***  MEMBRANE PROTEIN 17-DEC-06 2OAU  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2610161437531575363.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2610161437531575363.atom to be opened.
Openam> File opened: 2610161437531575363.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1778
First residue number = 27
Last residue number = 280
Number of atoms found = 13573
Mean number per residue = 7.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -70.314756 +/- 23.771118 From: -121.738000 To: -15.396000
= 20.430302 +/- 22.523288 From: -31.376000 To: 70.772000
= 62.807837 +/- 23.268197 From: 8.942000 To: 114.067000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.6019 % Filled.
Pdbmat> 4989794 non-zero elements.
Pdbmat> 545464 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 80.37 +/- 19.42
Maximum number = 126
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 1.090928E+07
Pdbmat> Larger element = 505.845
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1778 non-zero elements, NRBL set to 9
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2610161437531575363.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 9
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2610161437531575363.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2610161437531575363.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 13573 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 9 residue(s) per block.
Blocpdb> 1778 residues.
Blocpdb> 65 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 64 atoms in block 2
Block first atom: 66
Blocpdb> 66 atoms in block 3
Block first atom: 130
Blocpdb> 77 atoms in block 4
Block first atom: 196
Blocpdb> 62 atoms in block 5
Block first atom: 273
Blocpdb> 74 atoms in block 6
Block first atom: 335
Blocpdb> 63 atoms in block 7
Block first atom: 409
Blocpdb> 58 atoms in block 8
Block first atom: 472
Blocpdb> 53 atoms in block 9
Block first atom: 530
Blocpdb> 58 atoms in block 10
Block first atom: 583
Blocpdb> 60 atoms in block 11
Block first atom: 641
Blocpdb> 77 atoms in block 12
Block first atom: 701
Blocpdb> 59 atoms in block 13
Block first atom: 778
Blocpdb> 69 atoms in block 14
Block first atom: 837
Blocpdb> 66 atoms in block 15
Block first atom: 906
Blocpdb> 67 atoms in block 16
Block first atom: 972
Blocpdb> 66 atoms in block 17
Block first atom: 1039
Blocpdb> 84 atoms in block 18
Block first atom: 1105
Blocpdb> 66 atoms in block 19
Block first atom: 1189
Blocpdb> 73 atoms in block 20
Block first atom: 1255
Blocpdb> 75 atoms in block 21
Block first atom: 1328
Blocpdb> 78 atoms in block 22
Block first atom: 1403
Blocpdb> 62 atoms in block 23
Block first atom: 1481
Blocpdb> 79 atoms in block 24
Block first atom: 1543
Blocpdb> 76 atoms in block 25
Block first atom: 1622
Blocpdb> 80 atoms in block 26
Block first atom: 1698
Blocpdb> 65 atoms in block 27
Block first atom: 1778
Blocpdb> 79 atoms in block 28
Block first atom: 1843
Blocpdb> 18 atoms in block 29
Block first atom: 1922
Blocpdb> 65 atoms in block 30
Block first atom: 1940
Blocpdb> 64 atoms in block 31
Block first atom: 2005
Blocpdb> 66 atoms in block 32
Block first atom: 2069
Blocpdb> 77 atoms in block 33
Block first atom: 2135
Blocpdb> 62 atoms in block 34
Block first atom: 2212
Blocpdb> 74 atoms in block 35
Block first atom: 2274
Blocpdb> 63 atoms in block 36
Block first atom: 2348
Blocpdb> 58 atoms in block 37
Block first atom: 2411
Blocpdb> 53 atoms in block 38
Block first atom: 2469
Blocpdb> 58 atoms in block 39
Block first atom: 2522
Blocpdb> 60 atoms in block 40
Block first atom: 2580
Blocpdb> 77 atoms in block 41
Block first atom: 2640
Blocpdb> 59 atoms in block 42
Block first atom: 2717
Blocpdb> 69 atoms in block 43
Block first atom: 2776
Blocpdb> 66 atoms in block 44
Block first atom: 2845
Blocpdb> 67 atoms in block 45
Block first atom: 2911
Blocpdb> 66 atoms in block 46
Block first atom: 2978
Blocpdb> 84 atoms in block 47
Block first atom: 3044
Blocpdb> 66 atoms in block 48
Block first atom: 3128
Blocpdb> 73 atoms in block 49
Block first atom: 3194
Blocpdb> 75 atoms in block 50
Block first atom: 3267
Blocpdb> 78 atoms in block 51
Block first atom: 3342
Blocpdb> 62 atoms in block 52
Block first atom: 3420
Blocpdb> 79 atoms in block 53
Block first atom: 3482
Blocpdb> 76 atoms in block 54
Block first atom: 3561
Blocpdb> 80 atoms in block 55
Block first atom: 3637
Blocpdb> 65 atoms in block 56
Block first atom: 3717
Blocpdb> 79 atoms in block 57
Block first atom: 3782
Blocpdb> 18 atoms in block 58
Block first atom: 3861
Blocpdb> 65 atoms in block 59
Block first atom: 3879
Blocpdb> 64 atoms in block 60
Block first atom: 3944
Blocpdb> 66 atoms in block 61
Block first atom: 4008
Blocpdb> 77 atoms in block 62
Block first atom: 4074
Blocpdb> 62 atoms in block 63
Block first atom: 4151
Blocpdb> 74 atoms in block 64
Block first atom: 4213
Blocpdb> 63 atoms in block 65
Block first atom: 4287
Blocpdb> 58 atoms in block 66
Block first atom: 4350
Blocpdb> 53 atoms in block 67
Block first atom: 4408
Blocpdb> 58 atoms in block 68
Block first atom: 4461
Blocpdb> 60 atoms in block 69
Block first atom: 4519
Blocpdb> 77 atoms in block 70
Block first atom: 4579
Blocpdb> 59 atoms in block 71
Block first atom: 4656
Blocpdb> 69 atoms in block 72
Block first atom: 4715
Blocpdb> 66 atoms in block 73
Block first atom: 4784
Blocpdb> 67 atoms in block 74
Block first atom: 4850
Blocpdb> 66 atoms in block 75
Block first atom: 4917
Blocpdb> 84 atoms in block 76
Block first atom: 4983
Blocpdb> 66 atoms in block 77
Block first atom: 5067
Blocpdb> 73 atoms in block 78
Block first atom: 5133
Blocpdb> 75 atoms in block 79
Block first atom: 5206
Blocpdb> 78 atoms in block 80
Block first atom: 5281
Blocpdb> 62 atoms in block 81
Block first atom: 5359
Blocpdb> 79 atoms in block 82
Block first atom: 5421
Blocpdb> 76 atoms in block 83
Block first atom: 5500
Blocpdb> 80 atoms in block 84
Block first atom: 5576
Blocpdb> 65 atoms in block 85
Block first atom: 5656
Blocpdb> 79 atoms in block 86
Block first atom: 5721
Blocpdb> 18 atoms in block 87
Block first atom: 5800
Blocpdb> 65 atoms in block 88
Block first atom: 5818
Blocpdb> 64 atoms in block 89
Block first atom: 5883
Blocpdb> 66 atoms in block 90
Block first atom: 5947
Blocpdb> 77 atoms in block 91
Block first atom: 6013
Blocpdb> 62 atoms in block 92
Block first atom: 6090
Blocpdb> 74 atoms in block 93
Block first atom: 6152
Blocpdb> 63 atoms in block 94
Block first atom: 6226
Blocpdb> 58 atoms in block 95
Block first atom: 6289
Blocpdb> 53 atoms in block 96
Block first atom: 6347
Blocpdb> 58 atoms in block 97
Block first atom: 6400
Blocpdb> 60 atoms in block 98
Block first atom: 6458
Blocpdb> 77 atoms in block 99
Block first atom: 6518
Blocpdb> 59 atoms in block 100
Block first atom: 6595
Blocpdb> 69 atoms in block 101
Block first atom: 6654
Blocpdb> 66 atoms in block 102
Block first atom: 6723
Blocpdb> 67 atoms in block 103
Block first atom: 6789
Blocpdb> 66 atoms in block 104
Block first atom: 6856
Blocpdb> 84 atoms in block 105
Block first atom: 6922
Blocpdb> 66 atoms in block 106
Block first atom: 7006
Blocpdb> 73 atoms in block 107
Block first atom: 7072
Blocpdb> 75 atoms in block 108
Block first atom: 7145
Blocpdb> 78 atoms in block 109
Block first atom: 7220
Blocpdb> 62 atoms in block 110
Block first atom: 7298
Blocpdb> 79 atoms in block 111
Block first atom: 7360
Blocpdb> 76 atoms in block 112
Block first atom: 7439
Blocpdb> 80 atoms in block 113
Block first atom: 7515
Blocpdb> 65 atoms in block 114
Block first atom: 7595
Blocpdb> 79 atoms in block 115
Block first atom: 7660
Blocpdb> 18 atoms in block 116
Block first atom: 7739
Blocpdb> 65 atoms in block 117
Block first atom: 7757
Blocpdb> 64 atoms in block 118
Block first atom: 7822
Blocpdb> 66 atoms in block 119
Block first atom: 7886
Blocpdb> 77 atoms in block 120
Block first atom: 7952
Blocpdb> 62 atoms in block 121
Block first atom: 8029
Blocpdb> 74 atoms in block 122
Block first atom: 8091
Blocpdb> 63 atoms in block 123
Block first atom: 8165
Blocpdb> 58 atoms in block 124
Block first atom: 8228
Blocpdb> 53 atoms in block 125
Block first atom: 8286
Blocpdb> 58 atoms in block 126
Block first atom: 8339
Blocpdb> 60 atoms in block 127
Block first atom: 8397
Blocpdb> 77 atoms in block 128
Block first atom: 8457
Blocpdb> 59 atoms in block 129
Block first atom: 8534
Blocpdb> 69 atoms in block 130
Block first atom: 8593
Blocpdb> 66 atoms in block 131
Block first atom: 8662
Blocpdb> 67 atoms in block 132
Block first atom: 8728
Blocpdb> 66 atoms in block 133
Block first atom: 8795
Blocpdb> 84 atoms in block 134
Block first atom: 8861
Blocpdb> 66 atoms in block 135
Block first atom: 8945
Blocpdb> 73 atoms in block 136
Block first atom: 9011
Blocpdb> 75 atoms in block 137
Block first atom: 9084
Blocpdb> 78 atoms in block 138
Block first atom: 9159
Blocpdb> 62 atoms in block 139
Block first atom: 9237
Blocpdb> 79 atoms in block 140
Block first atom: 9299
Blocpdb> 76 atoms in block 141
Block first atom: 9378
Blocpdb> 80 atoms in block 142
Block first atom: 9454
Blocpdb> 65 atoms in block 143
Block first atom: 9534
Blocpdb> 79 atoms in block 144
Block first atom: 9599
Blocpdb> 18 atoms in block 145
Block first atom: 9678
Blocpdb> 65 atoms in block 146
Block first atom: 9696
Blocpdb> 64 atoms in block 147
Block first atom: 9761
Blocpdb> 66 atoms in block 148
Block first atom: 9825
Blocpdb> 77 atoms in block 149
Block first atom: 9891
Blocpdb> 62 atoms in block 150
Block first atom: 9968
Blocpdb> 74 atoms in block 151
Block first atom: 10030
Blocpdb> 63 atoms in block 152
Block first atom: 10104
Blocpdb> 58 atoms in block 153
Block first atom: 10167
Blocpdb> 53 atoms in block 154
Block first atom: 10225
Blocpdb> 58 atoms in block 155
Block first atom: 10278
Blocpdb> 60 atoms in block 156
Block first atom: 10336
Blocpdb> 77 atoms in block 157
Block first atom: 10396
Blocpdb> 59 atoms in block 158
Block first atom: 10473
Blocpdb> 69 atoms in block 159
Block first atom: 10532
Blocpdb> 66 atoms in block 160
Block first atom: 10601
Blocpdb> 67 atoms in block 161
Block first atom: 10667
Blocpdb> 66 atoms in block 162
Block first atom: 10734
Blocpdb> 84 atoms in block 163
Block first atom: 10800
Blocpdb> 66 atoms in block 164
Block first atom: 10884
Blocpdb> 73 atoms in block 165
Block first atom: 10950
Blocpdb> 75 atoms in block 166
Block first atom: 11023
Blocpdb> 78 atoms in block 167
Block first atom: 11098
Blocpdb> 62 atoms in block 168
Block first atom: 11176
Blocpdb> 79 atoms in block 169
Block first atom: 11238
Blocpdb> 76 atoms in block 170
Block first atom: 11317
Blocpdb> 80 atoms in block 171
Block first atom: 11393
Blocpdb> 65 atoms in block 172
Block first atom: 11473
Blocpdb> 79 atoms in block 173
Block first atom: 11538
Blocpdb> 18 atoms in block 174
Block first atom: 11617
Blocpdb> 65 atoms in block 175
Block first atom: 11635
Blocpdb> 64 atoms in block 176
Block first atom: 11700
Blocpdb> 66 atoms in block 177
Block first atom: 11764
Blocpdb> 77 atoms in block 178
Block first atom: 11830
Blocpdb> 62 atoms in block 179
Block first atom: 11907
Blocpdb> 74 atoms in block 180
Block first atom: 11969
Blocpdb> 63 atoms in block 181
Block first atom: 12043
Blocpdb> 58 atoms in block 182
Block first atom: 12106
Blocpdb> 53 atoms in block 183
Block first atom: 12164
Blocpdb> 58 atoms in block 184
Block first atom: 12217
Blocpdb> 60 atoms in block 185
Block first atom: 12275
Blocpdb> 77 atoms in block 186
Block first atom: 12335
Blocpdb> 59 atoms in block 187
Block first atom: 12412
Blocpdb> 69 atoms in block 188
Block first atom: 12471
Blocpdb> 66 atoms in block 189
Block first atom: 12540
Blocpdb> 67 atoms in block 190
Block first atom: 12606
Blocpdb> 66 atoms in block 191
Block first atom: 12673
Blocpdb> 84 atoms in block 192
Block first atom: 12739
Blocpdb> 66 atoms in block 193
Block first atom: 12823
Blocpdb> 73 atoms in block 194
Block first atom: 12889
Blocpdb> 75 atoms in block 195
Block first atom: 12962
Blocpdb> 78 atoms in block 196
Block first atom: 13037
Blocpdb> 62 atoms in block 197
Block first atom: 13115
Blocpdb> 79 atoms in block 198
Block first atom: 13177
Blocpdb> 76 atoms in block 199
Block first atom: 13256
Blocpdb> 80 atoms in block 200
Block first atom: 13332
Blocpdb> 65 atoms in block 201
Block first atom: 13412
Blocpdb> 79 atoms in block 202
Block first atom: 13477
Blocpdb> 18 atoms in block 203
Block first atom: 13555
Blocpdb> 203 blocks.
Blocpdb> At most, 84 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 18 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 4989997 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 40719
Prepmat> Matrix trace = 10909280.0000
Prepmat> Last element read: 40719 40719 64.7830
Prepmat> 20707 lines saved.
Prepmat> 19317 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 13573
RTB> Total mass = 13573.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 13573
RTB> Number of blocks = 203
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 186132.1702
RTB> 46959 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1218
Diagstd> Nb of non-zero elements: 46959
Diagstd> Projected matrix trace = 186132.1702
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1218 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 186132.1702
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2873152 0.3798601 0.3981287 0.5702248
0.7517988 0.8918823 0.9257909 1.2117528 1.5329678
1.6152755 1.7823319 1.8490522 1.9178477 2.0599861
2.1501980 2.4186748 2.5171532 2.6878984 3.0437318
3.1351398 3.1876006 3.5371526 3.6681070 3.9758345
4.1638378 4.2465746 4.5055654 4.7068266 4.7718019
4.9638982 5.1753227 5.3564220 5.4630943 5.6087308
5.7889698 5.8632671 5.9209972 6.0581750 6.2631868
6.4466929 6.7574612 7.0202019 7.4191257 7.5353814
7.8016482 7.9936956 8.0977340 8.4360126 8.5773695
8.6415857 8.7777331 9.0694237 9.4518465 9.5022744
10.0181184 10.1805479 10.4192063 10.6014091 10.7498756
10.9444203 11.1309637 11.4539742 11.5479681 11.6825512
12.0579676 12.2542314 12.4445090 12.6592656 12.7906603
12.8684402 13.0488216 13.2582244 13.5626048 13.7154414
14.0504620 14.2778072 14.5969031 14.9612259 15.0971948
15.2125025 15.7355184 16.0223323 16.0672407 16.5490091
16.5781982 16.8467706 17.0905838 17.5416594 17.6017558
17.7768157 18.1632264 18.3367664 18.5146615 18.7393508
18.7632352 19.2446670 19.5279852 19.9093258 20.1692925
20.4790464
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034330 0.0034335 0.0034338 0.0034342 0.0034342
0.0034349 58.2069100 66.9278834 68.5183695 82.0008460
94.1555845 102.5531600 104.4844659 119.5369835 134.4503067
138.0125492 144.9738177 147.6623804 150.3842436 155.8573984
159.2335255 168.8822560 172.2860446 178.0334899 189.4516834
192.2754045 193.8774207 204.2312428 207.9774631 216.5256903
221.5859295 223.7765932 230.4994695 235.5913704 237.2119068
241.9394629 247.0381346 251.3232521 253.8134471 257.1743071
261.2738374 262.9451227 264.2364387 267.2798297 271.7646491
275.7171447 282.2845196 287.7200190 295.7819338 298.0903386
303.3112105 307.0217089 309.0132024 315.4015988 318.0331134
319.2214016 321.7262269 327.0281418 333.8517146 334.7411191
343.7069874 346.4821423 350.5198354 353.5713579 356.0385296
359.2457690 362.2944354 367.5135708 369.0184394 371.1625306
377.0789914 380.1354028 383.0753121 386.3665641 388.3665015
389.5455389 392.2662346 395.4011821 399.9142085 402.1612065
407.0432736 410.3231661 414.8830028 420.0286069 421.9329186
423.5411495 430.7604359 434.6684786 435.2772105 441.7548011
442.1442124 445.7112657 448.9249356 454.8106419 455.5890490
457.8489953 462.7983247 465.0039659 467.2541510 470.0808404
470.3803181 476.3766666 479.8704412 484.5332186 487.6863633
491.4169643
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 13573
Rtb_to_modes> Number of blocs = 203
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9944E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9972E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2873
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3799
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3981
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5702
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7518
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8919
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9258
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.533
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.615
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.782
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.849
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.918
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.060
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.150
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.419
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.517
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.688
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.044
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.135
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.188
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.537
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.668
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.976
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.164
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.247
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.506
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.707
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.772
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.964
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.175
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.356
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.463
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.609
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.789
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.863
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.921
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.058
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.263
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.447
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.757
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.020
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.419
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.535
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.802
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.994
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.098
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.436
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.577
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.642
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.778
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.069
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.452
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.502
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.48
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1218 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00002
0.99999 1.00002 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999
0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99997
1.00001 1.00000 1.00005 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001
1.00002 1.00003 0.99999 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 1.00002
0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000
0.99998 1.00004 1.00001 1.00000 0.99999
1.00002 0.99997 0.99999 1.00002 0.99999
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 244314 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 1.00002 1.00004 1.00001 0.99999
1.00002 1.00001 0.99997 1.00001 0.99996
1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00002
0.99999 1.00002 1.00002 1.00001 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999
0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99997
1.00001 1.00000 1.00005 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001
1.00002 1.00003 0.99999 0.99999 1.00000
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0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000
0.99998 1.00004 1.00001 1.00000 0.99999
1.00002 0.99997 0.99999 1.00002 0.99999
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610161437531575363.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610161437531575363.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2610161437531575363.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2610161437531575363.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1778
First residue number = 27
Last residue number = 280
Number of atoms found = 13573
Mean number per residue = 7.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9944E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9972E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2873
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3799
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3981
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5702
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7518
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8919
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9258
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.212
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.533
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.615
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.48
Bfactors> 106 vectors, 40719 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.287300
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.621 for 1778 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.032 +/- 0.06
Bfactors> = 117.382 +/- 58.16
Bfactors> Shiftng-fct= 117.350
Bfactors> Scaling-fct= 940.796
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610161437531575363.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610161437531575363.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Chkmod> 106 vectors, 40719 coordinates in file.
Chkmod> That is: 13573 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
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Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
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normal mode computation
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610161437531575363.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610161437531575363.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610161437531575363.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610161437531575363.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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normal mode computation
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610161437531575363.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610161437531575363.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2610161437531575363.10.pdb
2610161437531575363.11.pdb
2610161437531575363.7.pdb
2610161437531575363.8.pdb
2610161437531575363.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 2m10.065s
user 2m9.395s
sys 0m0.588s
rm: cannot remove '2610161437531575363.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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