*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2610211335402876251.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2610211335402876251.atom to be opened.
Openam> File opened: 2610211335402876251.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 788
First residue number = 1
Last residue number = 440
Number of atoms found = 11695
Mean number per residue = 14.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -15.909390 +/- 29.698355 From: -71.971000 To: 38.262000
= 16.445098 +/- 11.706713 From: -17.753000 To: 46.673000
= 7.000704 +/- 12.707512 From: -27.432000 To: 37.283000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'GLH ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 20 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.3987 % Filled.
Pdbmat> 8609035 non-zero elements.
Pdbmat> 948900 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 162.27 +/- 48.53
Maximum number = 248
Minimum number = 21
Pdbmat> Matrix trace = 1.897800E+07
Pdbmat> Larger element = 881.716
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
788 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2610211335402876251.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2610211335402876251.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2610211335402876251.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 11695 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 788 residues.
Blocpdb> 72 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 66 atoms in block 2
Block first atom: 73
Blocpdb> 60 atoms in block 3
Block first atom: 139
Blocpdb> 49 atoms in block 4
Block first atom: 199
Blocpdb> 43 atoms in block 5
Block first atom: 248
Blocpdb> 58 atoms in block 6
Block first atom: 291
Blocpdb> 51 atoms in block 7
Block first atom: 349
Blocpdb> 60 atoms in block 8
Block first atom: 400
Blocpdb> 61 atoms in block 9
Block first atom: 460
Blocpdb> 41 atoms in block 10
Block first atom: 521
Blocpdb> 76 atoms in block 11
Block first atom: 562
Blocpdb> 84 atoms in block 12
Block first atom: 638
Blocpdb> 51 atoms in block 13
Block first atom: 722
Blocpdb> 76 atoms in block 14
Block first atom: 773
Blocpdb> 51 atoms in block 15
Block first atom: 849
Blocpdb> 44 atoms in block 16
Block first atom: 900
Blocpdb> 59 atoms in block 17
Block first atom: 944
Blocpdb> 51 atoms in block 18
Block first atom: 1003
Blocpdb> 68 atoms in block 19
Block first atom: 1054
Blocpdb> 58 atoms in block 20
Block first atom: 1122
Blocpdb> 62 atoms in block 21
Block first atom: 1180
Blocpdb> 78 atoms in block 22
Block first atom: 1242
Blocpdb> 56 atoms in block 23
Block first atom: 1320
Blocpdb> 54 atoms in block 24
Block first atom: 1376
Blocpdb> 44 atoms in block 25
Block first atom: 1430
Blocpdb> 52 atoms in block 26
Block first atom: 1474
Blocpdb> 64 atoms in block 27
Block first atom: 1526
Blocpdb> 67 atoms in block 28
Block first atom: 1590
Blocpdb> 74 atoms in block 29
Block first atom: 1657
Blocpdb> 75 atoms in block 30
Block first atom: 1731
Blocpdb> 51 atoms in block 31
Block first atom: 1806
Blocpdb> 71 atoms in block 32
Block first atom: 1857
Blocpdb> 63 atoms in block 33
Block first atom: 1928
Blocpdb> 76 atoms in block 34
Block first atom: 1991
Blocpdb> 35 atoms in block 35
Block first atom: 2067
Blocpdb> 47 atoms in block 36
Block first atom: 2102
Blocpdb> 41 atoms in block 37
Block first atom: 2149
Blocpdb> 50 atoms in block 38
Block first atom: 2190
Blocpdb> 69 atoms in block 39
Block first atom: 2240
Blocpdb> 63 atoms in block 40
Block first atom: 2309
Blocpdb> 55 atoms in block 41
Block first atom: 2372
Blocpdb> 55 atoms in block 42
Block first atom: 2427
Blocpdb> 55 atoms in block 43
Block first atom: 2482
Blocpdb> 65 atoms in block 44
Block first atom: 2537
Blocpdb> 48 atoms in block 45
Block first atom: 2602
Blocpdb> 63 atoms in block 46
Block first atom: 2650
Blocpdb> 39 atoms in block 47
Block first atom: 2713
Blocpdb> 50 atoms in block 48
Block first atom: 2752
Blocpdb> 44 atoms in block 49
Block first atom: 2802
Blocpdb> 65 atoms in block 50
Block first atom: 2846
Blocpdb> 70 atoms in block 51
Block first atom: 2911
Blocpdb> 84 atoms in block 52
Block first atom: 2981
Blocpdb> 52 atoms in block 53
Block first atom: 3065
Blocpdb> 69 atoms in block 54
Block first atom: 3117
Blocpdb> 60 atoms in block 55
Block first atom: 3186
Blocpdb> 62 atoms in block 56
Block first atom: 3246
Blocpdb> 79 atoms in block 57
Block first atom: 3308
Blocpdb> 40 atoms in block 58
Block first atom: 3387
Blocpdb> 56 atoms in block 59
Block first atom: 3427
Blocpdb> 40 atoms in block 60
Block first atom: 3483
Blocpdb> 71 atoms in block 61
Block first atom: 3523
Blocpdb> 66 atoms in block 62
Block first atom: 3594
Blocpdb> 59 atoms in block 63
Block first atom: 3660
Blocpdb> 78 atoms in block 64
Block first atom: 3719
Blocpdb> 55 atoms in block 65
Block first atom: 3797
Blocpdb> 66 atoms in block 66
Block first atom: 3852
Blocpdb> 62 atoms in block 67
Block first atom: 3918
Blocpdb> 75 atoms in block 68
Block first atom: 3980
Blocpdb> 50 atoms in block 69
Block first atom: 4055
Blocpdb> 45 atoms in block 70
Block first atom: 4105
Blocpdb> 54 atoms in block 71
Block first atom: 4150
Blocpdb> 76 atoms in block 72
Block first atom: 4204
Blocpdb> 81 atoms in block 73
Block first atom: 4280
Blocpdb> 67 atoms in block 74
Block first atom: 4361
Blocpdb> 68 atoms in block 75
Block first atom: 4428
Blocpdb> 56 atoms in block 76
Block first atom: 4496
Blocpdb> 54 atoms in block 77
Block first atom: 4552
Blocpdb> 41 atoms in block 78
Block first atom: 4606
Blocpdb> 82 atoms in block 79
Block first atom: 4647
Blocpdb> 49 atoms in block 80
Block first atom: 4729
Blocpdb> 76 atoms in block 81
Block first atom: 4778
Blocpdb> 52 atoms in block 82
Block first atom: 4854
Blocpdb> 60 atoms in block 83
Block first atom: 4906
Blocpdb> 35 atoms in block 84
Block first atom: 4966
Blocpdb> 54 atoms in block 85
Block first atom: 5001
Blocpdb> 70 atoms in block 86
Block first atom: 5055
Blocpdb> 73 atoms in block 87
Block first atom: 5125
Blocpdb> 56 atoms in block 88
Block first atom: 5198
Blocpdb> 49 atoms in block 89
Block first atom: 5254
Blocpdb> 55 atoms in block 90
Block first atom: 5303
Blocpdb> 74 atoms in block 91
Block first atom: 5358
Blocpdb> 73 atoms in block 92
Block first atom: 5432
Blocpdb> 38 atoms in block 93
Block first atom: 5505
Blocpdb> 55 atoms in block 94
Block first atom: 5543
Blocpdb> 59 atoms in block 95
Block first atom: 5598
Blocpdb> 54 atoms in block 96
Block first atom: 5657
Blocpdb> 53 atoms in block 97
Block first atom: 5711
Blocpdb> 58 atoms in block 98
Block first atom: 5764
Blocpdb> 50 atoms in block 99
Block first atom: 5822
Blocpdb> 46 atoms in block 100
Block first atom: 5872
Blocpdb> 66 atoms in block 101
Block first atom: 5918
Blocpdb> 56 atoms in block 102
Block first atom: 5984
Blocpdb> 59 atoms in block 103
Block first atom: 6040
Blocpdb> 53 atoms in block 104
Block first atom: 6099
Blocpdb> 62 atoms in block 105
Block first atom: 6152
Blocpdb> 42 atoms in block 106
Block first atom: 6214
Blocpdb> 59 atoms in block 107
Block first atom: 6256
Blocpdb> 59 atoms in block 108
Block first atom: 6315
Blocpdb> 50 atoms in block 109
Block first atom: 6374
Blocpdb> 72 atoms in block 110
Block first atom: 6424
Blocpdb> 50 atoms in block 111
Block first atom: 6496
Blocpdb> 70 atoms in block 112
Block first atom: 6546
Blocpdb> 45 atoms in block 113
Block first atom: 6616
Blocpdb> 53 atoms in block 114
Block first atom: 6661
Blocpdb> 67 atoms in block 115
Block first atom: 6714
Blocpdb> 65 atoms in block 116
Block first atom: 6781
Blocpdb> 62 atoms in block 117
Block first atom: 6846
Blocpdb> 82 atoms in block 118
Block first atom: 6908
Blocpdb> 47 atoms in block 119
Block first atom: 6990
Blocpdb> 51 atoms in block 120
Block first atom: 7037
Blocpdb> 59 atoms in block 121
Block first atom: 7088
Blocpdb> 54 atoms in block 122
Block first atom: 7147
Blocpdb> 68 atoms in block 123
Block first atom: 7201
Blocpdb> 62 atoms in block 124
Block first atom: 7269
Blocpdb> 57 atoms in block 125
Block first atom: 7331
Blocpdb> 45 atoms in block 126
Block first atom: 7388
Blocpdb> 52 atoms in block 127
Block first atom: 7433
Blocpdb> 66 atoms in block 128
Block first atom: 7485
Blocpdb> 68 atoms in block 129
Block first atom: 7551
Blocpdb> 61 atoms in block 130
Block first atom: 7619
Blocpdb> 82 atoms in block 131
Block first atom: 7680
Blocpdb> 43 atoms in block 132
Block first atom: 7762
Blocpdb> 56 atoms in block 133
Block first atom: 7805
Blocpdb> 64 atoms in block 134
Block first atom: 7861
Blocpdb> 46 atoms in block 135
Block first atom: 7925
Blocpdb> 71 atoms in block 136
Block first atom: 7971
Blocpdb> 62 atoms in block 137
Block first atom: 8042
Blocpdb> 61 atoms in block 138
Block first atom: 8104
Blocpdb> 45 atoms in block 139
Block first atom: 8165
Blocpdb> 74 atoms in block 140
Block first atom: 8210
Blocpdb> 64 atoms in block 141
Block first atom: 8284
Blocpdb> 65 atoms in block 142
Block first atom: 8348
Blocpdb> 43 atoms in block 143
Block first atom: 8413
Blocpdb> 67 atoms in block 144
Block first atom: 8456
Blocpdb> 44 atoms in block 145
Block first atom: 8523
Blocpdb> 79 atoms in block 146
Block first atom: 8567
Blocpdb> 57 atoms in block 147
Block first atom: 8646
Blocpdb> 49 atoms in block 148
Block first atom: 8703
Blocpdb> 75 atoms in block 149
Block first atom: 8752
Blocpdb> 64 atoms in block 150
Block first atom: 8827
Blocpdb> 64 atoms in block 151
Block first atom: 8891
Blocpdb> 43 atoms in block 152
Block first atom: 8955
Blocpdb> 63 atoms in block 153
Block first atom: 8998
Blocpdb> 69 atoms in block 154
Block first atom: 9061
Blocpdb> 66 atoms in block 155
Block first atom: 9130
Blocpdb> 55 atoms in block 156
Block first atom: 9196
Blocpdb> 67 atoms in block 157
Block first atom: 9251
Blocpdb> 44 atoms in block 158
Block first atom: 9318
Blocpdb> 79 atoms in block 159
Block first atom: 9362
Blocpdb> 60 atoms in block 160
Block first atom: 9441
Blocpdb> 52 atoms in block 161
Block first atom: 9501
Blocpdb> 71 atoms in block 162
Block first atom: 9553
Blocpdb> 67 atoms in block 163
Block first atom: 9624
Blocpdb> 60 atoms in block 164
Block first atom: 9691
Blocpdb> 44 atoms in block 165
Block first atom: 9751
Blocpdb> 62 atoms in block 166
Block first atom: 9795
Blocpdb> 52 atoms in block 167
Block first atom: 9857
Blocpdb> 77 atoms in block 168
Block first atom: 9909
Blocpdb> 55 atoms in block 169
Block first atom: 9986
Blocpdb> 71 atoms in block 170
Block first atom: 10041
Blocpdb> 45 atoms in block 171
Block first atom: 10112
Blocpdb> 79 atoms in block 172
Block first atom: 10157
Blocpdb> 59 atoms in block 173
Block first atom: 10236
Blocpdb> 67 atoms in block 174
Block first atom: 10295
Blocpdb> 70 atoms in block 175
Block first atom: 10362
Blocpdb> 52 atoms in block 176
Block first atom: 10432
Blocpdb> 57 atoms in block 177
Block first atom: 10484
Blocpdb> 48 atoms in block 178
Block first atom: 10541
Blocpdb> 63 atoms in block 179
Block first atom: 10589
Blocpdb> 70 atoms in block 180
Block first atom: 10652
Blocpdb> 63 atoms in block 181
Block first atom: 10722
Blocpdb> 58 atoms in block 182
Block first atom: 10785
Blocpdb> 35 atoms in block 183
Block first atom: 10843
Blocpdb> 68 atoms in block 184
Block first atom: 10878
Blocpdb> 55 atoms in block 185
Block first atom: 10946
Blocpdb> 48 atoms in block 186
Block first atom: 11001
Blocpdb> 64 atoms in block 187
Block first atom: 11049
Blocpdb> 51 atoms in block 188
Block first atom: 11113
Blocpdb> 70 atoms in block 189
Block first atom: 11164
Blocpdb> 58 atoms in block 190
Block first atom: 11234
Blocpdb> 55 atoms in block 191
Block first atom: 11292
Blocpdb> 44 atoms in block 192
Block first atom: 11347
Blocpdb> 54 atoms in block 193
Block first atom: 11391
Blocpdb> 45 atoms in block 194
Block first atom: 11445
Blocpdb> 58 atoms in block 195
Block first atom: 11490
Blocpdb> 64 atoms in block 196
Block first atom: 11548
Blocpdb> 84 atoms in block 197
Block first atom: 11611
Blocpdb> 197 blocks.
Blocpdb> At most, 84 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 35 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 8609232 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 35085
Prepmat> Matrix trace = 18978000.0000
Prepmat> Last element read: 35085 35085 280.1798
Prepmat> 19504 lines saved.
Prepmat> 17349 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 11695
RTB> Total mass = 11695.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 11695
RTB> Number of blocks = 197
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 492278.5410
RTB> 74589 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1182
Diagstd> Nb of non-zero elements: 74589
Diagstd> Projected matrix trace = 492278.5410
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1182 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 492278.5410
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0573814 0.1277258 0.6369285 0.8243285
1.5397136 2.3021134 5.0522520 8.8255314 11.1498192
14.3672639 14.7216291 15.6401547 15.6721229 16.4210396
17.2054838 19.1015393 20.9689489 22.1449086 23.2700740
23.8195314 26.4124811 27.5714348 28.8615135 29.6367283
30.6220069 31.2150503 31.9442527 32.7438701 34.3582363
35.7661615 36.1863211 36.6127690 37.3356864 38.2122080
39.7370304 40.1948631 42.4460920 43.4255378 43.9531743
44.9426552 45.1113909 45.7682620 46.8092431 47.1038904
48.5169586 49.8282962 50.6315057 51.9611518 53.0122380
54.3122706 55.0176471 55.5693531 55.9423275 57.3157415
60.6223189 61.0421540 61.6672778 63.8966511 65.8612486
66.0450677 66.7394775 67.1983757 67.9589219 70.2805137
70.8045721 71.3681552 72.2153919 73.3858534 75.1974587
75.9687256 76.4814329 77.3418441 77.8436276 79.9131603
80.3806594 80.5785299 81.9882145 83.9715692 85.1792531
85.8953414 86.7321493 87.2562868 88.0178388 88.8551381
90.1910037 91.1229839 91.6130814 92.4883250 93.6585059
94.1701438 94.9341475 95.9600702 96.4271915 98.0459351
98.7007114 99.0602244 100.2352111 101.4362073 102.7707972
103.6463607
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034319 0.0034328 0.0034332 0.0034337 0.0034337
0.0034338 26.0124259 38.8091843 86.6643767 98.5928528
134.7458050 164.7626005 244.0831395 322.6010021 362.6011625
411.6065857 416.6517561 429.4531591 429.8918326 440.0434941
450.4314690 474.6018896 497.2600978 511.0133268 523.8345778
529.9829358 558.0843957 570.1970469 583.3844258 591.1673088
600.9136999 606.7046164 613.7502001 621.3843122 636.5180318
649.4286543 653.2320679 657.0698927 663.5250913 671.2686222
684.5307855 688.4629240 707.4799492 715.5959653 719.9302180
727.9887094 729.3540340 734.6449386 742.9525702 745.2872111
756.3835312 766.5373109 772.6907295 782.7708870 790.6483153
800.2842320 805.4642830 809.4927265 812.2047891 822.1143674
845.4959908 848.4186473 852.7518475 868.0291879 881.2725849
882.5015464 887.1288059 890.1735137 895.1967990 910.3591130
913.7469318 917.3762992 922.8054833 930.2538042 941.6659397
946.4827446 949.6712449 954.9981752 958.0911168 970.7433704
973.5786972 974.7762745 983.2659378 995.0878302 1002.2179898
1006.4219156 1011.3124056 1014.3635715 1018.7805160 1023.6147927
1031.2807004 1036.5953268 1039.3792100 1044.3323647 1050.9181506
1053.7847204 1058.0507702 1063.7524145 1066.3383760 1075.2515486
1078.8359792 1080.7989996 1087.1899648 1093.6838059 1100.8550599
1105.5345228
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 11695
Rtb_to_modes> Number of blocs = 197
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9882E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9931E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9958E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8243
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.826
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.15
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.37
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.67
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.21
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.31
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.6
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1182 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
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1.00003 0.99999 1.00001 0.99998 1.00002
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000
1.00005 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999
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0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 0.99998
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 1.00003
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0.99999 1.00002 1.00002 0.99998 0.99997
0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 0.99997
1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99998
0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 210510 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
0.99997 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00003 0.99999 1.00001 0.99998 1.00002
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000
1.00005 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 0.99998
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 1.00003
1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002
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0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 0.99997
1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99998
0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610211335402876251.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610211335402876251.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2610211335402876251.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2610211335402876251.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 788
First residue number = 1
Last residue number = 440
Number of atoms found = 11695
Mean number per residue = 14.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9882E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9931E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.7381E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1277
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6369
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8243
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.540
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.302
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.052
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.826
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6
Bfactors> 106 vectors, 35085 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.057381
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.040 +/- 0.02
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.040
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610211335402876251.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610211335402876251.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1101.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1105.
Chkmod> 106 vectors, 35085 coordinates in file.
Chkmod> That is: 11695 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 41 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7812
0.0034 0.9231
0.0034 0.9651
0.0034 0.7251
0.0034 0.9611
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2610211335402876251 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2610211335402876251.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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2610211335402876251.eigenfacs
2610211335402876251.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=0
2610211335402876251.eigenfacs
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2610211335402876251.eigenfacs
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2610211335402876251.atom
making animated gifs
11 models are in 2610211335402876251.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610211335402876251.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610211335402876251.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2610211335402876251 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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2610211335402876251.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2610211335402876251.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610211335402876251.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610211335402876251.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2610211335402876251 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610211335402876251.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610211335402876251.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2610211335402876251 11 -100 100 20 on 0
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generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610211335402876251.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2610211335402876251.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2610211335402876251.10.pdb
2610211335402876251.11.pdb
2610211335402876251.7.pdb
2610211335402876251.8.pdb
2610211335402876251.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m32.946s
user 1m31.960s
sys 0m0.936s
rm: cannot remove '2610211335402876251.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
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