*** SlTPS1 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 261012193723778541.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 261012193723778541.atom to be opened.
Openam> File opened: 261012193723778541.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 994
First residue number = 1
Last residue number = 994
Number of atoms found = 7702
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 5.409117 +/- 22.819723 From: -45.741000 To: 72.687000
= 2.262914 +/- 18.661446 From: -59.509000 To: 63.206000
= -9.950790 +/- 26.713549 From: -94.821000 To: 46.041000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.9421 % Filled.
Pdbmat> 2514854 non-zero elements.
Pdbmat> 274348 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 71.24 +/- 28.33
Maximum number = 138
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 5.486960E+06
Pdbmat> Larger element = 495.619
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
994 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 261012193723778541.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 261012193723778541.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
261012193723778541.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 7702 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 994 residues.
Blocpdb> 43 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 31 atoms in block 2
Block first atom: 44
Blocpdb> 35 atoms in block 3
Block first atom: 75
Blocpdb> 26 atoms in block 4
Block first atom: 110
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 136
Blocpdb> 20 atoms in block 6
Block first atom: 160
Blocpdb> 37 atoms in block 7
Block first atom: 180
Blocpdb> 32 atoms in block 8
Block first atom: 217
Blocpdb> 44 atoms in block 9
Block first atom: 249
Blocpdb> 46 atoms in block 10
Block first atom: 293
Blocpdb> 45 atoms in block 11
Block first atom: 339
Blocpdb> 46 atoms in block 12
Block first atom: 384
Blocpdb> 42 atoms in block 13
Block first atom: 430
Blocpdb> 36 atoms in block 14
Block first atom: 472
Blocpdb> 35 atoms in block 15
Block first atom: 508
Blocpdb> 33 atoms in block 16
Block first atom: 543
Blocpdb> 32 atoms in block 17
Block first atom: 576
Blocpdb> 30 atoms in block 18
Block first atom: 608
Blocpdb> 38 atoms in block 19
Block first atom: 638
Blocpdb> 35 atoms in block 20
Block first atom: 676
Blocpdb> 39 atoms in block 21
Block first atom: 711
Blocpdb> 35 atoms in block 22
Block first atom: 750
Blocpdb> 42 atoms in block 23
Block first atom: 785
Blocpdb> 38 atoms in block 24
Block first atom: 827
Blocpdb> 43 atoms in block 25
Block first atom: 865
Blocpdb> 39 atoms in block 26
Block first atom: 908
Blocpdb> 28 atoms in block 27
Block first atom: 947
Blocpdb> 31 atoms in block 28
Block first atom: 975
Blocpdb> 45 atoms in block 29
Block first atom: 1006
Blocpdb> 40 atoms in block 30
Block first atom: 1051
Blocpdb> 44 atoms in block 31
Block first atom: 1091
Blocpdb> 42 atoms in block 32
Block first atom: 1135
Blocpdb> 36 atoms in block 33
Block first atom: 1177
Blocpdb> 37 atoms in block 34
Block first atom: 1213
Blocpdb> 40 atoms in block 35
Block first atom: 1250
Blocpdb> 38 atoms in block 36
Block first atom: 1290
Blocpdb> 36 atoms in block 37
Block first atom: 1328
Blocpdb> 45 atoms in block 38
Block first atom: 1364
Blocpdb> 41 atoms in block 39
Block first atom: 1409
Blocpdb> 48 atoms in block 40
Block first atom: 1450
Blocpdb> 42 atoms in block 41
Block first atom: 1498
Blocpdb> 48 atoms in block 42
Block first atom: 1540
Blocpdb> 36 atoms in block 43
Block first atom: 1588
Blocpdb> 37 atoms in block 44
Block first atom: 1624
Blocpdb> 45 atoms in block 45
Block first atom: 1661
Blocpdb> 43 atoms in block 46
Block first atom: 1706
Blocpdb> 37 atoms in block 47
Block first atom: 1749
Blocpdb> 51 atoms in block 48
Block first atom: 1786
Blocpdb> 35 atoms in block 49
Block first atom: 1837
Blocpdb> 50 atoms in block 50
Block first atom: 1872
Blocpdb> 45 atoms in block 51
Block first atom: 1922
Blocpdb> 42 atoms in block 52
Block first atom: 1967
Blocpdb> 41 atoms in block 53
Block first atom: 2009
Blocpdb> 42 atoms in block 54
Block first atom: 2050
Blocpdb> 43 atoms in block 55
Block first atom: 2092
Blocpdb> 39 atoms in block 56
Block first atom: 2135
Blocpdb> 46 atoms in block 57
Block first atom: 2174
Blocpdb> 40 atoms in block 58
Block first atom: 2220
Blocpdb> 36 atoms in block 59
Block first atom: 2260
Blocpdb> 34 atoms in block 60
Block first atom: 2296
Blocpdb> 39 atoms in block 61
Block first atom: 2330
Blocpdb> 48 atoms in block 62
Block first atom: 2369
Blocpdb> 39 atoms in block 63
Block first atom: 2417
Blocpdb> 40 atoms in block 64
Block first atom: 2456
Blocpdb> 32 atoms in block 65
Block first atom: 2496
Blocpdb> 36 atoms in block 66
Block first atom: 2528
Blocpdb> 38 atoms in block 67
Block first atom: 2564
Blocpdb> 35 atoms in block 68
Block first atom: 2602
Blocpdb> 37 atoms in block 69
Block first atom: 2637
Blocpdb> 45 atoms in block 70
Block first atom: 2674
Blocpdb> 38 atoms in block 71
Block first atom: 2719
Blocpdb> 36 atoms in block 72
Block first atom: 2757
Blocpdb> 45 atoms in block 73
Block first atom: 2793
Blocpdb> 45 atoms in block 74
Block first atom: 2838
Blocpdb> 36 atoms in block 75
Block first atom: 2883
Blocpdb> 35 atoms in block 76
Block first atom: 2919
Blocpdb> 43 atoms in block 77
Block first atom: 2954
Blocpdb> 37 atoms in block 78
Block first atom: 2997
Blocpdb> 41 atoms in block 79
Block first atom: 3034
Blocpdb> 46 atoms in block 80
Block first atom: 3075
Blocpdb> 46 atoms in block 81
Block first atom: 3121
Blocpdb> 42 atoms in block 82
Block first atom: 3167
Blocpdb> 37 atoms in block 83
Block first atom: 3209
Blocpdb> 39 atoms in block 84
Block first atom: 3246
Blocpdb> 44 atoms in block 85
Block first atom: 3285
Blocpdb> 39 atoms in block 86
Block first atom: 3329
Blocpdb> 43 atoms in block 87
Block first atom: 3368
Blocpdb> 38 atoms in block 88
Block first atom: 3411
Blocpdb> 36 atoms in block 89
Block first atom: 3449
Blocpdb> 34 atoms in block 90
Block first atom: 3485
Blocpdb> 44 atoms in block 91
Block first atom: 3519
Blocpdb> 45 atoms in block 92
Block first atom: 3563
Blocpdb> 35 atoms in block 93
Block first atom: 3608
Blocpdb> 40 atoms in block 94
Block first atom: 3643
Blocpdb> 38 atoms in block 95
Block first atom: 3683
Blocpdb> 40 atoms in block 96
Block first atom: 3721
Blocpdb> 35 atoms in block 97
Block first atom: 3761
Blocpdb> 45 atoms in block 98
Block first atom: 3796
Blocpdb> 37 atoms in block 99
Block first atom: 3841
Blocpdb> 35 atoms in block 100
Block first atom: 3878
Blocpdb> 42 atoms in block 101
Block first atom: 3913
Blocpdb> 28 atoms in block 102
Block first atom: 3955
Blocpdb> 27 atoms in block 103
Block first atom: 3983
Blocpdb> 38 atoms in block 104
Block first atom: 4010
Blocpdb> 45 atoms in block 105
Block first atom: 4048
Blocpdb> 34 atoms in block 106
Block first atom: 4093
Blocpdb> 34 atoms in block 107
Block first atom: 4127
Blocpdb> 41 atoms in block 108
Block first atom: 4161
Blocpdb> 49 atoms in block 109
Block first atom: 4202
Blocpdb> 50 atoms in block 110
Block first atom: 4251
Blocpdb> 40 atoms in block 111
Block first atom: 4301
Blocpdb> 37 atoms in block 112
Block first atom: 4341
Blocpdb> 46 atoms in block 113
Block first atom: 4378
Blocpdb> 39 atoms in block 114
Block first atom: 4424
Blocpdb> 39 atoms in block 115
Block first atom: 4463
Blocpdb> 40 atoms in block 116
Block first atom: 4502
Blocpdb> 40 atoms in block 117
Block first atom: 4542
Blocpdb> 40 atoms in block 118
Block first atom: 4582
Blocpdb> 35 atoms in block 119
Block first atom: 4622
Blocpdb> 42 atoms in block 120
Block first atom: 4657
Blocpdb> 42 atoms in block 121
Block first atom: 4699
Blocpdb> 37 atoms in block 122
Block first atom: 4741
Blocpdb> 36 atoms in block 123
Block first atom: 4778
Blocpdb> 39 atoms in block 124
Block first atom: 4814
Blocpdb> 35 atoms in block 125
Block first atom: 4853
Blocpdb> 45 atoms in block 126
Block first atom: 4888
Blocpdb> 46 atoms in block 127
Block first atom: 4933
Blocpdb> 38 atoms in block 128
Block first atom: 4979
Blocpdb> 39 atoms in block 129
Block first atom: 5017
Blocpdb> 36 atoms in block 130
Block first atom: 5056
Blocpdb> 37 atoms in block 131
Block first atom: 5092
Blocpdb> 33 atoms in block 132
Block first atom: 5129
Blocpdb> 39 atoms in block 133
Block first atom: 5162
Blocpdb> 40 atoms in block 134
Block first atom: 5201
Blocpdb> 49 atoms in block 135
Block first atom: 5241
Blocpdb> 31 atoms in block 136
Block first atom: 5290
Blocpdb> 48 atoms in block 137
Block first atom: 5321
Blocpdb> 43 atoms in block 138
Block first atom: 5369
Blocpdb> 37 atoms in block 139
Block first atom: 5412
Blocpdb> 43 atoms in block 140
Block first atom: 5449
Blocpdb> 45 atoms in block 141
Block first atom: 5492
Blocpdb> 42 atoms in block 142
Block first atom: 5537
Blocpdb> 46 atoms in block 143
Block first atom: 5579
Blocpdb> 42 atoms in block 144
Block first atom: 5625
Blocpdb> 45 atoms in block 145
Block first atom: 5667
Blocpdb> 37 atoms in block 146
Block first atom: 5712
Blocpdb> 55 atoms in block 147
Block first atom: 5749
Blocpdb> 40 atoms in block 148
Block first atom: 5804
Blocpdb> 36 atoms in block 149
Block first atom: 5844
Blocpdb> 44 atoms in block 150
Block first atom: 5880
Blocpdb> 43 atoms in block 151
Block first atom: 5924
Blocpdb> 34 atoms in block 152
Block first atom: 5967
Blocpdb> 34 atoms in block 153
Block first atom: 6001
Blocpdb> 32 atoms in block 154
Block first atom: 6035
Blocpdb> 41 atoms in block 155
Block first atom: 6067
Blocpdb> 33 atoms in block 156
Block first atom: 6108
Blocpdb> 31 atoms in block 157
Block first atom: 6141
Blocpdb> 40 atoms in block 158
Block first atom: 6172
Blocpdb> 40 atoms in block 159
Block first atom: 6212
Blocpdb> 40 atoms in block 160
Block first atom: 6252
Blocpdb> 43 atoms in block 161
Block first atom: 6292
Blocpdb> 39 atoms in block 162
Block first atom: 6335
Blocpdb> 40 atoms in block 163
Block first atom: 6374
Blocpdb> 46 atoms in block 164
Block first atom: 6414
Blocpdb> 44 atoms in block 165
Block first atom: 6460
Blocpdb> 42 atoms in block 166
Block first atom: 6504
Blocpdb> 33 atoms in block 167
Block first atom: 6546
Blocpdb> 32 atoms in block 168
Block first atom: 6579
Blocpdb> 33 atoms in block 169
Block first atom: 6611
Blocpdb> 43 atoms in block 170
Block first atom: 6644
Blocpdb> 33 atoms in block 171
Block first atom: 6687
Blocpdb> 41 atoms in block 172
Block first atom: 6720
Blocpdb> 33 atoms in block 173
Block first atom: 6761
Blocpdb> 37 atoms in block 174
Block first atom: 6794
Blocpdb> 37 atoms in block 175
Block first atom: 6831
Blocpdb> 41 atoms in block 176
Block first atom: 6868
Blocpdb> 45 atoms in block 177
Block first atom: 6909
Blocpdb> 31 atoms in block 178
Block first atom: 6954
Blocpdb> 38 atoms in block 179
Block first atom: 6985
Blocpdb> 43 atoms in block 180
Block first atom: 7023
Blocpdb> 31 atoms in block 181
Block first atom: 7066
Blocpdb> 39 atoms in block 182
Block first atom: 7097
Blocpdb> 44 atoms in block 183
Block first atom: 7136
Blocpdb> 37 atoms in block 184
Block first atom: 7180
Blocpdb> 40 atoms in block 185
Block first atom: 7217
Blocpdb> 34 atoms in block 186
Block first atom: 7257
Blocpdb> 27 atoms in block 187
Block first atom: 7291
Blocpdb> 22 atoms in block 188
Block first atom: 7318
Blocpdb> 32 atoms in block 189
Block first atom: 7340
Blocpdb> 24 atoms in block 190
Block first atom: 7372
Blocpdb> 23 atoms in block 191
Block first atom: 7396
Blocpdb> 25 atoms in block 192
Block first atom: 7419
Blocpdb> 35 atoms in block 193
Block first atom: 7444
Blocpdb> 41 atoms in block 194
Block first atom: 7479
Blocpdb> 40 atoms in block 195
Block first atom: 7520
Blocpdb> 41 atoms in block 196
Block first atom: 7560
Blocpdb> 38 atoms in block 197
Block first atom: 7601
Blocpdb> 35 atoms in block 198
Block first atom: 7639
Blocpdb> 29 atoms in block 199
Block first atom: 7673
Blocpdb> 199 blocks.
Blocpdb> At most, 55 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 20 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2515053 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 23106
Prepmat> Matrix trace = 5486960.0000
Prepmat> Last element read: 23106 23106 81.5281
Prepmat> 19901 lines saved.
Prepmat> 18425 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 7702
RTB> Total mass = 7702.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 7702
RTB> Number of blocks = 199
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 181341.0736
RTB> 50115 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1194
Diagstd> Nb of non-zero elements: 50115
Diagstd> Projected matrix trace = 181341.0736
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1194 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 181341.0736
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000059 0.0000221 0.0000347 0.0001334
0.0002295 0.0004553 0.0013003 0.0014609 0.0022721
0.0031937 0.0040882 0.0062803 0.0078738 0.0085664
0.0093799 0.0113515 0.0139028 0.0142168 0.0165151
0.0196585 0.0216202 0.0236645 0.0357406 0.0423961
0.0509000 0.0537609 0.0611184 0.0705149 0.0746700
0.0786076 0.0861695 0.1045677 0.1174384 0.1208372
0.1288549 0.1319150 0.1419002 0.1541688 0.1796361
0.2026226 0.2081042 0.2238458 0.2394096 0.2584855
0.2633175 0.2804760 0.3494487 0.3610262 0.4127492
0.4306577 0.4583289 0.4863530 0.5136445 0.6030386
0.6192903 0.6264575 0.6647654 0.6783835 0.6930332
0.7049554 0.7959761 0.8436222 0.8546198 0.9175708
0.9864305 1.0132675 1.0238935 1.0903451 1.1467800
1.1694266 1.2827685 1.3175335 1.3715048 1.3920329
1.3952384 1.4183296 1.4649479 1.5459593 1.6784896
1.7385061 1.7750605 1.8896858 1.9274566 1.9385135
2.0530397 2.0833754 2.1477940 2.2821906 2.4684748
2.5067305 2.5457276 2.6740217 2.7477543 2.8992566
2.9730446 3.0245059 3.0461949 3.0769962 3.2044779
3.2382360
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034337 0.0034338 0.0034340 0.0034340 0.0034341
0.0034341 0.2638084 0.5106538 0.6398369 1.2542668
1.6452321 2.3169918 3.9158009 4.1506076 5.1761918
6.1368320 6.9432335 8.6056700 9.6358129 10.0506652
10.5170475 11.5697154 12.8040159 12.9478272 13.9552011
15.2254782 15.9670635 16.7048985 20.5294051 22.3593055
24.4993332 25.1784291 26.8461136 28.8360401 29.6734635
30.4458139 31.8766032 35.1151092 37.2134827 37.7481425
38.9803560 39.4404912 40.9059773 42.6376810 46.0248185
48.8809010 49.5376787 51.3771226 53.1332076 55.2094480
55.7230887 57.5099672 64.1928963 65.2476186 69.7651308
71.2625509 73.5163426 75.7305479 77.8263374 84.3272268
85.4559710 85.9490534 88.5379560 89.4402339 90.4008055
91.1750687 96.8824876 99.7399800 100.3879876 104.0195718
107.8520827 109.3093583 109.8810164 113.3906554 116.2881181
117.4307318 122.9898915 124.6453598 127.1727169 128.1209134
128.2683455 129.3254078 131.4335902 135.0188200 140.6872068
143.1803383 144.6777867 149.2760304 150.7605060 151.1923062
155.5943969 156.7397133 159.1444837 164.0481124 170.6120223
171.9289866 173.2611724 177.5733336 180.0048593 184.9007215
187.2388630 188.8523952 189.5283253 190.4841129 194.3900007
195.4112334
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 7702
Rtb_to_modes> Number of blocs = 199
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1319
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7050
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9176
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.546
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.674
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.748
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.899
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.973
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.025
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.046
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.204
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.238
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1194 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
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0.99999 1.00001 0.99997 1.00001 1.00001
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1.00004 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000
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1.00001 0.99997 0.99999 1.00002 0.99999
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 138636 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
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0.99999 1.00001 0.99997 1.00001 1.00001
1.00002 0.99999 1.00004 0.99998 1.00010
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00008
1.00003 0.99999 1.00002 1.00003 0.99998
1.00000 0.99999 1.00002 1.00004 0.99998
1.00004 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000
0.99999 0.99999 0.99997 1.00000 1.00003
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1.00001 1.00003 0.99996 0.99998 1.00000
1.00001 0.99997 0.99999 1.00002 0.99999
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 261012193723778541.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
261012193723778541.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 261012193723778541.atom
Openam> file on opening on unit 11:
261012193723778541.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 994
First residue number = 1
Last residue number = 994
Number of atoms found = 7702
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.9018E-06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.2114E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.4717E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3341E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.2954E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.5526E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3003E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.4609E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.2721E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.1937E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.0882E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.2803E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.8738E-03
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.238
Bfactors> 106 vectors, 23106 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000006
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.264 for 994 C-alpha atoms.
Bfactors> = 538.861 +/- ******
Bfactors> = 0.726 +/- 0.25
Bfactors> Shiftng-fct= -538.135
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 261012193723778541.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
261012193723778541.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.24
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 117.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.4
Chkmod> 106 vectors, 23106 coordinates in file.
Chkmod> That is: 7702 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 32 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 33 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 34 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 60 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 65 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 90 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 100 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6125
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0.0034 0.7115
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getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 261012193723778541.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 261012193723778541.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 261012193723778541 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 261012193723778541.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 261012193723778541.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 261012193723778541.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
261012193723778541.10.pdb
261012193723778541.11.pdb
261012193723778541.7.pdb
261012193723778541.8.pdb
261012193723778541.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m50.781s
user 0m50.426s
sys 0m0.321s
rm: cannot remove '261012193723778541.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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