*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2610090835273848933.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2610090835273848933.atom to be opened.
Openam> File opened: 2610090835273848933.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 49
First residue number = 1
Last residue number = 49
Number of atoms found = 1016
Mean number per residue = 20.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.844228 +/- 11.810539 From: -28.546000 To: 19.051000
= 0.486584 +/- 9.969152 From: -20.053000 To: 22.814000
= 0.910813 +/- 11.082900 From: -20.106000 To: 24.338000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 49 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 6.5511 % Filled.
Pdbmat> 304409 non-zero elements.
Pdbmat> 33152 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 65.26 +/- 22.14
Maximum number = 115
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 663040.
Pdbmat> Larger element = 466.721
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
49 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2610090835273848933.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2610090835273848933.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2610090835273848933.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1016 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 49 residues.
Blocpdb> 22 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 22 atoms in block 2
Block first atom: 23
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 45
Blocpdb> 22 atoms in block 4
Block first atom: 64
Blocpdb> 22 atoms in block 5
Block first atom: 86
Blocpdb> 20 atoms in block 6
Block first atom: 108
Blocpdb> 21 atoms in block 7
Block first atom: 128
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 149
Blocpdb> 19 atoms in block 9
Block first atom: 169
Blocpdb> 19 atoms in block 10
Block first atom: 188
Blocpdb> 20 atoms in block 11
Block first atom: 207
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 227
Blocpdb> 19 atoms in block 13
Block first atom: 248
Blocpdb> 19 atoms in block 14
Block first atom: 267
Blocpdb> 21 atoms in block 15
Block first atom: 286
Blocpdb> 21 atoms in block 16
Block first atom: 307
Blocpdb> 22 atoms in block 17
Block first atom: 328
Blocpdb> 21 atoms in block 18
Block first atom: 350
Blocpdb> 21 atoms in block 19
Block first atom: 371
Blocpdb> 20 atoms in block 20
Block first atom: 392
Blocpdb> 22 atoms in block 21
Block first atom: 412
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 434
Blocpdb> 19 atoms in block 23
Block first atom: 454
Blocpdb> 21 atoms in block 24
Block first atom: 473
Blocpdb> 20 atoms in block 25
Block first atom: 494
Blocpdb> 21 atoms in block 26
Block first atom: 514
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 535
Blocpdb> 19 atoms in block 28
Block first atom: 556
Blocpdb> 21 atoms in block 29
Block first atom: 575
Blocpdb> 19 atoms in block 30
Block first atom: 596
Blocpdb> 20 atoms in block 31
Block first atom: 615
Blocpdb> 20 atoms in block 32
Block first atom: 635
Blocpdb> 22 atoms in block 33
Block first atom: 655
Blocpdb> 22 atoms in block 34
Block first atom: 677
Blocpdb> 21 atoms in block 35
Block first atom: 699
Blocpdb> 22 atoms in block 36
Block first atom: 720
Blocpdb> 20 atoms in block 37
Block first atom: 742
Blocpdb> 20 atoms in block 38
Block first atom: 762
Blocpdb> 22 atoms in block 39
Block first atom: 782
Blocpdb> 21 atoms in block 40
Block first atom: 804
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 825
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 847
Blocpdb> 21 atoms in block 43
Block first atom: 867
Blocpdb> 22 atoms in block 44
Block first atom: 888
Blocpdb> 22 atoms in block 45
Block first atom: 910
Blocpdb> 21 atoms in block 46
Block first atom: 932
Blocpdb> 21 atoms in block 47
Block first atom: 953
Blocpdb> 22 atoms in block 48
Block first atom: 974
Blocpdb> 21 atoms in block 49
Block first atom: 995
Blocpdb> 49 blocks.
Blocpdb> At most, 22 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 19 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 304458 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 3048
Prepmat> Matrix trace = 663040.0000
Prepmat> Last element read: 3048 3048 123.8833
Prepmat> 1226 lines saved.
Prepmat> 986 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1016
RTB> Total mass = 1016.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1016
RTB> Number of blocks = 49
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 46810.8200
RTB> 7869 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 294
Diagstd> Nb of non-zero elements: 7869
Diagstd> Projected matrix trace = 46810.8200
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 294 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 46810.8200
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0489893 0.0655063 0.1989976 0.2989885
0.3894486 0.5932682 0.8038986 1.1551740 1.4935604
1.8340708 2.0634650 2.4659976 3.1179015 3.9556224
4.4921475 5.4737154 6.2296869 6.6069403 8.0209834
8.9192554 10.4824243 10.9293077 11.6591842 11.6993418
12.8178924 13.5667998 14.9423308 14.9923237 15.8470331
16.4420285 16.8305693 18.1080886 18.6221833 19.1690537
20.5853921 21.6410243 22.4197757 23.4503948 24.5237712
25.1352717 25.8416987 26.7072765 27.0226460 27.9767558
28.9145062 29.2930258 30.1916874 30.4557913 30.9084011
32.0928986 32.8453238 33.5111780 34.7228764 35.3563444
36.4865375 36.8025634 37.5464557 38.0775357 38.7045748
40.3482166 40.6402571 40.7369256 41.1831718 42.5258708
42.6264525 43.7867157 44.8100131 45.6980974 46.6906992
49.8557804 49.9889803 51.5199354 53.4000518 54.5312571
55.9135945 59.0386358 61.4863098 61.7698276 63.0393926
65.8747453 67.8848581 68.7120687 70.0549187 72.4130134
74.5987470 75.7384146 76.8603337 77.5032700 79.1128090
81.4818646 83.0800603 86.2847637 88.4668461 89.8888805
90.8008856 92.2681909 96.6875924 98.2379838 99.6089180
100.2244322
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034334 0.0034337 0.0034338 0.0034340
0.0034341 24.0350886 27.7930909 48.4416815 59.3775885
67.7673255 83.6413084 97.3634402 116.7129313 132.7109235
147.0629702 155.9889489 170.5263933 191.7460711 215.9746068
230.1559912 254.0600536 271.0368803 279.1229021 307.5452963
324.3094322 351.5816082 358.9976507 370.7911526 371.4291589
388.7797095 399.9760514 419.7632888 420.4649086 432.2841006
440.3246292 445.4968964 462.0953362 468.6089504 475.4398901
492.6912533 505.1660861 514.1749466 525.8602695 537.7605111
544.4237622 552.0212670 561.1902045 564.4938523 574.3729201
583.9197577 587.7293744 596.6765551 599.2806072 603.7172008
615.1765214 622.3462172 628.6227985 639.8867652 645.6972814
655.9362099 658.7707612 665.3953382 670.0846929 675.5794502
689.7750034 692.2667992 693.0896368 696.8754679 708.1445029
708.9814551 718.5656720 726.9136355 734.0816026 742.0112145
766.7486850 767.7722645 779.4404406 793.5350600 801.8959774
811.9961804 834.3791384 851.4996912 853.4605964 862.1866423
881.3628784 894.7088588 900.1435879 908.8968470 924.0672753
937.9097420 945.0469511 952.0207476 955.9942798 965.8700128
980.2249659 989.7914133 1008.7007350 1021.3757739 1029.5519513
1034.7616445 1043.0888019 1067.7772246 1076.3041149 1083.7881336
1087.1315069
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1016
Rtb_to_modes> Number of blocs = 49
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9928E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.8989E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.5506E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1990
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2990
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3894
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5933
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8039
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.155
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.494
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.834
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.063
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.466
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.118
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.956
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.492
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.474
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.230
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.607
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.021
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.919
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.2
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 294 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99998 0.99998 0.99998 1.00003 0.99997
0.99998 0.99997 0.99997 0.99996 1.00001
0.99998 1.00000 1.00002 1.00002 0.99996
0.99997 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001
1.00003 0.99998 0.99998 1.00000 0.99999
1.00003 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001
1.00003 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00003 0.99999 0.99999 1.00003 1.00003
1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002
0.99997 1.00002 0.99999 0.99999 1.00003
1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 0.99998 0.99998 1.00003
1.00001 1.00003 1.00000 1.00001 1.00004
1.00001 1.00002 1.00002 0.99997 0.99997
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 0.99998
1.00003 0.99996 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00006
1.00004 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999
0.99998 0.99998 1.00002 0.99995 1.00001
1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 18288 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 0.99998 0.99998 1.00003 0.99997
0.99998 0.99997 0.99997 0.99996 1.00001
0.99998 1.00000 1.00002 1.00002 0.99996
0.99997 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001
1.00003 0.99998 0.99998 1.00000 0.99999
1.00003 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001
1.00003 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00003 0.99999 0.99999 1.00003 1.00003
1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002
0.99997 1.00002 0.99999 0.99999 1.00003
1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 0.99998 0.99998 1.00003
1.00001 1.00003 1.00000 1.00001 1.00004
1.00001 1.00002 1.00002 0.99997 0.99997
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 0.99998
1.00003 0.99996 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00006
1.00004 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999
0.99998 0.99998 1.00002 0.99995 1.00001
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610090835273848933.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610090835273848933.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2610090835273848933.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2610090835273848933.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 49
First residue number = 1
Last residue number = 49
Number of atoms found = 1016
Mean number per residue = 20.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9928E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.8989E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.5506E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1990
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2990
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3894
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5933
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8039
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.155
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.494
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.834
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.063
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.466
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.118
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.956
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.492
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.474
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.230
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.607
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.021
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.919
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.2
Bfactors> 106 vectors, 3048 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.048989
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> 0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610090835273848933.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610090835273848933.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
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Chkmod> 106 vectors, 3048 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1016 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 95 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6720
0.0034 0.8487
0.0034 0.7715
0.0034 0.9600
0.0034 0.8349
0.0034 0.9614
24.0340 0.5913
27.7918 0.4675
48.4399 0.7367
59.3762 0.5641
67.7602 0.5037
83.6400 0.6223
97.3593 0.7116
116.6991 0.6105
132.7248 0.5534
147.0538 0.6279
155.9647 0.7012
170.5192 0.2987
191.7409 0.4676
215.9756 0.6263
230.1423 0.6427
254.0558 0.6266
271.0321 0.3467
279.1122 0.6335
307.5324 0.4347
324.2909 0.5644
351.5259 0.4167
358.9936 0.5026
370.7882 0.4026
371.4237 0.3439
388.7950 0.3764
400.0061 0.5001
419.7125 0.5106
420.4143 0.5377
432.3060 0.3794
440.2786 0.4747
445.4702 0.4018
462.0999 0.3811
468.5614 0.5576
475.4312 0.4255
492.7252 0.4090
505.1324 0.5147
514.1554 0.5084
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537.6961 0.5417
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639.8328 0.5076
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655.9392 0.4786
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1086.9523 0.6144
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2610090835273848933 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making animated gif 300x300
11 models are in 2610090835273848933.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610090835273848933.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2610090835273848933 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=0
2610090835273848933.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=60
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610090835273848933.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610090835273848933.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610090835273848933.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m1.056s
user 0m1.016s
sys 0m0.033s
rm: cannot remove '2610090835273848933.sdijf': No such file or directory
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