*** LIPID BINDING PROTEIN 11-OCT-04 1XQ8 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2610161418291556785.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2610161418291556785.atom to be opened.
Openam> File opened: 2610161418291556785.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 140
First residue number = 1
Last residue number = 140
Number of atoms found = 2017
Mean number per residue = 14.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 233.945386 +/- 13.490545 From: 200.873000 To: 255.741000
= 32.494984 +/- 44.490960 From: -59.511000 To: 95.003000
= -15.072076 +/- 9.518550 From: -32.762000 To: 7.223000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.5094 % Filled.
Pdbmat> 825681 non-zero elements.
Pdbmat> 90416 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 89.65 +/- 24.20
Maximum number = 145
Minimum number = 20
Pdbmat> Matrix trace = 1.808320E+06
Pdbmat> Larger element = 709.591
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
140 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2610161418291556785.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2610161418291556785.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2610161418291556785.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2017 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 140 residues.
Blocpdb> 19 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 12 atoms in block 2
Block first atom: 20
Blocpdb> 16 atoms in block 3
Block first atom: 32
Blocpdb> 20 atoms in block 4
Block first atom: 48
Blocpdb> 17 atoms in block 5
Block first atom: 68
Blocpdb> 22 atoms in block 6
Block first atom: 85
Blocpdb> 7 atoms in block 7
Block first atom: 107
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 114
Blocpdb> 11 atoms in block 9
Block first atom: 133
Blocpdb> 22 atoms in block 10
Block first atom: 144
Blocpdb> 10 atoms in block 11
Block first atom: 166
Blocpdb> 22 atoms in block 12
Block first atom: 176
Blocpdb> 15 atoms in block 13
Block first atom: 198
Blocpdb> 7 atoms in block 14
Block first atom: 213
Blocpdb> 16 atoms in block 15
Block first atom: 220
Blocpdb> 16 atoms in block 16
Block first atom: 236
Blocpdb> 10 atoms in block 17
Block first atom: 252
Blocpdb> 10 atoms in block 18
Block first atom: 262
Blocpdb> 10 atoms in block 19
Block first atom: 272
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 282
Blocpdb> 22 atoms in block 21
Block first atom: 297
Blocpdb> 14 atoms in block 22
Block first atom: 319
Blocpdb> 22 atoms in block 23
Block first atom: 333
Blocpdb> 17 atoms in block 24
Block first atom: 355
Blocpdb> 7 atoms in block 25
Block first atom: 372
Blocpdb> 16 atoms in block 26
Block first atom: 379
Blocpdb> 10 atoms in block 27
Block first atom: 395
Blocpdb> 15 atoms in block 28
Block first atom: 405
Blocpdb> 10 atoms in block 29
Block first atom: 420
Blocpdb> 10 atoms in block 30
Block first atom: 430
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 440
Blocpdb> 22 atoms in block 32
Block first atom: 447
Blocpdb> 14 atoms in block 33
Block first atom: 469
Blocpdb> 22 atoms in block 34
Block first atom: 483
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 505
Blocpdb> 7 atoms in block 36
Block first atom: 520
Blocpdb> 16 atoms in block 37
Block first atom: 527
Blocpdb> 19 atoms in block 38
Block first atom: 543
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 562
Blocpdb> 16 atoms in block 40
Block first atom: 583
Blocpdb> 7 atoms in block 41
Block first atom: 599
Blocpdb> 11 atoms in block 42
Block first atom: 606
Blocpdb> 22 atoms in block 43
Block first atom: 617
Blocpdb> 14 atoms in block 44
Block first atom: 639
Blocpdb> 22 atoms in block 45
Block first atom: 653
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 675
Blocpdb> 7 atoms in block 47
Block first atom: 690
Blocpdb> 16 atoms in block 48
Block first atom: 697
Blocpdb> 16 atoms in block 49
Block first atom: 713
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 729
Blocpdb> 7 atoms in block 51
Block first atom: 747
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 754
Blocpdb> 10 atoms in block 53
Block first atom: 770
Blocpdb> 14 atoms in block 54
Block first atom: 780
Blocpdb> 16 atoms in block 55
Block first atom: 794
Blocpdb> 10 atoms in block 56
Block first atom: 810
Blocpdb> 15 atoms in block 57
Block first atom: 820
Blocpdb> 22 atoms in block 58
Block first atom: 835
Blocpdb> 14 atoms in block 59
Block first atom: 857
Blocpdb> 22 atoms in block 60
Block first atom: 871
Blocpdb> 15 atoms in block 61
Block first atom: 893
Blocpdb> 17 atoms in block 62
Block first atom: 908
Blocpdb> 16 atoms in block 63
Block first atom: 925
Blocpdb> 14 atoms in block 64
Block first atom: 941
Blocpdb> 14 atoms in block 65
Block first atom: 955
Blocpdb> 16 atoms in block 66
Block first atom: 969
Blocpdb> 7 atoms in block 67
Block first atom: 985
Blocpdb> 7 atoms in block 68
Block first atom: 992
Blocpdb> 10 atoms in block 69
Block first atom: 999
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1009
Blocpdb> 16 atoms in block 71
Block first atom: 1025
Blocpdb> 14 atoms in block 72
Block first atom: 1041
Blocpdb> 7 atoms in block 73
Block first atom: 1055
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1062
Blocpdb> 14 atoms in block 75
Block first atom: 1078
Blocpdb> 10 atoms in block 76
Block first atom: 1092
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1102
Blocpdb> 10 atoms in block 78
Block first atom: 1118
Blocpdb> 17 atoms in block 79
Block first atom: 1128
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 1145
Blocpdb> 14 atoms in block 81
Block first atom: 1167
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1181
Blocpdb> 15 atoms in block 83
Block first atom: 1197
Blocpdb> 7 atoms in block 84
Block first atom: 1212
Blocpdb> 10 atoms in block 85
Block first atom: 1219
Blocpdb> 7 atoms in block 86
Block first atom: 1229
Blocpdb> 11 atoms in block 87
Block first atom: 1236
Blocpdb> 19 atoms in block 88
Block first atom: 1247
Blocpdb> 10 atoms in block 89
Block first atom: 1266
Blocpdb> 10 atoms in block 90
Block first atom: 1276
Blocpdb> 10 atoms in block 91
Block first atom: 1286
Blocpdb> 14 atoms in block 92
Block first atom: 1296
Blocpdb> 7 atoms in block 93
Block first atom: 1310
Blocpdb> 20 atoms in block 94
Block first atom: 1317
Blocpdb> 16 atoms in block 95
Block first atom: 1337
Blocpdb> 22 atoms in block 96
Block first atom: 1353
Blocpdb> 22 atoms in block 97
Block first atom: 1375
Blocpdb> 12 atoms in block 98
Block first atom: 1397
Blocpdb> 17 atoms in block 99
Block first atom: 1409
Blocpdb> 19 atoms in block 100
Block first atom: 1426
Blocpdb> 7 atoms in block 101
Block first atom: 1445
Blocpdb> 22 atoms in block 102
Block first atom: 1452
Blocpdb> 14 atoms in block 103
Block first atom: 1474
Blocpdb> 15 atoms in block 104
Block first atom: 1488
Blocpdb> 15 atoms in block 105
Block first atom: 1503
Blocpdb> 7 atoms in block 106
Block first atom: 1518
Blocpdb> 10 atoms in block 107
Block first atom: 1525
Blocpdb> 14 atoms in block 108
Block first atom: 1535
Blocpdb> 17 atoms in block 109
Block first atom: 1549
Blocpdb> 15 atoms in block 110
Block first atom: 1566
Blocpdb> 7 atoms in block 111
Block first atom: 1581
Blocpdb> 19 atoms in block 112
Block first atom: 1588
Blocpdb> 19 atoms in block 113
Block first atom: 1607
Blocpdb> 15 atoms in block 114
Block first atom: 1626
Blocpdb> 12 atoms in block 115
Block first atom: 1641
Blocpdb> 17 atoms in block 116
Block first atom: 1653
Blocpdb> 14 atoms in block 117
Block first atom: 1670
Blocpdb> 16 atoms in block 118
Block first atom: 1684
Blocpdb> 12 atoms in block 119
Block first atom: 1700
Blocpdb> 14 atoms in block 120
Block first atom: 1712
Blocpdb> 12 atoms in block 121
Block first atom: 1726
Blocpdb> 14 atoms in block 122
Block first atom: 1738
Blocpdb> 15 atoms in block 123
Block first atom: 1752
Blocpdb> 10 atoms in block 124
Block first atom: 1767
Blocpdb> 21 atoms in block 125
Block first atom: 1777
Blocpdb> 15 atoms in block 126
Block first atom: 1798
Blocpdb> 17 atoms in block 127
Block first atom: 1813
Blocpdb> 14 atoms in block 128
Block first atom: 1830
Blocpdb> 11 atoms in block 129
Block first atom: 1844
Blocpdb> 15 atoms in block 130
Block first atom: 1855
Blocpdb> 15 atoms in block 131
Block first atom: 1870
Blocpdb> 7 atoms in block 132
Block first atom: 1885
Blocpdb> 21 atoms in block 133
Block first atom: 1892
Blocpdb> 17 atoms in block 134
Block first atom: 1913
Blocpdb> 12 atoms in block 135
Block first atom: 1930
Blocpdb> 21 atoms in block 136
Block first atom: 1942
Blocpdb> 15 atoms in block 137
Block first atom: 1963
Blocpdb> 14 atoms in block 138
Block first atom: 1978
Blocpdb> 15 atoms in block 139
Block first atom: 1992
Blocpdb> 11 atoms in block 140
Block first atom: 2006
Blocpdb> 140 blocks.
Blocpdb> At most, 22 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 825821 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 6051
Prepmat> Matrix trace = 1808320.0000
Prepmat> Last element read: 6051 6051 277.2176
Prepmat> 9871 lines saved.
Prepmat> 8886 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2017
RTB> Total mass = 2017.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2017
RTB> Number of blocks = 140
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 215359.7912
RTB> 33324 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 840
Diagstd> Nb of non-zero elements: 33324
Diagstd> Projected matrix trace = 215359.7912
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 840 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 215359.7912
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0020343 0.0021543 0.0059409 0.0086854
0.0122568 0.0316303 0.0373200 0.0812226 0.1239422
0.1729141 0.2415806 0.3130427 0.3881696 0.4136306
0.5468756 0.6740688 0.7063081 0.7932848 0.9161965
1.3601440 1.5914613 1.6172216 1.9363215 2.3396338
2.4850560 2.5652444 3.0088024 3.4795061 3.9726514
4.0458439 4.2496404 4.4379863 5.3269146 5.9007852
6.1201757 6.3608406 6.6748737 7.2337142 7.5942205
7.9688449 8.8398779 9.3953429 10.2500974 11.2951955
11.4127831 12.1682785 12.2896368 13.1903923 14.1806053
14.5694084 16.4547878 16.6998169 17.0149630 17.6443384
18.6663074 18.9402968 19.5204620 19.7299537 20.4132938
21.4541215 22.0253780 24.6480161 26.3884792 26.5198173
27.0679233 27.3785848 27.7942174 29.2760226 29.8423455
31.0259981 31.7550379 33.8252378 34.5807999 34.7157314
35.4187783 36.3098005 38.3797288 39.0897868 41.2041483
41.7906335 42.6898549 43.2839661 44.8074411 46.2232195
46.8617123 48.7520505 48.9019728 50.5720857 51.3606004
51.9383362 52.7245389 53.4026937 54.0159684 54.2611767
55.0378742 55.9526767 57.7514948 58.6298948 59.9709433
61.5996285
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034328 0.0034330 0.0034333 0.0034355
0.0034355 4.8978764 5.0401675 8.3699174 10.1202169
12.0221854 19.3128629 20.9780868 30.9480901 38.2300549
45.1554858 53.3735716 60.7571022 67.6559553 69.8395779
80.3044356 89.1553488 91.2625039 96.7185639 103.9416463
126.6449076 136.9914053 138.0956645 151.1068020 166.0998429
171.1840790 173.9240548 188.3614895 202.5601847 216.4389957
218.4237406 223.8573562 228.7643034 250.6300548 263.7850535
268.6440506 273.8750918 280.5542212 292.0626037 299.2518757
306.5441044 322.8631014 332.8523265 347.6636430 364.9573851
366.8521449 378.7998950 380.6841587 394.3884031 408.9240605
414.4920818 440.4954467 443.7630475 447.9306551 456.1398014
469.1637908 472.5945075 479.7779966 482.3455910 490.6274282
502.9799207 509.6323240 539.1210199 557.8307640 559.2172302
564.9665681 568.1994094 572.4960640 587.5587761 593.2144993
604.8645900 611.9297928 631.5615899 638.5763023 639.8209264
646.2671315 654.3456383 672.7384207 678.9330203 697.0529205
701.9961943 709.5085273 714.4285547 726.8927741 738.2872628
743.3688474 758.2138681 759.3788025 772.2371897 778.2342250
782.5990150 788.4999594 793.5546895 798.0982595 799.9077121
805.6123328 812.2799140 825.2335863 831.4858020 840.9413745
852.2839830
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2017
Rtb_to_modes> Number of blocs = 140
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.0343E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.1543E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.60
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 840 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998
0.99994 0.99997 0.99999 0.99997 1.00002
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 0.99999
1.00000 1.00001 1.00004 1.00000 1.00001
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1.00003 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 36306 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00004 1.00000 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
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0.99994 0.99997 0.99999 0.99997 1.00002
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 0.99999
1.00000 1.00001 1.00004 1.00000 1.00001
0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 1.00003 0.99995 1.00001
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0.99998 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002
1.00000 0.99999 1.00002 1.00003 1.00000
1.00001 0.99999 0.99998 1.00002 1.00000
0.99999 0.99997 1.00002 1.00001 0.99995
1.00003 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610161418291556785.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610161418291556785.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2610161418291556785.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2610161418291556785.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 140
First residue number = 1
Last residue number = 140
Number of atoms found = 2017
Mean number per residue = 14.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.0343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.1543E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.9409E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.6854E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2257E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.1630E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.7320E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.1223E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1729
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2416
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3130
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3882
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6741
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9162
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.360
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.591
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.617
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.936
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.340
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.485
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.565
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.009
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.480
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.973
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.046
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.250
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.438
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.327
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.901
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.120
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.361
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.675
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.234
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.594
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.969
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.840
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.395
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.52
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.60
Bfactors> 106 vectors, 6051 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.002034
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.496 for 140 C-alpha atoms.
Bfactors> = 10.258 +/- 7.36
Bfactors> = 4.079 +/- 5.02
Bfactors> Shiftng-fct= -6.179
Bfactors> Scaling-fct= 0.682
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610161418291556785.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610161418291556785.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4354E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4354E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.898
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.040
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.370
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 30.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 45.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.83
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.30
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.72
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 378.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 631.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 738.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 805.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 812.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 825.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 831.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 840.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 852.2
Chkmod> 106 vectors, 6051 coordinates in file.
Chkmod> That is: 2017 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 69 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7640
0.0034 0.6603
0.0034 0.9545
0.0034 0.8151
0.0034 0.6618
0.0034 0.9871
4.8976 0.6654
5.0400 0.6895
8.3696 0.5486
10.1198 0.5631
12.0218 0.6132
19.3120 0.6240
20.9772 0.7186
30.9468 0.6806
38.2219 0.7720
45.1517 0.6598
53.3734 0.5554
60.7504 0.6907
67.6557 0.4962
69.8340 0.5961
80.3028 0.5441
89.1536 0.6692
91.2581 0.5502
96.7153 0.2915
103.9374 0.5865
126.6328 0.6160
136.9657 0.6645
138.0803 0.3613
151.0878 0.3077
166.1057 0.5642
171.1748 0.5434
173.9083 0.2524
188.3596 0.5047
202.5659 0.4478
216.4392 0.4204
218.4186 0.4404
223.8572 0.3579
228.7548 0.5053
250.6213 0.3656
263.7785 0.3994
268.6287 0.7035
273.8668 0.4211
280.5448 0.4514
292.0558 0.5731
299.2347 0.5170
306.5339 0.4016
322.8515 0.5843
332.8320 0.5373
347.6471 0.1601
365.0193 0.5143
366.7917 0.6472
378.8104 0.5557
380.6734 0.1099
394.3656 0.1303
408.8978 0.2954
414.4827 0.4957
440.4125 0.2564
443.7464 0.2975
447.8461 0.2508
456.0641 0.4242
469.1901 0.5317
472.5705 0.1796
479.7517 0.5907
482.3255 0.3141
490.5668 0.4692
502.9100 0.1398
509.6639 0.3372
539.1196 0.3333
557.8229 0.2743
559.1952 0.3454
564.9640 0.4855
568.1897 0.4780
572.4281 0.5118
587.5735 0.0614
593.1657 0.5885
604.8776 0.2167
611.9513 0.2570
631.5789 0.3350
638.5415 0.3580
639.8328 0.4211
646.2505 0.4698
654.3193 0.4474
672.7119 0.4818
678.9057 0.2918
696.9879 0.2540
701.9607 0.3265
709.4793 0.1457
714.3652 0.3867
726.8823 0.4775
738.2299 0.0994
743.3234 0.4808
758.1654 0.2304
759.3309 0.4333
772.1881 0.2832
778.1963 0.4840
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788.4322 0.1088
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getting mode 10
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getting mode 11
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m10.432s
user 0m10.303s
sys 0m0.122s
rm: cannot remove '2610161418291556785.sdijf': No such file or directory
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