389889 970.2795801 975.1961923 983.1851492 985.1527405 991.2688625 997.8157795 1004.5925442 1008.2020373 1009.0472156 1018.8022457 1024.1160602 1032.5243896 1035.2844498 1040.0851363 1042.8911006 1049.4203935 1053.0596276 1059.8204488 1063.2623931 1072.0160925 1077.1369323 1081.4463305 1086.5376448 1089.8651852 1099.0435102 1105.4696406 1111.4196988 1115.9770076 1122.1013417 1126.9641533 1130.0058400 1134.6294935 1139.8348984 1144.3277399 1148.1831499 1153.8794175 1158.2636196 1165.6922705 1168.2586678 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1593 Rtb_to_modes> Number of blocs = 104 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9961E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9978E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.218 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.760 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.533 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> 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Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2610021246531795849.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2610021246531795849.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2610021246531795849.atom Openam> file on opening on unit 11: 2610021246531795849.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 204 First residue number = 1 Last residue number = 212 Number of atoms found = 1593 Mean number per residue = 7.8 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9961E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9978E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.218 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.760 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.533 Rdmodfacs> Numero du 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vecteur en lecture: 57.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.66 Rdmodfacs> Numero du 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vecteur en lecture: 104.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.9 Rdmodfacs> 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Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 6.218000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.732 for 215 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.020 +/- 0.02 Bfactors> = 9.988 +/- 3.96 Bfactors> Shiftng-fct= 9.968 Bfactors> Scaling-fct= 237.860 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2610021246531795849.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2610021246531795849.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 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vecteur en lecture: 771.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 780.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 785.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 928.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 935.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 943.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 945.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 951.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 961.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 970.3 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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1009. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1019. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1035. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1040. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1043. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1049. 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Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7666 0.0034 0.9229 0.0034 0.7653 0.0034 0.9866 0.0034 0.7645 0.0034 0.9723 270.7709 0.6093 282.3254 0.6113 317.1959 0.6214 442.6823 0.6939 451.7781 0.5548 454.1210 0.5258 491.6472 0.6443 495.1125 0.2671 521.3293 0.3977 532.6286 0.5586 543.3677 0.4475 547.2597 0.4378 565.9024 0.5443 569.7440 0.4978 586.0665 0.5300 592.2705 0.6010 616.8451 0.5068 628.8661 0.4828 644.6978 0.3490 651.8821 0.3883 664.2454 0.4044 681.1598 0.4732 684.8714 0.3893 687.8777 0.5697 701.7087 0.4251 706.5649 0.2271 726.9634 0.3064 738.3097 0.3486 741.2583 0.3754 748.3034 0.4180 754.1110 0.4045 763.5120 0.5356 771.1949 0.5994 780.3902 0.4719 785.5105 0.2797 787.0102 0.5465 800.8223 0.2369 806.3979 0.3661 813.7485 0.5482 817.2908 0.2711 824.1151 0.5797 835.8355 0.4416 847.6720 0.2727 855.3572 0.3585 859.8942 0.5504 870.3886 0.3699 875.3866 0.4255 883.3647 0.5142 889.3509 0.3822 893.1875 0.3960 896.2844 0.4011 904.9905 0.5762 913.6782 0.3574 921.9004 0.5126 928.5274 0.5658 935.8637 0.3431 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calculating perturbed structure for DQ=-80 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom making animated gifs 11 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computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=80 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perturbed structure for DQ=20 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom making animated gifs 11 models are in 2610021246531795849.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2610021246531795849.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will 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2610021246531795849.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2610021246531795849.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 12 running: ../../bin/get_modes.sh 2610021246531795849 12 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 12 calculating perturbed structure for DQ=-100 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 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for DQ=80 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2610021246531795849.eigenfacs 2610021246531795849.atom making animated gifs 11 models are in 2610021246531795849.14.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2610021246531795849.14.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2610021246531795849.14.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be 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plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2610021246531795849.16.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2610021246531795849.10.pdb 2610021246531795849.11.pdb 2610021246531795849.12.pdb 2610021246531795849.13.pdb 2610021246531795849.14.pdb 2610021246531795849.15.pdb 2610021246531795849.16.pdb 2610021246531795849.7.pdb 2610021246531795849.8.pdb 2610021246531795849.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m4.294s user 0m4.248s sys 0m0.045s rm: cannot remove '2610021246531795849.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format 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